王祠後殿祀翁太妃，其左祀寧靖王及五妃、右祀監國世子與陳夫人。文肅各撰一聯：太妃祠雲：『劍影出寒空，烈母合隆當代祀。山光騰絕島，奇兒似為有明生』。寧靖王祠雲：『鳳陽一葉盡；瀛台寸草春』。監國祠雲：『夫死婦必死；君亡明乃亡』。祠之兩廡，合祀明季文武諸臣，其姓名載於「台灣通史」。時侯官陳謨為府學教授，曾與建祠之役；亦撰兩聯：東廡雲：『逋播老蠻天，是洛邑頑民、遼東處士；文章傳幕府，聽西台痛哭、蒿裏悲歌』！西廡雲：『返日共揮戈，滄海樓船拚轉戰。餘生皆裹革，秋風甲馬倘來歸』！