《明史》對黨籍中人，言之刺刺不休，與其他方麵人物相比，記述不均，因之是非亦難得其平。
為補《明史》記述之不足，後人陸續有些補編之作。如劉廷燮的《建文遜國之際月表》。黃大華的《明宰輔考略》和《明七卿考略》，吳廷燮的《明督撫年表》，傅以禮的《殘明宰輔年表》和《殘明大統曆》等，都收在《二十五史補編》中。
乾隆四十二年，清朝繼改修《明史》本紀後，又以於敏中、錢汝為等為總裁，考證明史，但未刊行。光緒時，戶部侍郎王頌蔚入值軍機，得見考證明史之稿本、正本和進呈本，已多殘缺不全。王頌蔚將其整理匯編，成《明史考證攟逸》四十二卷，民國五年(1916)收入《嘉業堂叢書》。現通行的《明史》版本是乾隆四年的武英殿原刊本，1974年中華書局又據以校勘、標點，鉛印出版。
至於《明史》所不及見者，可參考《明實錄》、夏燮《明通鑒》、穀應泰《明史紀事本末》、談遷《國榷》、陳子龍《明經世文編》、張岱《石匱書》及《石匱書後集》、計六奇《明季北略》、《明季南略》、溫睿臨《南疆逸史》、徐鼒《小腆紀年》、《小腆紀年附考》、《小腆紀傳》、查繼佐《罪惟錄》、劉湘客《行在陽秋》、蔣臣《桐變日錄》、瞿昌文《粵行紀事》、全祖望《鮚埼亭集》等。又如焦竑的《國朝獻徵錄》，受到萬斯同的高度評價：「搜采最廣，自大臣以至郡邑吏，莫不有傳。……可備國史之采擇者，惟此而已。」乾隆年間，以於敏中、錢汝為等主編《明史考證》，多據《國朝獻徵錄》參校《明史》，但未刊行。光緒年間，王頌蔚得見《明史考證》殘本，再整理成《明史考證攟逸》四十二卷。
明史目錄本紀卷1本紀第1太祖一~卷3本紀第3太祖三卷4本紀第4恭閔帝卷5本紀第5成祖一~卷7本紀第7成祖三卷8本紀第8仁宗卷9本紀第9宣宗卷10本紀第10英宗前紀卷11本紀第11景帝卷12本紀第12英宗後紀卷13本紀第13憲宗一卷14本紀第14憲宗二卷15本紀第15孝宗卷16本紀第16武宗卷17本紀第17世宗一卷18本紀第18世宗二卷19本紀第19穆宗卷20本紀第20神宗一卷21本紀第21神宗二光宗卷22本紀第22熹宗卷23本紀第23莊烈帝一卷24本紀第24莊烈帝二誌卷25誌第1天文一~卷27誌第3天文三卷28誌第4五行一~卷30誌第6五行三卷31誌第7曆一~卷39誌第15曆九卷40誌第16地理一~卷46誌第22地理七卷47誌第23禮一~卷60誌第36禮十四卷61誌第37樂一~卷63誌第39樂三卷64誌第40儀衛卷65誌第41輿服一~卷68誌第44輿服四卷69誌第45選舉一~卷71誌第47選舉三卷72誌第48職官一~卷76誌第52職官五卷77誌第53食貨一~卷82誌第58食貨六卷83誌第59河渠一~卷88誌第64河渠六卷89誌第65兵一~卷92誌第68兵四卷93誌第69刑法一~卷95誌第71刑法三卷96誌第72藝文一~卷99誌第75藝文四表卷100表第1諸王世表一~卷104表第5諸王世表五卷105表第6功臣世表一~卷107表第8功臣世表三卷108表第9外戚恩澤侯表卷109表第10宰輔年表一卷110表第11宰輔年表二卷111表第12七卿年表一卷112表第13七卿年表二列傳卷113列傳第1後妃一卷114列傳第2後妃二卷115列傳第3興宗孝康皇帝睿宗興獻皇帝卷116列傳第4諸王一~卷120列傳第8諸王五卷121列傳第9公主卷122列傳第10~~卷280列傳第168卷281列傳第169循吏卷282列傳第170儒林一~卷284列傳第172儒林三卷285列傳第173文苑一~卷288列傳第176文苑四卷289列傳第177忠義一~卷295列傳第183忠義七卷296列傳第184孝義一卷297列傳第185孝義二卷298列傳第186隱逸卷299列傳第187方伎卷300列傳第188外戚卷301列傳第189列女一~卷303列傳第191列女三卷304列傳第192宦官一卷305列傳第193宦官二卷306列傳第194閹黨卷307列傳第195佞幸卷308列傳第196奸臣卷309列傳第197流賊卷310列傳第198土司卷311列傳第199四川土司一~卷319列傳第207廣西土司三卷320列傳第208外國一~卷328列傳第216外國九卷329列傳第217~卷332列傳第220（備注：浩浩****一百章的明代傳說在此就圓滿地劃上一句句號了，為此特感謝獻文的諸位朋友們，當然同時敝人也要對那些長期以來一直默默支持著《夢還楚留香》的讀者朋友們道聲抱歉，敝人這次意氣用事，的確是等苦了你們。此後，敝人將開始繼續連載《夢還楚留香》的後麵正文章節，直至全書完結。也許今後連載過程中，還會遇到非日更狀況的出現，這點就有望各位讀者朋友們多多見諒及體諒一下敝人了，畢竟敝人寫作都是抽業餘休息時間來進行趕稿的。《夢還楚留香》新的連載章節將從明天，也就是3月1日起正式開始。最後，諸葛靈霞再三拜上！）