康熙六年（1667年），在沙俄的挑唆下，索倫族鄂溫克酋長根特木爾叛逃尼布楚、投靠了俄國。根特木爾作為迭斡爾酋長，世代居住於尼布楚一帶。由於不堪忍受俄國的侵擾，根特木爾於1653年南遷至嫩江流域，正式接受清朝的統治。然而在沙俄的挑唆下，最終根特木爾選擇了叛逃俄國，這成為中俄早期關係史中一個極為重要的事件。
根特木爾叛逃的消息很快傳到京城，康熙聽後大為震驚，他認識到，這一苗頭如果不趁早除了，將會嚴重威脅清廷的威信和統治，後康熙幾次同沙俄就“歸還逃人、停止挑釁”這一問題展開交涉，但沙俄都采取置之不理的態度。康熙九年（1670年）春，康熙命寧古塔將軍巴海遣使赴尼布楚投遞由康熙寫給尼布楚總管阿爾申斯基的正式谘文，在谘文中就俄方對黑龍江流域的入侵提出質問，並在文件中提出，要求歸還叛逃分子根特木爾，並且提議“倘貴國有言詞通知我國，可派遣使臣前來與朕麵談”來解決兩國邊境爭端問題。
康熙九年四月，阿爾申斯基派出以米格萬諾夫為首的十人團隊來到京城。阿爾申斯基依據沙皇的指示，給米格萬諾夫的訓令裏要求康熙向沙皇納貢稱臣與自由通商。訓令裏麵說道：“彼等應向博格德汗（俄對大清皇帝的稱呼）陳明：諸多國家之國君和國王已率其臣民歸依我大君主……彼博格德汗亦求得我大君主……沙皇陛下恩澤歸依我沙皇陛下最高統治之下……永世不渝，向我大君主納貢……雙方在境內自由通商。”
這個文件充分暴露了沙皇的侵略野心，米格萬諾夫將其遞交給清廷。由於當時朝廷沒有通曉俄文的翻譯員，康熙並不知道阿爾申斯基訓令中的內容，但本著和平的良好願望，清廷依然友好地接待了俄國使禮。
會談開始後，由於俄方缺乏誠意，盡提一些無理要求，使得會談不歡而散。但出於禮貌，清廷依然送給了使團很多禮物。
隨後，康熙帝手書《致沙皇國書》後交由俄方，其中明確提到，如沙皇“願求永遠和好”，則必須答應兩個條件：
第一，歸還叛逃分子根特木爾；
第二，以後不許侵犯大清疆界。
當時，因阿爾申斯基等使者不懂滿文，孟格德就將《致沙皇國書》全部翻譯成蒙文，再由阿爾申斯基將蒙文翻譯成俄文。之後，這份《致沙皇國書》及其譯文被送到轉沙皇手裏。在此期間，阿爾申斯基當麵向孟格德做出保證：
如果沙皇允許遣返根特木爾，自當馬上將他送返；並表示他已經通知下去，讓雅克薩頭目不得恣意妄為。
實際上，阿爾申斯基的這一番所謂的保證毫無誠意，隻是為了敷衍清廷，根本沒有想過兌現，之後，康熙又派孟格德又多次奔赴尼布楚交涉這一問題。
到達尼布楚後，孟格德即向阿爾申斯基痛陳俄方士兵在中國邊境恣意妄為、殺人搶掠的事實，要求阿爾申斯基對其立即加以製止，阿爾申斯基口頭上做了允諾，但俄方並沒有因此收斂自己的行為。此後，孟格德多次奉命前往尼布楚進行交涉，但沙俄政府均置若罔聞，不加理會。逃犯問題就這樣因為俄方的拖延而被擱置下來了。
康熙十四年（1675年），俄方又派出尼古拉為首的百人代表團來到北京。康熙十五年（1676年），尼古拉一行抵達嫩江流域，康熙派理藩院尚書阿穆瑚琅前往索倫與俄使協商，康熙在阿穆瑚琅出發前特地強調要搞清楚尼古拉此次的真實目的，以及他們對於清廷提出的合理要求的態度是什麽。
經過雙方談判，阿穆瑚琅認為，俄方“雖有修好之意，亦不可信”。於是，將尼古拉一行人暫時留在索倫，請朝廷指示。
朝廷大臣鑒於俄方聲稱因“無人通曉”大清皇帝所給敕書，為此前來谘詢詳情，進獻珍寶，並向皇帝問安，因此允許他們進京。
康熙十五年，俄方尼古拉等人到達京城，向朝廷遞交一份國書和一份照會，內容是以通商為中心，並列舉十二款，如允許互市，通路開放不絕；每年將四萬兩左右白銀以及絲綢等物品運往俄國等。而對於先前康熙所交涉的問題，則置之不理。
盡管如此，朝廷依舊接待俄方使者。康熙還兩次接見俄使，召到禦前一起賜茶賜酒，並命令理藩院審議俄方要求。之後，清廷對俄國使者嚴正宣布：
一、俄國必須歸還逃犯根特木爾；
二、俄軍隊不準在邊境滋事，不得騷擾中國百姓；
三、派遣使者來大清，要遵守大清禮法。
清廷的意思是，隻要俄方能履行以上三條原則，雙方可以和好，正常經商，否則不必遣使前來。
尼古拉在京期間，還與外國傳教士串聯，獲取情報。由此可見，他們出使大清，並不是為了和平，而是別有所圖。
尼古拉回國後，俄方不但沒有收斂，反而趁著中國三藩之亂，派兵侵犯中國邊境。從康熙十五年（1676年）起，沙俄的擴張步伐一直沒有停過，到康熙二十一年（1682年），沙俄以雅克薩為中心，多次騷擾中國索倫、赫哲、費雅喀等少數民族聚集地，燒殺搶掠，甚至繼續往內地進攻，與此同時，他們還在黑龍江的各條支流上，建立多個新據點，康熙十六年（1677年），沙俄在黑龍江支流上建立西林穆賓斯克和多倫斯克；康熙十九年（1680年），又在額爾古納河建立額爾古納堡，並劫持人質，讓當地人民強行納稅，沙俄軍隊在邊境問題上的肆無忌憚，對清朝北方邊境安全構成了巨大的威脅。
麵對沙俄咄咄逼人的姿態，康熙仍寄希望於可以和平解決，所以他依然多次派人前往警告、阻攔，要求俄軍停止侵略行為，康熙十九年（1680年），康熙特派大理寺卿明愛前往卜魁（今齊齊哈爾），與雅克薩俄軍當局及逆行交涉，並明確提出大清的要求：必須拆除據點，且撤出中國領土，不然中方會訴諸以武力解決。但即便如此，俄方依然覺得大清軟弱可欺，不但對大清的要求置之不理，反而變本加厲，公然屠殺當地居民，擴大據點。一些居民開始奮起抗擊，侵略軍十餘人死於百姓的還擊，還有當地的費雅喀等族人民也積極武裝起來，準備參加反侵略戰鬥。
康熙在同沙俄的交涉中認識到，靠和平協商已經解決不了問題了，得出的結論是：
“若輩非創以兵威，則罔知懲畏，將至蔓延，遂決意征剿。”
所以同沙俄和平溝通時，依據形勢的變化，康熙也在準備武力反擊沙俄。他曾對臣子說：“羅刹擾我黑龍江、鬆花江一帶，三十餘年，其所竊據，距我朝發祥之地甚近，不速加剪除，恐邊徼之民，不獲寧息。朕親政之後，即留意於此。”
康熙將寧古塔將軍治所移到烏拉，並修築城防，就是為了“以備老羌（沙俄）”。在巡視東北等地時，康熙特別留意沙俄問題，經過自己以及大臣的實地考察後，對黑龍江的敵情已經了如指掌，並不斷增加軍事力量。
為此，康熙采取了一係列措施，加強邊防建設，準備剿滅沙俄侵略軍：偵察地形敵情，派兵割掉侵略軍在雅克薩附近種植的莊稼，又令蒙古車臣汗斷絕與俄人的貿易，以困憊和封鎖侵略者；屯戍要地，康熙二十一年（1682年）十二月，決定調烏喇（今吉林市北）、寧古塔兵1500人往黑龍江城一帶，駐紮璦琿、呼瑪爾（今呼瑪南）。後鑒於兩處距雅克薩路途遙遠，令呼瑪爾兵改駐額蘇裏（今俄斯沃特德內西南）。次年七月，寧古塔副都統薩布素率軍進駐額蘇裏。九月，確定在璦琿築城永戍，預備炮具、船艦。同時派烏喇、寧古塔兵五六百人、達呼爾（今黑龍江嫩江縣境）兵四五百人，調往璦琿一帶；修整戰具，設置驛站，運儲軍需。這些措施，適合當時東北邊防鬥爭的需要和特點，因為黑龍江至外興安嶺地區距東北腹地遙隔數千裏，同沙俄這樣的入侵者鬥爭，單靠當地人民的部落武裝是無法製止其侵略的，必須籌劃全邊，扼要屯兵戍衛，在適當地點控製一定兵力作機動，才能對付沙俄飄忽不定的反複侵擾。為此，需要建立相當數量的驛站和糧站，開辟水陸交通線和籌集運輸工具，從而保障反擊作戰的勝利，並在反擊勝利後建立一條較完整的邊界防守線，才有利於長期的邊防鬥爭。