永樂十六年三月初，姚廣孝回到闊別十四年的北京。斯時，他已重病在身。盡管此時朱棣還沒有下達遷都的詔令，但北京的紫禁城已經建造得差不多了。而且朱棣也選中萬壽山建造自己的陵寢。姚廣孝覺得自己不宜厝骨江南，同朱棣一樣，他已經把北京當作精神故鄉。這是他一手策劃的龍興之地。魂歸故裏，歸的不是長洲，而是多慷慨悲歌之士的北京。
一到北京後，姚廣孝仍住進慶壽寺，朱棣立即趕來探視。姚廣孝一身僧衣，從**下來勉強行禮，朱棣扶住他，知道老和尚將不久於人世，便問他：“少師，你有何吩咐？”姚廣孝說：“陛下，老僧別無所求，隻求一件事，請把溥洽放了。”溥洽是建文帝的剃度師。傳說是他掩護建文帝逃走。所以，朱棣找一個理由，將溥洽關了十六年。聽到姚廣孝為他求情，朱棣沉默了一會兒，答應了。
建文帝的老師是方孝孺，剃度師是溥洽。當年，姚廣孝曾請求朱棣攻取南京後不要殺方孝孺，結果未能如願。但這次卻成功解救了溥洽。“嗜殺”的姚廣孝，其實心中仍裝著常人難以測度的大慈悲。
到京城不過二十餘天，即永樂十六年三月二十九日，姚廣孝在慶壽寺中圓寂，享年八十九歲。明史說他享年八十四歲，恐記載有誤。
聽到這個噩耗，朱棣深為震悼，輟朝兩日，他吩咐禮部遵從姚廣孝的遺願，以僧人的方式葬之。朱棣為之在房山縣東北選造墓地，親自撰寫神道碑，並追贈他為推誠輔國協謀宣力文臣，特進榮祿大夫上柱國榮國公。這是文臣能夠得到的最高榮譽。
姚廣孝究竟是火化還是棺葬，史書沒有記載。更不知道如果是火化，他的肉身是否能燒出五彩斑斕的舍利來？
2009年2月24日夜於閑廬