萬曆末年，在宮中頻繁的權力之爭中，先後發生“明宮三案”。
明宮三案
挺擊案發生在萬曆四十三年。這一年五月，薊州男子張差持挺闖入太子朱常洛居住的慈慶宮，打傷守門太監李鑒，直到前殿簷下，被內官韓本國擒獲，交付東華門守衛指揮朱雄。嚴刑拷問之下，供出是鄭貴妃宮監龐保、劉成指使。神宗不願追究，先殺張差棄市，後殺龐保、劉成於禁宮。
紅丸案發生在萬曆四十八年。這年七月萬曆皇帝去世，太子朱常洛即位，為明光宗。不久，光宗得了痢疾。鄭貴妃內侍崔文升進大黃藥，服後病情加劇，鴻臚寺官李可灼進紅丸兩顆，名稱仙丹，結果光宗服仙丹即死去，在位僅二十九天。再加上移宮案，便是聞名曆史的明宮三案。
暗奪幼主
光宗朱常洛病重之時，非常擔心他的寵妃李選侍。李選侍自己無子，曾經撫養過年幼的熹宗和崇禎皇帝。光宗病危，還特別堅持要封李選侍為皇貴妃，並當著大臣的麵，告訴皇長子熹宗朱由校要視李選侍如親生母親，視為太皇後。但是，光宗也並不是寵愛她到理智全失的地步，他深深了解自己喜愛的女人，李選侍心計深沉，不甘心久居人下，在宮中一向以敢作敢為、大膽果斷著稱。所以，盡管李選侍一再要求皇帝立她為皇後，但是光宗始終沒有答應，隻是催促群臣趕快進行皇貴妃的冊封之禮。這已是他肯給李選侍的最高地位了，在宮中僅次於皇後。
幾天後，光宗死去了，李選侍卻仍住在皇帝、皇後的寢宮乾清宮。她是想借年僅十五歲的光宗長子朱由校掌握朝政，坐鎮乾清官，進而統馭後宮。大臣們對她的心思很清楚，都在心裏暗暗擔憂。給事中楊漣對大臣周嘉謨、李汝華說：“宗社事大，李選侍非可托少主者，急宜請見嗣王，呼萬歲以定危疑……移住慈慶為是。”兩人深有同感，一起去見輔臣方從哲。群臣商量過後，又一起奔向皇宮，楊漣率先奔進後宮，太監們執棍攔阻。楊漣怒斥說：“皇帝召我等至此，今晏駕，嗣主幼少，汝等阻門不容人臨，意欲何為?”太監們不知所措，隻得讓開，諸臣這才進入。眾位大臣見了光宗的靈位，都痛哭了一番，然後就請求拜見皇長子朱由校。
李選侍將朱由校留在暖閣，不讓他出來。宮裏耿直的老太監王安哄騙李選侍，這才把朱由校抱持而出，眾人連忙叩頭，山呼萬歲。朱由校立在那裏，不知道是怎麽回事，嘴裏隻是說：“不敢當!不敢當!”群臣奏請進詣文華殿，王安擁長子而行，閣臣大學士劉一燎掖左，勳臣張維賢掖右，湧入文華殿。內侍李進忠三次奔來，傳李選侍的命令，召皇長子回宮，並喝斥諸臣說：“汝輩挾之何往?”楊漣怒叱李進忠，擁著皇長子登輿。到了文華殿，朱由校西向坐定，群臣行大禮拜見，並請朱由校即日登基。朱由校不同意，吩咐出六日即位。接著，大臣們擁朱由校入慈慶宮。
大學士劉一燎進奏說：“今乾清宮未淨，殿下暫居此。”吏部尚書周嘉謨也說：“今日殿下之身，是社稷神人托重之身，不可輕易。即詣乾清官哭臨，須臣等到乃發。”
朱由校也知
道事態嚴重，就點頭同意。
移宮成定局
楊漣這時對隨行的太監們說，外事緩急有諸位大臣，調護聖躬卻在諸內臣，責任重大。太監王安則答應一定盡職盡責，眾人這才退去。大臣們合議，還是得即日正位，讓內官進奏，朱由校不允。眾人便在殿中坐等。這時吏部尚書周嘉謨又聯合眾臣合疏進奏，請求李選侍移出乾清宮，遷往別宮。禦使左光鬥明白指出，殿下今已十五歲，內有忠直老成的內官輔佐，外有朝中重臣輔佐，哪裏乏人，還須李選侍像照顧嬰兒一般貼身相隨?因此，伏請即早決斷，如果李選侍借撫養之名而行專製之實，那武則天之禍就不會太遠了!
皇長子覺得有理，發布上諭，說移宮已有聖旨，冊封貴妃一事，尊卑難稱，著禮部再議。給事中暴謙貞卻毫不保留地坦白說，皇長子即將登上大寶，上有百靈嗬護，下有群工擁戴，何用此婦人女子!而且李選侍並非忠誠愛國，萬一封典得行，專權用事，恐怕難以抑製。好在宮中忙亂，沒人理會，這一番話並沒有引出風波。李選侍接納心腹李進忠的主意，邀朱由校和她同宮，還忿然宣言，要逮捕楊漣、左光鬥。楊漣在宮門遇見李進忠，詢問李選侍何日離宮?李進忠搖手說：“李娘娘甚怒，今母子一宮，正欲究左禦使武氏之說!”楊漣怒叱說：“誤矣，幸遇我。皇長子今非昨比，選侍移宮，異日封號自在。且皇長子年長矣，若屬得無慎乎?”李進忠默然無語。
科道官員惠世揚，張潑從東宮門出來，聽了這件事也大驚失色，說今日選侍垂簾，下旨逮捕光鬥。楊漣立即駁斥說，沒有這事!宮禁一時人心惶惶。誰也弄不清楚是如何變局，皇帝是親近李選侍對付朝臣還是傾向於朝臣疏遠李選侍，大臣們一個個狐疑滿腹。
過了幾天，李選侍還是住在乾清宮，逍遙自在，根本沒有移宮之意。楊漣便直言上奏，說先帝過世，人心惶危，都說李選侍假借保護之名，陰圖專權之實，伏請殿下暫居慈慶宮，撥別宮先遷出李選侍，然後再奉駕還宮。祖宗宗社最重，宮幃恩寵為輕。如今登基已在明日，哪有天子偏處東宮之處!這移宮一事，臣等進言在今日，殿下也當實行在今日。楊漣呈上奏疏後，拜見方從哲。方從哲認為這件事不用太著急，晚兩天也沒什麽關係。楊漣卻說，太子明天就要登基了，難道登基為天子後還要回到東宮的住處嗎?李選侍今天不願離開乾清宮，難道以後就會主動離開了嗎?方從哲被楊漣說服，兩人統一了意見，又去促請太子頒下嚴令。
於是登基在即的熹宗朱由校下令，命李選侍移出乾清宮，移住仁壽殿。他還下令收捕李選侍身邊的幾個親信太監，理由是他們涉嫌偷盜大內庫藏。這樣一來，勢單力孤的李選侍敵不過皇帝的一紙命令，移宮已成定局。群臣們又反過來勸皇帝，看在昔日光宗的舊寵之上，遵照光宗的囑托，善待李選侍母女。小皇帝雖然對李選侍往日咄咄逼人的態度十分不滿，但還是答應了。
於是，這樣一件震動宮闈的移宮案終於以李選侍的失敗而落下帷幕。