1. “CC”係的終結
1948年年末，國民黨在大陸的敗局已定，大員們紛紛開始安排自己的退路。病情已十分嚴重的陳果夫捷足先登，於12月6日晚10時登上“中興輪”，舉家遷往台灣，定居於台中雙十路八號。
初到台灣，陳果夫一麵在家中安心養病，一麵心係大陸，密切關注大陸戰事，無奈戰敗的消息接連不斷，陳果夫整日長籲短歎，對國民黨的前途悲觀絕望。
但此時，陳果夫完全沒有想到，國民黨丟失大陸的責任，最後會落到主抓黨務多年的他和弟弟陳立夫的頭上。
蔣介石敗逃台灣後，總結了四條國民黨“自己打倒自己”的原因，認為最根本的失敗是黨本身的失敗，黨的失敗是CC係的失敗，CC係的失敗是陳氏兄弟直接造成的，因此，陳氏兄弟應當負責。
蔣介石強調：
“我們不能再見黨內派係傾軋、人事紛爭的現象。我們黨員不能再有敗壞紀綱、蔑視組織的行徑；我們不能容許過去招致大陸淪亡的一切觀念、行為和作風，用到台灣來，瓦解我‘中華民國’最後的基礎，使其重蹈大陸各省的覆轍。”
蔣介石認為要想在台灣站住腳，就一定要整治國民黨，通過全盤考慮整治方案，最後決定對國民黨進行徹底改造。
可以肯定的是，陳氏兄弟對蔣介石是忠心的。這一點，蔣介石心知肚明。但二陳長期控製國民黨，黨內腐敗現象之嚴重，已積重難返；陳氏兄弟在黨內向來目空一切，傾軋各派，以致積怨甚深，甚至美國人對他們都頗為反感；尤其是陳氏兄弟與蔣經國爭鬥矛盾不斷，成為蔣經國接班的最大障礙。因此，蔣介石決定徹底清除CC係。
1950年3月，蔣介石複職後，采取了一係列措施，更換了各級人選。以陳誠為“行政院長”，吳國楨為台灣省主席，提拔年輕的周至柔為“國軍總參謀長兼空軍總司令”，非黃埔係的孫立人為“陸軍總司令”，桂永清仍為“海軍總司令”，蔣經國為“國防部政治部主任”，原在高雄成立的“政治行動委員會”改為“總統府機要室資料組”，以蔣經國、周至柔、唐縱等人負責。
陳果夫、陳立夫被排除在外。
如果說陳果夫身體不好，不能擔當重任，尚可理解；然陳立夫50歲出頭，身體健康，卻沒有被委以任何職務，陳氏兄弟意識到，危機正在降臨。
不久，陳果夫和陳立夫同時接到電話通知，請他們次日到蔣介石辦公室麵談。
兄弟二人商量，認為蔣介石此時找他們不會有什麽好事，便決定陳果夫以身體有病為由回避，以陳立夫一人前去刺探虛實。
第二天，陳立夫如約前往蔣介石辦公室。在談話中，蔣介石問陳立夫對國民黨改造運動有何高見，並問：
“你說，大陸失敗的原因究竟是什麽，應該由誰來承擔責任？”
陳立夫察言觀色，明白蔣介石的用意，回答說：
“大陸失敗，黨、政、軍三方都應該有人出麵承擔責任。”
“嗯。”蔣介石點點頭，等待陳立夫的下文。
“黨的方麵，果夫和我有不可推卸的責任，這個責任應該由我們承擔。”陳立夫隻好表示，“我覺得果夫和我都不宜參加此次黨的改造，退下來為好。”
話雖如此，陳立夫還是抱著一線希望，希望蔣介石能挽留他們兄弟。
但蔣介石聽後，又“嗯”了一聲，便一言不發了。
陳立夫將這次談話內容轉告了陳果夫，病榻上的陳果夫聽罷長歎一聲，半天沒有說話。
1950年7月，蔣介石下令免去陳果夫中央財務委員會主任委員的職務；裁撤中國農業銀行、中央合作金庫，陳果夫在這兩個機構中的董事長和理事長職務隨之自動撤銷，CC係的三大經濟支柱被一舉鏟除。
緊接著，CC係一大輿論陣地農業教育電影公司被改組，改組結果為蔣經國直接接辦，陳果夫的董事長之職被自動撤銷。
很快，二陳掌管22年之久的黨務、組織、特工、宣傳等大權，全部落入蔣經國係手中，陳果夫從抗戰以來所剩不多的幾個具體職務也被剝奪。中央執行委員、中央執行常務委員等職隨著中央黨部的解散、中央改造委員會的成立而自動去職。而國民黨最終改造結果，使大半生高高在上的陳果夫，僅僅得到一個安慰性的掛名虛職——中央評議委員和尚未被剝奪的兩個虛職——交通銀行董事、中央銀行董事。
而陳立夫甚至連一個虛職都沒有得到。
陳氏兄弟，就這樣離開了國民黨權力核心。
陳果夫躺在病榻上，又氣又惱，身體每況愈下，疼痛難忍，醫生再三叮囑他，不能講話，陳果夫隻好不聲不響，但心中氣結，便以“啞巴”為題，做了一首“啞巴歌”：
“啞巴哥，說不出話真痛苦……聽得人家說話，肚裏更加不開心，若聞笑罵聲，麵孔脹得紅又青，摩拳擦掌，膽小不敢爭。有時候像煞吃過黃蓮嘴裏苦，有時候像煞受了冤屈沒處伸。啞巴哥，不能說話苦得很。”
2. 兄弟今生離別
與陳果夫相比，陳立夫處境更為艱難。
陳立夫時年52歲，身體健康，在大陸時的多種要職被全部剝奪，連一個掛名的虛職都不曾有。陳立夫與陳果夫性格不同，無法吃下這個“啞巴虧”，他要用行動表達心中不滿，決定一去了之。
聽說陳立夫打算離台赴美，陳果夫表示支持，他不想看到弟弟在台灣被清算被指斥，若不是自己病痛纏身不能遠行，一定會兄弟倆一起赴美。
1950年8月初，陳立夫偕夫人和一雙兒女前來探望病中的兄長並辭行。
陳果夫心裏明白，兄弟倆幾十年來在中國政壇聯手搏殺，互為依靠，屢獲成功，而今弟弟這一走，不消說留下自己孤立無援，甚至不知今生還能否相見，因此無限傷感。
決定去美之後，陳立夫出席了“中國工程師年會”，這是他最後一次在台灣公眾場合露麵。在和工程師協會的會員們相見時，很多朋友都勸他不要離開台灣，特別是一些CC分子，都表示願意跟隨他繼續奮鬥。
這種情誼令陳立夫十分感動和難過，他甚至開始懷疑自己的出走是否正確。
但就在此時，蔣介石派人給他送來了5萬美元，權作川資。拿著這5萬美元，陳立夫明白了，蔣介石是要他盡快離開台灣。
為了顧及各方麵的影響，臨行前陳立夫專程去向蔣介石辭行，當時蔣介石外出未歸，宋美齡熱情地接待了他。
宋美齡知道陳立夫要走了，拿出一本《聖經》送給他，關切地說：
“你在政治上負過這麽大的責任，現在一下子冷落下來，會感到很難適應，這裏有本《聖經》，你帶到美國去念吧，你會在心靈上得到不少慰藉。”
沒想到幾句關心的話，反倒激起陳立夫心中無限的怨氣，他指著掛在牆上的蔣介石肖像，不無怨恨地說：
“夫人，那活的上帝（指蔣介石）都不信任我，我還希望得到那耶穌的信任嗎？”
宋美齡一時無話可答。
8月4日早晨8時，陳立夫偕同夫人及子女來到台北機場，準備登機離開台灣。
這天天氣晴朗，前來送行的有300多人，場麵雖熱鬧，但陳立夫心中幽怨無限。他懷揣剛剛收到的兄長陳果夫寄來的信件，上麵隻有短短幾句話，要他在國外“多考察及研究經濟恢複與建設事業”，言語平淡，卻透露著兄弟之間深深的情誼。
想到此去，關山阻隔，雲水茫茫，怕是與兄長再也不能相見，陳立夫心中酸澀，眼眶濕潤。
登上飛機，陳立夫立在高處，向眾人揮手告別，他抬頭望向遠方，默默與兄長道別。
陳立夫離開的第二天，即1950年8月5日，國民黨中央改造委員會正式接替原中央黨部職權，掛牌辦公。
自1926年以來，第一次沒有陳氏兄弟參與的國民黨中央機構開始運轉。
3. 擺脫經濟危機
陳立夫離開了，隻剩下陳果夫拖著病體留在台灣。中央改造委員會的運轉對他已經不重要了，因為他麵臨著更大的危機——家庭經濟危機。
早在抗戰後期，陳果夫的肺便已潰爛，隻好在後背穿孔，每天從穿紮處排膿。赴台前夕，病情加重，背後炎症流膿不止，遍請台、港名醫會診，病情一度得到控製。但他所患的肺結核與肋膜炎以及後來並發的喉結核等，都需要高昂的醫藥費，有些藥甚至需要到國外才能買到。
以前位高權重，一切問題都好解決，如今時過境遷，醫藥費都是靠陳立夫和朋友接濟，陳立夫走後，經濟的窘迫可想而知。
在國民黨高官中，陳果夫算是比較清廉的，多年來除了薪水，他沒有什麽額外收入。
有一年農業銀行請他題詞，他寫道：
“一文不取謂之清，深思熟慮謂之慎，刻苦耐勞謂之勤，注意時效謂之敏。”
在國民黨上層，講求慎、勤、敏的雖不乏其人，但像陳果夫這樣“清”的人並不多見。
赴台之初，農業銀行看在老董事長的麵子上，為照顧陳果夫看病之用，借給陳果夫一輛小車。後來農業銀行被裁撤，車子陳果夫雖繼續用著，但購買汽油成了問題。
開始時陳果夫自視清高，不肯仰人鼻息，後來日子一天比一天艱難，不得不放下架子，給交通銀行總經理趙棣華寫了一封信，提出發給自己兼職董事車馬費的要求。
趙棣華多年為陳果夫部下，素知他的為人，知道他若非困苦不堪，絕不會舍麵求人，於是親自將車馬費送到府上，同時通過台灣國民大會秘書長洪蘭友將陳果夫的窘狀轉告蔣介石。
蔣介石得知陳果夫的情況後，心中很過意不去。畢竟多年來陳氏兄弟對蔣介石忠心耿耿，而蔣介石隻是在政治上逼他們交出權力，並不會置其於死地。同時也為了安慰一下那些同樣被排除在權力核心之外的老部下，蔣介石當即批給陳果夫5000元作為醫藥費。另外，又特批了一筆費用，作為陳果夫日常的生活補助，陳果夫總算擺脫了經濟危機。
10月27日，是陳果夫59歲生日，他持續一個多月的咳血剛剛有所緩解。就在這天下午，蔣介石攜“太子”蔣經國來到醫院，探望陳果夫，給陳果夫祝壽，令陳果夫大為意外。
蔣介石詳細詢問了陳果夫的病情及治療情況，聽說主要以中醫治療後，蔣介石勸說：
“還是西醫可靠。”
蔣介石對陳果夫的生活十分關切，臨走時又囑咐道：
“果夫啊，你安心養病吧，其他事情就不要去想了。經濟上有什麽問題，你直接告訴我。”
為了方便治療，1951年1月，陳果夫由台中遷往台北，住在台北青田街一幢公寓裏。這裏醫療條件好，看病取藥都比較方便，但此時陳果夫已病入膏肓，怕是任何治療都無力回天了。