湯若望是一名德國傳教士，順治皇帝也尊稱他為“瑪法（爺爺的意思”。
眾人都想鏟除湯若望
湯若望在中國竭力傳播基督教，但對於紼教、道教占主導地位的中國來說，這是十分困難的，並遭到很多勢力的阻撓和破壞。欽天監（清代掌管天文曆法的官員）楊光先就是一位心術不正，專靠誹謗為職事的家夥，他先後把一百湯若望像多個無辜者投入監獄。楊光先信奉道教，從公元1660年開始，他就為反對基督教而四處活動，並發誓要從根本上鏟除基督教；尤其是要鏟除作為耶穌會北京教區區長的湯若望。
楊光先拉攏禮部尚書恩格德，誣蔑說由於湯若望為皇太子選擇的葬日不吉，引起了董鄂妃早逝和順治夭亡，要求湯若望為此負責。對於這莫須有的罪名，輔政大臣鼇拜卻深信不疑，因為他信奉薩滿教。四輔政大臣中的另外三位也都要求處罰湯若望。
對癱瘓之人的無情陷害
康熙三年（公元1664年）四月，湯若望突然患腦溢血而半身不遂，不能正常行走，說話也含混不清。在他喪失言語能力和反抗能力的情況下，楊光先趁機加以打擊。他寫了一本名為《不得已》的誹謗之書，公開宣布湯若望及其同夥南懷仁、布格裏沃和馬格拉斯，還有四名中國教徒都是煽動者，其罪名為謀逆罪、散布謬誤的道德倫理和錯誤的天文曆算。
湯若望及其同事被逮捕，由於有皇帝的命令，湯若望沒被戴上枷鎖，但他的同事每人都被九條鐵鏈鎖住。鐵鏈十分沉重，使人坐臥不安，隻能整天趴在地上。每個被關者都有五名衛兵晝夜看守，審問時還必須連續數小時跪對審判官，這對半癱的湯若望來說是苦不堪言。
西方天文曆法的勝利
當他們入獄時天空中出現了一顆彗星，在中國人看來是極其不祥之物，這是一種警告。並且還有一股巨大的沙暴刮遍北京，連刑部的大院都落滿塵沙，於是刑部希望盡快結束這場審判。這時，獄中的南懷仁被突然鬆綁，他接到命令從牢窗的小孔中，計算下一個日食的時間和規模。刑部的官員企圖讓神甫在這種過於簡陋的觀測條件下工作，以使他們在計算上失誤，從而證實基督徒在傳播錯誤的天文曆算。在獄中，南懷仁一直細心照料比他大26歲的危在旦夕的湯若望。在審判時，他充當湯若望的大腦和喉舌。南懷仁在獄中依照歐洲的曆算學方法，由不能言語的湯若望當顧問，終於測出下一次日食的時間。同時中國和阿拉伯學者們也各依其法進行了測算。
中國天算學家預告：2點15分；
阿拉伯天算學家預告：2點30分；
耶穌會神甫預告：3點。
朝內的重要官員齊集觀象台上，都想弄清在中國、阿拉伯和歐洲這三種天文計算中，究竟誰屬謬誤者?這對正遭到厄難的耶穌會神甫來說，則是生死攸關的問題。一名衛兵取下南懷仁的手銬腳鏈，放下脖子上的枷鎖，教士們被允許在監牢內觀察日食情況。湯若望仍然躺在牢內喘著粗氣，不時陷入昏迷。真相大白的時刻逼近了，猛然間，一個站在時刻表前的人喊道：“現在是中國人測報的時刻，2點15分，無日食發生；16分、17分、18分……”大統曆的計算方法被排除在正確之外。“現在是回回曆的測報時間，2點30分”。然而太陽也並未出現絲毫影子；失望的觀察者還在等待，5分、10分、15分……阿拉伯人也被擊敗了。“3點整，現在到了你們的預報時間”。牢內的大官盯著湯若望，恰巧此時他剛醒。3點整，第一線影子投到太陽上，這隻是神甫們的第一個勝利。影子越來越火，逐漸遮蓋了整個太陽，這又是一個勝利，因為神甫們預報將是日全食，而中國和阿拉伯學者都預報是日偏食。
邸報將神甫們的勝利消息傳遍全國，大統曆和回回曆的天算家們被擊敗了。刑部官員們無視已經出現的事實，仍聚眾決議歐洲曆算學家的正確與否，可笑的是他們對西方的數學和天文學知識近乎茫然。南懷仁向中國官員保證，將準確報出晝夜一般長的春分時間，以此證明歐洲曆算法的優越性。然而這些人就像被燙傷的小蟲害怕再見到火一樣，他們隻知道譴責湯若望和他的科學。
老天相助，死裏逃生
不久，湯若望被判斬刑，鼇拜將其改為淩遲。淩遲是中國最殘酷的刑罰，即在人活著的時候就分割身體。湯若望將被一刀刀割死，為延長死亡過程，還要用烙鐵和熱油去止血；而他的同事則被判一百棍，驅逐出境。
正當湯若望的死刑判決被送到11歲的康熙皇帝麵前時，上午十一時，天和地又開始發生變化。天空中又出現一顆彗星，拖著長長的尾巴；地麵發生了一次大地震，持續長達三天，北京城和皇宮晃得像一條海上的船。監獄的牆塌了，衛兵們嚇得驚惶失措，房屋在強震中像紙牌一樣成片坍倒。土地到處出現大裂口，城牆多處毀壞，火災四處蔓延。尤其令人可怕的是，一股颶風夾帶著沙漠的黑雲遮天蓋地而來，皇宮內的大臣、貴戚和宮女都嚇壞了。皇帝的祖母孝莊太皇太後帶著小皇帝康熙跑到外邊，住在瓦礫間的帳篷內，太皇太後哭著說：“這是天譴呀!”
在老天爺的無情打擊下，輔政大臣們不得不退卻，最後放棄處死湯若望的決定將他釋放，湯若望就是這樣死裏逃生。