《憂危竑議》作為一本影響了明代江山的書籍，可以算是千古一書。
國本之爭
萬曆皇帝在位時，皇後王氏沒有子嗣，立長子朱常洛還是立鄭貴妃的兒子朱常洵就成了朝廷和宮中爭論的中心。這場爭論持續了數十年，一直困擾著神宗萬曆年間的後宮和朝政。這就是萬曆年間有名的國本之爭。這場國本之爭牽連甚廣，宮妃美人和朝野百官無不置身其中。圍繞著所謂的皇儲國本，各種勢力一次次地重新分化組合，明代的門戶之禍便是從這裏興起，並泛濫成災。這場國本之爭的中心是神宗的愛妃鄭貴妃和她的兒子朱常洵，其高峰和熱點便是《憂危竑議》案，也就是所謂的“妖書案”，它把滿朝大臣都卷入了空前紛亂的黨爭漩渦。
事情的起因是刑部左侍郎呂坤寫了一本叫《閨範圖說》的書，書中以圖解的方式記載了曆代一些賢德女人的故事。這本書被鄭貴妃的心腹鄭國泰看到，覺得這是一個討好皇帝和貴妃的機會。於是他就把這本書重新翻刻，又加上了後妃的傳記故事，並把鄭貴妃也明目張膽的列了上去。這本來隻是鄭國泰拍馬屁的手段，但是在這個選立太子的敏感時期，卻成了黨爭攻擊的對象。科臣戴仁衡和全椒知縣樊玉衡接連上書，彈劾呂坤和鄭貴妃。鄭貴妃坐鎮後宮，耳目很多。她得知戴、樊二人的進奏，淚如滾珠，在神宗麵前哭訴。神宗哪裏受得了這個?立即下旨，將戴、樊二人治罪，一同削籍戍邊。鄭貴妃這才稍感欣慰。呂坤、鄭國泰等也略鬆了一口氣。
浮出水麵
事情好不容易平息下來，京城中卻忽然秘密流傳了一種仿照（（閨範圖說》所作的書，叫做《憂危竑議》。也不知這本書的作者是誰，書中援引了曆代嫡庶廢立的故事，矛頭直指鄭貴妃，說她刻書的目的是為了“奪嫡”，為自己的兒子立為太子作輿論宣傳。一時之間，朝野上下鬧得沸沸揚揚。鄭貴妃的黨人馬上站出來指責，這本《憂危竑議》是支持戴仁衡和樊玉衡，陰謀反對皇帝和貴妃的大臣所作，並列舉出了長長的參與寫書的大臣名單。萬曆皇帝本來就對這件事非常憤怒，鄭黨再這麽火上澆油，再加上鄭貴妃不斷在他身邊委屈哭訴，萬曆大發雷霆之怒，把名單上的大臣罷職的罷職，貶謫的貶謫，罰俸的罰俸，都進行了嚴厲的懲罰。一時間，反對鄭貴妃、語侵後宮的朝臣作鳥獸散，他們或被貶職，或被奪俸，或被遠流戍邊。他們既沒有辯解的機會，又不可能申訴。這場《憂危竑議》案便疑雲重生，不知道其真相究竟如何?是真的出自反鄭派朝臣偽造?還是鄭貴妃故意拋出此書，借此將反對派一網打盡，以封住眾口，早日結束這場爭議?不論這場疑案的真相如何，但此案一出，對鄭貴妃確實是極為有利。後宮自此平靜了兩年，國本之爭也因此有所緩和。
到萬曆二十九年，萬曆皇帝已經四十歲了，立太子的事再也不能拖延，萬一哪天皇帝突然駕崩，卻沒有明確的皇位繼承人，天下將因此而大亂。經過與群臣十五年的馬拉鬆似的對抗，萬曆皇帝感到疲累絕望了，他終於同意冊立皇長子朱常洛為太子，並於這年的十月十五日舉行了冊封儀式。國本之爭到此似乎應該完全結束了。但事情的發展卻出人意料，圍繞國本之爭的黨爭不但沒有隨著太子的確定而消失，反而有愈演愈烈之勢。
《續憂危竑議》
太子冊立以後，沒有平靜兩年，一本托名“鄭福成”寫的小冊子《續憂危竑議》就突然之間冒了出來，而且很快地就在京師流傳開來，一夜之間就傳遍了宮門街巷。此書以問答體寫成，說皇上冊立朱常洛為太子是出於不得已，還說鄭貴妃與一些大臣勾結，欲廢朱常洛另立自己的兒子為太子。整篇文章用詞閃爍詭妄“鄭福成”的托名，也蘊含了“鄭氏”的兒子“福王”朱常洵“當成”的意思，人稱“妖書”。萬曆一見此書，當即怒斥為“胡鬧”，命錦衣衛速速查辦，一下子掀起了一股濫捕之風。許多人借此發泄黨爭仇隙、個人恩怨。這個與同僚不和，便說妖書是同僚搞的，哪個人看別人不順眼，就報告說他是“妖人”；連和尚、醫生都被抓了起來，一時廷獄人滿為患，京城人人自危。萬曆皇帝也被弄得焦頭爛額，不明就裏。當時的內閣首輔大學士沈一貫也是鄭貴妃的人，他一向善於排斥異己。他與次輔沈鯉一向不和，沈鯉以前曾經做過萬曆皇帝的侍講官，入閣以後也很受器重。他的門人弟子郭正城這時正在做東宮侍講，也很受太子朱常洛的信任和尊敬。此時“妖書案”一出，沈一貫馬上抓住機會，上奏說沈鯉勾結黨人，反對朝廷，希望皇帝嚴懲沈鯉等人。
萬曆皇帝這時已經被鬧得暈了頭，一見到奏疏，就馬上下令逮捕郭正城進行審問。沈一貫命人對郭正城嚴刑拷問，還派人勸郭正城自殺，邡被郭正城嚴詞拒絕。後來因為太子朱常洛屢次插手警告，郭正城才免遭毒手。沈一貫又派人去沈鯉家中搜查，也沒查出什麽東西。拉來作了個替死鬼，被皇帝下令淩遲處死了事。這次案件的牽涉範圍之廣，使一開始持明確態度要求嚴查的萬曆皇帝也感到驚心不已。他到這時才發現，由於國本之爭，由於他多年的拒不理政，朝廷上的黨派之爭已經達到了令人吃驚的程度。這時他已經無力改變這種狀況，而且萬曆皇帝還夢想著讓各黨互相牽製，以利於穩固自己的統治。他這種姑息放任的態度更加促進了黨爭的發展，最終明王朝就在黨派之間的吵吵鬧鬧之中滅亡了。
那麽妖書令朝野震動，攪翻了後宮，究竟是何人所為呢?有的說此書出自清流之手，想傾覆沈一貫。有的馬上辯說，認定此書出自清流之手，是想誣陷清流領袖郭正城，因為郭正城見忌於沈一貫，這是一個陰謀。沈一貫聽命於鄭貴妃，這妖書是出自反鄭朝臣之手還是鄭貴妃指人所為?這又是一個謎。不過，這場《續憂危竑議》案一出，拷掠牽連，眾多朝官遭受荼毒，慘不忍睹。