俄人到了勒拿流域以後，不久就感覺糧食缺乏的大困難。他們從土人聽說精奇裏河流域產糧甚多，這種傳說未免過度，好像一到外興安的山陽就是一片樂地。俄政府於一六三二年在勒拿河的中流設立雅庫茨克城（Yakutsk），派有總管，俄人所謂voevod。一六四三年（崇禎末年），總管官彼得·戈洛文（Peter Golovin）派探險隊到精奇裏河流域去調查真相。隊長是波雅爾科夫（Vasili Poyarkof），隊員有哥薩克一百一十二名、獵夫十五名、書記二人、引導一人。軍器帶有大炮一尊，槍每人一杆。他們於是年七月中從雅庫茨克動身，逆流而上，由勒拿河入阿爾丹河。十一月，未抵河源而河已結冰，不通舟楫。波雅爾科夫在河邊築了過冬的土房，留了四十三個隊員及輜重，自己遂率領其餘隊員跋山而南。行了兩星期的旱路之後，他們找著精奇裏的支河布連塔河（Brinda）。上流仍是一片荒土，到了中流，才發現少數鄂倫春住戶。波氏派了七十人到村裏去搜糧食。村民起初尚以禮相待，俄人求入村，未蒙允許，就動武了。村民竭力抵抗，到了天黑，俄人空手而歸。在饑寒交迫的時候，哥薩克不惜執殺土人或互相殘殺以充饑。一六四四年春，留在山北的隊員趕上了，於是合隊而行，由精奇裏入黑龍江。沿途的土人皆罵他們為食人的野蠻人，有些逃了，有些就地防堵。秋季，波氏到了黑龍江口，就在此過冬，強迫奇勒爾供給糧食。
俄人入黑龍江的那一年正是滿人入關的那一年。受其擾害的鄂倫春、達斡爾、赫哲、飛牙喀及奇勒爾是否曾向其宗主求援，如果求了，滿人如何處置，這些問題，因為史料的缺乏，無從答複。在入關之初，就是東北邊境有警報來，清廷亦無暇顧及。波雅爾科夫此次的成績並不好，除了沒有發現新樂園以外，他留給土人永不能忘的壞印象。雖然，經過這次的失敗，雅庫茨克的總管知道了傳聞的虛實，而波雅爾科夫仍不失為第一個西洋人入黑龍江者。他在江口過冬以後，由海道北返。幾年之內，雅庫茨克的總管不再費事於南下的企圖。
一六四九年（順治六年），雅庫茨克的一個投機的富商哈巴羅夫（Yarka Pavlov Khabarof）呈請總管許他用自己的資本組織遠征隊到黑龍江去。是時俄人已從土人探知由奧廖克馬河的路比由阿爾丹河的路容易。總管弗蘭茨別科夫（Franzbekof）對此事雖不甚熱心，但哈巴羅夫的提議既無須政府出資，萬一成功，政府反可借私人的力量收征黑龍江流域土人的皮貢，就允許了哈氏的呈請。其實政府的批準不過是一種形式，在呈請之先，哈氏已組織好了遠征隊，大有必行之勢。四月初，他率領隊員前進，溯奧廖克馬河直到河源，於是跋山而轉入黑龍江的支河烏爾喀河（Urka）。此河近格爾必齊，唯稍東。哈巴羅夫到黑龍江的時候，兩岸的村民已聞風遠逃。哈氏對所遇的少數土人雖竭力巧言誘引，但土人總以哥薩克是食人的一語答之，哈氏除在土坑裏發現匿埋的糧食外，其餘一無所獲。盡管如此，在其給總管的報告書中，哈氏仍誇大黑龍江流域的富庶及積糧之多。他深信有六千兵足以征服全區域，征服之後，雅庫茨克的糧食問題可得解決，而皮貢的收入可大大增加。
哈氏初次的遠征雖無直接的成績可言，他確親自到了黑龍江，知道了當地的實際情形。他決計組織第二遠征隊，並改良行軍的方法。一六五〇年的夏季他就出發，所走的路線大致與第一次相同。這次他行軍極圖迅速，以免土人的遷徙。在雅克薩附近，他襲擊了一個村莊，土人與之相持一下午，終究弓箭不敵槍炮，雅克薩遂為所占。土人乘夜攜帶家眷牲口逃避，哈氏即夜派一百三十五人去追截。次晨就趕上了，一戰之後，哥薩克奪了一百一十七隻牲口，高興地返歸雅克薩。哈氏在雅克薩建築了防守的土壘，留下了少數的駐防隊，自己遂率領其餘隊員及槍炮，乘用冰車，駛往下流。十天之後，於十一月二十四日，他遇著使馬鄂倫春。此處也是弓箭不敵槍炮，一時土人唯有屈服，遵命貢送貂皮。哈氏的投機總算得了相當的收獲，於是回雅克薩過冬。
次年六月二日，哈氏帶著三百餘名哥薩克，配齊槍炮，出發往下流去。此次要求迅速，以圖攻人之不備。正隊以前，他預備了八隻小船以充先鋒，連行四日不見人煙，沿岸的村落皆遷徙一空。第四日晚間，在黑龍江折南的角段，發現尚未遷徙的桂古達爾村（Guigudar）。此處居民約有一千，並有五十名八旗馬隊適在該處收征貢物。我國的記載全不提及，故其虛實難明。哈氏乘夜進攻。據俄人的記載，交火之初，滿人就逃了。次晨村落失守，土人欲逃不能，死於炮火之下者約六百六十人，女人被擄者二百四十三，小孩一百一十八，馬二百三十七，其他牲口一百一十三。俄人死四名，傷四十名。哈氏的得意可想而知，可惜我方關於此事全無記錄以資對證。
哈巴羅夫在桂古達爾村約留了六星期。他派出的調查隊均說直到精奇裏河口，土人早已遷徙，唯聞在河口尚有未遷徙的村落。哈氏乘坐小船趕到現在璦琿城左右，土人事先全無所知：既不能逃，又不能戰，大部分都成俘虜。哈氏命土人的長老召集會議，到會者三百多人，均說剛向中國皇帝進了貢，餘存無幾，一時隻能奉送貂皮六十張，以後當陸續補送。哈氏令土人以貂皮贖俘虜。他的投資又得著紅利了。土人竭力應酬他，好像他們已甘心投順哥薩克。但九月三日全村忽遷徙一空，僅留下兩個當質者及兩個老女人。此舉給哈氏一個很大的打擊。他原擬在此過冬，不料周圍忽然變為全無人煙之地。他們把四個未逃的土人付之火中，遂開拔向下流去了。
九月二十九日，哈氏行抵烏蘇裏江與黑龍江合流之處。此地現有哈巴羅夫斯克城，即紀念哈氏之功績者，我方命名伯力。哈氏在此建築土壘，準備過冬。赫哲人表示和好，因之哈氏不為設防，時常派遣隊員外出捕魚。十月八日，赫哲人忽乘虛進攻。相持之際，適外出的隊員歸來，加之軍器相差太遠，赫哲人大受挫敗。從此哥薩克做了當地的主人翁。
按俄國的記載，黑龍江的土人受了兩年的擾害之後，均向朝廷求保護。我方的記載亦提及此事，但不詳細。《平定羅刹方略》說：“駐防寧古塔章京海色率所部擊之，戰於烏紮拉村，稍失利。”俄國方麵的記錄說，海色帶有二千零二十騎兵，至於戰爭的經過則各說不一。海色與哈巴羅夫的戰爭是中俄初次的交鋒。我國史乘從順治九年（1652）起始有“羅刹”之亂之記載。按“羅刹”這名詞，是索倫、鄂倫春、達斡爾諸部落給俄人的稱呼。這一戰，俄國方麵的人數至多不過四百人；我方加入戰爭者必較多，但是否有二千餘名，頗難斷定。順治十四年（1657），寧古塔設昂邦章京一員、副都統一員。康熙元年（1662），昂邦章京改為鎮守寧古塔將軍。康熙十年（1671），寧古塔副都統移駐吉林。康熙十五年（1676），寧古塔將軍移駐吉林，而於寧古塔設副都統。從這年起，吉林將軍領兵二千五百一十一名，寧古塔副都統領兵一千三百二十名，從此看出我國東北邊境駐軍，首重寧古塔，後移重心於吉林，唯順治十四年以前，究有兵多少，不容確定。戰爭的經過，我方的記錄僅說“稍失利”。俄方的記錄則分兩說，一說：
一六五二年三月二十四日（俄曆）黎明，滿洲兵到達俄國土壘之前，俄人正在酣睡之中，倘滿人不即施放火槍——他們放槍大概是要示威——哈巴羅夫或將不能生還。幸而他被槍聲驚醒了，及時防備。滿人又把炮安置以後，就向土壘開火。不久打穿一個洞口，衝鋒者即向洞口猛進。俄人火速在洞口之後安置一炮，向衝鋒者開放極有效力的彈子，衝鋒者因此止住了。而一百五十名俄人從營壘衝出來，以短兵相接。他們從滿人手中奪取了兩尊炮。滿人的火槍大半被毀之後，俄人就成了戰場的主人翁。除上文所說的兩尊炮外，俄人尚得著十七杆火槍、八麵旗幟、八百三十匹馬及幾個俘虜。滿兵死者聽說有六百七十六人遺留在戰場之上，俄人僅死十名，傷七十名。
另一說則謂：
交鋒之初，中國人得了勝利。一時好像他們能把俄國營壘攻下來。後不知因何緣故——或者因為中國的主將過於自信，或者因為他遵守訓令——在俄人受迫最緊急的時候，他忽然下令，要他的士兵不殺也不傷哥薩克，隻活拿過來。這一戰的最關鍵即在此。俄人了解這種形勢之後，決誌不被活拿。於是一麵宣誓，一麵衝鋒，步步地把中國人趕退了。一個軍隊不能一麵受敵人之火，一麵又被禁還火，而保持其地位。中國兵從此喪失戰鬥精神，向後退避，留下十七杆槍、二尊炮、八麵旗幟、八百三十匹馬及許多糧食。俄人死十名，傷七十八名。哈巴羅夫從土人——不可靠的來源——聽說中國兵死了六百七十六名。
這一戰，中國確是敗了，但先勝而後敗。致敗之由，除策略或有關係外，尚因軍器不及敵人。至於戰敗的程度，很難說了。此戰以後，俄國方麵的報告多說哥薩克一聽見某處有中國兵，就戒嚴不敢前進，而且從這時起土人又敢抵抗了。
順治九年（1652），烏紮拉之戰以後，哈巴羅夫率領全隊逆流而上，途中遇著雅庫茨克總管派來的補充隊，共計一百一十七名哥薩克及軍需。八月，在精奇裏河口附近，隊員內訌，致分為二隊，一隊二百一十二人仍服從哈氏，另一隊一百三十六人則自樹一旗。從此黑龍江上下有二隊哥薩克遊行搶掠。以往哈巴羅夫及雅庫茨克總管給莫斯科的報告已引起俄國政府相當的注意和熱心，當時擬派兵三千前來黑龍江，以圖永久占領。同時，俄國政府對哥薩克的暴行亦有所聞，遂決定先派小援隊並調查實況。順治十年（1653），援隊抵黑龍江以後，哈氏返俄複命，但一去未回，他從此就離開曆史舞台了。俄國政府亦未實行大隊遠征的計劃。
哈巴羅夫的繼任者是斯捷潘諾夫（Onufriy Stepanov）。斯氏於順治十一年（1654）的春天進鬆花江，五月二十四日遇著中國軍隊。哥薩克自己的記錄說他們火藥用盡，故就退了。退的時候，哥薩克心誌慌亂，大有草木皆兵之勢，從鬆花江一直退到呼瑪爾河口，就此築壘防禦。我國軍隊也追到這地。順治十二年（1655）春，遂圍呼瑪爾營壘，經三星期之久，無功而返。《平定羅刹方略》說：“（順治）十二年，尚書都統明安達禮自京率師往討，進抵呼瑪爾諸處，攻其城，頗有斬獲，旋以餉匱班師。”“餉匱”是很自然的，因為經過羅刹數年擾亂之後，地方居民已經遷徙他處；且清廷又令土人行清野之法，使羅刹不能就地籌餉；而呼瑪爾偏北，路途甚遠，這是當時在東北行軍最大的困難。
順治十三年（1656）及順治十四年（1657），斯捷潘諾夫多半的時候在黑龍江的下流、鬆花江口以東。“（順治）十四年，鎮守寧古塔昂邦章京沙爾虎達敗之於尚堅烏黑；（順治）十五年，複敗之於鬆花、庫爾瀚兩江之間。”順治十四年的戰爭，俄國方麵沒有記載，尚堅烏黑不知在何處。順治十五年（1658）的戰爭，俄國的記錄也甚簡略，但其結果則言之甚詳。戰後，斯捷潘諾夫及二百七十名隊員不知下落，餘二百二十名逃散了。我方所得的俘虜和上次在呼瑪爾所得的俘虜均安置於北京的東北隅，斯氏是否在內，不得而知。此後黑龍江上無整隊的羅刹，散隊則時見。“（順治）十七年（1660），巴海大敗之古法壇村，然皆中道而返，未獲剪除，以故羅刹仍出沒不時。”但是，雅庫茨克總管從此以後不接濟，也不聞問黑龍江的羅刹了。
在康熙年間，羅刹來自葉尼塞，隸屬於葉尼塞總管。從順治九年（1652）起，葉尼塞的俄人常有小隊到貝加爾湖以東石勒喀河上。順治十二年，葉尼塞總管巴石哥夫（Pashkof）根據這些私人的報告，呈請俄國政府許他在石勒喀河上設立鎮所，以便征服附近的部落。政府批準了他的提議，且即派他為遠征隊的隊長。他於次年七月十八日從葉尼塞城動身，帶有五百六十六人。他由葉尼塞河轉其支河安加拉（Angara），在河的上源跋山而入石勒喀河。順治十四年的春天，他在尼布楚河與石勒喀河匯流之處設立尼布楚城，這是俄人經營黑龍江上流的根據地。不久就缺乏糧食和軍火，而所派出尋覓斯捷潘諾夫的探員全無結果。順治十八年（1661），留了少數駐防隊，遂回葉尼塞，巴石哥夫所受的艱難未得著相當的收獲。
葉尼塞總管在黑龍江上流的失望正如順治十二年（1655）以前雅庫茨克總管在中流及下流的失望。當時雅庫茨克因失望遂不願繼續進行，於是有私人哈巴羅夫出而投機。葉尼塞亦複如此，此地的私人投機者是切爾尼戈夫斯基（Nikifor Chernigovsky）。切氏是個盜匪頭子，因為殺了一個總管官，他遂率領他的綠林同誌跋山投雅克薩去逃罪。他在此地重築土壘，強迫土人交納貢品，且自行種植糧食，大有久居之意。同時其他哥薩克有在額爾古納河築壘收貢者，有在精奇裏河上下騷擾者。我國邊民亦有逃往尼布楚而投順於俄國者，其中最著者莫過於根特木爾。我國屢次索求引渡，俄人始終拒之。因此，在康熙年間中俄的關係更趨緊張。
康熙帝原來不想以武力解決羅刹問題。他屢次派人到雅克薩、尼布楚去送信，令俄人退去。同時俄國政府從順治十二年到康熙十六年（1677）亦屢次派使到北京來交涉，因路途相隔之遠、文書翻譯的困難、羅刹之不聽政府命令及中國在邦交上之堅持上國的地位：凡此種種均使外交的解決不得成功（戰前及戰後的外交留待下節敘述，本節限於軍事的衝突）。等到三藩之亂平定了，康熙帝就決定大舉北伐。
康熙二十一年（1682）八月，帝派“副都統郎坦與朋春率官兵往達斡爾索倫，聲言捕鹿，因以覘視羅刹情形”。十二月，又“命戶部尚書伊桑阿赴寧古塔督修戰船”。郎坦等的報告以為“攻取羅刹甚易，發兵三千足矣”。康熙帝乃下諭曰：
朕亦以為然。第兵非善事，宜暫停攻取。調烏拉（吉林）、寧古塔兵千五百人，並製造船艦，發紅衣炮、鳥槍教之演習。於璦琿、呼瑪爾二地建木城，與之對壘，相機舉行。所需軍糧取諸科爾沁十旗及錫伯、烏拉官屯，約得一萬二千石，可支三年。且我兵一至，即行耕種，不致匱乏。
康熙帝在籌劃此次征役的時候，最費苦心的莫過於糧食的接濟，他以為往年的失敗都由餉匱，以致羅刹不能肅清。
康熙二十一年（1682）算為覘探敵情之年。康熙二十二年（1683）起大事預備，築璦琿城為後路大本營，修運船、戰船，通驛站，運糧食，調軍隊，聯絡喀爾喀的車臣汗，共費了三年。康熙二十四年（1685）五月二十二日（我國舊曆），朋春始帶兵抵雅克薩城下。其部隊自吉林、寧古塔調去者三千人，自北京調去的上三旗兵一百七十人，自山東等省調去的官一百零五人、兵三百九十五人，自福建調去的藤牌兵三百餘人，又調索倫兵約五百人，總計不過五千人。此外尚有夫役、水手。俄人說此次中國軍隊有一萬八千人之多，與實數相差一倍以上。
俄人雖早已知道中國的軍事行動，且竭力預防，但等到兵臨城下，雅克薩的防守隊連商人、獵夫、農民及哥薩克部包括在內，不過四百五十人，不到中國兵數的十分之一！我國軍隊與外國軍隊戰鬥力的比較，從康熙年間到現在，究竟有進步呢，還是有退步呢？朋春第一著發表康熙帝的招撫書：
前屢經遣人移文，命爾等撤回人眾，以逋逃歸我。數年不報，反深入內地，縱掠民間子女，構亂不休。乃發兵截爾等路，招撫恒滾諸地羅刹，赦而不誅。因爾等仍不去雅克薩，特遣勁旅徂征。以此兵威，何難滅爾。但率土之民，朕無不惻然垂憫，欲其得所，故不忍遽加殲除，反複告誡。爾等欲相安無事，可速回雅庫，於彼為界，捕貂收賦，毋複入內地構亂；歸我逋逃，我亦歸爾逃來之羅刹。果爾，則界上得以貿易，彼此安居，兵戈不興。倘執迷不悟，仍然拒命，大兵必攻破雅克薩城，殲除爾眾矣。
城內的羅刹置之不答。朋春遂開始攻擊。我方關於戰爭的記錄甚簡略：
五月二十三日，分水陸兵為兩路，列營夾攻，複移置火器。二十五日黎明，急攻之，城中大驚。羅刹頭目阿列克謝等勢迫，詣軍稽顙乞降。於是朋春等複宣諭皇上好生之德，釋回羅刹人眾。其副頭目巴什裏等四十人不願歸去，因留之。我屬蒙古索倫逃人及被擄者鹹加收集，雅克薩城以複。
俄國的記載大致相同，唯有數點可資補充。第一日的戰爭結果，俄方死百人。經數日後，教士率居民向總頭目官阿列克謝·托爾布津（Alexei Tolbusin）要求停戰。阿列克謝見勢已去，遂允所請。他派代表到中國軍營議投降條件，所要求者即許俄人攜帶軍器輜重回國。我方接受，事實上有二十五人甘願留居中國。數目與我方的記錄不同，未知孰是。雅克薩投降的俄人後亦安置於北京城內之東北隅。
羅刹退去以後，中國軍隊把雅克薩的城壘及房屋全毀了，但四鄉的禾苗並未割去，就全軍回璦琿。雅克薩城不但不留防，且未設卡倫，甚至從璦琿起，全黑龍江上流恢複戰前無主的狀態。清廷以為羅刹問題完全解決了，足證我國受了四十年的擾害，還未認清敵人的性質。
阿列克謝的後退全由於勢力的單弱。其實在雅克薩戰爭的時候，葉尼塞總管已派有援軍在途，共六百人，由普魯士人杯敦（Afanei Beiton）率領。阿列克謝退出雅克薩後，未滿一日，即於途中遇著援軍的先鋒隊百人，帶有十足的軍器。阿列克謝到了尼布楚僅五天，杯敦的大援隊也到了。於是葉尼塞總管派杯敦及阿列克謝複整軍前往雅克薩。此次他們帶了六百七十一人，五尊銅炮、三尊鐵炮均配足火藥，後麵陸續尚有接濟。他們到了雅克薩，一麵收割四鄉的糧食，一麵從新建設防具。我國在康熙二十五年（1686）二月始得羅刹複來的報告，清廷即命薩布素及郎坦帶兵去攻。此次戰爭較久，較烈。六月，我軍抵雅克薩。十月底，俄人防軍僅剩一百一十五人，仍不退不降。適俄國政府是時派代表到北京，聲明公使在途，要求停戰交涉，康熙帝遂下令撤雅克薩之圍。中俄問題從軍事移到外交去解決了。