嘉靖四十五年十二月十四日，世宗病危，他被搬回大內乾清宮。當天，他就死在那裏，享年六十四歲。第二天，通政司就發布了他的“遺詔”：
朕奉宗廟四十五年，享國最久，累朝未有。一念惓惓，惟敬天勤民是務。隻多病，過求長生，遂致奸人誑惑，補過無由。自即位至今建言獲罪諸臣，存者召用，沒者恤錄。方士付法司論罪。一切齋醮工作及政令不便者，悉罷之。
其實，世宗搬回乾清宮時，已深度昏迷，死時並沒有留下隻言片語。這道不到兩百字的遺詔，是徐階一手炮製。文章雖短，卻將世宗一朝的所有弊政全都推翻。“遺詔”頒布之日，朝野各界人士聽了，無不痛哭感激。短短幾天，曾在世宗身邊匯聚的數十名方士妖道全部捉拿歸案。被世宗以各種罪名罷黜的數百名官員，第一批三十二人重新任命官職，而像楊繼盛、沈煉這樣的冤死者，都追贈諡號並給家屬優恤。
徐階以極快的速度撥亂反正，平反冤假錯案，使他的威信在朝野間達到極盛。有史家認為，徐階起草的“遺詔”與四十五年前楊廷和為嘉靖皇帝登基所起草的“登極詔書”一樣，都是深得民心的匡扶社稷補偏救弊的好文章。嘉靖一朝的開始與結束，在楊廷和與徐階二人的主持下，都向曆史交出了優秀的答案。
但是，也有人對“遺詔”不滿意，那便是內閣中另外兩名輔臣郭樸與高拱。他們對徐階獨自起草詔書不與他們商量深為不滿。因此專挑“遺詔”的毛病。郭樸氣憤地對高拱說：“徐階訕謗先帝，罪可當斬！”
兩人由此與徐階結下了仇隙。
對這件事，《三編·發明》書中作了如下評論：
大臣秉與國事，當虛己和衰，惟求其是，所謂“功不必自己出，名不必自己成”，乃為得之。此猶言其無事時也，若當草寫遺詔於哀痛呼搶之餘，商家國根本之務，此何時也，而可以嫌疑生分別者耶？觀徐階所草詔，猶能切中當時弊政。為高拱、郭樸者，自當讚助其成，何至以己末與之故，而遂生忌嫉，造謗媒孽，竟欲各分門戶，甚至數年後拱專國政，一切盡反階之所為。而啟其釁者，實惟郭樸一言，樸安得無罪哉！
這段評論有見地，講的是大局觀念以及在大是大非麵前的個人操守。可惜，高拱不能理解。不到一年，內閣衙門又狼煙四起。高拱公開向徐階宣戰。在下篇文章裏，我會講述此事。
2009年9月8日夜