日本政府因中國不肯承認全案，竟使出最後的手段，脅迫袁政府。自從陸總長提交最後答複後，日本下動員令，宣布關東戒嚴。駐紮山東、奉天的日兵預備開戰，渤海口外的日艦也準備就緒，各埠日商紛紛回國，似乎中日兩國馬上就要決裂了。各國公使也都跑到外交部探聽消息，勸政府和平解決，千萬不要開戰。袁總統雖然為難，但表麵上仍持一種鎮靜的態度。五月六日，日使派人到外交部發出警告，稱若不能完全承認日本修正案，就將下最後通牒。袁政府沒有馬上回複。當天晚上，曹汝霖次長以個人名義訪會日使，商議交涉，又承認了好幾款。日置益仍然不同意。到了第二天下午，日置益帶同館員到外交部迎賓館，晤見陸征祥、曹汝霖二人，親遞最後通牒。牒文寫著：
此次帝國政府與中國政府之所以開始交涉，一則欲商討日德戰爭之善後辦法，一則欲解決有害中日兩國親交原因的各種問題，鞏固中日兩國友好關係的基礎，以確保東亞永遠和平。於是在本年一月向中國政府交出提案，開誠布公，與中國政府會議至今天，已有二十五回之多。其間帝國政府始終以妥協之精神，解釋日本提案之要旨，對於中國政府的主張也不論巨細，傾聽無遺，力圖解決此提案於圓滿和平之間。其交涉全部之討論於第二十四次會議，即上月十七日，已大致告竣。帝國政府統觀交涉之全部，參酌中國政府議論之點，對於最初提出的原案進行了很大的讓步和修正，於同月二十六日提出修正案交於中國政府，求其同意。同時聲明中國政府如同意該案，帝國政府立即將以很大犧牲得來的膠州灣一帶，於適當機會附以公正至當的條件，交還中國政府。五月一日，中國政府對於帝國政府修正案的答複，著實與帝國政府的預期全然相反。中國政府對於該案，不但沒有任何誠意進行研究，而且將帝國政府交還膠州灣的苦衷與好意，不屑一顧。膠州灣為東亞商業、軍事上的要地，日本帝國為了取得該地，所費的心血與財力非常巨大。既然膠州灣為日本帝國取得之後，毫無交還中國的義務。但為了將來兩國國交親善起見，竟打算交還給中國。而中國政府不加考察，且不諒帝國政府之苦心，實屬遺憾。……茲再重新勸告，對此勸告，期望中國政府至五月九日午後六時為止，給以滿意的答複。如果到期沒有收到滿意答複，帝國政府將執行認為必要的手段。合並聲明。
二人看完後，不由得一怔。還是曹汝霖口齒較利，對日置益說道：“五號中有五項可以日後協商，究竟是哪五項？”日置益道：“就是聘用顧問、學校與病院租用地、中國南方諸鐵路、兵器及兵器廠以及日本人布教權。這五項允許日後協商。”陸征祥道：“敝國與貴國素來和平共處，難道就沒有協商的餘地嗎？”日置益道：“通牒中已經說明，敝政府不能再讓。即使本駐使有意修正，也是愛莫能助。”話一說完，立即出門要走。曹汝霖邊送邊說道：“貴駐使是全國代表，凡事還求通融一點兒。”日置益稍稍點頭。到了第二天，又到外交部，遞交了一份有關二十一條件中七項條件的解釋。
袁總統立即召集要人，連夜開會，但仍不能決定。第二天上午，繼續開會，還是不能決定。到下午兩點，又召集國務卿、左右丞、各部總長及參政院院長黎元洪，參政熊希齡、趙爾巽、梁士詒、楊度、李盛鐸等人開特別會議。由陸總長先行報告，然後袁總統出席開議。大家計無所出，唯獨陸海軍總長與參政中的激進人物，仍主張拒絕，寧可決裂。袁總統沉著臉，淡淡地答道：“山東、奉天一帶已遍駐日兵，如果交涉決裂，他**，我將如何對待？實力未充，空談有何用？與其戰敗求和，不如目前忍痛，甲午往事，還不值得我們借鑒嗎？”徐世昌又接著說道：“越能忍恥，才得沼吳。現在隻可和平了事，借此交涉，返求自強。”大家聽了此話，不敢主戰，隨即多數讚成，決定承認。袁總統當即命令準備答複，又經再三討論，才擬定複文，派外交部員送交日使查閱。日置益仍然要求在第五項下，添入“日後協商”四字，並稱此四字絕對不能省。中方外交人員隻好將複文帶回，再次改正。
五月九日，陸征祥總長和曹汝霖次長親自赴日本使館，當麵送交。第二天，日置益赴外交部答謝。十五日，日置益又到外交部迎賓館開條約會議，無非是照日本修正案，加入七條件解釋及各項來往照會，共同訂定，作為中日合約。到了二十日，雙方文書都已辦齊，商定二十五日在外交部迎賓館簽訂合約。合約中署名，一方是大日本國大皇帝特命全權公使從四位勳二等日置益，一方是大中華民國中卿一等嘉禾勳章外交總長陸征祥。共計正文三份，換文十三件。袁總統擔心喪失權利，導致眾憤，除密電各省將軍、巡按使維持秩序，靜圖自強外，又下令約束軍民。
此外，又有一大堆引咎辭職的通電。陸通電說：“征祥身任外交總長，沒能為國民造福，一片愛國愚忠，未能表白於天下，特懇請大總統立予罷斥，另選賢能，以補前愆。”參政院長黎元洪也發一長電，除引咎自責外，願辭去參謀總長一職。還有陸軍總長段祺瑞說：“我始終主戰，無奈各部長及參政院諸公多半主和，口眾我寡，致蒙此恥，我已呈請辭職避賢，免至積垢”。類似於這樣的書函，不勝枚舉，總之，這是民國以來的第一個國恥。
國家經此一蹶，還以為袁總統能懲前毖後，會開誠布公，一心一意地整頓國家，發憤圖強。誰知總統府中更加沉迷，京內外的文武官吏依舊攀龍附鳳，頌德歌功，之前要求變政的人都做了反舌鳥，呈請辭職的達官又都做了寄生蟲。轉眼間到了八月，北京竟冒出一個籌安會來。
籌安會發起時共有六人，即楊度、孫毓筠、嚴複、劉師培、李燮和和胡瑛。楊度是前清保皇黨，與康有為、梁啟超是好友，革命以後加入民主黨，之後又得到老袁的信任，成為參政院的參政。孫毓筠是革命誌士，辛亥一役曾在安徽大出風頭，癸醜後組織政友會，與國民黨脫離關係，也成為參政院的參政。嚴複精通英文，兼長漢文，從前翻譯外文書，很有名望，因他是福建侯官縣人，大家都叫他為嚴侯官。此次，袁總統創設參政院，網羅人才，也把他網羅了進去。劉師培博通說文經學，上海《國粹叢報》上經常刊登他的著作，確實有些根底，所以袁總統也特地招他來參政。李燮和是陸軍中將，革命時也曾參與攻打南京。胡瑛曾跟宋教仁廝混幾年，不知為何變誌，也投入袁氏幕中。這六人整日聚集一堂，不是談風月，就是論時事。正巧，總統府中有位外國顧問官，是美國有名的博士，叫作古德諾。他發表了一篇文章，大致意思是說民主政體不及君主政體。楊度見了此文，有了依據，便隨聲附和，立即與孫毓筠、嚴複等五人秘密商量，打算乘此出點風頭，做番驚天動地的事業。孫毓筠、嚴複等人都舉手讚成。當即靠著十年寒窗苦讀的功夫，互湊幾句強詞奪理的文字，不到半天，就將宣言書和入會章程全部擬定完畢，並推舉楊度為理事長，孫毓筠為副理事長，嚴複、劉師培、李燮和、胡瑛四人為理事。同時，在北京石駙馬大街設立事務所，並懸起一塊招牌，上刻“籌安會”三大字。京內人民莫名其妙，看那籌安會招牌，還以為國中果然出了偉人，能把這風雨飄搖的民國籌劃得安安穩穩。後來，看到宣言書才知道，原來這籌安會的宗旨是想改革國體，把袁大總統弄上台去，做一個革命大皇帝。於是一傳十，十傳百，都說這籌安會是產皇帝的私窠子，將來是凶是吉，還很難分曉。就在疑義未定的時候，京中已是警吏如林，不準百姓街談巷議，隻要被聽見，便扭送警局拘留，多則幾十天，少也要三五天。小百姓糊口要緊，自然不敢多言，免生禍端。而那些癡心妄想的人物紛紛入會，都想做點投機事業，希望借此財運亨通。京內的報紙，什麽《民視報》《亞細亞報》，都為籌安會鼓吹。隔了幾天，《順天時報》忽然載出一篇賀振雄上遞肅政廳的呈文，大意說籌安會倡導邪說，紊亂國憲，懇請肅政廳長代呈大總統，嚴拿發起籌安會的楊度、孫毓筠等六賊。第二天，又有一篇李誨上遞檢察廳的呈文，與賀振雄的意思大致一樣，也刊登在《順天時報》上。
賀振雄和李誨兩人都籍隸湖南。賀振雄曾加入革命，頗有名氣，但一直沒有遇到伯樂，未得一官，因此鬱憤得很，特借這籌安會暢罵一番，發發牢騷。李誨是李燮和的族弟，與李燮和誌趣不合，所以也上書彈劾，有幾分大義滅親的味道。兩人先後進呈，眼巴巴地望著消息，並一式數份，分送各報館。哪知《民視報》《亞細亞報》非但不登載原文，反各列一條時評，冷嘲熱諷，譏諷他們不識時務，迂謬可笑。隻有《順天時報》照文登錄，一字不落。過了一天，籌安會門前竟站著許多警兵，荷槍實彈，出入一律盤查。賀振雄無權無力，隻好悶坐家中長籲短歎。但李誨曾任湖南省議員，並因他族兄位居顯要，平時與京中大佬來往頻繁，於是又寫了一封類似的呈文上書內務部。但過了好幾天仍然沒有音訊，仿佛石沉大海。