珍珠港事件後，杜諾萬成了美國戰略情報局局長。此人不僅野心極大，而且有嚴重的妄自尊大的“白人至上”的種族偏見。他一心想把美國海軍部與中國軍統局組成的中美合作所，置於戰略情報局的領導之下。杜諾萬采取的第一步驟就是要說服海軍部，同意讓梅樂斯兼任戰略情報局駐遠東的代表，企圖借梅樂斯之手，達到由戰略情報局控製“中美特種技術研究所”的目的。杜諾萬采取的第二步則是要美國陸軍方麵直接與梅樂斯交涉，由陸軍派教官來華協助軍統局訓練遊擊隊。與此同時，杜諾萬還乘美國副總統訪華之際，派進一些美國特務，企圖在中國西北地區另建據點，而且還私擬了一份“神龍計劃”想與戴笠合作……然而，由於戴笠和梅樂斯有協定在先，成立“中美特種技術研究所”的目的是配合美國海軍對日作戰，為日後美國海軍在中國東南沿海登陸做準備。所以，杜諾萬所有的計劃都分別被美國海軍部、梅樂斯和戴笠否定了。

杜諾萬仍不死心，他利用美國海軍部與陸軍部多年來存在的矛盾大做文章。他一方麵慫恿美國陸軍參謀長馬歇爾及陸軍中印緬戰區司令史迪威，讓他們出麵要把“中美特種技術研究所”的美方人員劃歸中印緬戰區司令部管轄。另一方麵，杜諾萬在美國軍界大肆宣揚說中美合作的業務控製權由中國人掌握不是明智之舉，言外之意就是應該由美國人領導一切。杜諾萬的舉動無疑對戴笠和梅樂斯已經開始的合作是一種幹擾，為了避免再次受到杜諾萬的幹擾，戴笠和梅樂斯決定正式起草一份合作協定，交由中美雙方的首腦簽署。可是按照美國的法律，凡由總統簽署的涉及外國政府的文件，均需參議院先同意。此事在美國海軍部長這裏當然沒有異議，可是到了馬歇爾那裏問題來了。他不但遲遲不肯簽字，而且電告史迪威說：“由於戰略情報局的工作遍及世界各地，分別隸屬各戰區司令官之下，因此聯合參謀本部考慮，中美合作協定內容應為，梅樂斯及其率領的美方人員歸屬閣下係統，戴將軍所率的中方人員歸蔣委員長節製。”

在馬歇爾看來，同意戴笠及中方人員歸蔣介石節製，就已經夠寬宏大量的了。而史迪威，又是個最藐視國民黨的人。因為他曾在中國待過好長一段時間，所以懂中文，會講中國話，被美國人稱為“中國通的中國通”。也許正是史迪威對中國了解的太多了，他始終看不起蔣介石所領導的中國軍隊中的高級將領。珍珠港事件後，史迪威作為美國總統的代表來到中國。此時，他還兼任駐華美軍司令官、中國戰區總司令和蔣介石的參謀長。史迪威到中國後，就向蔣介石提出正在緬甸作戰的中國遠征軍要由他全權指揮。蔣介石對史迪威的傲慢無禮非常生氣，但又急欲借美國人的軍事和物質力量來打敗日本軍隊，所以表麵上同意他提出的要求，暗地裏卻坐在重慶遙控著中國遠征軍。為此事，史迪威氣得大罵蔣介石是個“微不足道的小人”。

不過，史迪威收到馬歇爾的電文後並沒有意氣用事，他覺得如果美國通過中美合作完成有利於美國利益的任務的話，讓戴笠為主任控製業務管理上的權力不見得是壞事。因為，史迪威也清楚在中國的許多事情上如果得不到戴笠的首肯，就很難行得通。唯有讓史迪威不讚成的是，梅樂斯幫助戴笠訓練特務武裝，進行遊擊戰爭。恰逢此時，史迪威指揮的部隊在緬甸戰場被日本軍隊擊敗，致使整個緬甸失陷。這時，美國國內有篇評論文章說：“……日本在緬甸的戰鬥部隊不過四五萬人，所以緬甸失陷不過是使日本可以多調動 5萬人以內的部隊來對中國作戰。但是整個中國失陷了，則將有一百萬以上的日軍可以抽調出來，進攻西伯利亞、阿拉斯加、夏威夷乃至美國的太平洋海岸。5月間，僅在中國金華一地集結的日軍，就多於緬甸戰場的日軍人數的兩倍……”為此，梅樂斯就拿著這篇評論去找史迪威，向他說明在中國東南沿海訓練特務武裝並進行遊擊戰的重要性。史迪威聽後無話可說，盡管心裏仍然不滿意梅樂斯和戴笠間的合作，但他已提不出反對的理由。於是，史迪威給馬歇爾發去電報說：“如果按將軍所言‘分而自之’的話，我們將無法獲得戴笠將軍的合作。戴笠是個極端保守和極端多疑的人，他決不會允許自己與梅樂斯之間再有個第三者……”馬歇爾對史迪威一向信任，既然史迪威不同意“分而自之”，他也不再堅持。但馬歇爾仍舊堅持把中美合作中的美方人員及梅樂斯，作為史迪威管轄下的一個海軍組。不過，該海軍組在中美合作中無須受史迪威和美國戰略情報局的領導。這樣，戴笠和梅樂斯擬定的合作協定很快得到了美國總統羅斯福的批準，也就有了中美之間在重慶簽訂合作協議的儀式。

戴笠在這場美國內部競相爭奪與軍統的角逐中，本來完全可以保持沉默，因為不管美國方麵的結果如何，最後得利的還是他戴笠。但由於戴笠與梅樂斯事先已有了較好的私人關係，並有通過美國海軍支持他出任中國海軍的默契，所以不論在公開還是私下場合都站在美國海軍一邊。

據說，當時美國戰略情報局杜諾萬為了爭得與軍統局的合作，來中國找過戴笠。在酒會上，杜諾萬離座舉杯與戴笠走到一旁交鋒了起來。杜諾萬對戴笠說：“如果你在與美國海軍部的合作中，阻礙了美國戰略情報局特工人員在中國搜集情報，那麽戰略情報局將單獨行動。”戴笠聽後微微一笑說：“你一定要這樣做的話，那我會殺死你們所有的人。”杜諾萬也笑著回敬說：“你若殺死我手下一個人，我會殺死你一個將軍來抵償。”戴笠的臉上頓時沒有了笑容，聲音冷冷地說：“你不能這樣與我說話。”杜諾萬毫不猶豫地回話說：“我就是這樣對你說話！”是否真有這場針鋒相對的對話已不得而知，但不管怎麽樣通過這場美國內部的角逐，使更多的美國人知道了戴笠。

1943年 8月份，梅樂斯赴印度視察時，在阿拉哈巴車站遇刺受傷。戴笠下令軍統在印度的組織徹查，很快弄清是日本間諜所為。梅樂斯聞訊極為高興，稱讚軍統的力量確是不凡，並大力在美國國內替戴笠進行宣傳，以至引起了美國總統羅斯福的注意。再加上美國情報人員傳來大量關於軍統和戴笠的情報，於是，就有了在開羅會議上，羅斯福總統向參加會議的蔣介石提出，他想見戴笠。這充分表示，在美國人的眼中，蔣介石所領導的國民黨政府是無能和低效的，而戴笠的軍統局以極高的工作效力，給美國在軍事上帶來了極為重要的戰略價值，這不能不使美國人另眼相看。此舉無疑使蔣介石內心極其不快，並產生警覺。蔣曆來認為特務工作決不能讓其他勢力染指，特別是像美國這樣的國際強國，一旦戴笠被其控製，後果將不堪設想。蔣介石找了借口推脫，使得戴笠至死都沒有見到羅斯福。而且蔣介石開始下定決心，一定要給戴笠一點苦頭吃吃，讓他不能再這麽威風下去。