1949年12月成都解放，周士第率第18兵團進駐成都，出任成都軍管會副主任兼成都市市長。

四川是中國大陸最後解放的地區，成都戰役之後，國民黨軍隊的主力雖然被消滅了，但反動殘餘勢力仍然存在，蔣介石、胡宗南在逃離四川之前，培訓、部署了大批特務、土匪，要與解放軍開展“遊擊戰爭”。國民黨特務還策劃暗殺賀龍、周士第的計劃，反動氣焰囂張到了極點，造成了川西地區社會秩序嚴重混亂，成都市內商店不敢開門營業，居民不敢上街，人心惶惶。因此，平息匪患、穩定社會秩序成為周士第需要考慮的重要問題。

據不完全統計，此時川西地區百人以上的股匪，共有104股、6萬多人，先後殺害解放軍人員300多人。地方幹部、征糧人員和小部隊因受襲擊而傷亡的竟達3000人以上，糧食損失5000多公斤。

1950年2月13日，周士第以第18兵團司令員名義發出剿匪指示。根據賀龍對剿匪工作“打蛇先打頭，擒賊先擒王”的重要指示，周士第命令部隊：“進剿大股土匪時，首先要打掉他們的指揮部，把土匪搞得驚慌失措、陣腳大亂，這樣我們就能掌握主動權。”

發布命令這天已經是臘月二十八，馬上就到農曆新年了。周士第決定第18兵團全體官兵不過春節，先去剿清匪患。他命令第18兵團副司令員王新亭坐上裝甲車，率領精銳部隊直搗土匪的巢穴灌縣巨源場，一下子就將其指揮部摧毀了。土匪失去指揮，如鳥獸散。解放軍乘勝擴大戰果，很快打通了成都到灌縣的公路。成都附近的匪特見勢不妙，紛紛向遠處逃竄，這樣成都附近的匪患基本解除。

2月26日，周士第命令第18兵團有重點地分別圍剿各主要匪區，他先後集中了第62軍4個團，成都警備司令部3個團，準備入藏的第18軍一部，第19師、工兵師各一部，及眉山、溫江軍分區部隊等共計22個團的兵力，對重點地區較大的股匪分區域展開了清剿。

在當地黨、政、軍、民有力配合下，剿匪部隊廣大指戰員發揮艱苦奮鬥不殲不止的勇猛戰鬥作風，堅決貫徹中共中央“軍事打擊、政治瓦解、發動群眾”的方針，嚴格執行對匪徒“鎮壓和寬大相結合”的政策，在3個月中殲滅匪徒2．3萬多人。川西平原之匪，除一部潛伏、一部竄入山區外，大股匪特均被殲滅，恢複了主要交通，社會秩序趨於穩定。