自從張居正死後，明朝的中興之象像燦爛的焰火一樣驟然熄滅。萬曆皇帝親政之後，熱情隻持續了兩年，待到對張居正清算完畢，他再也懶得上朝，一天到晚躲在後宮算計著怎麽搞到更多的銀兩，以充實自己的小金庫。
萬曆二十八年（1600）十月中旬的一天，內閣忽然收到萬曆皇帝手書的詔旨一通。上麵寫道：“著戶部進銀二千四百萬兩，為冊立太子、分封諸王之典禮費用。”
看到這封詔書，內閣大臣莫不愕然。其時內閣大臣趙誌皋、張位、沈一貫等都是隆慶二年的進士，還有一位剛剛死去的陳於陛也與他們同科。可以說，隆慶二年進士控製了中國政壇。但他們全都生性懦弱，既不能引導皇帝更不敢抗拒皇帝。如果他們的座主張居正死而複生，看到自己的學生聚在內閣比窩囊，還不把他氣得吐血。
卻說萬曆皇帝寫這個手劄事出有因。這一年，皇長子朱常洛已長到十八歲，但一直沒有太子的名分，這皇長子為王皇後所生。幾乎從一開始，萬曆皇帝就不喜歡這位皇後，隻是迫於母命，他才不敢休掉，但他卻一直寵愛另一個女人，即鄭貴妃。鄭貴妃也生了一個兒子。萬曆皇帝因為喜歡鄭貴妃，加之鄭貴妃的懇求，他便有意立鄭貴妃所生的兒子為太子，但這樣做遭到所有朝廷大臣的反對。於是，君臣之間因此而產生尖銳的對立。長子繼位，這本是皇權承續的規矩。大臣們堅持原則沒有錯。但萬曆皇帝寵愛二兒子，一心要廢長立幼。君臣互不妥協，這也是導致萬曆皇帝十幾年不上朝的原因。眼看皇長子十八歲還沒有名分，而且此時王皇後已得了重病。若她突然故去，鄭貴妃升為皇後，則朱常洛立為太子的可能性就會更小。此情之下，大臣連番上疏，懇請萬曆皇帝早日立朱常洛為太子。萬曆皇帝一直不搭理，但說得多了，他心中發煩，故寫了上麵這道諭旨。
當事人一看，就知道這是皇上故意刁難。因為，國家的財政收入，一年隻有八百多萬兩銀子左右，萬曆開口要二千四百萬兩，等於是三年財政收入的總和，這無異是一個天文數字，縱然戶部掘地三尺也拿不出來。大臣們心裏也明白，萬曆之所以開出這個數目，並不是真要錢，而是以此表明不想立儲的態度。
這份詔旨傳開後，禮科給事中王德完立即上疏，力諫趕快立儲。這份諫疏由朱常洛的老師黃輝起草，王德完修改而成，內中甚至說到“萬一冊立鄭貴妃之子為皇太子，記載於史冊，後人會嘲笑朝廷中沒有正直之臣”。萬曆皇帝看到這份奏疏，頓時大怒，立即傳旨將王德完下詔獄。這時，告假在家休息的沈一貫聽說後，連忙寫疏為王德完辯解，萬曆皇帝很不高興，但對他仍存有客氣，沒有怎麽為難他。其他為王德完說話的大臣都受到了訓斥、罰俸、降職等不同懲處。萬曆下旨將王德完廷杖一百，開除官籍押解回鄉，並傳出諭旨：“諸臣為皇長子耶？為德完耶？如為皇長子，慎無瀆擾；必欲為德完，則再遲冊立一歲。”
看到這份諭旨，朝中大臣再無人敢言立儲之事。
朝廷傳位，自有製度，皇長子接任，自古皆然，萬曆想改變，卻也無法繞過祖宗製度，百官要堅持，卻也無法實現目的。說起來這裏頭還有一段故事：鄭貴妃的兒子三歲時，萬曆對這個兒子疼愛有加。於是，鄭貴妃千嬌百媚地慫恿萬曆到大高元殿拜神發誓，要立這位二皇子為太子。萬曆將誓言書於紙上，放進一個玉匣中用蠟緘封，賜給鄭貴妃為符契。鄭貴妃得到玉匣，也就有恃無恐了。但是，萬曆的生母李太後堅持要皇長孫繼位，這樣才使得大臣們有了支持立長的信心。
到了萬曆二十九年的十月，皇長子朱常洛要舉行婚禮。沈一貫看到這是一次難得的進言機會，於是對萬曆說：“不先給皇長子正名而馬馬虎虎舉行婚禮，這等於是將儲君降為藩王，萬萬不可。”萬曆不置一言。當晚，他悶悶不樂地來到鄭貴妃宮中，讓鄭貴妃取出玉匣打開看看。自蠟封緘口之後，十幾年來，鄭貴妃藏於宮櫥，從來沒有動過。此時打開，發覺萬曆所書誓言的宣紙竟然遭到蟲蝕，字跡已無法辨認。鄭貴妃見狀，頓時痛哭不已，萬曆也悚然異之，感到冥冥之中皇長子有神靈保護。於是改變初衷，第二天宣布將皇長子朱常洛立為太子，鄭貴妃所生的次子封為福王、三子常浩為端王、四子常潤為惠王、五子常瀛為桂王。
明王朝中晚期，有兩場政治危機導致君臣對立，對國家的命脈造成極大的傷害。一是嘉靖皇帝一意孤行導致的“大禮案”；二是萬曆皇帝一手造成的立儲風波。這場風波持續了十五年之久。在這場風波中，沈一貫始終堅持祖宗製度並最終贏得勝利。在這一點上，他有功於社稷，設若他主政時迎合萬曆的心意，同意廢長立幼，國家的政治危機將會進一步擴大並有可能釀成更大的災難。