1959年2月1日，中央工作會議在北京召開。
在這次會議上，毛澤東指出，赫魯曉夫在二十一大的報告比二十大有進步。
毛澤東認為，赫魯曉夫在報告中講的國際形勢和對外政策，是符合1957年莫斯科宣言的原則的。他對二十大報告中的一些問題作了修補。例如，關於斯大林問題、和平過渡問題、社會黨問題，基本上還是維持了1957年莫斯科宣言的口徑。
毛澤東還說：
我們同赫魯曉夫的關係，還是10個指頭中9個指頭和1個指頭的關係，就是有1個指頭不同，其他9個指頭是相同的。因此，對於赫魯曉夫在二十一大的影射，我們可以暫不理會，看看以後再說。我們之間是有分歧的，但現在不要說。
從1958年年底開始，赫魯曉夫不斷地對中國進行影射攻擊。
1958年12月1日，赫魯曉夫在莫斯科同美國參議員漢費萊談話時，不指名地攻擊中國內政。
1959年1月，赫魯曉夫在蘇共二十一次代表大會的報告中，又不指名地影射攻擊中國內政。
赫魯曉夫不指名攻擊的先例，起到了很壞的影響。從此，兄弟黨之間，由一個黨的總書記公開地、不指名地批評另一個黨的惡劣的事情經常發生，嚴重威脅到社會主義陣營的穩定。
台灣海峽危機發生前後，蘇聯駐華大使館陸續接到蘇聯在華專家關於中國經濟形勢的報告。這些報告特別提到毛澤東在中共中央一些會議上的講話，其中包括反對迷信外國，3年超過英國，10年趕上美國等說法。
在大多數蘇聯人看來，他們的國家要比中國發達得多。即使這樣，蘇聯人仍然認為，他們至少還需要15年的時間才能趕上美國。
因此，蘇聯駐華大使館在給莫斯科的報告中，毫不客氣地批評了中國的這種做法。
赫魯曉夫後來回憶說：
那個文件相當中肯地（而且我認為是非常準確地）分析了當時中國正在發生的事情，雖然我當時並沒有點中國的名。我們的態度是明確的……他想如果他能夠在5年內與英國並駕齊驅並且開始趕上美國，那他就能夠把列寧的黨遠遠拋在後麵並且超過蘇聯人民自十月革命以來所取得的全部進展。
在赫魯曉夫看來，當時中國的經濟形勢對其他社會主義國家也產生了不良影響，這使他感到十分擔憂。
1959年1月，蘇共召開二十一大。赫魯曉夫、尤金在會上不點名地攻擊中國的消息傳來。對此，毛澤東極為不滿。
中蘇雙方的裂痕，在中國福建前線炮擊金門之後，變得越來越大。
1959年8月，中印兩國軍隊在有爭議的邊境地區發生武裝衝突。
當時，赫魯曉夫正在做訪問美國的準備。獲知消息後，本來因為台海危機生氣的赫魯曉夫終於按捺不住，讓塔斯社發表了一個表麵上看是采取中立態度的聲明，對中印邊界衝突表示“遺憾”，並說中印邊界的衝突，是“那些企圖阻礙國際緊張局勢緩和的人搞的”。
1959年9月下旬，赫魯曉夫在美國戴維營舉行蘇美首腦會談後，飛抵北京，參加中華人民共和國成立10周年慶典。
9月30日晚上，中國政府舉行國慶招待會。
赫魯曉夫在招待會上發表長篇講話。在演說中，他說了一段明顯對中國不滿的話：
我們應當對當前局勢有現實的看法和正確的理解。這當然絕不是說，既然我們這麽強大，就應該用武力去試試資本主義製度的穩固性。這是不正確的，因為人民將不會理解，也絕不會支持那些想這麽幹的人。
赫魯曉夫的話引起毛澤東的不快。這時，中蘇關係已經到了破碎的邊緣。
10月2日，中蘇兩黨在北京中南海舉行正式會談。
赫魯曉夫首先講話，他介紹了自己的美國之行後說：“同美國隻能在經濟上搞競賽，搞和平競爭，不能搞武力對抗。”
毛澤東說:
我們讚成你訪美，讚成同美國搞和平共處，但美國究竟怎麽樣，不能看表麵，應該看其帝國主義的本質。
赫魯曉夫接著說:“中國和美國的關係還是要搞好，希望中國采取一些步驟來改善同美國的關係……為了緩和同美國的關係，中國是不是可以把監獄裏的幾個美國人釋放了？
在此之前，中國曾擊落了一架美國間諜飛機，並俘虜了兩名飛行員。
毛澤東說：“放是要放的，但不是現在，而是在他們服刑期滿的時候，或者是在他們服刑期間有好的表現因而提前釋放的時候。這都要按照中國的法律辦。”
接著，赫魯曉夫不了解中國邊境爭端的實情，他偏袒印度，認為尼赫魯是主張中立和反帝的，社會主義國家就應當積極同他搞好團結，蘇聯不同意采取任何疏遠和削弱尼赫魯在國內地位的政策。
這時，陳毅接過赫魯曉夫的話說：
中印邊界是英國在1914年用所謂的麥克馬洪線確定的，這塊土地是屬於中國的，是英國人把它從我國手裏奪走的。
赫魯曉夫又扯到炮擊金門、馬祖的問題。陳毅說:“炮擊金門是我們內部的事情，那是中國的領土。中印邊境，明明是他們侵略，你卻偏袒。炮擊金門，難道你還要替蔣介石和美帝國主義指責我們嗎?”
赫魯曉夫聽了之後臉馬上就紅了，竟然對陳毅說，“論軍銜，你比我高，你是元帥，我隻是中將，但在黨內，我是總書記。”
陳毅也不示弱，回答說：“什麽總書記，你說得不對，就不能聽你的。”
這次會談，是中蘇關係史上兩國領導人第一次公開的爭吵。雖然會談之後赫魯曉夫曾建議兩方均撤銷這一次會談的紀要，但兩黨兩國關係的惡化已經難以避免了。
幾個月後，蘇共中央致函中共中央，決定中斷包括《中蘇國防新技術協定》在內的若幹援助項目。蘇方的理由是：“有可能嚴重地破壞社會主義國家為爭取和平、緩和國際緊張局勢所作的努力。”
自新中國成立以來，中國一貫奉行獨立自主的和平外交政策，基於這一原則，中國基本沒有參加軍事、政治之類的組織。
冷戰時期，社會主義和資本主義結成兩大陣營，彼此對抗。應該說，中國在成立之初到1960年左右，一直是這個陣營中的一員。
赫魯曉夫在回憶毛澤東時曾經說，有次他和毛澤東談話的時候，毛澤東說他感覺社會主義的力量要比資本主義強。赫魯曉夫就問他為什麽，毛澤東說，因為中國有很多人，裝備幾千個師都不成問題，再加上蘇聯強大的工業，肯定比資本主義厲害。
這表明中國在相當長的一段時期奉行著和蘇聯結盟的方針，事實上也確實如此。1950年中國和蘇聯簽署的《中蘇友好同盟互助條約》就是個標誌。
但是，由於蘇共領導集團堅持以“老子黨”自居和搞大國沙文主義，從20世紀50年代末期起，中蘇關係開始倒退和惡化，使兩國關係長期處於緊張和對立狀態。
自1960年左右，中蘇關係開始嚴重惡化，雖然還是盟友，但是蘇聯在中國邊境陳兵百萬，這個時候蘇聯不但不是中國的盟友，反而成為中國的威脅了。