連續的戰爭年代帶來了兵荒馬亂、民不聊生的局麵，也讓國民黨的領袖和將領越發泄氣，更顯疲態。盡管沒有一個人敢明說，但是高級將領們中間卻心照不宣地流傳著這樣一個話題：誰能接蔣介石的班？

戴笠當然希望自己的摯友胡宗南能夠上位。但是他知道前麵還有一個大障礙，就是陳誠。陳誠性格剛直、高傲冷峻，才幹過人，又有“幹女婿”的身份在肩。他可以說是國民黨統治集團中比較有正義感的軍人。蔣介石素來信任和倚重他，所以才把宋美齡的幹女兒許配給了他。為了防範軍統特務的滲透和打入，陳誠也特意組建了自己的特務係統。他公開罵軍統特務橫行不法，說軍統領導的特務武裝是遊雜部隊，要全部編遣，不承認軍統局自己超升的特務們的軍階。這更是讓戴笠暗中氣得牙根癢癢。

從政治背景來看，戴笠知道自己不是陳誠的對手，因此采用以靜製動的方法，不與陳誠做正麵交鋒，隻是像一條有經驗的老狼一樣，始終躲在暗處窺測時機，等待抓住時機，然後瞬間躍出，一擊而中，置對手於死地。

在幾年的等待之後，戴笠終於盼來了一個幾乎可以除掉陳誠的機會。

1939年 10月，陳誠由第九戰區司令長官改兼第六戰區司令長官。他的任務是防止日軍在占領武漢三省後，進一步進攻湘西，向川東逼近，保衛重慶政府。

在他的戰區內，有一批青年軍官認為中國之所以在抗日戰爭中節節敗退，是因為國民黨上層統治集團中有一批貪婪無度、昏庸腐朽的官僚，以及賣國求榮、好逸惡勞的漢奸。他們把蔣介石的耳目遮蔽，讓他不能看清楚戰局的全貌，因此正確的主張不能貫徹始終。他們覺得，中國如果要得到勝利，必須進行一次軍事行動，把蔣介石身邊這批蛀蟲似的敗類都給清除掉，才能讓真正抗日愛國和廉潔踏實的精英骨幹入選高層，輔佐蔣介石抗戰和治理國家。他們認為的理想人選就是陳誠，而這個計劃就被他們稱為“清君側”。

很快，美國方麵由於對蔣介石政權的失望，已經開始考慮“換馬”。一部分駐華美軍人員以及美國特務開始注意到“清君側”行動，並且給予了必要的支持。但是美國方麵不隻是要清除何應欽等親日派將領和政客，他們更希望能夠徹底倒蔣，用陳誠、胡宗南等年輕將領取而代之。

在當時充滿悲觀、失望情緒的國民黨內，這樣的少壯派的主張是革命性的，卻無法改變製度的根基，撼動根深蒂固的官僚主義傾向。尤其是當這個消息被戴笠知道之後，他們的一切行動已經注定走向失敗的結局。

但是戴笠並沒有立即行動，而是命令繼續搜集新的證據。他覺得目前來看，並沒有足夠證據證明陳誠被牽連在內。過早出擊，反而容易讓陳誠提高警惕，找到脫身之計。不如等到有萬全把握的時候再下手。因此在相當長的一段時間內，特務們並沒有搞到更多的證據，而這一拖，又是許多年。到 1943年，情況終於有了轉機。

1943年 2月，陳誠就任遠征軍司令長官，第六戰區仍由他負責。在這段時間內，少壯派一麵利用進入陸軍大學深造的契機，在陸大青年中尋找知音，壯大力量，一麵積極與在華幫助中國軍隊訓練的美國軍官聯係，尋求外援。他們的實力不斷擴大。另外，一批策劃“政變”的青年軍官也滲透進遠征軍司令部。他們已經暗中擬定了“政變”的組織章程、計劃行動，並決定把行動時間定在“西安事變”7周年紀念日——1943年 12月 12日。更讓戴笠興奮的是，這批人中間，有一名青年軍官是陳誠關係密切的親戚。

戴笠認為，打擊陳誠的時間到了。

某天，他親自帶著一卷卷宗走進了蔣介石的辦公室。蔣介石果然震怒。“西安事變”一直是他心裏難以磨滅的屈辱，而這一班青年學生竟然要重演這一幕，無疑是往他的傷口上撒鹽，這讓他更加氣憤難當。他立即批準了戴笠的行動計劃，並給陳誠下令，立即將遠征軍內所有參加“政變”密謀的青年軍官交給軍統審訊。戴笠也同時下令將六戰區司令長官部和陸軍學校裏參與活動的學生悉數逮捕，分開秘密囚禁在中美所內的警衛大隊部，前後一共逮捕了大概 600人左右。

戴笠親自出門，對首要分子使出渾身解數進行審訊，想要他們供出“政變”是得到陳誠的支持。可是問來問去，青年學生就是不鬆口，都不承認陳誠參與其中，反而把駐華美軍司令官、同盟國中國戰區參謀長史迪威給推了出來。

戴笠對這個消息顯然非常失望，但是蔣介石卻感到十分有價值。他跟史迪威之間本來已經存在著矛盾，如今便有充足的理由要他打包袱回老家。

蔣介石不惜冒著得罪美國政府的危險，正式通知羅斯福將軍，要求他接觸史迪威的職務，調他回國。後來經過東南亞盟軍司令蒙巴頓將軍和美國空軍補給司令薩摩維爾中將出麵斡旋，並由與美國關係很深的宋美齡等人勸說，再考慮到羅斯福不顧丘吉爾的反對，力邀蔣介石參加開羅首腦會議，他才同意由史迪威親自登門當麵道歉，解決這場風波。

蔣介石雖然寵愛陳誠，並且相信陳不會介入這次“政變”活動，但是他作為第六戰區及中國遠征軍的司令長官，對下屬監察不力，管教不嚴，負有不可推卸的責任。再加上戴笠、何應欽等人不斷向蔣介石施加壓力，蔣介石在臨去開羅參加首腦會議之前，決定解除陳遠征軍司令長官的職務。對外則由陳誠以養病為由，主動請辭職務為借口。同時，蔣介石另調衛立煌接替他的職務，以示懲戒的決心。

很快，參與“清軍側”活動的 16名青年軍官被秘密處決。而除了陳誠，還有許多人也受到影響。與美國政府關係曆來密切的孔祥熙、宋子文、宋美齡等人也受到蔣的責難。蔣介石認為他們早就知道內幕，卻不告訴自己，是居心不良。為此，他還有意地抑製打擊孔、宋家族，一度改變了“蔣陳宋孔”四大家族的局麵。

而同時，因為勢力過於膨脹遭到蔣介石猜忌的戴笠也重新獲得了信任。他從一度被懷疑到重新成為蔣的寵臣，就像是一個曾經失勢的大太監又重新被召回了皇帝身邊，有了為皇帝搭肩提鞋的資格，要連忙像一條恭順的老狗一樣趴在主人身邊感恩戴德。

戴笠盡管沒有能夠像預想的那樣，把陳誠打得不能翻身，但是這也讓他銳氣大減。在陳誠的檔案裏，從 1943年 11月到 1944年 6月是一個政治上的空白期。他的身體似乎也大不如從前，胃痛時常發作，精神和誌氣也都在慢慢消磨。

這樣一直到國民黨豫中會戰失敗，西北告急後，陳誠才重新有機會前往漢中擔任第一戰區司令長官。蔣介石依然把他看做自己最信任的大將。10月，陳誠擠掉何應欽，升任軍委會軍政部長，再次活躍在中國政壇的中心。

戴對蔣如此寵信陳誠，甚為不滿，但也無可奈何。他隻能自嘲地說：“雖然我癡長他一歲，可是發跡卻太晚了。我還在黃埔軍校為胡靖安跑腿的時候，他已經是國民革命軍二十一師師長了。到我剛到校長身邊‘跑單幹’時，他又躍升為第十八軍軍長。所以他這輩子注定是要在我頭上的了。”