秀吉聽說本能寺的訃告已經是事情發生的第二天晚上十二點左右的時候了。如水在秀吉的住處聽到了這一消息，當時秀吉正在掏耳朵裏的水。如水靜靜地附在秀吉耳邊說了一句：“在這世間，隻有貴公才擁有取得天下大權的能力。”
聽聞本能寺報告的秀吉決定將消息的真偽放在了一邊，先與毛利達成和睦。並任命如水負責與毛利的交涉任務。毛利方的使者是安國寺惠瓊。有一種說法，就是惠瓊這時候已經知道了信長的死訊，他自願擔任使者的原因，就是為了討好秀吉，把自己的未來托付在了秀吉的身上。
由於秀吉方在領地問題上做出了重大讓步，使整個和睦交涉進行得非常順利。四日，高鬆城主清水宗治在接受了切腹以保全守城士兵性命的條件下開城。這一天正午，乘船出現在湖上的清水宗治、他的哥哥月清、難波傳兵衛和毛利家將末近信賀等七人一起切腹。秀吉在檢過首級後四小時開始退兵。如水擔心毛利家在得知本能寺之變的消息後會有異變，命令手下將旗幟高高舉起，整然列隊。秀吉將高鬆城交給杉原家次守備，全軍於六日的未時（下午兩點）從高鬆出發，分兩路退兵，在夜裏來到了備前沼澤。七日強行跨過了正在發洪水的數條大河，回到了本城姬路。
擔任這次撤退殿後任務的是黑田如水，他在秀吉率主力撤退的時候，一直在蛙ヶ鼻的本陣監視著毛利軍的動向，就在秀吉離開高鬆的當天晚上，毛利方得知了本能寺之變，暴怒的元春想要追擊，但被安國寺惠瓊和小早川隆景勸阻。六月七日拂曉，如水在確定毛利沒有追擊的意向後也開始拔陣退兵。黑田軍翻越了陡峭的山道，跨過了洪水泛濫的西大寺川，人馬都是一身的泥水。終於使秀吉軍圓滿完成了曆史上有名的“中國大返”。秀吉將城裏儲藏的錢糧毫不吝惜的分給了手下的家臣們，士氣得到了極大提高，為信長報仇的戰鬥馬上就要來到了。
在秀吉的“中國大返”之中，如水的智謀得到了充分的發揮。如水在撤退的時候，向毛利家借了二十麵旗幟，並向小早川隆景借來了旗使和旗奉行。來到備前，又向宇喜多秀家的家老們借了十麵旗幟。回到兵庫後，如水將旗幟全部打開，張立在秀吉的陣前。這樣，在實際的戰鬥前，敵人就會認為毛利和宇喜多家都站在了秀吉一方，這樣，就得到了奪取敵方戰意和提高本方士氣的效果。後來秀吉聽說這件事後，說道：“年輕人總是認為弓矢要勝過計謀。但是在戰場上砍下敵人的頭隻不過是匹夫之勇而已。官兵衛這次的計謀，非是凡人所能及的，這樣真可謂是大功一件啊。”(《新訂黑田家譜》)
從備中高鬆急行軍趕回姬路的秀吉讓士兵們休整了兩天。六月九日，秀吉將淺野長政留在姬路，全軍開始向京都進發，十一日到達攝津尼崎。這時，信長的舊臣有岡城主池田恒興，堀秀政，高山右近，中川清秀等人前來會合。至十二日晚，陸續匯集而來的兵力已經超過四萬人，秀吉軍在攝津富田紮營，各將領部署完畢。
這時候光秀也迅速采取了行動，在本能寺殺死了信長之後，他僅用五天就占領了信長的居城安土，秀吉的居城長浜和丹羽長秀的居城佐和山。但在向近畿諸將發出援軍要求的時候卻受到重大打擊。光秀的女婿織田信澄被織田信孝所殺、屬下大和郡山城主筒井順慶采取了觀望態度。連最值得依賴的女婿細川忠興父子也嚴辭拒絕了光秀的邀請。
在這樣的狀況下，決定命運的山崎合戰於六月十三日淩晨拉開了帷幕。交戰的兩軍都想占領大寶寺這要害中的要害，誰占領了這裏，誰就將取得最後的勝利。結果，如水避開了光秀軍的主力，抄山路和秀吉的先鋒官脅長門守一起奪取了大寶寺。隨後，兩軍就圍繞這塊陣地的爭奪展開激戰，光秀的軍隊最終不敵崩潰，殘部向勝龍寺城退卻。秀吉認為勝勢已立，想從四麵包圍之，如水急忙向秀吉進言道：“明智此時已到了背水之地，如果被大軍四周團團圍住的話，士兵們必定會死戰到底。如果現在留一個方向不攻，他們必定會從這裏逃走……”秀吉接受了如水的建議，故意在戰場的北麵打開一個口子，光秀軍的士兵們果然紛紛從這裏逃出城去，光秀眼見城已經不可能守下去了。於是乘夜帶著五，六個隨從化妝逃出勝龍寺，向近江阪本逃去，在經過伏見山小粟棲的時候，光秀被當地的農民所殺。勝龍寺城於十四日開城，同日，高山，中川隊攻落了光秀的居城丹波龜山。
就這樣，明智光秀的“三日天下”結束了。基於山崎合戰的勝利，秀吉也奠定了他統一天下的基礎。對於在這場戰鬥中如水的活躍，後世的子爵金子堅太郎發出感歎：“嗚呼，高鬆城外接到本能寺凶變的消息時，這樣鎮定自若，處變不驚。這麽好的大局觀，才使得秀吉不至於走錯方向，這些都是拜黑田官兵衛的智謀所賜啊！”（《黑田如水傳》）。