李自成退守西安時，多爾袞為了全力殲滅李自成，還肯與南明政權假意勾搭，以免兩麵樹敵。待李自成逃出西安，難成氣候，不足以成為大清的主力敵人後，多爾袞立馬對南明開戰，派遣多鐸馬不停蹄，越過長江去。
雄心大誌的多爾袞，以小搏大，雖然漢人多、滿洲軍民少，但他胸中自有百萬兵馬，他一人就可抵精銳百萬。他張開雙臂，要懷抱華夏。
任何事物都有兩麵性，人也是這樣。
多爾袞是犁平亂世的梟雄，是大英雄，也是劊子手， 還是軍事家、政治家。
在派遣阿濟格大軍追殲李自成殘餘軍隊的同時，多爾袞還要分出精力安排力量剿撫中原各地多股抗清武裝。他雖注重南京弘光政權，因為南明畢竟控製著數十萬水陸兵馬，但多爾袞心裏有數，李自成的部隊最有戰鬥力，南明的官軍貌似人多勢眾，其實就是個揮舞不動刀槍的大胖子，還是虛胖，外強中幹，早被大清八旗軍威嚇酥骨了，他們根本不是清軍的對手，放馬江南，指日可待。而且南明勢力雖然暫據半壁河山，但弘光帝朱由崧隻是個擺設，掌軍實權不在他手裏，各地軍閥，各自為政，一盤散沙，是一群群跑散的羊，頭羊弘光帝有名無實，當不起大事。
果然，弘光政權被多爾袞看穿了:弘光帝朱由崧本是紈絝子弟，一路逃難到南京後，撿了個危如累卵的政權的皇帝當，因此一心想要享皇帝之樂，垂死掙紮地來玩樂，活一天，樂一天，根本不懂如何治理朝政。其實，就連殫精竭慮一心要中興祖宗家業的崇禎皇帝也不能成功，明朝腐朽糟爛透底了，大勢所趨，誰也匡扶不起來了。朱由崧無才無德，整日不理朝政，他想管也管不了，沒有人聽他的，是這些文武百官需要他表演皇帝這個角色，他其實是個配角。他深居禁宮，唯以演雜劇，飲火酒、**幼女為樂事，民間將他戲稱為“老神仙”。當皇帝， 應該掌管軍事， 排兵布陣，治理朝政，撫慰民生，這些他不會;他從小就在王府裏混大的，吃喝玩樂全會，皇帝應該有三宮六院、七十二嬪妃，這他知道，我是皇上了，我得有好多好多嬪妃宮女呀，在這項工作上，他很認真:幾番選淑女，擴造宮殿，行大婚禮，他的權力和能力都在皇宮裏施展，荒**無度。
總之，朱由崧從當上皇帝那天起，就沒個皇帝樣。其實，他當皇帝，也是有競爭對手的:他叔叔輩的潞王朱常淓有賢德之名，以東林黨領袖錢謙益為首的一夥人，主張立賢，史可法稱福王“在藩不忠不孝，恐難主天下”。東林黨是明朝末年，江南士大夫們組成的官僚政治集團，由明朝吏部郎中顧憲成創立，曆經近四十年，到明朝滅亡，東林黨也瓦解。東林黨以文人為主，錢謙益就是詩人，是東南詩壇盟主。曆朝曆代從宋朝開始，崇文抑武，武官開國，文官治世，但是到了亂世，武力決定政權時，文官主宰武將，有時誤事，更會誤國。此時的江南，比起筆墨戰刀說了算，手握重兵的將軍們，自然不會真正希望有一個殺伐決斷的皇帝來控製他們，那樣的話，萬一皇帝不順心，就把自己的官職剝奪了。於是，無德無才的朱由崧被武將們以血統更近朱氏皇位為由，推上了皇位，成為了眾矢之的。細想想，弘光帝也委屈:我明明不行，你們硬要我上，讓我承擔造成南明失敗的罪名。據資料記載:朱由崧南逃到長江邊，四月三十日，以南京戶部主事馬士英為首的百官迎見朱由崧於龍舟中，請其為監國;朱由崧身穿角巾葛衣，坐於臥榻之上，推諉說自己未攜宮眷一人，準備避難浙東;眾臣力勸，朱由崧才同意當頭兒。離龍椅血統稍遠一些的潞王朱常淓，沒有當上南明皇帝，卻幸運地躲過了罵名。
現在，代表南明成為多爾袞的重要配角的人出現了，他不是南明皇帝，而是一個被“放逐”出南京皇城的重要大臣史可法。
南明勢力範圍，從長江兩岸，一直到嶺南和雲貴川蜀，但與清軍直接對陣的是江北四鎮和武昌。
防禦江南必須先鞏固江北，主戰派、兵部尚書史可法將江北防區劃分為四鎮:總兵劉澤清轄淮（淮安府）、海(海州，治所在今江蘇連雲港西南)，駐淮北，防禦山東東部方向;總兵高傑轄徐、泗，駐泗水(今山東南陽鎮至徐州一段泗水故道沿岸)，防禦徐州、開封方向; 總兵劉良佐轄鳳（治所在今安徽鳳陽） 、壽（今安徽壽縣），駐臨準，防禦陳（今河南淮陽） 、杞（今河南杞縣） 方向;靖南伯黃得功轄滁（州治所在今安徽滁州）、和（州治在今安徽和縣） ，駐廬州（今合肥） ，防禦光（今河南潢川）、固（今河南固始）方向。每鎮統軍約三萬人。朱由崧又封左良玉為寧南侯，駐武昌，率兵防守長江中遊;另有福建總兵鄭芝龍(鄭成功之父) 的部將鄭鴻逵率水軍守鎮江;總兵吳誌葵守吳淞，防長江口。此番部署，把分散在長江沿岸的軍隊初步統一整頓起來。但是，各鎮將官隻有割據自保之心，毫無進取之意，表麵上人多、勢眾、地廣，實際上形同虛設，這個防禦部署從建立之日起，就暴露出覆滅的跡象。
弘光政權建立之初，控製著長江南北大片富庶地區，有軍隊五十多萬。但是，政治上的草率集合體，不等於軍事上的強勁實力。弘光政權內部，大多糾結於權力之爭，互相排擠和打擊異己，並無認真抗清的打算，而且鬥爭矛頭仍然指向李自成的大順軍，沒有認識到抗清將是關乎生死的大計。南明大權落到了因“擁兵迎福王於江上”而有功的馬士英手中。他升任東閣大學士兼兵部尚書、都察院右副都禦史，成為明弘光政權首輔，人稱“馬閣老”。馬士英被譏諷為人長智短、耳軟眼瞎，他勾結閹黨阮大铖，聯手把史可法“請”出南京，赴江北督師去了，又罷免了呂大器、張慎言等正直有經驗的大臣，然後以招攬人才之名，把南京新朝組合成了自己人的圈子。
江北四鎮兵馬眾多，朝廷無力供給，索性令四鎮“兵馬錢糧，皆聽自行征取”。這無異是縱兵掠民， 既加重了人民的負擔， 也敗壞了軍紀。從此各自擁兵的四鎮，不聽調遣，隻想著爭奪地盤，掠奪民脂民膏。吳三桂降清，引兵入關，絕大多數漢族官僚還天真地希望兩家合一家，同心殺滅“逆賊”，共享天下太平。南明政權對大順軍刻骨仇恨，對清軍抱有幻想，史可法就是其中的代表。
多爾袞向明朝的降官們谘詢了解南明政權要員們的情形，得知史可法有舉足輕重的地位。於是，他先禮後兵，於七月二十八日致書史可法，大意為:“我大清國撫定燕都，是得之於李自成，並非取之於明朝。賊毀明朝之廟主，辱及先人，我國家不憚征繕之勞，代為雪恥，孝子仁人，當如何感恩圖報? 而今欲雄踞江南，坐享漁人之利，世上哪有這樣便宜的事。今若擁號稱尊，便是天有二日，儼為勁敵， 我將簡西行之師，轉而東征。諸君子如果識時知命，篤念故主，厚愛賢王，宜勸令削號歸藩，永綏福祿。先生乃領袖名流，主持至計，必能深維終始，寧忍隨俗浮沉? 取舍從違，應早審定。我兵行在即，可西可東，南國安危，在此一舉。願諸君子同以討賊為心，毋貪一身瞬息之榮，而重故國無窮之禍，為亂臣賊子所笑，我實有厚望矣!”
有人稱讚此信為揭大義而示正理， 引《春秋》之法，斥偏安之非，旨正詞嚴。信中一針見血，剖析當前麵臨的軍事形勢，說明了弘光政權雖偏安一方，對清廷統一全國是極為不利的。多爾袞以正統自居，公開申明大清是華夏的新任朝代，自家是最高統治者，毫不掩飾地承認清廷要君臨天下。他否認弘光朝廷的合法地位，寄希望於和平解決江南問題，要求南明君臣無條件投降， 也做好了武力征服的準備，甚至揚言“聯闖平南”，要聯合大順軍一起來攻打南明， 這是多爾袞以謊言相威脅了。當時尖銳的政局矛盾為多爾袞提供了可乘之機，他也巧妙地鑽了空子，利用了漢族各集團間的矛盾衝突，為清朝統治集團製定了最高超的戰略方針。
多爾袞最初也是冒進狂熱的，可能是被山海關大戰和入主北京的勝利衝昏了頭腦，所以想雙管齊下，同時進攻大順軍和南明小朝廷，速戰速決，以最快的速度占有中原及長江南北廣大地區。因為大順軍發動了懷慶戰役，清軍吃了虧，多爾袞才顧慮到兵員不足，戰線過長，及時調整進攻方略，把兵鋒矛頭集中，先重點打垮李自成，因而對南明政權采取了懷柔、招撫、談判的手段，盡量爭取以和平的方式解決問題，能奏效就好，不能，就拖延南明，免得南明醒悟過來，趁清軍與大順軍對決時，從側背後突襲清軍。那樣的話，清軍會腹背受敵，是很不利的。
況且，歸降大清的明朝遺臣們，都在官場廝混成老油條了，對上級的想法揣摩得深刻精準，看透了大清的野心，知道攝政王的難處，於是，有些人為了討好多爾袞，上疏建言各種軍政時務。
前明降官唐虞時自告奮勇地向多爾袞建議:“南京是形勝之地， 閩、浙、江、廣各地，都看南京是否降順來決定他們的態度，如今應乘他們害怕不安的時候，頒布令旨和賞格，讓人帶到南京去，宣諭官民，江南之地可傳檄而下。”唐虞時又說， “原來的總兵陳洪範可以招撫，我的兒子唐起龍是陳的女婿，又曾做過史可法的參將，江南的將領他大多相識，希望派他前去招降，這樣統一大業就能成功”。多爾袞一看: “好啊! 如此甚好。”多爾袞親自致書陳洪範， 希望他歸順。多爾袞還對河北、河南、江淮諸勳舊大臣、節鉞將吏及布衣豪傑之懷忠慕義者發布詔諭，表示對他們的歸順不僅歡迎，還將賜官封爵，以勠力同心，共保江山。多爾袞同時又表示:“若國無成主，人懷二心，假心假意，行肆跋扈之邪謀，或陽附本朝，陰行草竊之奸宄，等到我軍克定三秦， 即移師南討。”多爾袞對南明的所有官員祭出了同一法寶:一麵行籠絡利誘之策，一麵施威脅詭詐之計，旨在爭取時間，避免在消滅李自成之前出現南明與大順軍聯兵抗清的不利局麵。多爾袞的擔心是正確的，後來，大順軍餘部和南明抗清勢力果然聯合起來，一起對付清軍了。
在山東替清廷進行招撫的王鼇永， 於七月二十日向多爾袞報告:“南方各鎮總兵都在江北駐紮，江北為必爭之地，徐淮屬城皆跨河南北，尤宜早圖，以控扼徐淮。”多爾袞明白: “隻是簡單地派人到南方去招撫，決不能達到傳檄而下的結果，必須對南明政權加以試探，同時窺測南方的軍備、政治等狀況，等待大清八旗滿、蒙、漢軍兵騰出手，橫掃江南，才是徹底解決之時。”
史可法接到多爾袞的信，閱罷，憂心忡忡，作為大明忠臣，他的一切努力就是為了大明朝，即便這個國家已被大順軍推翻，他和同僚們也隻肯認為是局部的、暫時的失利，不願意承認是總體上垮掉了、沒有未來了。明知清軍是虎狼，比大順軍更凶猛，史可法他們仍然幻想著如同史上一些特殊時期那樣，南北共治，各安其國。九月十五日，史可法無奈地複信多爾袞，信中明確表示:“弘光政權是名正言順的明朝政權，絕對不會投降，而是要繼續保持明朝的統治，希望清軍全力鎮壓大順軍，但事畢後須撤退返師，仍為兩國。”他還大義凜然警告多爾袞， “不可乘機占據明朝疆土。弘光政權即使感謝，也不會拿土地送禮”。史可法的嚴正立場代表了南明抗清派的要求，但南明內部並不協調，抵抗派、投降派、調和派等各種意見眾議成林。
在多爾袞看來，史可法這種希求簡直是無稽之談。
史可法雖然為弘光朝廷繼承正統的合法性進行了申辯，卻拿不出對付清軍的辦法。
多爾袞這邊，從來就沒把倉促草率創建的南明政權太放在眼裏，認為不過是烏合之眾。對南明派來的修好使團，多爾袞冷眼相看，雖然喜歡南明贈送的大宗慰問禮品，不過也是因為眼下清廷正缺少財物，其實也沒當回事兒。在多爾袞的影響下，清廷朝臣們把作為國書交流的弘光帝禦書呼為“進貢文書” 。“臥榻之側，豈容他人鼾睡?”多爾袞想要的是清廷一統天下，當招撫不能解決問題時，那就隻能以兵戎相見了。
順治元年(1644)九月， 清河道總督楊方興勸說多爾袞: “要不惜一切代價，奪取江南地區，‘ 蘇湖熟，天下足’ ， 曆來都是南糧漕運養北京。隻有這樣，大清的財政稅銀方一勞永逸。”這更促使多爾袞立馬著手取江南。
順治二年(1645)三月初七， 多鐸分兵三路: 一路出虎牢關， 一路由固山額真拜尹圖指揮出龍門關，另一路蒙古兵由兵部尚書韓岱等統領走南陽，馳騁在中原大地，勢不可當。
三月初一，有自稱崇禎太子朱慈烺者至南京。弘光帝朱由崧命令將其關入兵馬司監獄， 後命百官審“北來太子”於午門外，終裁斷為偽太子，名叫王之明。
四月，馬士英和阮大铖在朝中弄權日盛，烏煙瘴氣。
駐守武昌的寧南侯左良玉率領主力軍二十餘萬，糧餉無著，士卒竟有餓死者。加上長期受馬士英、阮大铖的排擠打擊，以及東林黨人的鼓動，他自稱奉太子密詔，打出“救太子、清君側、除馬阮”的旗號， 焚武昌城，順流東下，進攻南京。
南明發生了內訌。內憂外患，使弘光政權恐慌不安、手足無措。馬士英竟然命令史可法盡撤江防之兵，以防左良玉。馬士英對以史可法為首的主張防禦淮揚一線的文武臣僚破口大罵:“你們這夥東林黨，想借防江縱左軍進犯! 清兵到了還可以議和，左逆到了，你們是高官，我君臣卻得死! 我們寧可死在清兵手裏，也不死在左兵手中。”史可法隻得抽調黃得功、劉良佐部抵禦左軍，兼程入援，抵燕子磯，以致淮防空虛。鎮守江北的史可法，實際上成了光杆司令，孤掌難鳴， 氣憤地說:“上遊不過欲除君側之奸，原不敢與君父為難。若北兵一至，宗社可虞。不知輔臣何意蒙蔽至此!”奸臣當道，忠誠難酬。左良玉兵至九江，為黃得功所敗，吐血而死。其子左夢庚憤怒至極:“大軍留守武昌，若不掠奪民生，全體將士就會餓死，今‘ 清君側’ 不成，那麽也就不要再為南明賣命了。”一賭氣，他率全軍轉投清朝。
多鐸率清軍前鋒進入安徽，相繼攻克穎州、太和等城鎮。多鐸命令將士們休整十天，再度南進，經亳州、泗州，如入無人之境，直抵淮河。南明守兵不戰而退，焚毀淮河橋，望風而逃。清軍越戰越勇，不辭勞苦，夜渡淮河，追擊南軍，不給潰兵以喘息之機。在強大的清軍進攻麵前，南明守江北的軍隊敗的敗、降的降、逃的逃，所有的防禦部署全部被破壞。軍情緊急，史可法驚慌失措，毫無主見，一日三發令箭，前後矛盾。將士們紛紛說:“閣部方寸亂矣，豈有千裏之程，如許之餉，而一日三調者乎!”史可法本人在四月十一日趕赴天長，檄調諸軍增援盱眙，忽然得到報告:“盱眙守軍已經投降清朝。”劉良佐和高傑部的將領，相繼不戰而降。史可法對部隊幾乎完全失去節製，“一日一夜，冒雨拖泥，奔至揚州”。
十七日，清軍進至距離揚州二十裏處下營。十八日，兵臨城下。
揚州城裏，累計兵力不過一萬數千人，麵對七八倍於己的清軍，兵力相當薄弱。由於城牆高峻，加上清軍的攻城大炮還沒有運到，多鐸於是派遣信使招降史可法和淮揚總督衛胤文，但遭到嚴詞拒絕。
二十一日，甘肅鎮總兵李棲鳳和監軍道高歧鳳帶領部下兵馬四千入城，陰謀劫持史可法，以揚州城投降清朝。史可法毅然說道:“此吾死所也，公等何為，如欲富貴，請各自便。”李棲鳳、高歧鳳見無機可乘，於二十二日率領所部並勾結城內四川將領胡尚友、韓尚良一道出門降清。史可法以倘若阻止他們出城投降恐生內變為理由，聽之任之，不加禁止。
史可法寫下遺書:清軍於十八日進抵城下，“至今尚未攻打，然人心已去，收拾不來”。
二十四日，多鐸命令攻取揚州。
揚州有新舊二城，史可法與諸將分兵把守，舊城西門最為險要，他親自領兵防守。
清軍頻頻用巨炮轟擊，聲如炸雷，滿城驚恐。城牆數次被摧毀，又數次被修複，清軍攻勢激烈，守城軍民浴血奮戰，但抵擋不住清軍的猛烈攻擊，新城先被攻破。史可法親自守衛舊城險處，清軍的大炮全部集中到舊城，態勢十分危急。
二十五日，史可法聽到報告“援兵到了”，望城外旗幟，信以為真，於是開門出迎，待來者入城之後，大肆殺掠，這才知道上了清軍的詐援之計。揚州舊城，被清軍攻破。北門守軍奮勇還擊，攻城的清軍傷亡慘重，城破後，南明軍殘部四百餘人與清軍殊死巷戰，終因寡不敵眾，全部戰死。守城大小官員，拚命犧牲者二百人以上。
史可法不願意當俘虜，遂拔劍自刎以報國，被部將莊子固、許謹及時抱住，血染戰袍而未死成，遂擁往城東門突圍。莊、許二將，為保護史可法，以身當盾，被亂箭射死。史可法被清軍活捉，押送去見多鐸。
多鐸再三勸降，史可法義正詞嚴地說:“城亡與亡，我意已決，即碎屍萬段，甘之如飴;但揚州百萬生靈，不可殺戮。”說罷挺頸迎刃。多鐸見此情景，連呼“好男子” ! 感慨說: “既為忠臣，當殺之，以全其名。”史可法遂被殺害，時年虛歲四十四歲。
多鐸以死亡數千人的代價拿下揚州城，為了報複，下令屠城十天，這就是曆史上血腥慘烈的“揚州十日”。據傳:全城死亡人數有八十餘萬，而落井投河、閉門自焚自縊者尚不在其內。時人傳播揚州之恨，紛紛惶恐魂顫，這就是多鐸想要的效果，以此震懾江南軍民之心，威嚇他們放棄抵抗。後世每每提及“揚州十日”，依然驚心動魄，不忍多想。多鐸也因為“揚州十日”，有了恰似惡魔般的形象。
天氣炎熱，史可法的屍體腐爛不可辨認。第二年， 他的家人將其衣冠葬於揚州城天寧門外的梅花嶺， 稱之為“衣冠塚”，立碣曰“明大司馬史公之墓”，供後人憑吊。
揚州屠城的消息傳到北京，有明朝降官冒死向攝政王上疏，請求以後不要再行暴烈屠城之事，對黎民百姓施恩，網開一麵。多爾袞雷霆震怒:“豫親王做得對，應該屠城，南明軍民倘若早日歸降，何至於此，完全是咎由自取。再有就此建言者，與暴民同戮。”
後來，多爾袞親征山西大同平叛，亦是下令屠城。
揚州之戰，掃除了進取南京的一大障礙，清軍整頓軍馬，又打敗在瓜州等地設防的南明水師，與弘光政權隔江相峙。清軍中，有智謀者，拆掉瓜洲城內居民的門檻、桌椅，結成木筏，在夜裏順水漂去，點燃燈火，施放號炮。南岸明兵以為清軍渡江，發炮射擊。想出此計謀的，一定是投降清軍的漢人，這真是三國時期草船借箭的翻版，用假船騙彈。那時候，火炮威力最大，炮彈金貴，數量有限，南明軍隊以炮彈打假船，到了真正開戰時，就沒有那麽多炮彈落在清軍頭上了。
可笑的是，南岸的南明軍卻以此向朝廷報捷。京口(今鎮江)百姓捧酒宰牛去犒勞南明軍，慶祝勝利。南明上下，全都中了清軍的迷魂陣。五月初八晚，多鐸號令清軍橫渡長江。南明沿江守軍皆潰逃，總兵鄭鴻逵、鄭彩部水師東遁入海，退回福建。清軍輕而易舉地奪取了鎮江。
初十，南京城裏，聞報清軍渡江，弘光帝朱由崧傳旨放歸所選淑女，當天午夜，猶召梨園入宮，觀戲酣酒。翌日淩晨，二更鼓後，弘光帝率內監四五十人騎馬出通濟門，逃出南京，文武百官無一知曉。朱由崧真是跑慣了腿，他從洛陽跑到北京，又跑來南京享了一年皇帝的洪福，現在，南京城裏所有人，隻有他最清楚麵對敵人大軍壓境應該怎麽辦。
天亮後，百官入朝，見宮女、內臣、優伶雜遝逃奔西華門外，方知朱由崧已出逃。馬士英大罵弘光帝，太不仗義，無德小人。之後，馬士英挾鄒太後出奔。南京城內大嘩，百姓搶掠馬士英和阮大铖的家，城中大亂。有人從監獄裏救出那位不知真假的北來太子，扶其入宮，在武英殿哭泣即位。
清軍經鎮江南下丹陽，西趨句容，十四日晚，前鋒抵達南京城下，駐兵郊壇門。
南京都城，無人防守，清軍不戰而克。
五月十五日，多鐸身穿錦箭衣，乘馬自洪武門進入南京城。南明總督京營忻城伯趙之龍，率公侯、駙馬、內閣大學士、六部尚書、侍郎等五十五人並城中官民迎降，沿途歸降的總兵、副將、參將、遊擊及監軍道員還有八十六人，馬步兵共二十三萬餘人。將士數目不可謂不多，但是，全無鬥誌，報國之心全都被消磨殆盡。尚書錢謙益等在內的東林黨人把抗清口號叫喊得最響，但是不少也識時務剃發降清。
多鐸破揚州、定南京的告捷文書傳到北京，多爾袞不禁欣喜若狂，下令籌備祭告詔赦事宜。清廷宣布了平定江南的捷音。多爾袞率諸王、貝勒、大臣對順治帝上表行禮，祝賀南京的平定，同時遣人祭天地、太廟、社稷。
弘光帝朱由崧和愛妃沿長江南岸西逃至太平府(今安徽當塗縣)，鎮守使劉孔昭雖然是鐵杆抗清英雄，但瞧不起朱由崧，不肯接納。眾叛親離的弘光帝又奔走蕪湖，投靠黃得功，以按察院為行宮。蕪湖守將靖國公黃得功，對南京變故一無所知。得知真龍天子棄都而來時，不勝感慨，決定以死報國，對這位新君效忠到底。
劉良佐之子引清軍追捕弘光帝，來到蕪湖，黃得功力戰而死。二十二日，總兵田雄等將領衝上禦舟，劫持弘光帝，把他獻給了清軍。二十五日，朱由崧被押進南京，乘無幔小轎，入聚寶門，頭蒙素帕，身衣藍布袍，以油扇掩麵，兩妃乘驢隨後。百姓夾道唾罵，也有投擲瓦礫者。多鐸命人給弘光帝解去鎖鏈，以紅繩捆綁。多鐸在靈璧侯府設宴，命朱由崧居於那位北來太子之下。宴罷，拘弘光帝於江寧縣署。當年九月，朱由崧與皇太後鄒氏、潞王朱常淓等人被押送至北京，安置居住，饋宴酣飲，唯求極樂。
第二年五月，在北京，大清攝政王多爾袞咬牙切齒地下令，將弘光帝朱由崧和一眾前明朱姓王及那位“偽太子”王之明等十七人，斬首於菜市口。朱由崧王妃黃氏之弟黃鹽梅購得棺木， 將其與黃妃合葬於河南山村。
弘光政權從成立到滅亡，僅一年時間。清軍進入南京，改南京為江南省，設布政司，以應天府為江寧府。這是清軍在軍事上和政治上取得的巨大勝利，為其在江南繼續擴大領士奠定了可靠的基礎。
弘光帝朱由崧被殺了，但南明政權依然被他人繼承:
清順治二年(1645)六月，明朝皇室魯王朱以海監國於紹興，唐王朱聿鍵稱帝於福州，年號隆武，遙上朱由崧尊號為聖安皇帝。
順治三年(1646)十一月，唐王朱聿鐭稱帝於廣州，年號紹武。
順治三年(1646)十一月，桂王朱由榔稱帝於肇慶，年號永曆。
這幾個繼弘光政權滅亡之後相繼建立起來的政權，都試圖繼承反清複明的大誌，重振帝業。這些政權都把持在一些手握重兵的軍閥手中，麵對清軍鐵蹄不斷南下的強大攻勢，為了維護自身的利益，他們有的降清，有的不攻自破，壽命最短的紹武政權，存在還不到四十天。永曆政權勉強延續到康熙元年(1662) ，朱由榔雖然逃亡到緬甸，最終，吳三桂發兵十萬，逼迫緬甸交出他，以弓弦絞殺之。南明政權徹底滅亡。
直到康熙年間，仍然有人以明朝皇族後裔“朱三太子”為名，行反清複明之舉，此伏彼起。