達爾文非常不滿於一些人對他的成功而強加的指責。有人說《物種起源》的成功表明“這種思想本來是眾所周知的”或“大家早就準備接受這種思想了”。這種說法讓達爾文很受傷，他很委屈地辯解道：“我偶爾接觸過一些自然科學家，碰巧沒有一個像是懷疑物種不變的。甚至賴爾和胡克，雖然他們都樂於傾聽我的觀點，但他們似乎從來沒有表示過讚同。我曾經向一些有才能的人一次或兩次解釋我的自然選擇觀念，但完全以失敗告終。”
這一辯白是在告訴大家，在這本書出版的時候，還有很多人，包括一些高水平的專家都不相信物種是變化的。因此，在自然選擇理論的論證和宣傳推廣方麵，《物種起源》絕對功不可沒。
當然，《物種起源》第一版時還麵臨著另一個批判，當時達爾文沒有列出那些包括他祖父在內的進化理論的先驅者們，此種批判避開學術爭論而擺出了道德姿態，把達爾文搞得很難看，後來不得不在第三版中加進了一個簡要回顧，列出了三十多位學者有關生物進化的一些拉拉雜雜的觀點。雖然仍被別人指來說去的，但總算擋住了一些口水。
無論如何，《物種起源》出版了，並且成功地成為了社會的熱點，各色人物懷著各種目的都在看這本書，他們給出的反應也當然各不相同。很多典型的反對意見將在後麵陸續討論到，這裏先介紹一下中國人熟知的幾位偉人對進化論的態度。
唯物論者馬克思和恩格斯以最快的速度閱讀了達爾文的著作。馬克思曾給恩格斯寫信提到了這本書，說這本書雖然寫得很粗率，文采一般，但為了閱讀這本書，“粗率的英國式的闡述方式當然必須容忍”，因為它可以為唯物主義的觀點提供必要的自然史方麵的支持，並給自然科學中的“目的論”以致命的打擊。
江湖傳說，馬克思曾向達爾文題贈了《資本論》第二卷，不過為了壓低馬克思的地位，人們說達爾文拒絕了馬克思的好意。可惜這個傳說缺乏根據，因為達爾文收藏有一本馬克思送給他的《資本論》。在扉頁題字中，馬克思稱自己是達爾文的“真誠的欽慕者”。可惜的是，達爾文看不懂德語，所以並沒有閱讀此書。
但馬克思對進化論的社會價值仍抱著謹慎的態度，所以他反對把自然選擇概念引入到社會主義學說中。這一點他和恩格斯的意見是一致的。
《物種起源》出版不到一個月，1859年12月，恩格斯給馬克思寫信表揚達爾文寫得好極了，是一本非常有意義的著作。恩格斯認為，這本書可以一舉擊倒目的論，“至今還從來沒有過這樣大規模地證明自然界的曆史發展的嚐試，而且還做得這樣成功。”此後，恩格斯就在《自然辯證法》和《反杜林論》等著作中不停地提到達爾文的作品，並繼續不吝給以高度評價。很明顯，達爾文的進化論自然觀對於計劃建立一個無神論的政治體係的馬恩等人來說，在理論上是極有幫助的。無論達爾文本人意願如何，達爾文的理論本身無疑是者對抗有神論者的天然盟友。
恩格斯在《自然辯證法》中正確指出：“不管這個理論在細節上還會有什麽改變，但是總的說來，它現在已經把問題解答得令人再滿意不過了。”“機體從少數簡單形態到今天我們所看到的日益多樣化和複雜化的形態，一直到人類為止的發展係列，基本上是確定了。”並且，恩格斯還從專業的角度展開了一些探討。他認為：“由於過度繁殖的壓力而發生的選擇，在這裏也許是最強的首先生存下來，但是最弱的在某些方麵也能這樣。”“由於對變化了的環境有較大適應能力而發生的選擇，在這裏生存下來的是更能適合這些環境的。但是，在這裏這種適應總的說來可以是進化，也可以是退化，例如，對寄生生活的適應總是退化。”
百科全書式的恩格斯用他那超級腦袋掃描《物種起源》時，也看到了其中存在的不足，恩格斯曾明確表示，他雖然同意進化論，但對於生存鬥爭和自然選擇的意義仍持保留意見，他認為這一理論還很不完善，因為達爾文沒有強調生物協作的重要性。恩格斯甚至極具專業眼光的指出：“達爾文在說到自然選擇時，並沒有考慮到引起單個個體變異的原因，也沒有清楚地說明這種個體的偏離怎樣逐漸成為一個品種、變種或種的特征。”雖然恩格斯不是生物學家，但毫無疑問，這個聰明的大胡子的判斷是正確的。
不過恩格斯也對達爾文的理論可能產生的副作用表達了嚴重的不滿，他指責達爾文的“全部生存鬥爭學說，不過是把霍布斯一切人反對一切人的戰爭的學說和資產階級經濟學的競爭學說，以及馬爾薩斯的人口論從社會搬到生物界而已”。“變完這個戲法以後，再把同一理論從有機界搬回曆史，然後就斷言仿佛已經證明這些理論具有人類社會的永恒規律的效力。”為此，恩格斯抨擊達爾文“是蹩腳的自然科學家”。但這並不妨礙恩格斯把進化論與能量守恒定律、細胞學說並稱為19世紀自然科學的三大發現。
其實在這裏，恩格斯表達了一種擔心，對社會達爾文主義的擔心，而事實證明，恩格斯的擔心是完全有根據的，因為斯賓塞(HerbertSpencer)所提出的“社會達爾文主義”在當時已相當的有市場。斯賓塞們明確指出，窮人是社會中的“不適”者，應該被自然淘汰掉，所以政府不必施以救助。
恩格斯認為生物間的關係很複雜，既“包含有意識的和無意識的合作，也包含有意識的和無意識的鬥爭”，而不能一概用生存競爭來加以解釋。這也是偉大的社會主義理論的思想核心之一吧。可惜根據天堂理論弄了一個人民公社，卻仍然存在你死我活的競爭。理想的高尚不會天然地帶來人格的不俗。
列寧在1894年也及時地認識到，達爾文的理論“第一次把生物學放在完全科學的基礎上”。
總的來說，這些革命的導師們對達爾文理論基本采取讚成的態度，也為後來的包括中國在內的社會主義國家毫不費力地接受進化論鋪平了道路。不過有意思的是，強硬的斯大林在1906年發表的《無政府主義還是社會主義》中卻猶猶豫豫地指出：“看來也絕不能斷言，馬克思主義對達爾文主義采取不批判的態度。”這大概為後來李森科(TrofimLysenko)登場表演埋下了伏筆。
《物種起源》雖然大賣，社會影響熱烈，但在當時帶來的效果卻是讓達爾文哭笑不得的。很多人受此書的影響相信了生物是進化的，而這一點並不是達爾文的獨家理論，如他自己所列出來的那一串名單一樣，已有很多人提到過了。而達爾文自己真正的獨門秘笈“自然選擇”卻飽受懷疑甚至是詆毀。這種待遇在剛一出版就已強行降臨，然後一直折騰到了現在。
關於自然選擇的結果，曾遭受過一次危險的批評，幾乎要從根本上否定了達爾文的學說，那就是指責“適者生存”的理論是同義反複，就等於是在說“可以生存的生存”，不客氣一點說，適者生存這種表達就是一句廢話，因為這種說法就像是說“我爸爸是我父親”一樣，不含任何有用的內容。這樣空洞的理論當然要被剔除出科學領域，或者讓它自行垮掉。
著名的科學哲學大師波普爾(KarlPopper)對這一問題的插足使其變得更為複雜起來。波普爾也是玩文字的大師，他對這類邏輯上的東西猶為敏感，幾乎一眼就看出其中似乎存在的問題，並表態說，這種邏輯上的同義反複的理論是無法檢驗的理論，因為適者才能生存，而生存的當然都是適者，我們找不出任何相反的例證，所以這個理論無法偽證。
1959年，在《物種起源》出版一百周年慶祝會上，波普爾作了一次影響較大的演講。他說：達爾文主義不是真正的科學理論，因為它的核心學說自然選擇是一種全能的巧辯。通過仔細觀察就會發現，原來適者生存是一種同義反複，是必然性的宣言，隻是前人沒有發現兩者的關係罷了。
這一演說引起了很大轟動，加上波普爾的巨大名聲和權威性，一時間使自然選擇理論八麵來風。對此，同時參加會議、被譽為達爾文之後最偉大的進化論大師的邁爾(ErnstMayr)立即作出了反應，他指出：“適者生存”這個詞是一個容易引起誤解的詞，達爾文本人最初使用的是“自然選擇”，隻是為了更清楚地表達和換用了適者生存，這才出現了同義反複的嫌疑。但是邁爾指出，這並不是達爾文的本意。《物種起源》中的原始提法是：那些比其他生物有某些優勢的生物，雖然是略微的優勢，但都會有最佳的生存機會，並能繁殖後代。這一表達無論是在內容上還是形式上都不存在同義反複的問題，是一個典型的論斷，而且是可以檢驗的論斷。波普爾的批評是不正確的，因為他沒有了解達爾文主義的真正內涵。
許多其他進化論者也對波普爾提出了批評，這迫使波普爾對自己的判斷作出了反思。後來，在1977年，在《自然選擇及其科學地位》一文中，波普爾修改了自己的看法，他指出：自然選擇理論與檢驗的問題容易讓人看作是同義反複，我過去也受到了這種觀點的影響。後來我認為自然選擇理論是一個最成功的形而上學的研究綱領，它引導人們去研究更多的問題，並提出可以接受的答案。
波普爾謙虛地表示，對於自然選擇理論的可檢驗性和邏輯地位問題，我已經改變了自己的想法，我希望我對自然選擇理論的前後兩次評價能夠對理解自然選擇做出微薄的貢獻。自然選擇理論遠非同義反複，它不僅是可以檢驗的，而且嚴格地說，它本身就不是普遍的起初，與許多生物學理論一樣，它似乎有也例外，這種例外的發生並不令人驚奇，因此不是所有的進化現象都隻可用自然選擇來解釋。
可惜的是，波普爾的第一次評價的聲音傳得太遠，而第二次評價則被反進化論者有意忽略。現在仍有反對者把同義反複拿出來當作反對達爾文理論的一把利劍一再使用，殊不知這一指責早已過時。
達爾文小心翼翼地回避著因《物種起源》而惹出的麻煩，他對於來自各路的攻擊采取了烏龜，躲在自己的別墅裏一律不予理睬。他把自己投入到了新的寫作當中，繼續深入地研究了人類學和許多動物學問題，相繼出版了《動物和植物在家養下的變異》和《人類起源和性選擇》等書，進一步從各種角度論證他的進化學說。
但這種小心並不表明他對自己的理論缺乏信心，相反，他一直到死都堅持自己的理論。1881年7月3日，垂垂老矣的達爾文給美國哈佛大學植物學家格雷(AsaGray)的信中繼續溫和地反駁了格雷的目的論。達爾文說：“最後，我認為，自然選擇已經為文明進步所帶來的和將要帶來的，比您所傾向於承認的要更多，我將捍衛這一立場。”八天後，他給一位讀者寫了另一封信，指出“宇宙不是早就設計好的”。那些傳說達爾文在去世前親自否定了進化論的有鼻子有眼的故事，都隻不過是神創論者為自己打氣的無聊的把戲而已。
隻不過，紳士般的達爾文的語氣一直是溫和的，他沒有和論敵展開直接的交鋒。但是這並不妨礙他在自己的書中對一些人展開有限的諷刺，因為有人不自量力地試圖掠奪他的思想，聲稱自己才是進化理念的創始者。為此，達爾文毫不客氣地嘲笑道：“要給這些人的觀點總結出一個明確的思想實在是太難了。”
達爾文采取的弱勢避讓態度並不妨礙另一些科學工作者對生物進化理論的強力支持，一批有識之士挺身而出，為宣傳和捍衛進化論做出了大量工作，其中尤以赫胥黎(ThomasHuxley)的工作最為出色。赫胥黎早在1850年就已結識了達爾文，並成了達爾文的好朋友，那時他也以軍醫的身份作了一次海上航行，與達爾文非常地有共同語言。而且赫胥黎也很勤奮，已經是英國皇家學會會員，當讀完《物種起源》後，赫胥黎不禁拍案長歎：“我簡直太笨了！居然沒有想到這一點。”赫胥黎知道這一理論必將引起教會和世俗的強烈攻擊，為此他寫信給達爾文說：“至於你的理論，我準備接受火刑也要支持你。”他還給胡克寫信，告訴胡克，盡管讓教會的矛頭全都指向他好了，“我決心穿好我的鎧甲”，準備為捍衛這一理論作長期的戰鬥。
自命為達爾文鬥犬的赫胥黎，終於扯開了進化論與神創論大戰最為激烈的第一幕。圍繞進化論正誤所展開的充滿了情感不失機智但同時又是火爆刻薄的口水大戰從此如黃河之泛濫，一發而不可收拾。