從以上四點反對的理由來看，有三點是直接涉及來華傳教士的。中國基督教會和中國基督教徒嚴重依賴來華傳教士及其差會的大力支持，自然難免不會同意或積極支持廢除傳教士在中國賴以獲得最大保護的不平等條約。
但是，這種情況到了1927年國民革命即將取得勝利和國民政府成立前後，就開始發生明顯改變。越來越多的中國基督教知識分子和教會領袖，經過1922年開始的非基督教運動和收回教會教育權運動，特別是1925年的五卅運動的教訓，已經明確認識到中國基督教必須積極要求和推動晚清以來的各種不平等條約的廢除。
如有中國基督徒認為：“非基督教運動，既非無的放矢，必是由來有自。況參與此次運動的人，多係知識階級，是否對否，頗費我們的研究，直到研究之後，便知事出有因。厥因維何？就是不平等的條約。當茲國家主義澎湃之時，國人感受不平等條約的束縛如何，這是宗主國同胞所知道，毋庸我來贅述。但我們所崇奉的宗教，不幸在曆史上確與不平等條約發生了若幹關係，而事實上，中西信徒又享受了不平等條約裏麵的宣教特殊權利，所以，反對不平等條約的人們，便遷怒於基督教了。”
也有中國基督徒認為：“教會固屬宗教團體，不宜幹涉政治，可是，傳教條約確與教會自身，如縷如織地發生了多少密切關係，是不容我們不出來幹涉的。傳教條款的加入，純為宣教而起，甚至有好幾件條款，還是教士們讚助他們本國公使起草的。誰說訂立之時，教會便得參與，廢除之際，教會竟不宜幹預呢？”[103]
還有中國基督徒認為，傳教條約為帝國主義列強強加在中國人民頭上的不平等條約之一。本來，傳教是奉耶穌基督之命，也是由西方母國差會資助的，與其所在國家的政府沒有關係，因此，不需要有什麽條約的。況且，耶穌說：“我差你們去，如同羊進了狼群，你們要靈巧像蛇，馴良像鴿子”。還說：“你們要我的緣故，被送到諸侯君王麵前，對他們和外邦人作見證。”“有人在這城裏逼迫你們，就逃到那城裏去。”耶穌並沒有說：“你不用我差你去，我會叫你所自出的國的政府和你傳教地的政府，訂立一種傳教條約，並有堅船利炮盾其後，有人要逼害你，你母國的政府一定會根據前所訂立的傳教條約，責成你傳教地的政府遵照保護，保護不力，或更幫同迫害，必定有大兵派到他們國裏去，叫他看見駭怕，不敢再惹你們，雖然身居虎口，仍是安如泰山，不用怕。”為什麽西方傳教士來到中國傳教，就不能夠遵循耶穌所說過的那樣去做，反而派出他們到中國來履行並且保守耶穌所沒有說過的呢？訂立保護傳教的不平等條約雖然都是政府所為，但是，不能否認，當初這些條約和條款的簽訂，都與受到迫害的來華傳教士向本國政府報告和強烈呼籲，以及他們親自參加談判和簽約有著直接的關係。[104]
正是基於以上種種理由，著名基督教知識分子羅運炎等人認為，對於曾經簽訂而今仍然發生影響的不平等條約，我們中國基督徒必須積極地呼籲和推動予以廢除，況且，“凡與基督教有關係的不平等條約一天不打消，我國人民對於基督教的疑懼一天不能冰釋，任何宗教，處於這樣不受信任的地位，其前途之危險，不待龜卜，而我們教會今日之處境如此，安可不急起直追，速求解決之道？”[105]
以上中國基督徒知識分子。這大多是從教會和傳教的立場來說明含有保護傳教條款的不平等條約廢除的必要性和迫切性，而不完全是從民族主義的立場來分析不平等條約的危害性表明他們在當時的條件下主要還是在非基督教運動、特別是五卅運動巨大的反基督教和反帝國主義浪潮衝擊之下被迫做出的反應，同時表明他們還不能完全擺脫對西方差會和來華傳教士的依賴性。或者說，大多數教會和教會機關仍然還是接受差會和傳教士領導或指導及資助，還沒有完全自覺地認識到廢除一切不平等條約，建立真正獨立自主的民主共和政府，才是中國基督教未來的真正出路。這當然與當時的中國政權還沒有真正采取向東西方帝國主義列強要求收回主權的行動以及當時中國還沒有建立起值得各界民眾，包括基督教和其他各宗教真正信賴的民主政府有直接的關係。
與中國基督教界逐漸認識到帝國主義列強與清政府和北洋軍閥簽訂的不平等條約的嚴重危害性，因而提出廢除不平等條約的迫切要求相比較，基督教界少數民族救亡圖存意識強烈的民族主義先進人士，至遲在1917年就很明確地提出基督教救國主義的主張，並積極組織基督教救國會等機構。[106]當時比較突出的是徐謙。
徐謙是晚清進士出身，曾就職於法部和北京高等檢察廳。中華民國成立後，他在北京、廣州多次出任司法次長、司法總長。討袁的“二次革命”失敗後，他灰心喪氣，南下以律師謀生，其兄勸他信仰基督教，他表示：如果祈禱上帝，使袁死，他就皈依基督教。沒有想到，不出三年，袁果死，他北上複任司法次長，並受洗入教。因此，他後來多次提到，他加入基督教，是以救國主義為基督教義。他曾自述：
我於民國七年夏天，參預中外基督教徒廬山蓮穀會議，我就提出基督教救國主義。當時經過很鄭重的手續，開了三次審察委員會，審察委員七人，多半是中外基督徒有名的領袖。他們一致承認這個主義，就向大會報告。大會會員有二百多人，皆是從十一省來的中外基督徒的領袖。他們一致通過，采取這個主義並且舉了七個執行會員，連我在內。當時議決由十一省基督教會分擔經費。我從此就努力行這個主義了。這個主義，是什麽主義呢？自然內容很豐富，但簡單的說，就是領導基督徒革命反對世界帝國主義。[107]
徐謙所提出的基督教救國主義，其所救的國，當然是指當時的中華民國。為什麽要用基督教來救中華民國？他沒有細說，但從他要實行這個主義的目標“反對世界帝國主義”來看，無疑是一種反帝救國論。因為晚清以來侵略和壓迫中國的，不是一兩個帝國主義列強，而是幾乎所有的東西方帝國主義列強。要救中國，就必須同時反對這所有的帝國主義列強對中國的侵略、掠奪和壓迫。後來有人提出“基督教救國”的提法與教義有衝突，他雖然不滿於質疑者的“洋奴性”，還是將此改為“基督救國”，將“基督教救國主義”改成“基督救國主義”，“基督教救國會”改為“基督救國會”。正如他自己所說：“我就將這個‘教’字去了，隻名為‘基督救國主義’，單獨發起各省基督救國會，一直到民國十三年上半年我獨力做這個工作，對於基督教會下了總攻擊，隻希望喚醒基督徒群眾起來參加革命。”他還說，當也是基督徒的馮玉祥聽了他對於基督救國的闡釋後，也很認同，對他說：“我從前做基督徒，聽牧師講，隻以為專是救人的（宗教意義的救人），現在我聽了你的講，才明白基督徒，是應該救國的（革命意義的救國）。”[108]
徐謙積極鼓吹基督教的救國思想，並大力推動各地基督教救國主義組織的成立，得到了一些地方中國基督教徒的響應。1919年4月，廣州基督徒發起成立廣州基督徒救國會，租定事務所於仁濟大街，每星期開一次發起人例會，有急事時開臨時會議，並發布宣言約章等，8月行入會禮，全體會員“皆信心堅固，熱心國事，兼有實際能力之基督徒”。由於巴黎和會引起國內的五四反帝反封建愛國運動，該會又開大會討論“對日外交”事宜，到會者六百餘人，“議決索還膠青，拒絕簽字，要求任王正廷君為國際聯盟代表，並商請聯會一致主張，業已通告中外各基督徒，九月九號已開成立大會，邇來擬組織報館，設立銀行，以為救國之準備”和“今基督徒救國會之進行，漸次著手，將來變地上之國為天上之國，未必不以此會為階梯之初步也。今日北京、南京、陝西、浙江基督徒，俱有發起救國之組織，而滬上雖有救國團之名目，尚無實際之組織……”與此同時，他們也大力鼓吹基督教救國主義，鼓動中國基督教徒積極投身於反帝反封建的民族救亡圖存運動當中。
基督教知識分子王葆真認為，基督教救國主義分為主觀和客觀兩種，客觀的基督教救國主義，是“先舍去基督教而專由設想，因出於救國之實驗，而後認定基督教救國主義者也”。主觀的基督教救國主義，“即不以救國為本務，而先以信奉基督教為主義，然因欲實行教義，自然以救國為合理，非救國不能達其自由平等、救人救世之目的，由此而認定基督教救國主義者也”。
他說，客觀的基督教救國主義，如庚子拳亂後，國內各界開始覺醒，唯有變法圖強，才能夠救國，於是倡立憲，請開國會，以為有憲法的國會才可救國。到民國成立之後，雖製定了好的約法，但是國家危亡之勢日深。“或講財政，講法律，講外交，而今日財政幾乎破產，法律威信掃地，外交主權喪失；或整軍經武，購艦造兵，而釀成軍國亂政之禍，授武人賣國之柄”。於是又有濟世憂時之士出來講教育道德，可是，新教育尚未擷其菁華，舊道德又已成為糟粕。“隻知改革國家之形式，而不能改革國民之心理；隻知汰除國家之腐朽，而不能養成國民之品性。所以愈鬧愈壞，至於國家破亡。此由救國各方麵之觀察，既已術窮智竭，斯不能不放開眼睛，看看基督教，是否可與言救國”。基督教在中國雖然還不發達，信徒大多並不了解真實教義，但是，“近十年內，居然在中國社會顯出一整齊優秀之團體，設學校，開醫院，舉辦恤貧救災，禁煙禁酒之各種慈善事業，功德卓樹，聲光騰達，為其他團體所未能有，此基督教之能力，既足以彰顯於中國，將來運於政治，必能改良弊政，收救國之效。”況且，歐美各強國，都是基督教國家，無論是英國革命首領克倫威爾，還是美國獨立革命元帥華盛頓，都是虔誠的基督教徒，華盛頓甚至請牧師隨軍講道。“由英美國之曆史，可以證明基督教必能救國，非空論的，乃實驗的。”這就是從客觀的曆史認定基督教救國是確當的理由。
什麽是主觀的基督教救國主義？王葆真指出：“欲問基督教是否含有救國之真理，則不可不專門研究基督教之真解。”基督教的目的，就是基督所宣講的福音，第一便是“天國近了”。基督教人祈禱，也是說“願您的國降臨，願您的旨意行在地上，如在天上”。又說：“不愛人如己，不能進天國。不辦天父所喜悅之事，徒呼主也主也，不能進天國，不背負十字架從我者，不能進天國。”可知進天國是基督給予世人的希望，也就是基督教的目的。天國看起來很渺茫，但基督教人祈禱“天國必降臨在地上”，意即“使地上之國，變為天國”。地上的國是不自由的，不平等的，布滿了天災人禍；而天上的國是自由的、平等的、和平幸福的。當然，要想讓地上的國變成天國，不是等著耶穌來拯救我們，而是要我們按照基督的教導去努力奮鬥。“當目睹國家之危亡，人民將淪為奴隸，則起而救國，斯為基督教義中之最重大、最緊要、最嚴明之規條無疑矣。是故實行基督聖訓者，即純由於信奉真理之觀念，自不能不改良國政，以期趨於天國之境域，故由基督教發生之救國主義，對內則**滌政治之罪惡，完成民生之幸福；對外則敉平國際之分爭，開拓大同之文運，至於如此，所謂天國降臨，救人救世之功，乃可睹矣。此由主觀的而認定基督教救國為必要之理由者也。”[109]
很顯然，他是從曆史上的基督徒實際參加救國活動來說明客觀的基督教救國主義，從聖經裏耶穌的言行中發現基督教本身就含有救國主義的教義。這種內外兼備的分析與闡釋方式，將救國主義說成是基督教最主要的思想雖然不完全符合基督教神學的博愛精神和拯救觀念，但是，對於引導廣大基督教徒領會基督教救國主義，積極麵對救亡圖存的現實需要，還是很有影響力的。
20世紀20年代以後，由於北洋政府的統治不僅不能挽救中國的危亡，反而越來越加深中國的半封建半殖民地社會程度，也激起了更多的愛國基督教徒知識分子起來大力呼籲建立基督徒的救國組織，積極開展救國行動。徐謙領導的基督救國會還專門發表了一份針對時局的勸告同胞書，明確指出“救國初步，不外二點，對外則抵抗他國侵掠之勢，對內則發揮平民政治精神。苟能以此二點確定方針，則無論時局變化如何，國民當不能為其所惑，茲揭要義，警告國人”。該勸告同胞書分三點，其一“請再討複辟帝製之諸犯也。國民之主張，論段與安福黨以其賣國也，以其通日也，以其盜竊國庫濫借外款也，自其自募私人軍隊也。”“今日若不打倒複辟帝製諸罪魁，解散胡匪之軍隊，則國家建設未可言也。此就事實上論今日第一步，國民先應奮起與全國愛國軍人共討複辟帝製諸犯者也。”其二，“國事根本解決之道不出遵循經常軌道，或創立非常之原二途，前者悉依法而行，即民國六年督軍叛變國會，非法解散後，一切非法之事，悉予依法矯正，由國會恢複原狀，依法行使職權。”“後者一途即由全國之民共起而謀之根本改革。”“約言之，即實行裁兵廢督。裁兵，應裁至無一私人軍隊；廢督，應廢至無一幹政武人，然後由人民直接民權創立新製，始可望有良好之結果。”其三，“國民大會為國民所樂聞，惟其問題甚多，無人可以武斷。（吳佩孚、梁啟超及新舊二國會各有主張。現代國家）惟其製皆有規定於憲法，故皆有一定法式可循。今是中國約法既毫無規定。”“總之國民今日尚在非常危險之時，必須將一切賣國壞法之事、帝製複辟等黨，矯正掃除，而後國民救國之責任，方始告一段落，而解決時局之方，乃有經常與非常之兩途可商榷。此則本會願有以喚起全國同胞之注意者也。”[110]
這個勸告同胞書，將革命鬥爭的矛頭，直接指向對外屈膝賣國、對內妄圖複辟帝製的北洋軍閥政府，旗幟鮮明地將基督救國主義與當時中華民族急迫的反帝反封建的救亡圖存曆史使命緊密地結合在一起。這可以說是當時中國基督徒宗教民族主義的最強音。
1923年夏，徐謙在北京還發起成立了救國聯合會，據當時的報刊報道：“救國聯合會為徐謙等所發起，主張采用中央行政委員製，為改良民國政治，解決時局糾紛的惟一善法。昨十九日晚八時在缸瓦市中華基督教會召集北京國民團體聯席會議。到會者有北京學生聯合會、護法議員聯歡社、基督救國會、民治革新社、民治主義同誌會、國民生計協會、法政研究會七團體的代表二十餘人，共同決定在京內外作有統係的宣傳工夫，並推吳山、包世傑、徐風人、袁長青、樊宗澤等五人為臨時委員，草擬宣言，然後征求各團體的同意發表雲。”[111]在非基督教運動高漲時期，徐謙積極利用基督教博愛、犧牲和救國的精神，團結北京地區的一批愛國力量，共同參與拯救時局的民族救亡事業。這其中，北京學生聯合會所代表的大學青年學生，正是當時積極推動非基督教運動的主要力量，而代表基督救國會的徐謙能夠與他們團結在一起，共赴救國事業，不難想見，不管當時是何種組織，救國才是大家一致的曆史使命。徐謙和他的基督救國會正是在積極投身於中華民族救亡圖存的大業當中，找到了自己應有的位置，並得到了社會的承認。
對於徐謙的基督救國主張，晚清翰林出身的基督教知識分子吳雷川也給予了積極的響應，並提出了自己的觀點。他在《真理周刊》上撰文指出，凡是國民，都應當救國。基督徒作為國民一分子，自然也有救國的責任。這是無待多言的。但是，現時基督教會的信徒，對於救國的論調，有的說“基督教救國”，有的說“基督救國”，對兩種的觀念的解釋，也都不甚一致，應當厘定清楚。他說，講“基督教救國”，這是傳教者所主張的。“傳教者本來是要救人，但如果人所在的國不得安寧，實際上就要感受許多困苦。而且現時的困苦，決非未來的希望所能解免，所以傳教者的初意，雖隻是注重救人，漸漸的得著一種覺悟，不能不講到救國”。而“基督救國”是熱心於國家民族命運的愛國基督徒所提倡的。他們起初是要本著基督教的道理，改良國家的政治，以為如果國家本身的罪惡不消除，國家的政治不能得到改良，人民終久不可能得救。後來又覺得從基督的道理上說，不應當有什麽國家的界限，要使基督的道理適用於一國，必先要適用於國與國之間的交往，而後各國才能獲得和平安寧，從而去整理內政，使人民享受幸福。“所以他們的宗旨不是保持國的威權，乃要消滅武力專製等等惡習，不要獎勵人民狹隘的愛國心，各自救其本國，乃是要取法基督愛世界的心，普救世界所有的國”。而對於非基督教的人來說，他們反對基督教救國論，因為他們以為國家的事情不是單一的問題，如果專提一件事，如說教育救國、實業救國、法律救國乃至經濟救國、武備救國，都無不可。就是不能專說基督教救國。又有基督教會的人也反對基督救國主義，“他們不明白提倡基督救國者的真意，以為基督在世的時候，從不論及國家，他隻要是救世，何嚐要救國，又以為政教是應當分離的，既不能用教會的名義加入救國的運動，所以不必說基督救國，更以為拿‘救國’二字，做了團體的標幟，有了一種組織，就不免有人抱了自私的目的，附和聲勢，隨意加入，這更是玷辱了基督救國”。
針對上述教內外關於基督教與民族救亡圖存之關係的種種議論，吳雷川認為，如果提倡“基督救國”，就不能徒托空言，最好是要實驗。比如，執掌政權的人，如果信仰基督，卻不能實行基督的道理，就不容易使人相信基督教救國。而基督救國的理解，又超過當代的現象，難使一般人領受，並且容易誤會。所以，“最切實的辦法，就是融合基督教救國論與基督救國主義，而實行基督徒救國”。那什麽是基督徒救國呢？吳雷川說：
基督徒救國唯一的要素，就是耶穌犧牲的精神。現今世界各國，政界、軍界、學界、農工商界，以至大資本家、大學問家，大致都有基督徒。如果效法基督，將基督教的道理在各個人的業務上，實現出來，何患國家不能改進？所以，基督徒救國，就是基督教救國，進一步說，基督徒同是國民，本不必假借教會的名義，才能結合。如果一國的基督徒已經從各方麵事業發展上，聯合起來確實救了自己的國，自然要有各國的基督徒聯合起來，共同一致，提倡國際親善，世界和平，使世界各國共同得救，所以，要發揮基督救國主義，也必須實行基督徒救國。更進一步說，基督的道理本是兼容並包，不分門戶，隻要人真肯犧牲，有救國的心，行救國的事，雖然他還沒有做基督徒，卻已遵行基督的教訓，都可以證明基督教救國，或是基督救國，所以凡救國的，就可說他是基督徒，而已經作基督徒的，自然是必要救國。[112]
五四運動無疑是中國近代史上最具有標誌性的一場反帝反封建的民族救亡圖存運動。它使1915年以來接受新文化運動影響和在國內外接受現代新式教育的一大批青年知識分子真正有了最急迫的民族救亡圖存的民族自覺意識和曆史使命感。五四運動以後，反帝反封建的思想革命、文化革命和政治革命等強烈的“革命”思想空前高漲。來自於帝國主義列強國家，又得到帝國主義列強不平等條約明文保護的來華傳教士和他們在中國所傳播的基督宗教，自然難以置身於這場山雨欲來風滿樓的曆史場景之外。而1915年以《青年雜誌》為主要陣地所宣揚的各種新思潮、新文化給基督教所帶來的衝擊，也是自1807年英國傳教士馬禮遜來華以來所麵臨的最激烈的文化挑戰。民初正在逐漸成長中的中國基督教知識分子，還沒有人能夠自覺做出與新文化運動同步的積極回應。但是，五四運動以後，徐寶謙、趙紫宸、範子美、吳雷川、吳耀宗等開始自覺地反思這場持續多年、影響日劇的新文化思潮。
徐寶謙親身感受到，五四運動以後，僅僅半年多的時間，“新出版物一天多似一天，書報世界充滿了新思潮的出版物。什麽《新青年》《新潮》《少年中國》《新中國》《新生活》《建設解放與改造》，等等，聽說已有二百六十餘種。這些期刊和日報，大半是用白話文字的。因為這種文字的鼓吹，所以自由、平等、博愛、犧牲、互助、進化、解放、改造等名詞，成了人人的口頭禪。”他分析新思潮如此迅速發生的原因，“第一是因為現在全世界的潮流，是趨向到科學同平民主義兩方麵，第二是因為中國近年來，已經飽受了‘軍閥’、‘政客’、‘貧困’的害。所以對於這種新的潮流，十分傾向。”他不能不麵對在這股新思潮中基督教所遭受到的各種衝擊，有反對的，也有讚成的，而“大半是反對的多，讚成的少”。為什麽有那麽多人反對基督教呢？“反對的人，以謂宗教與科學同‘平民主義’，是根本的不能相容。宗教是阻礙人群進化的東西。基督教尤為最有勢力的宗教，所以不能不排斥。”當然，他也欣喜地看到，新文化運動的領導人陳獨秀，在其發表的《基督教與中國人》一文中，能夠公開承認“基督的人格、精神、教義，是極可佩服的”，其所不滿意於基督教的，隻是說到“基督教的教會、儀式、信條，雖已陳腐，不能適應世界潮流”。[113]
此時新文化運動當中各種新思潮、新派別的人物，大多數並不是完全否定基督教的，他們主要還是受“賽先生”（科學）和“德先生”（民主）的影響而將基督教作為與科學相對立的宗教的最有勢力的代表來予以批判。例如，當時新文化運動的重要人物高一涵就認為：
至於基督教，我卻承認他在曆史上有過偉大的成績，例如尊重勞動階級，打破奴隸天生的見解，使條頓民族的得到政治團結的能力……都可以說是基督教的大功。可是，到了十六、十七世紀以後，宗教勢力便處處為政治改革的障礙，宗教的專製主義和政治的專製主義結合在一塊，便釀成法國的大革命。故我常常說：基督教在野蠻國中雖然很有貢獻，但是一入文明世界，便有許多地方妨害進化的動機。我敢斷定，科學發達必有能夠代替宗教的那一天。所以，中國人現在應該極力講求歐洲的科學，倒不必生吞活剝的去崇拜歐洲人所崇拜的宗教。[114]
正是由於五四人物對待基督教的態度還比較客觀，因此，徐寶謙覺得，基督教對待新思潮應當有一種積極的態度，首先，“無論反對和讚成，都是我們所應當歡迎的，因為反對同讚成，都是注意的代名詞。真理不怕人反對，隻怕人不注意。我們所信的基督教，若果是真理，有什麽可怕的呢？而且新思潮這種研究的態度，實在於我們大多數的基督徒有莫大的幫助”。其次，既然我們基督教受到了新文化運動和新思潮的關注，我們就不能無視他們，而是要認真地了解他們，研究他們，甚至“我們很應當根據基督教的真理來批評他的”。還有就是要努力消除人們對基督教的誤解，將基督教的真精神發揮出來。“許多人，以謂基督教是對於科學、平民主義，是不相容的，是阻礙進化的，他們對於基督教有種種誤會的地方，我們應當將基督教的真理，有種種方法發揮出來，使他們知道基督教的真精神是什麽。”此外，我們應當積極地參與到新文化、新思潮當中去，“與他們通力合作。文字演說的工夫，雖屬有益，到底不能盡真理的所有事，所以實行的精神，尤為可貴。我們應當用實行的精神，同一般提倡新思潮的學者，去服務社會。那就是我們對於他們最大的貢獻了”。
正是基於以上認識和願望，徐寶謙親自發起在北京成立了一個基督教新思潮團，積極開展了四方麵的工作：一是創辦一份月刊，“用基督教的真理，來討論一切問題”；二是“選擇思潮最盛之地，若幹處，舉辦公開的演說會，發揮基督教真理”；三是，邀請非基督教的新思潮學者同遊北京的西山，暢談個人信仰問題，討論如何共同開展社會服務工作；其四，根據討論的結果，具體實施共同開展的社會服務工作，並製定下一步計劃。[115]
應該說，在非基督教運動爆發前，以徐寶謙為代表的中國基督教知識分子對待五四新文化運動和當時各種新思潮的認識和態度還是非常積極，也是非常樂觀的，並沒有預感到即將到來的非基督教運動所可能帶來的巨大危機。
從1922年出版的由中外基督教人士組成的中華續行委辦會調查特委會所編纂的《1901—1920年中國基督教調查資料》（亦稱中華歸主）一書中不難發現，來華傳教士和中國的基督教人士已經充分認識到，新文化運動強調愛國主義，但是這場運動“也是一個反宗教運動，它不僅誤解了宗教的社會作用和社會地位，而且破壞了一切宗教對個人的影響。因此，新文化運動不僅影響了中國原有的宗教，而且也影響了基督教”。但是，他們還是低估了新文化運動可能給基督教所帶來的巨大影響。他們對於基督教在中國的前途還比較樂觀：“一些社會上層人士也願意傾聽福音了。有思想的知識分子都讚成對基督教進行研究。中國的思想家中有人反對基督教，也有一些優秀的思想家研究基督教並讚賞其教義。總之，教會已經成為社會思想的一個因素。中華歸主的目標雖然尚未實現，但在本時期內卻贏得了全國的注意！”他們甚至還說：“全國都對基督教敞開了大門。中國教會已更加被人們了解，也加深了對自己的認識。義和團運動之後，教會極力加速自身的中國化，至今並未全部完成。我們希望1922年將給它加上永遠是中國教會的標記。”[116]而正是這一年，以青年知識分子為主體的20世紀20年代全國性反基督教運動很快就拉開了大幕。
章開沅先生認為，20世紀20年代初蓬勃發展的非基督教運動，正是以五四運動為標誌的新文化運動向縱深發展的必然結果。“基督教與儒學雖然頗多扡格，但都屬於中世紀沿襲下來的傳統精神權威，自然無從逃避新文化運動攻擊的鋒芒。同時，19世紀中葉以來，基督教在中國的傳播又與西方殖民主義難分難解，曆來被看作帝國主義侵略中國的文化工具。作為反帝愛國運動的五四運動，自然也不會放過基督教。”[117]“打倒孔家店”是五四時期、新文化運動時期最響亮的口號之一，可是，這場運動所要打擊的，並非僅僅是中國保守的文化傳統，一切保守的、被認為與科學和民主相衝突的宗教和文化都可能成為被打擊的對象。這也就是說，基督教在新文化運動後期遭受打擊，不僅僅是因為它被看作一種沒落的傳統精神權威，而且還會被看作中國人民最痛恨的西方殖民主義的同伴或幫凶。
北京的非宗教大同盟“宣言”發布後，在當時的知識界和基督教界都產生了很大的影響。燕京大學教授常乃德也發表文章《對於非宗教大同盟之諍言》。他首先表明他很讚成新文化運動領袖陳獨秀在《基督教與基督教會》中將基督教與基督教會分開來討論和評價的做法，接著，他將各種對宗教和基督教的批評觀點歸納為四個方麵，一是束縛思想，二是殘殺人類，三是擁護階級主義，四是暗行侵略手段。這四個方麵又可歸結為兩點，前兩者是指基督教義本身及過去的教會而言的，後兩者是指現在的基督教會及信徒而言的。非宗教大同盟既然宣稱他們反對基督教，是因為基督教與科學真理相違背，這就屬於反對基督教教義方麵的，那麽，基督教其他方麵有什麽理由要去反對呢？其次，非宗教大同盟在通電中提到“不承認過激黨”及“貴族平民都可以加入”，可是，你們“不僅在擁護科學一點，而也兼含有‘社會主義’、‘人道主義’、‘愛國主義’等等的色彩”。這顯然是自相矛盾的。再次，基督教教義誠然與科學真理有相互反對之處，但是，現在的基督徒早已不是幾百年前的基督徒，他們中不少人本身就是從事科學事業的，更何況像美國和英國，都是基督教國家，也都是科技最發達的國家，如果還是反複強調基督教與科學相衝突，恐怕不能解釋英、美等國的科學發展現狀。至於說基督教是擁護資本家和富人階級的，如果翻開聖經，就不難發現，“如八福的標準，如駱駝進針孔的喻，都是為貧人幫助的呼聲”。基督教並不是隻占在資本家一邊。如果是因為教會行為的不當，便怪罪基督教義，就武斷地說基督教是資本主義的護身符，就如同說達爾文的進化論、尼采的權力意誌說、社會主義和無政府主義被某些人利用，就怪罪這些主義或思想一樣。他還特別就非宗教和非基督教運動中批評基督教是侵略主義的工具一說進行了比較深入的分析，他說：
至於罵基督教為侵略主義的先驅一層，我們尤其覺得可笑可憐！想不到一九零零年拳亂時代士大夫的腦筋，到二十二年之後，在自命為擁護科學真理的知識階級中還會出現。我們不解諸公所謂侵略主義者，是指基督教義的本身，抑是指現在的教會，抑是指現在教會中的個人，抑是指信基督教及利用基督教的國家及政府？若是指原始基督教的教義，則我們雖不肖，也曾將新舊約等書從頭至尾翻閱過一回，實在看不出在他的教義中含有幾多的侵略思想，不知根據何種證佐，便說基督教是侵略主義的先驅？若說對他的教會而言，則教會固然對於列強的侵略手段，作過不少的幫手，但他同時也未嚐沒有替弱小的民族喊過不平的聲音。我們固然相信傳教師是瓜分非洲的先鋒隊，我們也相信傳教師是灌輸朝鮮人以獨立思想的天使……若說現在的基督教會都是些侵略主義的傀儡，故我們當一概加以攻擊，則諸公何不專攻擊侵略主義的教會，而另外提倡一個自由自立的中國基督教會？若說現有的基督教會無一能脫離侵略主義的利用，則我們願介紹給諸位看看，在美國一種非戰主義最盛的Quakers宗，不知諸公也還說他是侵略主義的傀儡不是？若因為與自己主張的科學真理相反對的緣故，而遂不惜加以侵略主義的惡名，真正科學家的態度是否應當如此？若說諸君所謂侵略主義，是指基督教信徒中曾經出過許多的野心家，或者說現在的基督教徒，有許多是甘心為侵略主義利用作走狗的，則這種個人的行為，我們已經屢屢說過，不能拿來當作攻擊教會本身的資料，除了這些野心家走狗之外，基督教中也還出了許多熱心的誌士為社會犧牲的健者，不知反對宗教的諸公對此注意過沒有？若說指利用基督教作侵略的國家政府而言，則我們隻有反對這種國家政府便已夠了，不知何以須牽及宗教的本身？若說宗教是侵略主義的工具，非先推翻這種工具，不能打倒侵略主義的本身，則我們的意思，覺著為侵略主義利用的工具，恐怕不止宗教一種，如根據科學真理所發行的輪船、火車、子彈、炮藥，無一不比宗教的功用大，諸公何故不先反對這些？
常乃德上述對基督教與侵略主義之關係的辯論，無疑犯了一個很嚴重的邏輯錯誤，那就是，他一方麵承認基督教與帝國主義列強的侵略主義有各種各樣的密切關係，另一方麵又拿基督教也做過與侵略主義相反的和平主義的，或是反侵略主義的事情，便以後者來否定前者，或替換前者。或者說被帝國主義利用作為侵略主義工具的，也不僅是基督教，還有各種比基督教有更大得多破壞力的炮艦、輪船、子彈等，為什麽不攻擊這些破壞力更大的東西呢？又以充當帝國主義侵略工具的隻是一些基督教傳教士個人或個別教會，怎麽能怪罪整個基督教呢？諸如此類，他甚至在文章最後猛烈抨擊非基督教人士對基督教的一些批評，是張冠李戴、栽贓誣陷。顯然，他的這種論辯方式，不僅不能澄清事實，反而有故意逃避罪責之嫌。
不過，著名的基督教界護教刊物《真光》登載了以下消息，對非基督教運動倒是一個挑戰。該文說：
非基督教同盟運動……關於資本製度一項，且力斥其罪惡，謂宜本基督之教義以改革之，而四月廿五日，此同盟之一代表，德國社會民主黨領袖覓加利氏在廣州青年會演說，亦是持此論調。作非教運動諸君，動斥基督教擁護資本主義，為外國資本家經濟侵略之先鋒隊，倘仍有羞惡之良，不知其對此當作何感想。
又廿六日，法國代表畢琦蘭女士演說歐戰後之基督教，英國代表楊教授演說基督教與科學，亦皆與非教者（所謂）基督教自歐洲已無立足之地，基督教是科學之仇敵之言，完全相反，亦不知其對此作何感想？
又據報載，有基督徒郭維嶽等四人，被人假其名字，發出一非宗教通電，登廣州某某等報，郭去函力辯其誣，請照更正，竟置不理。見四月廿五日《現象報》，一非宗教者之鬼蜮伎倆，至此甚，其人格何如，概可想見！
周作人等五人主張信教自由宣言發表後，除李石曾、王星拱等之反響已略誌本刊外，尤無理是玄廬之質問，見上海《民國日報》四月廿一日之《覺悟》，全篇俱怪其反對反對宗教，而不言其隻不讚成挑戰的反對宗教，此種詭辯，真不值一哂！[118]
著名近代中國基督教史學者林榮洪先生說：“若從宣言和電文的內容分析，一九二二年的非基運動結合了五四時期的思潮：科學主義的無神思想、民族主義的排外意識、共產主義的階級觀念，都成為當時不少非教人士所歡迎的理論，他們借此抨擊宗教，特別是基督教。這一切對當時中國教會有什麽影響？中國教會麵對這多方麵的挑戰，做出了什麽回應呢？”他覺得，這場非基督教運動至少對當時的中國教會產生了三方麵的影響：一是給教會一次反省的機會，反省自身出了什麽問題；二是給教會一次更新的機會，如何適應時代發展的要求；三是促使教會重視服務人群的工作，以表彰福音的社會責任。[119]事實上，在1922年非基督教運動期間和稍後，中國基督教知識分子在回應各種非基督教言論的同時，深入地思考了這次運動給教會所帶來的影響，積極地籌劃如何使基督教更好地適應中國社會的需要。
作為第十一次世界基督教學生同盟中方的代表之一，徐慶譽認為，上海和北京先後發動的非基督教運動，大多帶有情緒化的色彩，自然免不了偏見和誤解。具體來說，一是偏重於科學，以科學為萬能；二是偏重於哲學，以為哲學可以取代宗教；三是偏重於美育，以為人人都可以過藝術的生活，因而不需要宗教；四是誤解宗教為迷信；五是誤解教會為宗教；六是誤解第十一次世界基督教學生同盟會議就是要在中國宣傳資本主義。他還就教會與基督教的關係指出，教會與宗教（基督教），就好比學校與教育之間關係，我們不能因為學校不好，就否定教育。中世紀是教皇利用宗教（基督教）為惡，聖經上並沒有鼓勵殺人的誡命。不論什麽理論，全靠用的人如何，用之善則善，用之惡則惡。不僅如此，科學也一樣如此。中世紀的黑暗不是由於宗教的罪惡，而是由於教皇的罪惡。“你如果要反對宗教，總要從教義——宗教（基督教）本身下手，如果基督教沒有擁護資本家的教義，你不過是恨惡資本化的教會，那麽，你隻能夠反對教會，決不能牽及基督教。”
他還就基督教與資本主義之間的關係進行說明：“基督教教義是否帶有擁護資本主義的色彩？新約馬太福音第六章十九節說：‘不要為自己積財在地上。’馬太福音十九章二十一節說：‘耶穌對少年人說：你若願意作完全人，可去變賣你所有的，分給窮人。’又二十三節說：‘耶穌對門徒說，財主進天國是難的。’路加一章五十三節說：‘叫饑餓的人得飽美食，叫富足的人空手回去。’路加三章十一節說：‘約翰回答說，有兩件衣裳的，就分給那沒有的；有食物的，也當這樣行。’路加六章四十二節說：‘但你們富足的人有禍了，因為你們受過你們的安慰。你們現在飽足的人有禍了，因為你們將要饑餓。’基督教痛恨資本家，和扶助貧乏者的話，一時引不盡，單就以上所引的這幾節經文看，無論何人，都應該知道基督的福音，純粹是為平民說法，絕對的沒有擁護特殊階級的臭味。”而非基督教學生同盟和非宗教大同盟所堅決反對的第十一次世界基督教學生同盟，也不是一個“以擁護資本主義為目的”的國際組織。該會1920年在瑞士修訂的簡章中明確指出：“本同盟聯合各國學生，使互相了解，並使覺悟基督的原理，為萬國國際的基礎，而各努力實行，以期世界統一。”也就是說，該同盟是以提倡國際主義和世界和平主義為目的的，也不可能到中國來開會專門宣揚帝國主義下的資本主義。況且該同盟此前已在歐美開了八次會議，在日本開過一次會議，在土耳其開過一次會議，都沒有去宣揚資本主義。這次北京會議，有32個國家的男女代表出席，既有美、日、英、法等強國的基督教學生代表，也有如印度、朝鮮等弱國的基督教學生代表，還有如挪威、丹麥等小國的基督教學生代表，既有白人，也有黑人，大家相互尊重，氣氛和諧。他說，本次會議“各股所討論的問題最大的，如國際問題，種族問題，社會問題……都具有極新的見解，與今日國中少年高唱入雲的文化運動，可說是異口同聲。我在會中從開會起至閉會，沒有聽見一個代表說，資本主義是應該擁護的，如英國代表Hodgkin，德國代表Michaelis（德前內閣），日本代表湯淺恭三等，對於資本主義都攻擊甚烈。”
徐慶譽雖然站在維護基督教的立場批評非宗教大同盟缺乏對基督教義的深入研究和真切了解，導致過於感情用事地排斥基督教，但是，與上述的常乃德的論辯相比，則表現出一副擺事實，講道理的理性態度。更為可貴的是，他並不回避當前基督教和基督教會所麵臨的巨大挑戰，而是采取積極的應對時局的態度和策略。要求基督教自身，特別是基督信徒，首先應當反省：“要問我（信徒）到底是信教，還是吃教？如果是信教，基督那些犧牲、平等、博愛、自由……各種教義，我實行了沒有……若自己沒有圓滿的答複，我便是一個冒牌的教徒，應該悔改。教師牧師們，在這個時候，也正是反省的好機會，要捫心自問，我——外國人——到中國來傳教，是不是體著基督的‘愛’？我——中國人——向國人傳教，用各種方法聯絡各界男女，是不是以提高國民道德為己任？若我不是誠心傳道，還雜有別的臭味在中間，我也該悔改！”其次，他大力呼籲基督教會應當效法當年馬丁·路德的改革精神，自覺地起來進行自身的改革或革命。他說：“我們要知道，他們所攻擊的，不是宗教，乃是教會。不過，他們自己誤認教會為宗教，所以因反對教會，而牽及宗教的本身……教會革命，是刻不容緩的事，毋庸大驚小怪。信徒應該趁著這個時機，趕快地結合起來，繼續馬丁·路德的事業。”具體如何進行改革？他指出，一是要“推翻過去的神話”，也就是不要宣揚已經不符合現代科學的內容；二是要“限製傳教師的資格”；三是“破除無用的儀式”；四是“建設合理的信條”。[120]
在非基督教和非宗教運動中，東吳大學的趙紫宸很快覺悟到中國的基督教會必須進行改革以適應中國社會的新需要。他在《生命》月刊撰文指出：“近幾年來，中國因了世界的大變動、內部的大醒悟，產生了民族自決的觀念與要求。一方麵，社會運動喚起了國人思想的改革，使國人對於一切不公平、不正當的政治統係、經濟製度，懷抱不滿意的心；另一方麵的文化運動引起了改造的要求，批判的態度，幹涉一切文化因數（素）的行為。教會當此潮流，自也受其影響。其中有學識、有基督的生命的人，都要急急地謀劃對付此種運動的方法，要把基督的福音去適應、輔導、改變、感化中國朝暾初起的民族思想與覺悟。為了這個緣故，教會中‘懷瑾握瑜’的中西信徒，皆有希望及要求統一教會、中華本色教會的表示。這種表示是覺悟，是識鑒，是好邏輯，是基督精神的揚溢露流。”[121]很顯然，趙紫宸對於五四新文化運動以來的中國社會政治與文化的變動，是有著深切的認識的，他感覺到基督教不能被動地接受新社會和新文化的批判和排斥，而應當積極地調整和改變自己，以適應這個正在急劇變動的社會和新文化的發展要求。
趙紫宸認為，青年學生是當今社會文化運動的主力軍。上海、北京和全國各地的非基督教、非宗教運動的主要力量都是青年學生，因此應當更多地關注青年學生。對於基督教自身來說，就應當將我們的注意力放在已經信教的青年學生身上，了解他們的思想狀況。他認為現今教會中有思想的信教學生，對於教會的工作有多方麵的不滿意，比如，他們不滿意由於教會中的組織、思想、形式等都不是中國本色的，而是從西方傳來的，因而不能適應於中國的國民心理。他們還覺得教會雖主張信仰自由、良心自由，可並沒有真的使人們得到心靈上和知識上的自由，而現今社會所盛行的批判的態度、科學的精神，是教會所畏懼、不信任的。再有在神學上，教會時常采取專斷的態度。還有，教會比較重視空文和形式，不重視精神，致使信主的人，得不到切實的宗教經驗。在今日社會日新月異的情況下，教會不思改進而顯退步，跟不上時代的步伐。現在中國是一個知識分子成長的時代，這些知識分子大都反對資本主義，而今日中國教會雖然不與資本主義同化，也沒有從基督教精神出發，對於經濟不平的狀況予以真情的關切。教會本來是反對虛偽的機關，卻成了容納欺詐的窩藏，講真話的人不能受到重視，法利賽人的心術，代替了基督耶穌的生命。教會既沒有很好地去與關注知識階層，也沒有深入到鄉村和廠礦，去拯救那些底層的勞動階級。在教會裏，中國宣教師素質較差，往往隻能聽命於西方傳教士，因此，教會實際上“是西宣教師的教會，不是中國人的教會”。在這樣的教會裏，“在西人心中凡係西方所通行、所成功的思想與方法，乃是惟一的思想與方法；西方所公認，所合用的形式與結構，必是中國當從的形式與結構。故到今日，中國並無自己的教會。”他特別指出，教會對於青年學生，缺乏積極的關心和溝通。教會的事功太膚淺，範圍太狹窄，其中的教友，不乏不良分子，有些教友甚至不知基督生命為何物。而“有識之人，雖信基督的道理，尊耶穌的人格，不敢踏進門來，況乎不信之人，豈能受感動而皈依救主呢？”此外，教會因為受各國來華不同差會的影響，宗派現象比較嚴重，給社會上人們一種不團結不友愛的感覺。近些年教會雖然表示打破宗派界限，但實際收效甚微，教會聯合運動，名不副實。[122]
畢業於東吳大學並留校任教的趙紫宸，特別關注教會學校中學生與教會的關係問題。他認為，教會學校中的教員，不乏兼職的教牧人員，他們最有利於成為學生與教會中間的介紹者。“惟所難之點，在於西人往往不識華人心理，不知華人的文化運動、民族觀念，故不免於隔靴搔癢之弊”。而教會學校的開設，首要的任務，就要為中國鑄造一個信主的社會，並使他們成為國家的公仆。“這種公仆同時即是教會的柱石，宗教的幹城。他們不但為宣教的牧師，其多數必須為教員、律師、政治家、經濟家、銀行家、實業家、科學家、美術家、慈善家、道學家，因為各種事業，都是聖工。”但是，如何才能把他們造就成如此有所作為的國家公仆、教會柱石和宗教的幹城呢？他認為，這就要求教會應當有一個確定的方針，首先要認識到教會學校常較開設學校的教會更能夠適應時代的進步，因此，“學校當急尋求破除宗界的計劃，解放思想的方法。教會學校，或大學或中學，在宗教上，是否都有確定的方針，是否都是飽學的、厚德的宗教領袖，做學生的導師，是吾們約略知道的。到如今，有許多信主的男女學生，還不知新思潮是什麽，還不知教會有什麽使命，教會與中國國民有什麽關係，還不跳出局部的範圍，而以全國為思想的元素。這都是為什麽呢？如今教會的學校，大概注重做，看輕想！做是當的，不仔細想是不當的。在這點上，教會學校當急自覺起來。”[123]
趙紫宸對於教會如何能夠適應中國現時代的需要，特別強調要認清中國的民族主義潮流，要認識到民族救亡圖存是現今中國最迫切的任務。教會必須適應這個時代要求，教會學校更要積極主動地引導青年學生，使他們的民族主義與基督的福音相融合。他覺得，對於全國基督教學生運動，不能隻是“盲目無標的運動，故必有個確切的程序，一定的標準”，“以求達到學生自動”。一定要“本基督的精神，輔助中國國化教會，統一教會的進步，宣傳基督的福音，使中國民族的自覺自決，得基督教的感化，受基督教的洗禮”。如何才能實現這個目標呢？他提出了十個方麵的程序，要求信主的青年學生，“應當研究他們的福音，俾得有切實的宣傳，有信仰的根基”。“對中國本色教會的建設與進步，可有何種輔導，何種命分，何種貢獻，何種要求，亦當詳細審察，俾可施諸實行。”“應當如何感化中國民族的自覺，使中國的同胞、中國的文化、中國的製度，都能受基督教博愛、公平、寬恕、犧牲，種種德的陶冶。”“宜有何種合作的事功，發揮基督的真相、教會的思潮，去輔助轉移中國新思潮的運動。”“宜公同決定社會服務的程序，使基督的社會教訓，可以真切應用在中國社會改造的事功上。”“對於國內政治，有何表現，對於他國加於中國的侵略，有何對付，信主的學生也當詳細審察，得一同意，俾可顯示基督學生所持的民族自覺自決的思想與態度，與國際親善、世界和平的希望。”[124]
身在教會大學中的趙紫宸，從一名窮苦孩子有幸進入了東吳大學接受現代高等教育，並從一名中國傳統宗教信徒逐漸轉變為一名堅定的基督教徒，深感教會學校對於中華民族的救亡圖存，以及基督教在中國的發展，有著非常重要的作用。因此，他麵對非基督教運動的衝擊，積極主張把整理教會的工作重心放在教會學校如何培養民族主義與基督福音相融合的新型“國家公仆”和“教會柱石”上麵。這是他在當時有著深切的曆史自覺的表現。而他所重點關注的教會學校，在兩年後的非基督教運動中，已經受到社會各界和教內外更多的人的關注，成為20世紀20年代中後期中國民族主義救亡圖存運動的一個焦點。
1923年在燕京大學兼職任教的吳雷川與友人組建隻對中國人開放的真理會，並主持編輯出版《真理周刊》。他就當時非基督教運動的問題，應上海英文《教務雜誌》主筆樂靈生先生的邀請撰寫文章，表達自己的看法。他說，自從非基督教運動發生之後，一般人都以為基督教在中國的前途，恐無發展的希望。但據他個人的觀察，則認為基督教遭人反對，正是基督教能夠獲得進步“絕好的機會”。為什麽這麽說呢？首先，“從前基督教會傳教，多半是以西國因襲的傳說，強授於人，使人信其當然而不明白其所以然。自從反對者以迷信相攻擊，一般感受刺激的基督徒，乃重新研究其所信的教義，以備與反對者辯論。於是基督教教義，因辯論而日益顯明，漸漸地由神秘而理性化了。這是最大的進步。”其次，“從前信基督教者，不特尊視己教而蔑視他教，並且很容易鄙薄本國而崇拜外國。自從反對者提出國家主義以相號召，於是基督徒愛國的呼聲日高，基督教與中國文化，也成為重要的問題了。因此就能使人了解基督教不是一種族一國家的宗教，而是世界的宗教。”最後，“從前基督教在社會中的態度，仿佛是崖岸自高，與社會不相融洽。最初教會附屬的一切事業，也隻是以傳道為目的，而忽略其所辦事業應有的計劃。自從反對者指出許多弱點，於是教會學校，首倡改良，認明辦學當以教育為宗旨，不複認為傳道的一種工具了。這類的改革，看似縮小傳道的範圍，其實正是使社會基督化的動機。”就從以上三點來看，吳雷川認為，他對於基督教的前途，是完全抱樂觀態度的。當然，要想達到基督教在中國的樂觀前途，我們基督教徒必須要積極地努力改進基督教會的工作，使基督教真正成為能夠滿足中國社會和人心需要的宗教。他說：
第一，基督教因為要解答非難，適應環境，所以新出版的譯著書籍，日見增加，一洗從前沉悶板滯的說素。於是引起一段學者研究的興趣，就連素日輕看基督教甚至嫉惡基督教的人，都漸漸地解除疑忌與誤會，表示同情。其次，因著時局的紊亂，生計的壓迫，人民顛連困苦已達極端，於是人心渴想和平，必有許多人推究致亂之原，就承認基督教確有改革人心，撥亂反正的功用。從此基督教在中國活動勢力，遂潛伏於人心。複次，中國固有的禮俗，早已失其維持社會的能力，有改良之必要。而欲從事改良，則有許多原理，必取材於基督教。於是基督教的精神，不知不覺的為普通社會所容納。彼時教會中受洗等等的形式，雖已不甚注重，而真正歸依基督的人，卻大有增加。最後，所有社會上做領袖的人們，大都改變舊日的觀念，減少自私自利的心，重視公共的利益。社會秩序，日見安寧，人民痛苦，逐漸輕滅，乃至知識程度低淺的群眾，也都知道注重生前的行為，而不妄冀死後的福利。於是社會一般人的信仰，同趨於正確，基督教乃切合於人生。[125]
作為一個世界性的宗教，基督宗教曆來重視宣揚普世的國際主義。第十一次世界基督教學生同盟會議在北京召開，被具有強烈反帝反封建的民族救亡圖存曆史使命的愛國知識分子看成是公然在中國宣揚資本主義和西方殖民主義。因此，如何處理愛國主義與國際主義之間的關係，是擺在當時中國基督教知識分子麵前的一個重要問題。1922年9月，《生命》月刊發表了巢坤霖的《愛國主義與國際主義和基督教教會》一文。巢坤霖認為，許多中國人不相信國際主義，甚將國際主義與軍國主義、殖民主義等混在一起，與愛國主義對立起來。還有些人將愛國的精神與戰爭用兵混為一談，因而把“富國強兵”作為愛國的唯一目的。他說：“平心而論，這種的愛國主義，不獨是基督教徒不能承認，凡屬有理性的人數皆應屏之不齒。這種愛國主義便是世界底泛論，凡百痛苦、煩惱、瘟疫、疾癘、災變底源頭。但世固不乏純粹的、光明正大的愛國主義。這種愛國主義不是憑空的，他用基督耶穌愛人底教訓作根據，不因邦國的分別而有差異。基督教人類以上帝底父格，教人類以寰海逮通愛鄰為己底大道理。所以做他們徒的都承認他們的祖國便是大地本身，他們的教區便是全般世界……愛本國本種族是當然的，但因此而鄙夷或排斥別國或別種族，便大大地不應該。”在巢坤霖看來，基督教的愛國主義，不是一種狹隘的民族主義，不是隻愛自己的民族國家而可以損害其他民族國家，而是既愛自己的民族國家，也應當愛自己的鄰國和其他民族國家。他指出：“真正的愛國主義和普通的愛國主義固不可同日而語，他和虛偽的或邪僻的愛國主義相異之處，更不能不辨一個清楚。真正的愛國主義，親親仁民，愛自己的邦國愈深，則愛他人的邦國彌篤。他實在是國際主義底一個訓練場所。”[126]
超越狹隘的民族主義的愛國主義，是近代以來世界各國進步力量積極尋求民族獨立自主和世界和平的根本之道。這就要求必須正確處理好愛國主義與國際主義的關係問題。愛自己的國，不能侵害別人的國。侵害他國主權和利益的愛國主義，其實是一種霸權主義。國際主義有利於打破狹隘的民族主義或愛國主義，但國際主義不能代替正當的民族主義或愛國主義。巢坤霖從基督教的普世主義立場出發，積極宣揚國際主義的愛國主義，表麵上看，並沒有明顯的不妥，但實際上存在著兩個不容忽視的缺憾：一是，當時正處於非基督教和非宗教運動時期，不少人將基督教與帝國主義聯係在一起，因此，容易讓人覺得這種普世主義（或國際主義）的愛國主義是帝國主義的理論；二是，當時正是五四新文化運動後期，科學已經逐漸深入人心，基督教作為宗教，很容易被當作科學的對立麵，並與要打倒的迷信聯係在一起，這種愛國主義就難免被看成是過時的或不切實際的理論。
1922年3月興起的全國性非基督教和非宗教運動，在周作人等五教授發表宣言的公開批評聲中，北京的非宗教大同盟不得不出麵申明其所批評的並非所有的基督教，而是一般的宗教，特別是反對世界基督教學生同盟在北京的清華大學召開會議之後，隨著第十一次世界基督教學生同盟在北京會議的閉幕，也就逐漸消停了下來。但是，這並不意味著這場聲勢浩大的非基督教運動就此結束，而可能醞釀著一場更大規模的反基督教浪潮。正如在收回教育權運動時期的一位非基督教和反對帝國主義的愛國知識分子所言：
自一九二二年三月，上海各校學生發起《非基督教學生同盟》以來，一時全國響應，紛紛組織同樣的團體，積極地做反對基督教的運動。他們的理論不外二種：一種是說宗教與科學不兩立，一種是說基督教不僅違反科學，而且是帝國主義者用以侵略弱小民族的工具。在當時，前一說似較普遍，有許多地方竟組織的是《非宗教大同盟》，而不專指明反對基督教。不久，這種組織都煙消雲散了！這是因為第一，他們原是反對當時“世界基督教學生同盟”在北京開會而組織的，“世界基督教學生同盟”閉會了，他們的對象沒有了；第二，沒有永久機關和出版物指導和聯絡這種運動。可是，自此以後，反對基督教的呼聲卻深入群眾，社會上常有零零碎碎的這種運動——尤其是反對教會教育的運動。[127]
這場非基督教和非宗教運動，也是中國馬克思主義成長的舞台。上麵提到馬克思主義者陳獨秀積極支持非宗教運動，而實際上，無論是上海學生界最先發動非基督教運動，還是北京成立非宗教大同盟，剛成立不到一年的中國共產黨作為一支新生的新文化運動力量，都在其中發揮了重要作用。中國共產黨早期黨員羅章龍曾親曆這場非宗教運動，他後來回憶說：“1922年春，我黨在北京發起非宗教運動，是當時中共北方區領導下的革命思想戰線上的偉大鬥爭。參加非宗教同盟者以北京大學教師蔡元培、陳獨秀、李大釗為公開對外代表人物，以北大黨團支部為中心組織。我當時擔任北大中共支部書記，也參加了這個同盟。我們出版了《非宗教論》一書。在該書中，公開刊印卡爾·馬克思的巨幅銅版像。此銅版像由京報館鑄版製成，並加以說明：‘宗教是人民的鴉片。’《非宗教論》文集共有33篇論文，按原書刊布文章的時間順序排列。蔡先生的文章寫得最多，共有七篇。李大釗、陳獨秀等都有文章。蔡先生發表《美育代宗教》一文，在當時產生了強烈的反響。他代表一種新的力量。他還在許多場合中公開講演，多次申訴這個主張。當然，非宗教同盟的活動也受到頑舊勢力的反對。但有蔡先生支持，反對派也無奈他何！”[128]羅氏的回憶，表明當時非宗教大同盟可能確實有意隻反對宗教，但是，當時真正能夠有實力與這批新式知識分子較量的，也隻有基督宗教。因此，他們在反宗教的過程中，實際上是以基督教作為批判的靶子。