紹興十一年（1141年），金國在無力攻滅南宋的情況下，準備重新與宋議和。宋廷乘機開始打壓手握重兵的將領，尤其是堅決主張抗金的嶽飛、韓世忠二人。完顏兀術在給秦檜的書信中說“必殺嶽飛，而後和可成”。
四月，張俊、韓世忠、嶽飛三大將被調離軍隊，到臨安樞密院供職。
五月，張俊在和嶽飛巡視楚州韓世忠的軍隊時，暗中挑唆嶽飛，欲一同分解此軍，卻遭嶽飛嚴辭回絕。秦檜又欲陷害韓世忠，嶽飛再次保全了韓。嶽飛回朝後，即遭秦檜黨羽萬俟卨、羅汝楫的彈劾，誣蔑飛援淮西“逗留不進”、主張“棄守楚州”，要求免除嶽飛樞密副使之職。八月九日，嶽飛被罷樞密副使，充“萬壽觀使”的閑職，嶽飛自請回到江州廬山舊居賦閑。
嶽飛此時已無兵無權，但對他的迫害卻仍在步步緊逼。在秦檜授意下，張俊利用嶽家軍內部矛盾，威逼利誘都統製王貴、副統製王俊先出麵首告張憲“謀反”，繼而牽連嶽飛。
張俊私設公堂，對張憲嚴刑逼供，毫無結果之下，竟捏造張憲口供“為收嶽飛處文字謀反”。嶽飛在江州居留，為時甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”臨安府。十月十三日，嶽飛被投入大理寺（原址在今杭州小車橋附近）獄中，此前其長子嶽雲也已下獄。
嶽飛義正詞嚴地麵對審訊，並**出背上舊刺“盡忠報國”四大字，主審官何鑄見此，亦為之動容。何鑄查得嶽案冤情，如實稟告秦檜。秦檜卻說：“此上（高宗）意也！”另派萬俟卨接審此案，萬由於並無可以定案判刑的證據，“不知所問”，隻好“嘩言”訛詐嶽飛有“異謀”，有致張憲的“書信”，但又快一月，仍然“無可證者”。在這種情況下，有人出主意可另加兩條罪狀：一條是說嶽飛當年奉命增援淮西，可是“逗留不進”。盡管不符真實，但胡說一通是可以騙人的。第二條是說嶽飛“指斥乘輿”，曾私下對部將們說：“我三十二歲時建節，自古少有。”就是自比太祖三十歲做節度使，還說：“國家了不得也，官家又不修德。”就是辱罵皇帝。因為皆屬口說，可以無憑，隨便找個人證明一下就行了。萬俟卨大喜，命大理評事元龜年將這些並不確實可靠的材料“雜定之，以傅會其獄”，上報大理寺。
十二月十八日，大理寺接到審判的材料，開始研究如何量刑斷案，由於證據不足，意見存在分歧。大理少卿薛仁輔認為嶽飛無罪，寺丞李若樸和何彥猷認為最多判徒刑兩年。他們反映給大理卿周三畏。周再報告給萬俟卨，禼默不作聲。周說：“判刑應當依法，我豈能吝惜這頂大理卿帽子呢？”可是，萬俟卨根本不聽這些反對的意見，仍然以“嶽飛私罪斬，張憲私罪絞，嶽雲私罪徒”定案，上報高宗，請“聖旨裁斷”。
當時朝廷內外對嶽飛一案十分震驚，許多具有正義感的官員，紛紛出麵進行營救。宗室首領齊安郡王趙士褭上書說：“中原未靖，禍及忠義，是忘二聖不欲複中原也。臣以百口保飛無他。”南劍州（今福建南平）布衣範澄之上書說：“胡虜未滅，飛之力尚能戡定，豈可令將帥相屠，自為逆賊報仇哉！”還有進士智浹、布衣劉允升也上書為嶽飛鳴冤。這時已罷官閑居的韓世忠，本已杜門謝客，絕口不談政事，但實在無法平息憤懣的心情，還是去質問秦檜，有什麽根據說嶽飛謀反？秦檜回答說：“飛子雲與張憲書雖不明，其事體莫須有？”他蠻不講理地認為，盡管嶽雲給張憲的書信找不到了，難道這個事就沒有嗎？我看是或許有的，可能有的。韓世忠見他硬把無理說成有理，隻好怫然說道：“相公，莫須有三字，何以服天下乎？”
高宗和秦檜既然決心與金人講和，就必須滿足金人的條件殺掉嶽飛。這既除掉了妨礙自己的絆腳石，又殺雞給猴看，警告擁有軍權的武將們必須順從，使自己的統治基礎得到加強和鞏固，又何樂而不為呢！於是不顧眾人的反對，一意孤行，在這年的除夕，下達了“嶽飛特賜死，張憲、嶽雲並依軍法施行”的聖旨。
當天，大理寺的執法官遵旨來到獄中，逼嶽飛在供狀上畫押。嶽飛知道最後的時刻到了，他想到自己一生盡忠報國，光明磊落，問心無愧；現在無辜被害，老天有眼，終有昭雪的一天。便鎮定自若地提起筆來，在供狀上寫下了八個大字：“天日昭昭！天日昭昭！”
嶽飛的死訊傳出，百姓們都為之哭泣；消息傳到金國，金國大臣們為此酌酒慶賀，並說：“和議自此堅矣！”
嶽飛被害後，獄卒隗順冒險將嶽飛遺體背出杭州城，埋在錢塘門外九曲叢祠旁。隗順臨終前，始將此事告知其子。紹興三十二年（1162年）宋孝宗即位，嶽飛冤獄終於平反。隗順之子告以前情，乃將嶽飛依禮改葬在西湖棲霞嶺。1178年，宋廷為嶽飛追贈諡號“武穆”，宋寧宗時追封為鄂王，理宗時改諡忠武。