明朝滅亡以後，蒙古貴族率部眾退歸塞外，雄踞大沙漠南北，分裂成為漠北①、漠南②、漠西③三大部，互不相統。
漠南蒙古牧地東起吉林、黑龍江，西至賀蘭山，北鄰大沙漠，南接長城。漠南蒙古由科爾沁、喀喇沁、察哈爾、土默特、劄魯特、敖漢、奈曼、四子、阿嚕科爾沁、翁牛特、浩齊特、蘇尼特、鄂爾多斯、喀爾喀左翼等部組成。在蒙古三大部中，漠南蒙古同滿洲各部地域相接，語言、文字、風俗習慣等方麵相互影響④，最先與滿洲貴族結盟。
同科爾沁、劄魯特聯姻和結盟。
科爾沁部自明中葉即遊牧於嫩江一帶，在努爾哈赤統一女真各部的過程中，該部曾出兵助葉赫、哈達、烏拉、輝發等部，組成九部聯軍，與努爾哈赤為敵（萬曆二十一年，1593年）。努爾哈赤在擊敗九部聯軍後，科爾沁貝勒明安、莽古斯、翁果岱“遣使來通好，自是蒙古通使不絕（萬曆二十二年，1594年）”。
萬曆四十年（1612年）四月，科爾沁貝勒明安送女嫁努爾哈赤。萬曆四十二年（1614年）六月，科爾沁貝勒莽古斯送女與努爾哈赤之子四貝勒皇太極為妻，“四貝勒前往迎親，會於輝發國呼爾奇山地方，遂大婚成禮”⑤。
後金天命八年（1623年）五月，科爾沁貝勒孔果爾之女嫁努爾哈赤。努爾哈赤諸妃“迎於五裏之外”；同年九月，科爾沁貝勒噶爾齋之女嫁努爾哈赤十四子多爾袞，“殺九畜，置四桌，汗與諸福晉（滿語妃）、諸貝勒、大臣坐八角殿，演百戲而宴之”⑥。
後金天命十年（1625年）二月，科爾沁貝勒齋桑之女（莽古斯孫女）嫁四貝勒皇太極。
後金天命十一年（1626年）六月，科爾沁貝勒翁果岱之子奧巴，因受察哈爾部威脅前往沈陽與後金結盟，“誓告天地”，努爾哈赤以侄女妻之。
劄魯特部駐牧在喜峰口外，萬曆四十二年（1614年）四月，該部貝勒鍾嫩送女同努爾哈赤次子“古英巴圖魯貝勒⑦為婚”；該部內齊汗以妹嫁努爾哈赤第五子莽古爾泰；迨至年底該部貝勒巴拜將女嫁努爾哈赤第十子德格類。天命八年九月，劄魯特貝勒勞薩之女嫁努爾哈赤之孫瓦克達，瓦克達“前往十方寺迎接”⑧。天命五年（1620年）二月，後金遣使劄魯特，與鍾嫩會盟，“刑白馬、烏牛，對天盟誓”，其誓詞曰：“蒙天眷祐，願相盟好，同謀共處”，“我二國素與明國為仇，今將合謀征之”⑨。
征察哈爾。
在漠南各部中察哈爾實力最為雄厚，橫行大漠南北。天命十年十一月，因“察哈爾之兵來圍科爾沁”，努爾哈赤命莽古爾泰、皇太極、阿巴泰等“率精兵五千前往”，“出征貝勒至農安，正值察哈爾兵將攻科爾沁之際，聞金兵至，即連夜退去”。
後金天聰二年（1628年）初，察哈爾侵擾喀喇沁、鄂爾多斯等部，皇太極應喀喇沁、鄂爾多斯等部之請，發兵援助，在敖木輪大敗依附察哈爾的多羅特部。同年九月，皇太極再次發兵，討伐察哈爾，敖漢、奈曼、劄魯特、喀喇沁、科爾沁等部皆派兵參加，察哈爾部不支，拔帳西逃，從西喇木倫河（又名潢河）、老哈河一帶撤出。
天聰五年（1631年）察哈爾部侵阿嚕科爾沁。皇太極遣兵往援，該部首領林丹汗飽掠而去。翌年四月，皇太極約蒙古各部再征察哈爾，林丹汗率部眾渡黃河西奔，竄至青海大草灘，部眾散失十之七、八，所部解體。
天聰八年（1634年）五月，皇太極率軍西征，一路之上收編察哈爾部眾數萬，林丹汗之叔茂奇塔特率部眾投奔後金。皇太極行抵尚方堡得悉林丹汗死於痘症始撤軍。天聰九年（1635年）四月，林丹汗妻蘇泰太後、子額哲歸降，皇太極遂將次女嫁額哲為妻。林丹汗的敗亡及察哈爾的臣服，標誌著漠南蒙古同滿洲貴族結盟的最後完成。
健全法製。
天聰三年（1630年）皇太極派官員“頒敕於科爾沁、敖漢、奈曼、喀爾喀、喀喇沁五部，令悉遵我朝製度”。天聰八年（1635年），“定外藩禁令，凡奪人婦配他人者罰駝五十”，“如部長不察治，亦罰駝五、馬五十”。
設立蒙古衙門。
在同漠南各部結盟的過程中，後金設立蒙古衙門，“專治蒙古諸部事”，“掌外藩之政令”，“製其爵祿”，“定其朝會”，“正其刑罰”。
崇德三年（1638年），清朝廷將蒙古衙門更名為理藩院。理藩院下設六個司，其中王會司、柔遠司、旗籍司，負責朝貢、祿賜等事；典屬司、來遠司、理刑司，除負責蒙古各部封爵、會盟、喇嘛承襲外，還兼管西藏事務。
劃定牧地。
爭奪牧地是蒙古各部貴族長期混戰的原因，為此清朝廷對漠南各部劃定牧界。天聰八年（1635年）“遣大臣赴碩翁科爾，定蒙古牧地疆界”，明確規定，“既定界，越者坐侵犯罪；往來駐牧，務令會齊移動”。
編牛錄，設旗、盟。
崇德元年（1636年），皇太極派遣內宏文院大學士希福、蒙古衙門承政尼堪等“往察哈爾、喀爾喀、科爾沁諸部稽戶口，編牛錄”，把漠南各部編為六盟、二十四部、四十九旗。每旗設一劄薩克（即旗長）。由清朝廷從蒙古王公中簡派，劄薩克一職世襲罔替。旗下設章京、參領、佐領數名，協助劄薩克處理旗內事務。旗上設盟，盟長由蒙古衙門請旨簡任，盟長對各旗劄薩克有監督之權，但無權幹預旗務、發布命令。
在六盟、二十四部、四十九旗之外，還編有由清朝廷任命都統的蒙古八旗、土默特左、右二旗，此類旗直接隸屬蒙古衙門，“官不得世襲，事不得自專，與各劄薩克君國子民者不同”。
調蒙古各部從征。
滿蒙結盟補充了後金兵力之不足。科爾沁貝勒明安及其子昂洪、多爾濟、綽爾濟等“天命十一年，從伐巴林、劄魯特諸部，天聰五年從伐明，攻大淩河”，“六年從上伐察哈爾”；奧巴在天聰二年從征察哈爾，“三年從征明，克遵化州，圍北京；五年圍大淩河，降其將祖大壽；六年從略大同、宣府邊；八年複從征明”。順治元年入關之戰，“敖漢部長班第、巴林部長色布騰、阿嚕科爾沁部長穆彰、土默特左翼善巴、奈曼部善丹、劄魯特部哲胃赫、四子部落多爾拜及劄齎特、杜爾伯特、郭爾羅斯、科爾沁諸部皆從”。
以蒙古為長城。
我國北部曆來是遊牧部族出沒、繁聚之地，自戰國以來，曆代中原統治者均以構築、修葺長城的方式，阻擋遊牧部族南下。一些遊牧部族在進入中原後，也以修築長城防犯其他遊牧部族。滿洲貴族通過與漠南各部結盟，擋住漠北各部的鐵騎，至康熙年間又通過與漠北各部結盟，遏製準噶爾部東進的攻勢。以蒙古各部“防禦朔方”較土木所修長城“更堅”。
在同蒙古各部結盟的過程中，清朝統治者始終堅持恩威並施，“饑則哺之，寒則衣之，來則懷之”；“叛則討之，遁則宥之，降則舍之”；“開誠布信”，“以求服其心”；“修其教，不易其俗，齊其政，不易其宜”。
注釋
①漠北蒙古又稱喀爾喀蒙古。
②漠南蒙古又稱內蒙古。
③漠西蒙古又稱厄魯特蒙古。
④在女真文字失傳後，滿族在很長一段時間使用蒙古文，額爾德尼、噶蓋所創滿文（即老滿文）即參照蒙文字頭。
⑤《滿文老檔》上冊，第27頁。
⑥《滿文老檔》上冊，第567頁。
⑦“古英巴圖魯”係代善賜號，譯為“無畏勇猛”。
⑧《滿文老檔》上冊，第562頁。
⑨《滿文老檔》上冊，第13l頁。
⑩《滿文老檔》上冊，第648～649頁。
當時喀爾喀有三：一曰“舊喀爾喀”，編入蒙古八旗；一曰“喀爾喀左、右翼”。在喜峰口外一帶遊牧；一曰“外喀爾喀”即漠北各部，此處所言喀爾喀係指喀爾喀左右翼。
《清太宗實錄》卷五。
《皇朝藩部要略》卷一。
《聖武記》卷三。
天命十一年努爾哈赤逝世後，劄薩克部首領背盟，皇太極率兵討之。
《清史稿·明安傳》。
《清史稿·藩部一》。
《皇朝藩部要略》卷一。
南北朝時期，鮮卑拓拔部所建立的北魏為防備柔然就曾構築長城。
《清聖祖實錄》。
《皇朝藩部要略》序。