義和團拳民的頭領，有的被殺，有的被充軍發配到了遠方，西方列強為此也消了怒火。西太後默默審時度勢，感覺今後在政策方麵不能再固守傳統，應該實施必要的改革。為此，西太後下達諭旨：
諭：本年夏間，拳匪釁起，憑恃誠社，挾製朝廷。當時所頒諭旨，首禍諸人竟於事機紛擾之際，乘間矯擅，非出朝廷本意。所有不得已之苦衷，微言宣示，中外臣民，諒能默喻。現已將首禍諸人分別嚴懲，著內閣將五月二十四日以後，七月二十日以前諭旨匯呈，聽候查明，將矯擅妄傳各諭旨，提出銷除，以重綸者而昭信史。
這道諭旨是在光緒二十六年（1900）12月26日下達的，在同一天還有一道諭旨，是以皇帝的名義下達的，敘述了庚子年朝廷的情況，還有西太後和皇帝蒙塵的艱難，承認了自己的錯誤，並表明今後要痛改前非。這道諭旨非常重要，其內容是：
本年夏間，拳匪構亂，開釁友邦。朕奉慈駕西巡，京師雲擾，迭命慶親王奕劻、大學士李鴻章作為全權大臣便宜行事，與各國使臣止兵議款。昨據奕劻等電呈各國和議十二條，大綱業已照允，仍電飭該全權大臣，將詳細節目悉心酌核。量中華之物力，結與國之歡心。既有悔禍之機，宜頒自責之詔，朝廷一切委曲難言之苦衷，不能不為爾天下臣民明諭之。
此次拳教之禍，不知者鹹疑國家縱庇匪徒，激成大變,殊不知五六月間,屢詔剿拳保教,而亂民悍族,迫人於無可如,保既苦禁諭之俱窮,複憤存亡之莫保。迨至七月二十一日之變,朕與皇太後誓欲同殉社稷,上謝九廟之靈。乃當哀痛昏瞀之際，經王大臣等數人勉強扶掖而出，於槍林炮雨中倉皇西狩，是慈躬驚險,宗社貼危，闤闠成墟，衣冠填壑，莫非拳匪所致，朝廷其尚護庇耶?夫拳匪之亂，與信拳匪者之召亂，均非無因而起。各國在中國傳教，由來已久，民教爭訟，地方官時有所偏，畏事者袒教虐民，沽名者庇民傷教，官無持平辦法，民教之怨，愈結愈深，拳匪乘機浸成大釁。良由平日辦理不善，以致一朝驟發，不可遏抑，是則地方官之咎也。淶涿拳匪，既焚堂毀路，急派直隸練軍彈壓，乃練軍所至，漫無紀律，戕虐良民。而拳匪專恃仇教之說，不擾鄉裏，以致百姓皆畏兵而愛匪。匪勢由此大熾，匪黨亦愈聚愈多，此則將領之咎也。該匪嫵言邪說，煽誘愚人，王公大臣中或少年任性，或迂謬無知，平時嫉外洋之強，而不知自量，惑於妖妄，詫為神奇。於是各邸習拳矣，各街市習拳矣。或資拳以糧，或贈拳以械，三數人倡之於上，千萬人和之於下。朕與皇太後方力持嚴拿首要，解散脅人之議，特命剛毅前往諭禁，乃竟不能解散。而數萬亂民，膽敢紅巾露刃，充斥都城，焚掠教堂，圍攻使館。我皇太後垂簾訓政將及四十年，朕躬仰承慈誨，夙昔睦鄰保教，何等懷柔?而況天下斷無殺人放火之義民，國家豈有倚匪敗盟之政體?當此之時，首禍諸人叫囂隳突，匪黨紛擾，患在肘腑，朕奉慈聖既有法不及眾之憂，浸成尾大不掉之勢。興言及此，流涕何追!此則首禍王大臣之罪也。然當使館被圍之際，屢次諭令總理衙門大臣前往禁止攻擊，並至各使館會晤慰問，乃因槍炮互施，竟至無人敢往，紛紜擾攘，莫可究詰。設使火轟水灌，豈能一律保全?所以不致竟成巨禍者，實由朝廷極力維持，是以酒果冰瓜，聯翩致送，無非朕仰體慈懷，惟我與國應識此衷。今茲議約，不侵我主權，不割我土地，念列邦之見諒，疾愚暴之無知，事後追思，慚憤交集。惟各國既定和局，自不致強人以所難，著奕劻、李鴻章於細訂約章時，婉間力辯，持以理而感以情。各大國信義為重，當視我力之所能及，以期其議之必可行，此該全權大臣所當竭忠盡智者也。
當京師擾亂之時，曾諭令各疆臣固守封圻，不令同時開釁。東南之所以明訂約章，極力保護者，悉由遒奉諭旨，不欲失之之意。故列邦商務得以保全，而東南疆臣亦借以自固。惟各省平時，無不以自強為辭，究之臨事張惶，一無可恃，又不悉朝廷事處萬難，但執一偏之詞，責難君父。試思乘輿出走，風鶴驚心，昌平宣化間，朕侍皇太後素衣將敝時，豆粥難求，困苦饑寒，不如氓庶。不知為人臣者，亦嚐念及憂辱之義否?總之臣民有罪，罪在朕躬。朕為此言，並非追既往之愆尤，實欲儆將來之玩泄。
近二十年來，每有一次釁端，必有一番誥誡，臥薪嚐膽，徒托空言，理財自強，幾成習套。事過以後，徇情麵如故，用私人如故，敷衍公事如故，欺朝廷如故。大小臣工，清夜自思，即無拳匪之變，我中國能自強耶?夫無事且難支持，今又構此奇變，益貧益弱，不待智者而後知。爾諸臣受國厚恩，當於屯險之中，竭其忠貞之力。綜核財賦，固宜亟償洋款，仍當深恤民難，保薦人才，不當專取才華，而當內觀心術，其大要無過去私心、破積習兩言。大臣不存私心，則用人必公；破除積習，則辦事著實。惟公與實，乃理財治兵之根本，亦即天心國脈之轉機。應即遵照初十日諭旨，妥速議奏，實力舉行，此則中外各大臣所當國爾忘家，正己率屬者也。朕受皇太後鞠勞訓養，垂三十年，一旦顛危至此，仰思宗廟之震驚，北望京師之殘毀，士大夫之流離者數千家，兵民之死傷者數十萬。自責不暇，何暇責人?所以諄淳誥諭者，則以振作之與因循，為興衰所由判，切實之與敷衍，即強弱所由分。固邦交，保疆土，舉賢才，開言路，己屢次剴切申諭。中外各大臣其各凜遵訓誥，激發忠忱，深念殷憂啟聖之言，勿忘盡瘁鞠躬之誼。朕與皇太後有厚望焉。將此通諭知之。
這封諭旨是在光緒二十六年（1900）12月26日發出，也就是在西太後承認西方列強要求的和議條款大致情況的時候。從那一時刻開始一直到6月，西太後時常處於一種恐懼的氛圍裏麵，西安行宮難比京城宮廷的安逸，榮祿以及南方的一些都督都在進言奉勸，西太後自己也非常希望回到京城，並且心裏非常焦急。此時，朝廷且有一件非常棘手的事情需要處理，即如何對待大阿哥的問題。西太後清楚義和團拳民首領的兒子在皇嗣位置上一天時間，就一天難以和列強成全友誼關係。還有，大阿哥是未來的皇帝，肯定不可能讓自己親生父親長期在監牢裏邊，可要此時赦免了端親王，那列強肯定不會答應。然而，大阿哥已經正式成為了皇位繼承人，這是國家大事，絕對不可以輕易調換，因此這事變得非常棘手。
品行非常低劣的大阿哥盡管是西太後所立，可此刻西太後為此事也非常悔恨。大阿哥在眾人麵前顯露粗鄙景象是家常便飯，西太後為此顏麵盡失，此事絕對不止一次了。有時候在西太後麵前，大阿哥同樣難守規矩，往往任性作為，根本不顧及自己的身份。因此，西太後決定痛下決心放棄他，隨後下諭旨說：端親王做事將國家推至危機境地，有愧於列祖列宗，永世難以洗脫。西太後還想給端親王和大阿哥留個麵子，就在諭旨裏說：此時的形勢下，大阿哥繼任困難非常大，端親王懇請西太後收回之前的任命，西太後已經答應。廢除了大阿哥，西太後還想讓他永遠和宮廷斷絕來往，就賜予他最低等的公爵，大年時候的禮節，全部免了。西太後感覺這樣處理大阿哥，足以證明自己廢棄的決心。這樣一來，這個嗣子失去了複升的機會，能夠得到的隻是最低的公爵，沒有職務，沒有俸祿，一輩子將成為窮苦的人。後來，北京南城的一些比較髒亂的地方，時常可以看到他的人影，常常喝醉酒，並且身上非常髒，以賭博為生。此人身上唯一的亮點就是麵容漂亮，還能夠說一些大話。這樣的一個人，假如不是命運不好以及列強的反對，說不定就會成為中國的主人了。廢棄大阿哥之後，西太後又下達諭旨，準備暫停承嗣同治皇帝的事件，等有合適的人選後另行商議。後來聽皇上說，西太後在外蒙塵艱難，對之前做的事情非常後悔，期待重回北京城，恢複之前的樣子。不過，北京的義和團事件剛剛過去沒多長時間，西太後也清楚外國人不可能在短時間內忘記那件慘痛的經曆。
光緒二十七年（1901）6月，議和條款達成一致。到了9月7日，各國的外交代表都正式簽字。這項合約上的條款，後來成為很多困難問題的根源所在。可在當時，西太後在極度悔恨之餘，還存在一種恐懼的心理。回京城的時候，西太後想利用恩榮的辦法籠絡外國人。在北京的大員看到議和成功，危機已經消除，就感覺瞬間又回到太平盛世一般，之前的畏懼心理都忘記了。老樣子再次出現，呈現出一派醉夢景象。從各個方麵，都能發現這樣的現象，一直到後來修訂商約時最為明顯，可以證實這個評定的正確性。這個評定是幾年前北京城內的一個英國外交官下的斷言。他這樣說：“這類人絲毫不講道理。假如能夠讓他們恐懼，就能說明他們向我們屈服了。”當時發生了一件事，足以看出當時中國官場驕橫的狀態。中國政府特意派謝罪大臣去德國的事情，而特派員就是皇帝的弟弟醇親王，因為這件事，中國和德國幾乎到了斷交的地步。當時，條約第一條款就是中國政府派醇親王去德國柏林，對此前殺死德國大使克林德的事件表達歉意。醇親王在1901年7月12日從北京出發，奉命向德國皇帝表達中國政府的歉意。可是，到了柏林之後，醇親王感覺德國皇帝針對這件事擬定的禮節與自己在北京得到的訓示不一樣。德國政府躊躇了很長時間，最終因迫於中國在外交方麵向來善於拖延忍耐而做出了讓步。9月26日，醇親王在德國給北京的議和全權大臣慶親王和李鴻章來了一封電報，其內容是：
前接嘯摳電，相機因應，並示折中，仰見周密，欣有遵依。十四德皇停止禮節後，遣來朝車提督禮官俱未撤回，察其動靜，似有挽回之機。因與蔭昌、李希德等再回籌維，命蔭昌用德文信致賡音泰，婉商外部。以跪禮我國萬難應允，於德既無所取，更與兩國體麵大有相關。作為出自灃意，懇請德皇寬免。一麵又與駐巴在爾艾領事麵商，或將此意由灃備函，徑達外部，托其先為代通消息。後於十八晚麵命呂使趕回德京，設法接辦。十九召回後，接嘯電，亦即轉電召，命其照示，再與外部切商。旋於二十申據艾領事來稱，頃得外部電，命詢王爺何對起身，以速為宜，我皇必見，跪禮已免，遞書隻帶蔭昌一人，餘在別殿伺候等語。當晚複接呂回電雲，德皇六號出巡。現據外部大司員雲，王爺前來，德皇必見，事有轉機雲雲。據以上各情，事已挽回，但為時甚迫。灃未敢稍涉拘泥，趕即於十一鍾時令該國來接，各官備車前往。二十一三時到坡思丹，德皇又遣朝車並頭等提督，接灃等均至舊皇宮居住，供應優渥，隨商定次日進見，並送德後花圈禮節。二十二巳刻親至故德後墓如禮，十二時複遣朝車提督迎至新行宮。灃隨帶蔭昌進見內殿，遞書宣讀頌詞，張冀六人在外殿待立。禮成，德皇遣馬隊送歸舊行宮。兩時德皇親來答拜，意極殷勤，坐談良久，並命備舟車遊覽哈芳湖孔雀島。二十三早看操，午後仍至新行宮進見，德皇並留多在柏林居住，看各廣院，又麵屬前赴丹西，會晤亨利親王，看其水師，灃擬見德後後，即赴柏林，另往客寓。所有一切，均賴國家鴻福，俱臻妥協，堪慰宸念，祈代奏。
了解到醇親王此行的結果之後，西太後給予其嘉獎。中國政府感覺，這就屬於外交上的勝利。不過，這隻是表麵上的虛榮，實際情況已經非常糟糕了。原因是，中國人做事比較粗野，殺死德國大使，醇親王此行任務是謝罪。可是，細看上麵的電文之後，就會發現與此行的目的有些不符合。現在，北京的外交使團，都說監國攝政王從德國回來，獲得了很多的知識。當時，王爺的兩個弟弟在各國遊曆，學習海陸軍知識，其目的在於把重振海陸軍作為中國政府第一件大事。各個文明國家都用親貴的禮節加以招待，異常隆重，可是，真正了解北京政府內部情況的人，卻都將這種遊曆看作一般的戲劇。不過，以他身份地位的原因，得到眾人暫時的尊敬和虛榮，此舉怎麽會是真正意義上的改革者呢！