拋開褊狹的性格不講，高拱在處理國事上，還是有他的過人之處的。
他重回內閣擔任首輔時，還兼任吏部尚書一職。這在明代沒有先例可循。因為內閣首輔柄政，吏部尚書管人，是朝廷最重要的兩個官職，由一人擔任，則是真正的權傾天下了。
高拱兼任吏部尚書，做了幾件很有創見的事情。第一是如何選用邊疆地區的官員，他說：
邊方有司，實兼牧民禦虜之責，宜擇年力精壯、才具超卓者除補。不宜付雜流及遷謫者，其課最以三年為率。比內地加等升遷或不次擢用，不職者降三級別用或罷斥治罪。
他認為邊疆官員，無論是提拔還是懲罰，都要加重，以之保證疆土安全。另外，對於軍事幹部，他也有自己的用人標準：
兵者專門之學，非素習不可卒應。儲養本兵，當自兵部司屬始。宜慎選司屬，多得智謀才力曉暢軍旅者，久而任之，勿遷他曹。他日邊方兵備督撫之選，皆於是取之。
在高拱之前，各地的軍隊長官，督撫大於總兵。而督撫都是流官，即現在所說的“萬金油幹部”，今日當上巡撫，明日又安排去當督撫，對軍事並無專門研究。高拱覺得如此用人，弊病太大，建議專才專用。他的這些建議，穆宗一一批準。
明朝的官員使用，製度也極為嚴格。譬如說不能在本地做官。自朱元璋定下規矩後，二百餘年沒有人提出異議，執行起來也極為嚴格。但高拱也將這一規定作了調整，他上疏說：
國家用人，不得官於本土，此惟有民社之責者則然耳。若夫學、倉、驛等官，非有民社之責，其官甚卑，其家甚貧，一方遠授，或棄官而不能赴，或去任而不得歸，零丁萬狀，其情可憫。近例，教官得授本省地方，乞推廣之，凡倉、驛雜職，均循此例。
從以上三則來看，高拱是一位優秀的吏部尚書。他不斷研究問題，對於陳腐的用人製度敢於改革，敢於創新。
但高拱柄政期間最大的功績，並不是人事製度的改革，而是正確處理了與蒙古的關係。