終於張居正要開始實現他多年的抱負了，他要大明的江山變得更為強大，他要讓大明的國庫變得更為充盈。今天他終於要從這裏開始了，但他不知道的事，一件足夠影響他去留的大麻煩很快就找上了他。
在明朝如若朝廷官員的父母離世。必須離職回家守孝三年，(至少27個月)，假如政務緊急，離開不得，那麽皇上可以“強迫”他留在位上，不回去盡孝子之情，算“奪情”。這一辦法隻能在極特殊情況下偶然一用。
春去秋來光陰荏苒，轉眼間到了萬曆五年的秋天。這天夜交亥時，一匹快馬自宣武門方向馳來，到了紗帽胡同口，馬上騎客一捋韁繩，快馬兩隻前蹄頓時騰空，那人趁勢跳下馬鞍，向一個正好路過此地的路人打昕，張大學士府在何處？因這人濃重的南方口音，路人一連聽了三遍才弄清楚意思，便向胡同口內一指，答道：“進去百十來步就是。”聽說這麽近了，那人不再騎馬，而是牽著馬大步流星走進紗帽胡同，片刻之後，張居正的府邸大門便被這人擂得山響。片刻一個傭人出來開門了。這個漢子馬上進了府邸並大聲說道：“我有要緊事，要見首輔大人，勞煩兄弟快快通報。就說老家來人了。那傭人看這個漢子的樣子不像是在說謊，所以也沒有多做逗留，馬上並報給張居正了。
不多時張居正從內院走了出來。此時他朝張居正雙膝一跪，稟道：“首輔大人，小的受您尊母老大人所托，從江陵趕來送信。”
“送什麽信？”
“令尊大人張老太爺已經仙逝。”
“什麽，你說什麽？”
“張老太爺已於本月十三日在家中仙逝。”
張居正如遭五雷轟頂，嘴中不停地喃喃說道：“這怎麽可能，這怎麽可能……！他似乎不太相信，因為他已經和父親十九年沒有見過麵了，自從他進京考科舉以來，他就再也沒有見過父親了，他在的記憶裏父親張文明一直是一個健康的讀書人，怎麽說走就走了。此刻的張居正悲痛萬分。而最為主要的是接下來的事。明朝如若朝廷官員的父母離世。必須離職回家守孝三年，(至少27個月)，但此刻張居正知道自己的改革才剛剛開始。如果自己一但離去，那麽富強大明的夢想自己一輩子都實現不了。此刻的張居正陷於了深深的憂鬱之中。
第二天清晨，北京的天剛出現魚肚色。大明的皇帝和李太後就知道了張先生的父親去世了。乍一聽到這一訃告！李太後一愣，頃刻便看見她眼裏的驚慌。朱翊鈞已好長時間沒有見過母親的這種驚慌的眼色了，他忽然感到莫名的恐懼，微微顫抖著喊了一聲：
“母後！”
李太後似乎並沒有從這個噩耗之中反應過來。她的眼中還是一片驚慌之色。她緊忙問一旁的馮保。“馮管事，這守製是什麽意思？”
“守製是洪武皇帝爺訂下的規矩，”馮保小心翼翼地奏道，“凡在職官員，遭逢父母大喪，必須除去官職，回家丁憂三年，然後再複職，這一製度就叫守製。”
“這麽說，張先生要回家三年？”
“按朝廷大法，是得這樣！”李太後這才感到事態嚴重，忙問一旁站立的馮保：“馮管事，這張先生一定要回家守製嗎？”馮保點了點頭。接著滿懷憂鬱的說道：“回皇上太後，這……這……萬曆朝，如果沒有張先生，老奴不知道這萬曆朝將會變成什麽樣子呢？”聽了大伴的回話高高在上的十五歲的朱翊鈞突然大聲說道：“我是大明帝國的皇帝，我可以不讓張先生回去。這樣張先生不是就可以留在京城，繼續他的改革嗎？”馮保和李太後聽見朱翊鈞堅定的話語，突然感到一陣欣慰。
但很快馮保說道：“這個……恐怕有點難度？”說完馮保望了一眼十五歲的萬曆帝。這位九歲的皇帝，如今已經慢慢的長大了，不知什麽時候開始，已經變得既有主見了。“大伴，這要是奪情可有章程？”朱翊鈞問馮保。“回萬歲，這個……這個有！”馮保回答得極為響亮和肯定。“什麽章程？你快說！”十五歲的朱翊鈞著急了，因為他知道此刻的他是萬分也離開不得張先生。“回萬歲，在明朝如若朝廷官員的父母離世。必須離職回家守孝三年，(至少27個月)，假如政務緊急，離開不得，那麽皇上可以“強迫”他留在位上，不回去盡孝子之情，算“奪情”。這一辦法隻能在極特殊情況下偶然一用。”“好，如此甚好，那朕今日就給張先生奪情一回！”“萬歲英明！”馮保極為恭敬的回答道。“那好，大伴，你西安刻就給朕擬一道諭旨。”馮保領命。片刻就準備好了筆墨紙硯。今日得知先生之父，棄世十餘日了，痛悼良久。先生哀痛之心，當不知何如
也！然天降先生，非尋常者比。親承先帝付托，輔朕衝幼，社稷奠安，天下太平。莫大之忠，自古罕有。先生
父靈，必是歡妥。今宜以朕為念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。欽此。
片刻馮保讓自己的親信往張居正的府邸送聖旨。
在馮保的親信來到張居正府邸宣讀聖旨之時，張居正已經是在自己的府邸上披麻袋孝一夜有餘，他因幾日的勞累，加上父親的離世，使他此刻看起來是那麽的憔悴。自從知道父親去世以來。他就陷於了深深的痛苦之中。按規定他必須立即“守製”，如果這樣，他就得離開北京三年。如果真的這麽做了，那他嘔心瀝血推行的萬曆新政，無疑就會半途而廢。但不這樣做，又找不到恰當理由。現在聽說皇上決定慰留，他如同在深不可測的黑暗中看到一點亮光。但他不願在馮保的親信麵前表露心情，隻是微微一點頭表示知道了這件事，他讓馮保的親信稍等會兒，起身去了書房，從書屜裏抽出專用箋紙，工工整整寫了一段文字：
聞憂謝降諭宣慰疏
本月二十五日，得臣原籍家書，知臣父張文明以九月十三日病故。臣一聞訃音，五內崩裂。
茲者，伏蒙皇上親灑宸翰，頒賜禦劄。該司禮監李佑恭捧到臣私第。
臣不忠不孝，禍延臣父，乃蒙聖慈哀憐犬馬餘生，慰諭優渥。臣哀毀昏迷，不能措詞，惟有痛哭泣血而
已。臣不勝激切哀感之至。
寫完這道疏文，張居正看過後，便讓馮保的親信將這封信交給當今的萬歲爺和李太後。
萬曆五年九月二十七。張居正就給當今的皇帝和當今的皇帝的生母李太後上了一道謝禦，名日《謝兩宮太後賜賻疏》，內容如下：
臣於本月二十五日聞父憂，今日欽奉仁聖皇太後懿旨，賜臣銀五百兩，紆絲十表裏，新鈔一萬貫，白米二
十石，香油二百斤，各樣碎香二十斤，蠟燭一百對，麻布五十疋。該慈慶宮管事太監張仲舉恭捧到臣私第，臣
謹叩頭祗領訖。
伏念臣罪惡深重，禍延臣父，以致抱恨終天，痛苦幾絕。仰荷慈恩垂憐犬馬殘生，諭慰諄切。又特頒厚
賻，赫奕充庭。顧此殊恩，古今罕遇。臣一家父子，歿者銜環結草，存者捐軀殞首，猶不足以仰報慈恩於萬一
也。臣哀苦愚衷，辭不能布誠。不勝激切仰戴之至。
自從張居正父親去世的消息傳出以後，京城裏一時是鬧的沸沸揚揚。大家都為張居正的去留問題在吵得不可開交。支持的說，此刻張居正是大明江山的支柱，不可以離開，不支持的人則拿著祖製來說事，要張居正立刻離開，回家守孝三年。而最為嚴重的是明朝的言官，他們一致要讓張居正回家守孝，終於十五歲的朱翊鈞決定表現他君威的時刻到了。這日他對馮保說道：“朕今日已明確表態，對這些犯上作亂之人，一律嚴懲。”“是！老奴馬上傳旨，”馮保說著卻不挪身子，遲疑一會兒，又道，“萬歲爺，如何嚴懲？”
“朕已降旨吏部詢問，昨日已有回答，給吳中行趙用賢二人，各廷杖六十，貶為編氓，永不敘用，今日的艾穆沈思孝二人，氣焰更加囂張，廷杖各加二十，流徙三千裏，戍邊充軍。”
“請問萬歲爺，廷杖何日執行？”
“明日辰時，讓大小九卿四品以上臣工，都到午門外觀刑，一個都不準缺席。”
“老奴遵命，現在就去傳旨。”
在明朝廷杖意味著什麽，這是對犯罪官員最嚴厲的懲罰之一。隻有直接觸怒皇上的官員，才會遭此重刑。罪官從詔獄中提出，押至午門外，在墊了氈的地上頭朝三大殿伏身躺下。負責行刑的錦衣衛兵士手持大棒——這大棒是特製的，它由栗木製成，擊人的一端削成槌狀，且包有鐵皮，鐵皮上還有倒勾，一棒擊下去，行刑人再順勢一扯，尖利的倒勾就會把受刑人身上連皮帶肉撕下一大塊來。如果行刑人不手下留情，不用說六十下，就是三十下，受刑人的皮肉連擊連抓，就會被撕得一片稀爛。不少受刑官員，就死在廷杖之下。即便不死，十之八九的人，也會落下終身殘廢。廷杖最高的數目是一百，但這已無實際意義，打到七八十下，人已死了。廷杖一百的人，極少有存活的記錄。廷杖八十，意味著雙腳已邁進了閻王爺的門檻。
就這樣，當時就有許多人認為這樣做不可以，這些人都遭到了廷杖、貶斥甚至流放等。可此刻的張居正並沒有想到這次的奪情事件為他以後身敗名裂埋下了伏筆。
第二年，張居正的父親死去一周年，張居正請假，回原籍安葬父親，皇帝給了他三個月假。張居正帶隨從和護衛還鄉，一路上地方大員郊迎郊送，還送上許多贐儀和奠金。而江陵城為張居正的父親葬禮，傾城出動，葬禮空前的盛大。張居正安葬完父親回京，司禮太監何進代表皇帝揩百官在郊外迎接，兩宮太後也各派太監李琦、李用來宣諭慰問，恩寵甚佳。