他給他的學生楊仕德寫信說：“破山中賊易，破心中賊難。我來鏟除鼠竊毛賊，沒什麽了不起的；你們掃**心腹之寇，以收廓清平定之功，這才是大丈夫不世之偉業。”
他這兩句話本來是他慣用的“仿辭”表達式，後來——在新中國卻名聲大噪，成了他反動透頂的鐵證。其實他的本意隻是：讓我來平定民間暴動，是殺雞用宰牛刀；真正難辦的是掃**心中的邪惡。心中的邪惡之所以難除，是因為人們不以為那是賊。國事如此不振，人心如此不古，就是因為心中賊在作祟。他這話主要是針對那些把持朝政的奸惡之徒，自然也包括人人心中不可告人的毛病。
相比之下，還真是屬“山中賊”易破，“心中賊”隻要你願意也可以破，最難破的是“製度賊”，製度中的賊不是你想破就能破了的。因為山中賊是民，製度中的賊是官。官比民難纏多了。他參劾一批失事官員，也獎勵了一批官員。中間齟齬頗多、糾葛難纏。國家本來隻是社會的工具、吏治也隻是管理社會的手段，但是運作起來，國家和政治都成了目的，官成了“本體”。
尤可惱的是，害群之馬——太監見打仗就以為來了發財的機會，浙江鎮守太監畢真走內線，讓皇帝旁邊的太監說服皇帝派他去當剿匪部隊的監軍。又是王瓊保護了陽明，王瓊說：“兵法最忌遙製，若是南、贛用兵而必待謀於省城的鎮守，斷乎不可！”王瓊知道陽明的成功也是兵部尚書的功勞，瓊也是個別有奇情的幹才，才能英雄相惜，他憤慨地說：“國家有此等人，不予以權柄，還將有誰可用？”
王陽明想辦法疏通鹽法，以保證軍餉。最難的是，須得到上邊的支持。他兩次疏請旗牌，最後還是靠特拔他的王瓊力排阻力，才暫時給了。並把巡撫改為提督，使他有了可以現場發揮的自主權。
現在有了“勢”，就可以作法使術了。他先改造部隊編製，以提高快速反應能力。他當年下過正經功夫，那時的紙上談兵現在都可以“精神變物質”了。他說：“習戰之方，莫要於行伍；治眾之法，莫先於分數。”他的“治眾之法”就是強化等級之間的權力和責任，即所謂“分數”。他的新編製如下：二十五人為伍，伍有小甲；二伍為隊，隊有總甲；四隊為哨，二哨為營；三營為陣，二陣為軍，軍有副將。副將以下，層層管製。這樣做其實並無什麽新意，盡管《明史》陽明本傳中赫然錄入，並說是“更兵製”之舉。其實，隻是將《周禮》兵製每個單位的數目做了調整。陽明這樣改是為了剿匪時分進合擊的便利。他說這樣做可以上下相維，大小相承，如身之使臂，臂之使指，自然舉動齊一。這幾句話李綱也說過。就像他的十家牌法是古代裏甲製度的翻版一樣。
編伍完畢，發放兵符。每五個人給一牌，上寫本伍二十五人的姓名，使之聯絡習熟，謂之伍符。每隊各置兩牌，編立字號，一付總甲，一留陽明的總部，叫隊符。相遞有哨符、營符。凡有行動，發符征調，比號而行，以防奸弊。平時訓練，戰時進退都集體行動——有效地改變了明朝地方部隊一盤散沙、死了跑了都沒人管的疲軟局麵。現在他可以治眾如治寡，綱舉目張了。