丁原已死，呂布歸順了董卓，袁紹兄弟也已經逃走，董卓就召集文武百官，宣布廢少帝立獻帝的決定。此時再也沒有人再敢出麵反對董卓的做法。

劉協即任皇位，這就是漢獻帝。

董卓自己當了相國，他欲下令通緝袁紹，當時呂布就在跟前。

呂布勸董卓說：“義父，廢立是大事，不是一般人能理解的。袁紹弟兄不識大體，因為害怕您才逃跑的，並沒有其它意思。現在如果通緝他太急，勢必激起事變。袁氏四代顯貴，袁家門生故吏遍布天下，得到袁家恩惠的人就更多了。如果袁紹招集豪傑，拉起隊伍來反抗的話，群雄都會乘勢而起，到那時，關東恐怕就不是義父所能控製得了。所以奉先勸你不如下旨赦免他，給他一個郡太守當當。這樣一來他慶幸免罪，也就不會招惹事端與義父為敵了。”

董卓聽了呂布的話之後笑著說：“我兒奉先既英勇無比又有智慧，想得比我還周到。既然如此那就任命袁紹為勃海太守。”

呂布說：“義父要治理天下必須要先征服天下英雄，方可讓江山穩固。”

董卓笑道：“我兒奉先自幼讀書甚多，幹爹不如兒啊，還望奉先多多提示。”

呂布笑道：“隻要義父肯聽，奉先肯定隨時提醒。”

然而，董卓原是極其殘忍之人。他擔任相國之後，縱容兵士殘殺無辜的百姓。有一次，洛陽附近的陽城舉行廟會，百姓齊集在那裏趕集。董卓派兵到那裏，竟把集上的男子都殺死，還把擄掠到的婦女和財物用百姓的牛車裝載著，耀武揚威地回到洛陽。一路上高呼萬歲，說打了大勝仗回來啦。

那次，呂布沒有跟著董卓走，他聽說後感覺有些不可理解，對董卓的做法他有著自己的看法。他私下對董卓說：“義父，凡為國君者必須善待百姓，才能保住自己的江山，義父不是想做君王嗎？那就必須要愛民如子，方得天下人心，既得天下人心江山也就安穩。”

董卓雖然知道呂布說得在理，但是對他的話視若耳旁風。

呂布勸過幾次之後也就不再勸說，對董卓的所作所為也隻能聽之任之。

董卓的倒行逆施，禍亂朝政，造成長安城一片混亂。一些有見識的官員紛紛離開長安，其中包括長安的典軍校尉曹操。

曹操離開前曾經與呂布有過一段對話。他對呂布說：“呂將軍為人正直疾惡如仇，我非常敬佩！如今天下英雄對相國廢立天子頗有微詞，不知將軍對此有何看法？”

呂布與曹操比較熟悉，既然曹操敢在自己麵前如此說話，說明他比較了解和信任自己，所以他如實地說：“我曾經反複勸說過義父，但他不聽，我也無法左右他。”

曹操說：“孟德敬佩奉先是條英雄好漢，將來定為國家社稷有所作為！”

呂布對曹操有了好感。

二人說過之後沒有幾天，曹操不聲不響離開了長安。

曹操見董卓倒行逆施，不願與其合作，遂改易姓名逃出京城。曹操到除留後，“散家財，合義兵”，且號召天下英雄討伐董卓。