為了保證朱家的子孫能夠永享君臨天下的特權，他絞盡腦汁，最重要的一個手段就是大殺功臣。
胡藍之獄
朱元璋的吏治一向以剛猛著稱，哪個大臣在朝廷上頂撞了他，或隻是讓他看不順眼，就會當場執行刑罰。有一種刑罰就叫“廷杖”，有的大臣當場被扒了褲子按在地上打板子，有的被打得皮開肉綻，這還算幸運的，有的人還被當場打死。因此官員門都整天提心吊膽地過日子。但就是這樣還不行，朱元璋還要找各種借口殺人。尤其是跟他一起出生入死打天下的功臣宿將，都成了他的眼中釘、肉中刺，非要殺光了，他才甘心。明朝初年的胡惟庸案、藍玉案，被並稱為“胡藍之獄”，就是朱元璋大殺功臣的典型事例。
洪武十三年，（公元1380年），朱元璋以“擅權植黨”的罪名殺了給他當了七年宰相的胡惟庸，同時把和胡惟庸有關係往來的官員一並進行屠殺。朱元璋一向信奉嚴刑，他覺得不利於他的人都應該殺頭，但又怕犯人的家人怨恨報複，所以也要一起殺了以免後患。這樣一來死的人可就多了，凡是跟胡惟庸有過來往的人都在清查中被殺，然後再滿門抄斬。後來逐漸演變成凡是朱元璋不滿意或者懷疑是胡黨的文武官員也一律被殺，連同他們的家人，一下子就殺掉了一萬五千人。這還不算完，朱元璋隻要看到誰不合他的意，就以這個名義進行誅殺，一直到十年之後，開國的大功臣、跟在他身邊已經將近四十年的卸任宰相李善長仍然以和胡惟庸“交通謀反”的罪名被命令自縊，他的家人七十餘口也一並被殺。在這個前後延續了十多年的案件中，前後被殺的王公貴族一共有幾十家，一共死了三萬多人。
藍玉，是開國功臣常遇春的妻弟，因為作戰有功被封為涼國公。他在家鄉飛揚跋扈，魚肉鄉裏，他手下的人都借著他的勢力胡作非為，總有人因此告他的狀，朱元璋為此訓誡過他好幾次，可他就是屢教不改。藍玉在朱元璋麵前又很不注意自己的言行舉止，更讓朱元璋不高興。
洪武二十六年，有人告發說藍玉想謀反，朱元璋抓住這個機會，二話不說就把藍玉抓了起來，關進大牢，並且施以酷刑。藍玉這些年來養尊處優慣了，哪裏受得了大刑，結果是問什麽就招什麽，不但承認了謀反的罪名，還牽扯進了許多無辜的人。朱元璋對藍玉處以肢解的殘酷刑罰，把其他牽涉到的人依照慣例也都殺得一幹二淨。這一案，殺了至少有一萬五千人。
牽扯胡藍兩案的，有四、五萬官員被殺，開國的功臣幾乎已經被殺光了。除去這兩個案子是成批屠殺之外，平日裏被殺的人也不在少數。例如他的侄子朱文正，在沒有建國前也為朱元璋立下了汗馬功勞，曾是朱元璋最信任的人之一，他又是朱元璋的親屬中比較有文化的人，因此更受到朱元璋的格外重視。
朱元璋當了皇帝以後，朱文正也被封了高官厚祿。他實在也沒有什麽錯處，可這時的朱元璋就是看他不順眼，硬是被冠以“親近儒生，心懷怨恨”的莫須有罪名將他鞭打致死。此外還有大將軍徐達、大將傅友德、馮盛、朱亮祖父子等都先後被他想方設法殺害。就連他自己的兒子也不例外。他的第八個兒子因為嶽父被牽連進胡惟庸一案，被朱元璋召回京城問話，卻因為害怕會受到朱元璋的處罰，在半路上就和妻子雙雙自殺了。
把刺都削幹淨
按理說，朱元璋的天下正是依靠這些功臣宿將的幫助才得以建立起來的，他為什麽狠心把這些當年的兄弟子侄朋友都殺光呢?其實這並不難理解，朱元璋曾經對他的兒子朱標說過一段話，正好可以解釋他這種嗜殺行為的原因。當他大肆屠殺功臣時，他的兒子朱標因為深受儒家思想的影響，崇信以仁德治天下，對他的做法很不理解，常常因為一個要殺一個要救和他發生衝突。有一天，朱元璋把太子叫來，什麽話也不說，把一根長滿刺的棍子扔在地上，要太子用手撿起來，太子看到上麵都是刺，有些猶豫。朱元璋就把棍子拿起來，用劍削光了上麵的尖刺，然後再遞給太子拿著，並且告訴太子說：“那些功臣就是這棍子上的刺，你不敢用手去拿，我現在幫你把他們削幹淨了，再交給你拿不是更好嗎?隻要我把那些人都殺幹淨了，你才能太太平平地當這個家!”
從這些話中不難看出，朱元璋一生是在艱苦鬥爭過來的，他很怕他這些沒有經過磨練的子孫過於軟弱，不能牢牢地控製住國家。又怕自己死後，那些功臣功高蓋主，不聽訓教，甚至起兵造反，使他的子孫坐不穩天下，才找盡一切理由，想方設法除掉功臣。這種考慮恐怕是他誅殺功臣的重要理由，可以說是極度殘忍蠻橫的。但是，他的這種做法也存在著某些合理的因素。例如在胡惟庸案件中，胡惟庸利用朱元璋對他的信任，在朝中結黨營私，排斥異己，獨斷專行，很有些沒有他不行的囂張氣焰。大臣們上奏給皇帝的奏折，他都要先拆開來檢查，看是否有不利於自己的內容，如果有批評他的內容，就把奏折隱匿下來不報。他還利用職權大肆貪汙受賄，凡對自己不滿意的人就一律陷害。他的這些行為嚴重威脅到了朱元璋皇權的權威性，也逼得朱元璋不得不殺了他，才能保持自己至高無上的地位。而那些功臣宿將大多都是出自朱元璋的故鄉淮西一帶，隻是朱元璋家鄉的濠州、鳳陽就封了六個公、二十八個侯。他們以李善長、胡惟庸為中心，結成了“淮西幫”，所成的政治勢力不可小覷，是朝廷的一個潛在威脅，也難怪朱元璋必欲去之而後快了。