明朝崇禎皇帝朱由檢初執政時，最大的政治障礙在魏忠賢一夥是他執政的最大政治障礙。
在他登極後的第3天，就給魏忠賢、王體乾這些大太監下了個命令，要他們脫去朝臣的朝服，換上太監的裝束，也不必列朝班。許多朝臣都在心裏暗暗稱讚這得到了大多數朝臣的讚歎：這決定太英明了!
魏忠賢自己也明白，這是皇帝給他的一個下馬威皇帝這是在給他一個警告，必須謹慎從事。可是，宮內的一切就緒之後，他又開始活躍起來他又恢複到了以前的樣子。一天晚上，他竟向皇帝進了四個美人，要一起送進交泰寢殿。
交泰殿坐落在乾清宮和坤寧宮之間，當時魏忠賢將四美送到這裏，不料剛一人殿堂誰知剛走到大殿門口，卻被朱由檢發現了一個秘密。原來，他們一入殿堂，身上就發出一股撲鼻的異香。朱由檢問四美：這是怎麽回事?四美都不言語。朱由檢命人搜她們的身，發現每人身上各佩一粒香丸，大如大的像玉米粒，用手一撚，其香愈烈。朱由檢問此物從何處來問它是從那裏來得?她們隻好如實回答：入宮前客氏所發，名日“迷魂香”，人一觸及，魂即為之醉迷。朱由檢聽此，暗暗吃驚，立命四美將香丸擲去。當然，這不是說，他這晚扮了個柳下惠。但將這事放到政治問題上反思但開始在政治上反思這件事，他內心深知，從前的後宮處處禍水，其根源在鄭妃，其逆流在客魏。而鄭貴妃此時已銷聲匿跡，唯有客魏還在活動，如果不能及早鏟除，定遺患無窮。
他下定決心，首先令奉聖夫人客氏出宮。客氏接到他的聖旨，知已不可挽回知道自己已經造成不可挽回之大錯，即於第二天清晨，進入仁智殿，在熹宗的梓宮之前，從一個黃色的小包裹裏取出熹宗的胎發、脫換的第一顆乳牙以及多年來她為他修剪下的指甲等等，一並投入火中焚化，哭奠了一回，就出宮歸私宅了便到了宮外私宅。朱由檢立命太監搜查在宮中的住處，查出了8名懷孕的少女，那都是她出入掖庭攜帶的侍媵，本想在天啟末學呂不韋進孕婦的故事的。朱由檢知這一醜事勃然大怒知道了這莊醜事暴跳如雷，馬上將客氏逮到浣衣局，亂棒打死，其子侯國興也伏誅。
幾天後，朱由檢駕禦皇極門決事。有一位嘉興縣貢生錢嘉征冒死前來啟奏，揭露魏忠賢的並帝、蔑後、弄兵、無君、濫爵、冒功、建祠、通賄等十大罪。魏忠賢當時還想抵賴那個時候魏忠賢還想抵賴，怎耐朱由檢憤恨已極，就命禦史當眾宣布奏疏，嚇得魏忠賢魂不附體。
根據這一奏劾，朱由檢想當場就給他定出個罪名想立刻就給他定一個罪名。不料這時有個吏部主事出麵求情，說什麽魏忠賢好比秦時的趙高，流時的王莽、董卓，晉時的桓溫，以及宋時的秦檜、童貫、賈似道等人，萬剮不足以盡其辜；但念他是先朝的遺奴但是念在他是先朝的老奴，請貸以不死，勒令回籍。朱由檢見他說得有理，一時動了惻隱之心，讓魏忠賢必須交出司禮監和東廠的大印，奪去從前封贈的公、侯、伯等爵號，暫發仁智殿守靈。，
隨後朱由檢差派吏、戶、工三部查收魏忠賢阿宅、誥券，又有許多大臣交章論劾很多大臣都開始上書彈劾他，紛紛揭露魏忠賢指使同夥崔呈秀禍害後宮、坑陷忠良、濁亂朝政等罪惡，朱由檢就勢發下禦批：將崔呈秀交九卿會勘，魏忠賢由被內官押赴風陽看守皇陵。
這時，仍有同黨出麵說情他的同黨還有人給他說情，朱出檢拍案大喝道：“替魏忠賢請罪，乃宦官奸臣相勾結之又一例!來人!”當廷來了四名殿禦史，朱由檢喝令：“將說情者重責100大棍，發往南京!”
魏忠賢這時才感到鐵案鑄成才感到已回天無力了，因而打點了寶珠40車，良馬1000匹，所養的死士800人，於天啟七年11月初自北京啟程，朝風陽府進發。有地方通政使見他這副行頭，氣憤不過，就寫了一道奏章，說魏忠賢“在路擁兵”，乞早誅滅。奏章遞到朝廷，朱由檢立刻傳旨兵部：速差緹騎(禁衛吏役)前去扭解，所有跟隨群奸，著即擒拿立刻捉住，“毋得縱容遺患”。魏忠賢行至河間府阜城得知朝廷的旨下，想自己再無生存下去的道理想想自己不會再有活下去的可能，就在這天晚上和幾個心腹一同自盡。
朱由檢得知魏忠賢已死，立即降旨沒收他的家產，全部收歸國家所有其財產全部充公；並命燒毀東廠的一切刑具。
這期間，九卿又會勘過崔呈秀的罪行，那些鼓吹為魏忠賢建生祠、刻削軍餉收人私囊、任用娼家的妻弟為都司、熹宗晏駕前陰謀倡亂等不法事，都被同官們揭露出來同官門一一揭露了出來。朱由檢就勢將崔呈秀削職。崔呈秀一氣回到家裏，悶飲燒酒，邊飲邊恨恨連聲，競將手中的杯子撚得粉碎。這一夜，崔呈秀已感到毫無出路，也學著魏忠賢的樣子也跟著學魏忠賢，上吊自殺了。
就這樣，朱由檢已不動聲色地除掉了魏黨中的幾名首逆。
客、魏、崔既除，朱由檢頓覺內心歡快，此後不久，他就舒心暢意地舉行了崇禎元年的朝賀大典。不料，就在他舉行慶典之際在他舉行慶典的時候，有兩名內侍在五風樓下拾到一黃包，二人不敢開看，就上送到了後宮。朱由檢回宮後見到這包裹甚為驚愕很是吃驚，但他沒有聲張，就將包裹封藏起來。
朱由檢認為，繼續將魏黨的逆案窮追到底才是正理繼續追查魏忠賢的案子迫在眉睫，於是對吏部發下聖諭：速將從前被降罷和受迫害的大臣從公酌議，有遭非法禁斃的，該褒獎的就給以褒獎，該封蔭的就給以封蔭。同時，對那些被遭牽連的官員，凡能夠複官的隻要能夠恢複官的，都給以複官起用，凡應該糾正的，都給以糾正，不要長期耽擱，傷害人心不能長期耽誤下去以影響人心所向。
為了徹查魏忠賢一案，朱由檢還先後授予曹師稷、顏繼祖、宗鳴等為給事中，吳煥、葉成章、任讚化等為禦史，專門負責彈劾魏黨黨羽的事情。
此後不久吏部整理了一份“冤陷諸臣疏”，請為83名受害者恢複原官，並加封號。這時又有一諫官奏疏，請給那些東林黨案中受害的人封蔭，有些活著的人還應該給以起用活著的人當中有些是可以起用的。朱由檢對這些奏疏都表示同意。
幾乎在這平冤起廢的同時，大規模的降罷開始了開始了大規模的降罷。朱由檢罷免了阻撓起複的幾名吏部官吏，又罷免了戶部曾為魏忠賢大造生祠的一些人，還將協助魏忠賢大興東林黨大案太監投進了監獄。
這之後的一天，朱由檢又召新補的閣員韓翊、李標、錢龍錫以及其他朝臣於乾清官，要給所有參與魏黨活動的人定罪要治罪那些參與魏忠賢黨派活動的不法之徒。他的看法是，魏忠賢一個人在後宮，如果沒有外廷的逢迎，是不會發展到這一步的，因而，他特命韓翊、李標、錢龍錫專門負責這件事，務求斬草除根。
根據這一旨意，韓翊等3人列了一個四五十人的名單呈上，朱由檢看了很不滿意這讓朱由檢很不高興，讓他們再去重新回去搜集。他們就又在名單上加了幾十人，朱由檢仍覺不能一網打盡，就將他們召進後宮仍然覺的不放心，打開了那個黃包，對他們說：“這是元旦那天從五風樓上掉下來的，內盛為何物，一向無人知。如今可以告訴你們，這是一套紅簿冊，記的全是內佞的實跡記錄的全是亂臣賊子的所作所為。今拿給你們作為參考，可將名單分類列出。”
韓翊等三人知道，對皇帝的指令隻能照辦隻能照辦皇帝的指令。幾天之後，他們再將逆案和附逆人名單奏上，朱由檢立刻在平台召見了他們。
朱由檢問韓翊：“為什麽魏忠賢時立的四閣臣為什麽不在其中?”
“因為找不到事實根據。”韓翊回答。
“張瑞圖多次為魏忠賢生祠題額，來宗道祭崔呈秀之母，極盡吹捧，這不都是證據嗎這些難道不是證據嗎?況且，這些人多喜諂媚，結交近臣，就不能不使黨結朋生就可能會產生黨結朋生的現象。”接著，朱由檢又對召見時在座的人給了一頓狠狠的教訓，他說：“人匝做事，應守正道，處以公心；暗中勾結，巧營別竇，應視為非法應該認為是不合法的。”“凡有操守和風節的人，行事皆可上為主知，下為民曉；看看那些結黨營私的人，哪一個做到了這點誰真正做到了這點!”
這之後，朱由檢又將紅簿所載而未被韓翊等人列入的69人名單發付到各部院，命令有關衙門酌定。他還親發了一道聖諭，將魏忠賢及其一切黨羽、爪牙、故舊私交等人全部被歸人逆案。