在科學與哲學之間的關係問題上，邏輯經驗主義者大多是沉默（毋寧說是回避）的，因為他們把自己所信奉的“分析方法”當成缺省設置，當成不言自明的真理：那就是用邏輯分析的方法“拒斥形而上學”。
我們的問題是，這種“拒斥形而上學”的思想態度是否是“分析方法”的獨創？還是科學與哲學在思想史上漫長演化的一種過渡性方案？“拒斥形而上學”有無思想理頭？“拒斥形而上學”是否有無法超越的“元哲學”？
如果我們把科學哲學理解為科學與哲學的互相審視，那麽我們至少可以得出兩點結論：第一，科學哲學不限於維也納學派的邏輯經驗主義及其隨後的各種流派，從古希臘到後現代都不乏科學與哲學關係的思想探索；第二，對科學與哲學關係問題的不同理解恰恰構成了科學哲學發展的內在矛盾，引導並製約科學哲學的思想性質及其各種探索。
但上述理解能否成立必須基於文獻的支持，根據“國際維也納研究會”（The international Institute Vienna Circle）在2000年出版的《科學哲學史：新動向和新視野》（History of Philosophy of Science：New Trends and Perspectives ）以及國際科學哲學史學會雜誌（The Journal of the International Society for the History of Philosophy of Science）中的相關文獻，我們整理出如下幾個思想節點。
古代自然哲學傳統中的科學與哲學：這一時期之所以被稱為西方“科學的哲學”古代傳統的形成時期，其原因就在於，科學與哲學的思想關聯已經形成，並形成了對西方後世的“科學的哲學”產生重大影響的幾個流派：理念論的科學-哲學共同體包括了畢達哥拉斯的數論、柏拉圖學派及其歐幾裏得幾何學、強調數理思想的新柏拉圖主義如普拉提諾和普魯克魯斯等；原子主義的科學-哲學共同體包括留基伯-德謨克利特的奠基性工作，伊壁鳩魯和盧克萊修的修補，阿基米德的應用，曆經中世紀的蟄伏直到近代才變成科學理論；亞裏斯多德主義的科學-哲學共同體包括亞裏斯多德本人對物理學和生物學探討並從中概括出四要素說、四因說和三段論等哲學思想，托勒密的天文學、希波克拉底-蓋倫的生物學-醫學等。參見拜雷（C.BAILEY）的《希臘的原子論與伊壁鳩魯》（The Greek Atomists and Epicurus，Oxford：Clarendon Press，1928）以及迪克斯特惠斯（E.J.Dijksterhuis）的《從畢達哥拉斯到牛頓的世界機械圖景》（The Mechanization of the World Picture：Pythagoras to Newton，Princeton，N.J.：Princeton University Press，1961）等。
中世紀宗教體係中的科學與哲學：中世紀給我們的印象是宗教對科學的迫害，如燒死布魯諾、審判伽利略和圍攻達爾文等。其實問題很複雜，中世紀的宗教及上帝觀念基本上來源於科學-哲學共同體的古代傳統，如柏拉圖的二元世界的劃分和亞裏斯多德的四因說等；中世紀的宗教信仰也促進了數理科學（論證上帝的萬能）和實驗科學（占星術）的發展；中世紀的宗教文化也孕育了哥白尼、伽利略和達芬奇等文藝複興運動中的人文主義科學大師。中世紀的科學-哲學共同體主要有：新柏拉圖主義的科學-哲學共同體包括波修斯的數論、奧古斯丁的音樂理論、帕拉塞爾蘇斯（Palacelsus）運動以及布魯諾和開普勒的天文學；新亞裏斯多德主義或唯名論的科學-哲學共同體包括奧卡姆的《邏輯大全》（Summa Logicae）、羅吉爾·培根（Roger Bacon）對亞裏斯多德《物理學》和《形而上學》的評注，阿爾伯特（Albertux Magnus）和阿奎那對亞裏斯多德思想的繼承；畢達哥拉斯主義科學-哲學共同體包括庫薩尼古拉的數學思想與宇宙論，哥白尼的天文學與宇宙和諧思想，伽利略的科學新方法（Dialogue Concerning the Two Chief World Systems），達芬奇的科學技術實踐及其對人的理解。參見希拉（Edith Sylla）和麥克佛夫（Michael McVaugh）編輯的《〈古代和中世紀科學的文本與語境〉》（Texts and Contexts in Ancient and Medieval Science，New York：Brill，1997）；格蘭特（Edward Grant）的《中世紀科學與自然哲學研究》（Studies in Medieval Science and Natural Philosophy ，London：Variorum Reprints，1981）；格蘭特（Edward Grant）編輯的《中世紀科學原典》（A Source of Book in Medieval Science ，Massachusetts：Harvard University Press，1974）；林德伯格（David C.Lindberg）的《西方科學的開端：歐洲科學傳統在史前和1450年哲學、宗教和製度環境中的體現》（The Beginnings of Western Science：The European Scientific Tradition in Philosophical，Religious，and Institutional Context，Prehistory to A.D.1450，Chicago：University of Chicago Press，2007）；拉丹斯（P.M.Rattansi）的《1500年到1700年的科學、宗教與社會：從帕拉塞爾蘇斯到牛頓》（Science，Religion and Society，1500～1700：From Paracelsus to Newton ，Burlington，VT：Ashgate，2009）。
從文藝複興到啟蒙運動期間的科學與哲學：按照庫恩的觀點，科學革命意味著“範式”的轉換，如此說來，哥白尼學說的提出和伽利略的科學活動都可以成為科學革命，其實，當時接受他們科學觀的人寥寥無幾，並沒有所謂科學革命的出現。按照我們的觀點，真正的科學革命是新科學發現引發了哲學的變革，也就是新的科學-哲學共同體的出現。近代的科學-哲學共同體主要有如下幾種：經驗論的科學-哲學共同體包括弗蘭西斯·培根-霍布斯-伽利略的科學與哲學合作，洛克與波意耳的科學與哲學合作，從貝克萊到休謨的科學與哲學共識；理性主義的科學-哲學共同體：笛卡爾與斯賓諾莎的數學與懷疑論哲學，萊布尼茲的數理思想與單子論哲學，牛頓力學與康德的批判哲學；法國百科全書派的哲學家拉美特利、C.A.愛爾維修、狄德羅、P.-H.D.霍爾巴赫等所構成的機械唯物主義共同體。參見斯奈德（Laura J.Snyder）的《維多利亞時期有關科學與社會問題爭論引發的哲學變革》（Reforming Philosophy：A Victorian Debate on Science and Society ，Chicago：University of Chicago Press，2006）；高克羅格（Stephen Gaukroger）《弗蘭西斯·培根與早期現代哲學的轉換》（Francis Bacon and the Transformation of Early-Modern Philosophy ，Cambridge，U.K；New York，NY：Cambridge University Press，2001）；加伯（Daniel Garber）的《走進笛卡爾：從他的科學理解他的哲學》（Descartes Embodied：Reading Cartesian Philosophy Through Cartesian Science ，Cambridge：Cambridge University Press，2001）；塞金特（Rose-Mary Sargent）的《與眾不同的自然主義者：波意耳和他的實驗哲學》（The Diffident Naturalist：Robert Boyle and the Philosophy of Experiment ，Chicago：University of Chicago Press，1995）；伍爾豪斯（R.S.Woolhouse）的《萊布尼茲的形而上學與科學哲學》（Leibniz：Metaphysics and Philosophy of Science，Oxford；New York：Oxford University Press，1981）；貝辛斯托克（Giovanni Boniolo Basingstoke）的《關於科學的表述：從康德到一種新的科學哲學》（On Scientific Representations;From Kant to a New Philosophy of Science ，New York：Palgrave Macmillan，2007）。
分析時代的科學與哲學：弗雷格、羅素和維特根斯坦等人的數理分析思想與馬赫等人實證主義思潮的匯合鑄成了邏輯經驗主義科學-哲學共同體，其中包括維也納學派、柏林學派、華沙學派等。但這種分析運動遭到了如下思想的批判，如波普爾的批判理性主義、強調整體主義的迪昂-蒯因命題，特別是庫恩發起的曆史主義。[1]
後現代主義視野的科學與哲學：自庫恩的曆史轉向之後，對科學技術的綜合研究（STS）取代了單一學科如科學史、科學社會學和科學人類學等，從而使得科學哲學出現了“更多轉向”：如“社會”轉向的科學-哲學共同體，“實踐”轉向的科學-哲學共同體，“修辭學”轉向的科學-哲學共同體，“認知”轉向的科學-哲學共同體，“文化”轉向的科學-哲學共同體等。參見拉切明（John Rajchman）和韋斯特（Cornel West）合作的《後分析哲學》（Post-analytic Philosophy ，New York：Columbia University Press，c1985）；卡特克裏夫（Stephen H.Cutcliffe ）的《觀念、器物和價值：科學技術和社會的綜合研究導論》（Ideas，Machines，and Values，An Introduction to Science，Technology，and Society Studies ，Md：Rowman & Littlefield Publishers，Inc.，2000），西斯蒙多（Sergio Sismondo）的《科學技術論導論》（An Introduction to Science and Technology Studies .Malden，MA：Blackwell Publishing Ltd.，2004）；富勒（Steve Fuller）的《科學技術、綜合研究導論》（The Philosophy of Science and Technology Studies，London,New York，NY：Routledge，2006），巴比奇（Babete E.Babich）的《科學哲學的歐洲大陸及後現代觀點》（Continental and Postmodern Perspectives in the Philosophy of Science ，Aldershot：Avebury，1995）
對於科學與哲學的關係問題，筆者早年曾跟隨舒煒光先生做過探討。在《元哲學與哲學》（《哲學研究》1988年第4期）一文中筆者曾指出元哲學並不是對哲學的超越，而是一種具體哲學理論對哲學自身問題的解答，因而不可能存在什麽像邏輯經驗主義所說的那樣“終結哲學”。在“哲學觀的嬗變：從擬科學到擬價值”（《求是學刊》1994年第1期）筆者討論了用科學的方法建構哲學的思想進路，認為近代思想的實質是科學與哲學在思想職能上的分化。
[1] See Claire Ortiz Hill：Word and Object in Husserl，Frege and Russell：The Roots of Twentieth-Century Philosophy ，Athens OH：Ohio University Press，1991；P.M.S.Hacke:Wittgenstein’s Place in Twentieth-century Analytic Philosophy ，Cambridge，Mass.：Blackwell，1997；Sahotra Sarkar:Logical Empiricism and the Special Sciences：Reichenbach，Feigl，and Nagel ，New York：Garland Publ.，1996；Stefano Gattei:Thomas Kuhn’s “Linguistic Turn” and the Legacy of Logical Empiricism：Incommensurability，Rationality and the Search for Truth ，Burlington：Ashgate，c2008.