自宗喀巴①創立新教格魯派（亦稱黃教）以來，西藏喇嘛教內新教與舊教（亦稱紅教）之爭便開始產生。明清之際，黃教與紅教的矛盾日趨尖銳，掌握西藏政務的藏巴汗與信奉紅教的青海卻圖汗②結成反對黃教的同盟。黃教三大寺（色拉、哲蚌、甘丹）遣使赴烏魯木齊，與和碩特部顧實汗聯絡，請其出兵援助。1636年（清崇德元年，明崇禎九年）顧實汗進軍青海③擊敗卻圖汗，占領青海。顧實汗應達賴第巴④之邀，於1641年（清崇德六年，明崇禎十四年）進軍西藏，生擒藏巴汗⑤，建立由和碩特部蒙古貴族與黃教聯合統治西藏的體係——達賴居前藏、班禪居後藏，庶務由顧實汗長子達延及達賴的第巴聯合執掌。顧實汗成為青海、西藏地區的實際統治者⑥。翌年（1642年）顧實汗與達賴、班禪即遣使盛京，與清朝廷建立聯係。
五世達賴圓寂所引起的風波。
康熙十八年（1679年），達賴五世任命心腹桑結嘉錯出任第巴⑦。在此之前，達賴喇嘛通過擴建布達拉宮和增建黃教寺院，不斷擴大實力，同統治西藏的和碩特部貴族抗衡。康熙二十一年（1682年）達賴五世圓寂，桑結嘉錯匿喪不報，以達賴代言人自居，“偽言達賴入室，居高閣不見人”⑧。直至康熙三十五年（1696年）六月，昭莫多之戰後，清朝廷才從被俘獲的西藏人處得知達賴已去世多年，桑結嘉錯“陽奉宗喀巴之道法，陰與噶爾丹比欺”⑨。在受到清朝廷責問後，桑結嘉錯於康熙三十六年（1697年）發喪，並宣布達賴喇嘛的轉世靈童倉洋嘉措已經坐床（喇嘛教活佛繼承儀式，轉世靈童升座後才成為合法繼承人）。倉洋嘉措時年十五歲，並未得到顧實汗之子達賴汗（達延汗之弟）的認可，達賴汗之子拉藏汗屢將其“行為不端”之處向清朝廷匯報，並將碩特部貴族與西藏上層人物之間的矛盾公開化。
康熙四十三年（1704年），拉藏汗統兵從西藏北部直逼拉薩，經色拉、哲蚌、甘丹三大寺調解，達成桑結嘉錯退位（由桑結嘉錯之子出任第巴）、拉藏汗退兵的協議。時過一年戰事又起，藏兵戰敗，桑結嘉錯被殺，拉藏汗將達賴六世倉洋嘉措廢黜，解送北京，並於西藏另立伊喜嘉措為六世達賴。拉藏汗此舉，激起青海蒙古王公的抵製，彼等擁立在裏塘出生的噶桑嘉措為真達賴。為避免矛盾激化，清帝康熙令噶桑嘉措暫居西寧塔爾寺，並派侍郎赫壽入藏解決達賴靈童轉世所引起的爭端。
策妄阿拉布坦派兵入藏。
策妄阿拉布坦係僧格長子，在噶爾丹統治時期，因受逼迫“帶領七人潛逃至吐魯番”，在噶爾丹東征喀爾喀後返回伊犁，“收其父舊屬及噶爾丹餘眾，複成部落”。策妄阿拉布坦把一部分維吾爾族人遷往伊犁，從事農業生產，伊犁河流域、額爾齊斯河流域以及烏魯木齊一帶，大片沃土得到開墾。在他的統治下“曆十餘年，部眾繁滋”，實力大增。
為了向青海、西藏擴張，策妄阿拉布坦一方麵同拉藏汗聯姻；一方麵同黃教三大寺的喇嘛來往頻繁，暗中結成一個反對拉藏汗的同盟。康熙五十五年（1716年）策妄阿拉布坦派其弟策淩敦多布領精兵六千，繞戈壁灘，越大雪山，“涉險冒瘴，晝伏夜行”，從西藏北部騰格裏山入藏，擊敗藏兵。康熙五十六年（1717年）十月準兵攻入拉薩，拉藏汗逃往布達拉宮，布達拉宮駐軍迎降，拉藏汗在突圍時墜馬被殺。準噶爾軍遂“虜其妻子，搜各廟重器送伊犁”，又將拉藏汗所立達賴六世伊喜嘉措囚禁。據一位在拉薩的外國傳教士記載：“策淩敦多布一踏入王宮，就下令洗劫拉薩……他們拿著武器，闖入民房”，“還衝入寺廟，進行洗劫，搶掠廟宇積存和藏匿的財物”，“把一些人背綁著吊到粱上折磨，逼使他們講出財富埋藏的地方，這種洗劫連續兩晝夜，直至每件有價值的東西都被取走為止。”
清軍入藏。
在準噶爾部入侵西藏之後，拉藏汗懇請清朝廷“速發救兵並青海之兵即來策應”。康熙五十七年（1718年）二月清政府令“西寧、鬆潘、打箭爐、噶斯等處各預備兵馬”，令青海派兵六千，又令從“西寧滿洲兵內選二百名，綠旗兵內選二百名及土司之兵一千帶至青海地方，會同青海王、台吉等商酬行事”。
康熙在得悉拉藏汗遇害、準噶爾部占領並洗劫西藏後，任命皇十四子胤禵為撫遠大將軍，前往西寧，指揮入藏作戰。胤禵於康熙五十八年（1719年）三月十一日抵達西寧，從征諸軍駐紮索諾木。為入藏作戰，“自阿什罕至索諾木設驛十五站，自索諾木之旁通柴旦之路設驛五站，每驛設兵二十，馬十五”。
暫居塔爾寺的“真達賴”噶桑嘉措活佛，在清軍抵西寧後，發表告示，號召西藏人民配合入藏清軍“掃除準噶爾人，收複藏地，以興黃教”。鑒於噶桑嘉措得到西藏、青海僧俗的擁戴，康熙諭令胤禵在入藏作戰的同時，護送噶桑嘉措入藏地，“令登達賴喇嘛之座”。為了牽製準噶爾的兵力，康熙命傅爾丹等從巴裏坤、阿爾泰出兵。
根據康熙的部署，西征大軍於康熙五十九年（1720年）六月，兵分兩路向西藏推進：北路軍由平逆將軍延信率領從青海出兵；南路軍由定西將軍噶爾弼率領從四川出師。噶爾弼采納部將嶽鍾琪的建議，以土司兵為前驅，沿途招募藏兵七千，以皮船渡河，迅速切斷準噶爾軍的餉道。延信所率北路軍在卜克河、齊嫩鄂爾、綽馬喇等地多次大敗策淩敦多布，策淩敦多布“計窮力竭，狼狽而逃”僅帶數名隨從逃回伊犁。
清軍在占領拉薩後，在各寺廟抓獲準噶爾喇嘛一百零一人，把策淩敦多布所任命的五名總管喇嘛斬首，其餘盡行監禁。該年九月十五日，平逆將軍延信為噶桑嘉措活佛舉行隆重的坐床大典，確立其作為西藏宗教領袖的地位。同時把拉藏汗所立六世達賴伊喜嘉措，送至北京安置；封第巴阿爾巴布、康濟鼐為貝子，封第巴隆布奈為輔國公，令彼等管理前藏；封頗羅鼐為一等台吉，令其管理後藏，此即四噶隆共治。
鑒於“西藏屏藩青海、滇、蜀”，防務尤屬重要，清朝廷采納大將軍胤禵的建議，從西征軍中抽蒙古兵一千五百人、綠旗兵二千、八旗兵五百人駐守西藏，由公策旺諾爾布、將軍延信統之，其餘西征軍從康熙五十九年年底陸續撤回。
駐藏大臣製度的確立。
雍正年初（1727年）副都統鄂齊從西藏歸來，向朝廷匯報前藏情況：達賴喇嘛偏袒其父索諾木達爾禮;索諾木達爾禮娶隆布奈二女，遂與隆布奈結為一黨；阿爾巴布行事陰險；康濟鼐居功自傲，為隆布奈等所仇。清朝廷遂於正月三十，作出遣內閣學士僧格、副都統馬喇攜諭旨入藏的決定，令將隆布奈解任，諭達賴喇嘛、阿爾巴布、康濟鼐和舟共濟。
該年六月十八日，阿爾巴布、隆布奈發動叛亂，執殺康濟鼐，當時欽差一行尚未抵藏，主持後藏事務的頗羅鼐一方麵聚集後藏兵馬同叛軍作戰，一方麵疏報清朝廷，亟請發兵進藏，剿滅叛軍。十一月初一，雍正帝令左都禦史查郎安、副都統邁祿統兵一萬五千，於明春草青時入藏。
雍正六年（1728年）八月初一，清軍抵達西藏。在此之前阿爾巴布、隆布奈等所發動的叛亂已被頗羅鼐所平定，清朝廷晉封頗羅鼐為郡王，令其協助達賴處理全藏事務。詔令入藏兵兩千留守，兩位欽差分駐前藏、後藏，是為設置駐藏大臣之始。
《西藏善後章程》的製定。
乾隆十二年（1747年），頗羅鼐病故，由其次子珠爾墨特那木劄勒承襲郡王。珠爾墨特那木劄勒為實現大權獨攬，派人暗殺在後藏的長兄策布登，進攻策布登的軍隊，派人監視駐藏大臣。同達賴喇嘛屢屢發生衝突，“潛結準噶爾為外援”。
乾隆十五年（1750年）十一月，新任駐藏大臣傅清、拉布敦抵藏後，珠爾墨特那木劄勒為叛已迫在眉睫，二大臣遵照“相機擒戮”珠爾墨特那木劄勒的密諭，以宣旨為名把珠爾墨特那木劄勒引至駐藏大臣衙門處死，其黨羽遂發兵圍困駐藏大臣衙門，“槍炮齊發，環攻之”，因“牆高而固，不能入，賊乃積薪樓下，烈焰四起”，兩位駐藏大臣相繼遇難。
在清軍入藏之前，達賴喇嘛即已率領僧俗民眾，平定珠爾墨特那木劄勒黨羽所發動的叛亂。
乾隆十六年（1751年），清朝廷製定《西藏善後章程》，明確規定：
地方政府的噶隆仍為四人，凡事要四人“公共辦理”；
噶隆辦理政務應在噶廈衙門，不得“於私宅辦事”；
重大事務須“請示達賴喇嘛並駐藏大臣酌定辦理”；
任命第巴以及革除治罪，均須“公司稟報達賴喇嘛並駐藏大臣酌定”；
各寺院之堪布喇嘛，“或遇缺出”，均由“達賴喇嘛酌行”，各噶隆不得“專擅辦理”。
《欽定西藏章程》的製定。
乾隆五十七年（1792年）清軍在驅逐侵入西藏的廓爾喀軍隊後，命將軍福康安會同達賴、班禪共同起草西藏善後章程，共擬定一百零二款，經清政府修改訂為二十九款，歸納起來主要有駐藏大臣權限；達賴、班禪及活佛轉世；建立西藏常規部隊等方麵內容。
根據欽定章程規定，“駐藏大臣督辦藏內事務，應與達賴喇嘛、班禪額爾德尼平等”；遇有西藏地方官員缺出“統歸駐藏大臣會同達賴喇嘛揀選，分別奏補揀放”；對外交涉“俱由駐藏大臣主持”，境外寫給達賴、班禪的信件，均須“報明駐藏大臣譯出查驗，並代為酬定回書”；西藏地方財政“統歸駐藏臣稽查總核”。
達賴、班禪以及活佛的轉世，均須在駐藏大臣的監督下，抽簽決定，此即“金瓶掣簽”（亦稱金奔巴）製度。由駐藏大臣將各地呈報的轉世靈童的姓名、出生時辰等交駐藏大臣匯總，用滿、漢、藏三種文字寫在牙簽之上，放入清政府所賜金瓶之中，在大昭寺宗喀巴像前抽簽抽中者即為新的轉世活佛。新活佛長大後，須在駐藏大臣的主持下，舉行坐床之典。“金瓶掣簽”製度的確立，打破了“吹忠”（巫師）對轉世一事的把持。
鑒於廓爾喀兩次入侵所造成的混亂，《欽定西藏章程》規定在前藏、後藏各增設“番兵一千名”，並在“衝途要隘之定同，江孜地方安設番兵各五百名”，由清朝廷放發“錢糧口糧，加以訓練”。
駐藏大臣製度的建立以及《西藏善後章程》、《欽定西藏章程》的相繼製定，加強了清王朝對西藏地區的統轄。
注釋
①宗喀巴生於明永樂十五年（1417年），得道於甘丹寺，以改革紅教巫術流弊為己任。
②喀爾喀部卻圖汗在1634年占領青海，屠殺、囚禁黃教僧人。
③顧實汗在出兵青海之前，同準噶爾部的軍事衝突時有發生。
④達賴喇嘛的執事及西藏地方官員均稱作“第巴”。
⑤藏巴汗被裝入牛皮囊，投入雅魯藏布江。
⑥顧實汗把從西藏征收的賦稅用以供養達賴，餘為黃教經費。
⑦一說：桑結嘉錯係達賴五世私生子。
⑧《聖武記》卷五。
⑨桑結嘉錯對喀爾喀有自己的大活佛極為不滿，鼓動噶爾丹出兵喀爾喀，且派代表在噶爾丹軍中出謀劃策，擇黃道吉日出師。
⑩倉洋嘉措是位才華橫溢的詩人，倜儻風流，厭惡宗教生活。
關於倉洋嘉措的下落有三種記載：一行至青海病死（《聖武記》）；二解送途中被拉藏汗派人殺害（《西藏紀事》）。三行至青海，“決然遁去，周遊印度、尼泊爾、康藏、甘青、蒙古等處”（《西藏民族政教史》）。
顧實汗的子孫一支入藏，一支留青海。
《東華錄》卷一四。
《西域圖誌》卷首《準噶爾全部紀略》。
策妄阿拉布坦娶拉藏汗之姐為妻，又招拉藏汗之子丹衷為婿，丹衷去伊犁迎娶便被扣留，直至遇害。
《聖武記》卷五。
德斯得利：《西藏紀事》第十章。
《清聖祖實錄》卷二六七。
《撫遠大將軍奏議》。
倉洋嘉措在一首詩中說，有朝一日將去裏塘，然後再回來。噶桑嘉措在倉洋嘉措死後兩年出生，被認為是倉洋嘉措轉世。
清朝廷任命噶桑嘉措為六世達賴，但在康熙四十八年，侍郎赫壽入藏時，已代表清朝廷承認伊喜嘉措為六世達賴，故後世均稱噶桑嘉措為達賴七世。
噶隆係西地方政府官員，協助達賴掌管全藏事務。
珠爾墨特那木劄勒聞清政府有調策布登到拉薩之意，即派人到阿裏殺死策布登。
福康安：《雙忠祠碑記》。
《藏事輯要》卷六。
乾隆五十三年（1788年）廓爾喀曾入犯西藏。三年後，已故六世班禪的兄弟沙瑪爾巴（紅教活佛），因班禪遺產全部被在黃教中擔任活佛的兄弟仲巴所獨占，便選往廓爾喀誘其再度入侵西藏，占領劄什倫布寺，將六世班禪所遺金銀、法器劫掠一空。
以前達賴、班禪及活佛轉世“俱憑吹忠做法指定”，西藏及蒙古貴族通過收買、拉攏吹忠，使自己的子孫成為轉世靈童，從而把持政治大權，操縱政局，致使達賴、班禪及哲布尊丹巴的轉世“皆以兄弟叔侄姻婭相傳襲”，“幾與世襲封爵無異”。