鼻咽癌最常見於鼻咽頂部，其次為側壁和咽隱窩，有時可多發。
肉眼觀
鼻咽癌可呈結節型、菜花型、浸潤型和潰瘍型四種形態，其中以結節型最常見，其次為菜花型。早期局部粘膜粗糙，輕度隆起。浸潤型鼻咽癌粘膜可完好，癌組織在粘膜下浸潤生長，以致於在原發癌未被發現前，已發生頸部淋巴結轉移。
組織學類型
鼻咽癌絕大多數起源於鼻咽粘膜柱狀上皮的儲備細胞，該儲備細胞是一種原始多能性細胞，可分化為柱狀上皮，也可分化為鱗狀上皮。
鼻咽癌常用的組織學類型如下：
1．鱗狀細胞癌 高分化的鱗狀細胞癌癌巢細胞分層明顯，可見大量角化珠。低分化鱗狀細胞癌常無角化現象，癌細胞形成大小不等、形狀不規則的癌巢，癌細胞分層不明顯。癌細胞呈多角形或卵圓形，胞漿豐富，境界清楚，少數癌細胞尚可見細胞間橋。低分化鱗癌多見。
2．腺癌 多來自粘膜的柱狀上皮。高分化腺癌極少見，癌細胞排列成腺泡狀或腺腔樣結構。低分化腺癌癌細胞排列成不規則的索條狀或片狀，偶有腺腔樣結構或形成腺腔的傾向。
3．未分化癌 主要有兩個亞型。一型稱泡狀核細胞癌或大圓形細胞癌，舊稱淋巴上皮癌。癌巢大小不等，形狀不規則，與間質界限不很明顯。癌細胞體積較大，胞漿豐富，細胞境界不清，核大呈空泡狀，核圓形或橢圓形，核膜清楚，可見1～2個大核仁。癌細胞間常見淋巴細胞浸潤。另一型特點為癌細胞較小，胞漿少，呈圓形或短梭形。癌細胞彌漫分布，無明顯癌巢形成。惡性度較高。
擴散途徑
1．直接蔓延 腫瘤向上擴展可侵犯並破壞顱底骨，以卵圓孔處被破壞最為多見。晚期可破壞蝶鞍，通過破裂孔侵犯Ⅱ～Ⅵ對顱神經，出現相應症狀。腫瘤向下可侵犯口咽、齶扁桃體和舌根，向前可侵入鼻腔和眼眶，向後侵犯頸椎，向外側可侵犯耳咽管至中耳。
2．淋巴道轉移 鼻咽粘膜固有層有豐富的淋巴管，故本癌早期即可發生淋巴道轉移，約半數以上鼻咽癌患者以頸部淋巴結腫大就診。先轉移到咽後壁淋巴結，再到頸深上及其他頸部淋巴結，極少轉移到頸淺淋巴結。頸部淋巴結轉移常為同側，其次為雙側，極少為對側。
3．血道轉移 常轉移到肝、肺、骨，其次為腎、腎上腺及胰腺等處。
按照中國的統一劃分，鼻咽癌病理組織學類型分為未分化癌低、分化癌（包括大圓形細胞癌多形細胞癌梭形細胞癌和混合細胞癌等）和較高分化癌（包括鱗癌ⅠⅡ級腺癌等）。而世界衛生組織的分型則為角化型鱗癌、非角化型鱗癌和未分化癌。