段芝貴、李純等人奪回湖口後，乘勝直搗南昌。李烈鈞剛好收集敗軍，退守吳城。吳城距南昌省城隻有一百八十裏，李烈鈞到此地後，便派黨人赴省城勒逼民財，輸作軍餉。省中商民怨聲載道，都罵歐陽武勾結亂黨，擾亂南昌。此時，北京已傳達命令，撤銷歐陽武護軍使的職務，並令段芝貴、李純嚴行拿辦。歐陽武正準備出走，又接到李烈鈞的敗信，便立即收拾細軟，一溜煙地逃了。李烈鈞一直敗退至南昌，令城內居民立即遷移，打算堅壁清野，進行扼守。南昌商民驚慌失措，都說李軍入城抗拒官軍，全城勢必糜爛、玉石俱焚，因而召集商會頭目，決定出三十萬大洋給李軍，請他不要進城。李烈鈞同意，收了銀圓便移師萬家浦，駐紮候戰。李純率同水陸各軍踴躍前來，李烈鈞下令迎擊。無奈李列鈞全軍屢戰屢敗，士氣低迷，一經戰鬥，就像秋風隕籜、旭日淩霜。李烈鈞支持不住，索性向南竄逃，其部眾有的逃走，有的投降。李純收軍進城，揭榜安民，當下將肅清江西的捷報傳達北京和各省。
柏文蔚率同胡萬泰入據安慶，在城外遍布兵隊，嚴防倪軍。得知倪嗣衝已攻克壽州，直逼省城，胡萬泰忽起變心，竟脫離柏文蔚自張一幟。並揭示柏文蔚的罪行，函致議會、商會，想逐柏出城。於是，議會、商會公舉代表數人，勸柏退讓，柏已形神俱喪，隻好答應出城，前往蕪湖。胡萬泰立即取消獨立，並親赴九江拜訪段芝貴。段委托他收複大通、蕪湖等處。另派旅長鮑貴卿駐守安慶，隨後又電告倪嗣衝。當時政府已下令，特任倪嗣衝為安徽都督兼民政長，催他盡快上任。倪嗣衝電致胡萬泰，說馬上就到，已先派統領馬聯甲率部前往，一切軍事計劃可與馬商酌辦理。胡立即回省等馬，並派旅長顧琢塘帶三個營的兵力去圍剿大通、蕪湖等處。而後胡又命鮑貴卿率三營前去接應。顧先到大通擊逐亂兵，再轉攻蕪湖。此時，柏文蔚又從蕪湖轉赴南京，隻留龔振鵬一軍奮力抗敵。顧琢塘、鮑貴卿、馬聯甲先後帶兵趕到蕪湖，圍攻龔軍。龔振鵬自知不敵，率眾逃走。蕪湖取消獨立，安徽恢複平靜。福建都督孫道仁聽說江西、安徽相繼失敗，馬上轉風，立即取消獨立。並將所有罪名都歸到師長許崇智的頭上，將他驅逐，並解散了討袁同盟會。
福建、廣東是毗連省份，福建取消獨立，廣東自然受影響。第二師師長蘇慎初攆逐陳炯明，宣布取消獨立。全城燃炮鳴賀，商會推舉蘇為臨時都督，但軍警不服，隻好另舉第一師長張我權為都督。北京袁政府特任龍濟光為廣東省都督兼民政長。龍督軍東下，徑赴省城。途中突然接到袁總統命令：“蘇、張兩師長各爭權利，擅自督粵，現革軍官軍職，交龍濟光認真查辦，以儆效尤。”命令傳至省城，蘇、張二人早已聞風而逃。龍入城受任，軍民開城歡迎。廣東恢複平靜。
湖南軍界推舉蔣翊武為總司令，倡言北伐，調動澧州、常德一帶軍隊，進攻荊州下屬石首、公安二縣。黎元洪派荊州鎮守使丁槐出兵抵禦。湘軍連戰連敗，逃了回去。丁槐因為職守所在，不便追剿，所以湖南獨立如故。接著武昌城內的湖南旅館又隱設機關，暗圖起事，被偵探報告黎兼督，捕戮了幾十個人，多為湖南派來的秘黨。黎兼督認為湖南、湖北相連，湖南多事，終會影響湖北，於是寫信給湖南都督譚延闓，勸他撤銷獨立。譚的回複極為圓滑，說：“獨立並非本意，為軍界所脅，暫借此名，保護治安。鄂、湘唇齒相依，決不會自相殘殺，現已竭力防亂，請黎兼督放心。”直到江西起事失敗，北軍將移師南向，蔣翊武自知惹禍，便與死黨唐蟒慌忙潛逃了。長江巡閱使譚人鳳，聽到風聲也腳底抹油逃跑了。湖南又平靜下來。
長江上下遊，除熊克武占據重慶外，隻有江南一個地方尚由何海鳴占住，不肯罷手。何委任唐辰為省長，劉傑為警察廳長。唐、劉二人常對身邊的人說：“做一刻，算一刻，也不管什麽成敗了。”何海鳴也這麽想，反正北軍還沒有合圍，他也樂得統領孤軍做幾天總司令，逞些威風，也不枉經曆一生。更何況金陵虎踞龍盤，素稱險固，不管北軍如何威武，一時也奪不去，所以昂然自若，並不畏縮。馮國璋、張勳二將先派師長張文生、徐寶珍進攻，結果鏖戰數日，不但沒得手，反而被獅子山上的大炮擊斃了好幾百人。徐師長的得力幹將陣亡了好幾個，就連徐師長也受了輕傷。張勳得報後極為憤怒，親率全隊渡江，並調集上海各兵艦，赴南京會攻。當下，水陸夾擊，將南京的屏障紫金山占領，城中這時才恐慌起來。何海鳴隻能筆戰，不能兵戰，於是另推舉張堯卿為都督，統兵扼守。
張勳完全占據天保城後，又乘勝攻打雨花台，並親自開列條款，勸何海鳴速降。當時，柏文蔚正好到達南京，城中也算得了一員幹將。南京軍悄悄出城，抄到張軍背後，掩襲天保城，又將天保城奪了回來。此事惹惱了張辮帥，他再次催馮軍渡江助戰。這時，徐寶珍病已痊愈，也重臨戰地，不斷用巨炮、烈彈猛擊天保城，殺退南軍，再次奪回了天保城。此時馮軍也到了聚寶門外，準備攻打雨花台。張、徐兩軍也進逼太平、朝陽兩門。南軍更迭出戰，都被擊退。城外屍骸累累，由於來不及掩埋，又經烈日熏蒸，臭爛撲鼻。張堯卿觸目驚心，決定卸職，將都督印信讓給了柏文蔚。柏以兵單餉絀不肯擔任，經何海鳴從旁婉勸才勉強應允。但城中守兵傷一個少一個，城外的北軍卻一天比一天多，而且是晝夜圍攻。紫金山和天保城的炮彈紛紛向城內射擊，像急風暴雨一般，猛不可當。城內兵民一經觸著，無不傷亡。何海鳴還算精神抖擻，整日巡查，不敢怠慢。但是軍餉沒有著落，隻能每天向商會索要。可此時北兵壓境，商旅不通，還有什麽現錢供他索要？柏文蔚看到這種情形，知道已是朝不保夕，而且城外強敵如林，不禁憂懼交並，便下城對何海鳴說道：“北軍勢必合圍，炮火又猛，城中乏餉，兵不應命，這是必敗的情景，看來此城是守不住了。”何海鳴勃然道：“海鳴願誓守此城，城存與存，城亡與亡。”話還沒說完，旁邊站著的張堯卿插口道：“萬一此城陷落，張勳入城後還可與他巷戰，並有炸彈隊可以製敵，我想不至於一敗塗地。”柏文蔚默然不答，但搖首示意。第二天，柏文蔚便帶領隨從軍隊，潛出南門逃走了，隻留下一封信給何海鳴：“金陵困守終非久計，弟已出南門去了，君好自為之！”何海鳴見了此函，知他去意已堅，不再挽回，改推韓恢為都督，發誓死守。
馮國璋軍、雷震春軍一齊到來，四麵包圍。槍聲滿地，炮火遮天，滿城紳商都嚇得魂不附體，隻得選派代表勸何海鳴讓城。何便與第八師兵士向紳商索要十萬銀洋，其中八萬補助軍餉，兩萬作為路費。可憐紳商已計窮力竭，一時籌不出十萬銀洋，隻好以全城公民的名義致書何海鳴：“如果籌款是為解散軍隊，我們自會籌集錢財，陸續上交。但是你們既然需要補助軍餉，也應擇地出城備戰，不能閉城不出，使城內數十萬生命同歸於盡。人道何在？天理何存？”何主筆答複道：“打一天要餉一天，打一年要餉一年。要活同活，要死同死，寧為共和死，不為專製活。”這話一傳出，大家又氣又笑，頓時全城罷市，店門外麵多寫著“本店收歇，人死財絕”八字。士兵們還以為商戶想反抗，索性直接進去搶擄一空。紳商急得沒辦法，隻好同意籌贈十萬元，讓何海鳴退出南京。何海鳴擔保，隻要有了銀錢，無論退讓與否，決不騷擾居民。第二天，商會便將籌集的錢交給了他。
到了八月二十九日，北軍的火力越來越猛，張勳又開條件，招降何海嗚，何仍置之不理。張堯卿托詞募兵，混出城外，韓恢也避匿不見。何見大勢已去，催令商會繳齊款項以便出走。商會已繳過七萬，仍缺三萬，實在是想不到辦法，隻能再等幾天。於是，何海鳴將所有兵隊移紮城南，打算款項一到手就一揮出城，避開死路。等到九月一日，款項尚未繳齊，北軍已經攻進城裏了，南京城城牆被大炮炸開數丈。何海鳴見軍隊潰散便從南門逃脫，後來也航海出洋，與一幫亡人逋客，一起做海外華僑去了。
張勳、雷震春二軍一進城，就在城裏遍插紅旗。他們無暇追敵，而是借著搜剿的名義，挨門逐戶隨便闖入。隻要有箱、籠等物便用刀劈開，不管銀餅、紙幣還是黃白釵鈿，都隨手取來塞入懷中，就連裘衣緞服也要挑取幾件拿走。如果有人阻攔，不是一刀，就是一槍。最可恨的是，瞧著年輕婦女，他們便隨意猥褻、汙辱。南京人原以為北軍入城可以少點災難，不料火上添油，比此前何軍在的時候還要**凶，尤其是藍衣辮發的悍卒更是無惡不作，大家隻好逃入洋人教堂請求保護。洋人頗加憐惜，答應收留。當時，青年閨秀、半老徐娘也不怕拋頭露麵了，相繼跑入教堂。無奈教堂狹小人多，容不下這麽多婦女，先到的還可以促膝並坐，後到的隻有挨肩立著。那辮發兵追到教堂外麵，隻能遙望竊視，終究不敢強行闖入。北軍要殺就殺，要奪就奪，要搶就搶，要奸就奸。第一天已是**掠不堪，第二天更為厲害，到第三天簡直是明目張膽，盡情搶砸民商的箱櫃，連幼女老媼也要受他們的糟蹋。想當初揚州十日，嘉定三屠，也不過這般血幕！
張勳、雷震春二軍在南京城內**掠三日後，才有軍令到來，嚴禁擾民，違令者斬。第四日，張大帥入城，士兵一個個都遵規守令，不敢再胡作非為。當時，南京人民都懷疑士兵劫**三日的行為是受張勳暗示。其實張勳在城外，並非沒有下軍令，不過所有部眾都陽奉陰違。直到搶劫兩天後，外國醫院內一個叫馬林的醫生，實在看不下去，跑到城外報告張勳，勸他尊重人道，嚴申軍誡。張勳當時還說部屬不至於那樣，隻派兵官入城彈壓，再頒禁令。這時，全城居戶已經十室九空，所有婦女人等，或死或逃，掠無可掠，**無可**，自然應令即止了。馮國璋也率軍進城，當即會同張勳、劉冠雄、雷震春聯銜告捷，電致北京政府。當天晚上，就接到袁總統的複電，免不了對所有將領加官晉爵，同時下令嚴捕亂黨首領。接著，袁總統又發來兩封電報，一是免去程德全江蘇都督一職，一是任命張勳為江蘇都督。張勳喜如所願，當然快慰。隻是南京百姓受了張軍的荼毒無從控訴，隻能自認倒黴。然而，就在這場掠城的暴行中，卻有三名日本商人也被殺害，日商也被搶掠。日本政府豈肯善罷甘休，立即向中國政府提出嚴重交涉，一要政府謝罪，二要嚴辦凶犯及當地官員，三要重金撫恤及悉數賠償。袁總統忙令李盛鐸南下調查，酌量賞恤；並命張勳速查凶手，從嚴治罪，同時麵向日使道歉。
此事一出，張勳也覺得不安。而且馮軍入城，秋毫未犯，南京人多慕馮怨張。於是，張大帥也易威為愛，特派宣慰員十多人挨家挨戶去道歉，並下令凡有收藏人民衣物的，限三日內繳至商會，逾限不繳，查出以軍法處治。第二天，就有衣物被拋棄在路邊。商會命失主認領，哪知所有物件都是些敝衣粗服、舊銅爛鐵，不值多少錢。小戶人家出去檢認，還能找到幾件；富家大戶仍然一物沒有，隻能空手而歸。
馮國璋、劉冠雄二人奉命回任，雷震春代任巡閱使。江蘇民政長改任韓國鈞，並督辦皖北、江北剿匪事宜。東南一帶暫時平靜。
四川陸軍第三師師長熊克武響應東南，占據重慶，宣告獨立。熊本打算順流而下，聯絡湘軍，進窺湖北。不料，湘軍已取消獨立，湖北邊防又很堅固，幾乎無隙可乘。於是，熊克武派弟弟熊克剛帶領黨徒，攜款到湖北，動員宜昌、施南軍隊。熊克剛行經巴東縣時被駐防的第十團二營軍隊抓獲，營長殷炯立即上報。黎元洪下令，把這些亂黨就地正法。袁總統聽說熊克武叛變，忙命黎調軍西征，並會合雲南、貴州、湖南三省助剿重慶，四川省都督胡景伊也遣兵出擊。小小一個熊克武，怎能敵得住五省人馬？熊克武隻好電告川省，自請求和。四川都督勒令交出亂首，才代為調停，熊克武不從。川軍於是進逼重慶，貴州省都督唐繼堯也派了混成協一隊援川。熊克武孤危得很，忙派人四處活動，仍沒什麽效果，隻有川邊經略使尹昌衡的部下，軍法局長張煦被熊勾結，準備起事。尹昌衡正出師駐邊，留張煦駐丹巴縣，照顧餉械。張煦趁機鼓動眾人響應熊克武，還自稱川邊大都督北伐司令，將所轄的兩個營和渝中三千餘黨羽編成混成旅，從丹巴日夜兼程返回瀘城，攻入觀察使顏鐔署中。尹昌衡的父母以及一妹一妾也在瀘城，均被張煦軟禁起來。張煦致書尹昌衡，迫令他反抗中央，聲稱如有不從，便屠戮他全家。
尹昌衡得知警情後，立即率領數騎奔回瀘城，行至瀘定橋時被張煦兵截住。尹一看，原來該兵管帶是周明鏡，便大呼道：“周管帶，你為何反抗中央？”周明鏡見是尹昌衡，也不敢抗拒，挺身上前，行過軍禮才答道：“都督前來，莫非還不知道獨立的事？”尹道：“我正為獨立而來，須知螳臂當車，不屈必折。試想東南數省，彼也討袁，此也北伐，眼下聽說都已失敗，難道我川省一隅，能獨立起來嗎？昌衡是本省人，做本省官，不忍我故鄉父老、舊部弟兄同歸於盡。所以孤身來此，與諸君講明利害，聽我今日，否亦今日，請你等自酌！”周明鏡慢慢答道：“都督囑咐，不敢不聽，請都督入營少憩。”尹便馳入軍營，又對眾士兵道：“弟兄們來此當兵，在家的父母妻兒，今朝盼望你做隊長，明朝盼望你做團長，此後還盼望你連步升官，光耀門楣。豈可為了一時意氣，自投死路不顧家室？今日的事情與前日亦大不相同，前日是滿人為帝，始終專製，不得已起革命軍；今日是共和時代，總統是要公舉，做了總統也是有年限的，任滿便要卸職。何況現在的袁總統還是臨時當選，不是正式就任，就是他違法行事也不過幾月而止，大家何苦發難，弄得身家兩敗。而且五省人馬相逼而來，眼見得寡不敵眾，徒死無益，空落得父母悲號，妻子痛泣！”說到這裏，幾乎哽咽不能成聲，淚也隨之而下。眾兵士聽了此話，不由得被他感染，全都垂頭暗泣。尹昌衡又朗聲道：“我言已盡於此，請弟兄們自行酌奪，信我尹昌衡的就站在左邊，信他張煦的就站在右邊。”大家都走向了左側。尹昌衡立即發令東進，並將所說大意錄述成文，到處張貼。
行了大概五裏地，又遇到趙城、王明德率兵前來。尹昌衡命周明鏡出馬曉諭，力陳利害。趙城、王明德不肯服從，命部眾開槍，哪知部眾已經離心，多是麵麵相覷，不肯舉槍。等趙、王再下令時，部眾竟馳過了橋，投入尹軍軍中。尹原打算督領過橋，不料驟雨傾盆，天色昏黑。忽然傳來一聲怪響，好像天崩地塌一般，尹急忙命前隊探視，原來是橋梁木板被敵人拆斷了。尹昌衡立即命兵眾修搭橋梁，渡橋追敵。
到了第二天早晨，趙城和王明德被擒獲。尹昌衡與二人本是熟識，也不細問，就將他們斬首，梟示軍前。等尹軍趕到瀘城時，川邊大都督北伐司令張煦已逃之夭夭，不知去向了。幸虧尹父母家屬不曾被害，總算骨肉團圓，合家慶幸。尹昌衡懸賞萬金緝拿張煦，又電達北京，詳陳瀘城肇亂及戡定情形。
熊克武失去了臂助，愈加惶急。貴州省都督派遣的黃毓成有意爭功，步步進逼，曆拔綦江、熊家坪諸要隘，進搗重慶。川軍也自西向東，日夜兼程。黃毓成聽說川軍馬上就要到了，晝夜攻撲。熊克武料到孤城難保，竟夜開城門，獨自逃生。貴州軍一擁入城，除揭示安民外，立即電京報捷。袁總統自然心慰，免不了照例下令，授黃毓成勳五位。
後來，袁總統又命黃毓成為四川重慶鎮守使，川境也一律肅清。不到兩個月，革命軍完全失敗，所有革命人士都被袁政府斥為亂黨，並下令通緝。此外，河南新蔡縣、浙江省的寧波和廣西的柳州剛起來獨立，就被政府軍鎮壓了下去。