當佛朗哥乘船悄悄向加那利群島行駛的時候，西班牙國內的矛盾已經被徹底的激化，左右翼分子開始在演講台上大肆地攻擊對方，舊勢力和宗教人士則在不同的場合發泄著他們對於政府的失望情緒，整個西班牙就如同一個被扔在陽光下接受烈日炙烤的舊火藥桶，隨時都有可能發生大爆炸，而這一切正是佛朗哥最樂意看到的景象，因為他將要做那個點燃炸藥桶的人。

1936年7月18日拂曉，佛朗哥的聲音開始通過廣播從加那利群島傳向了全世界，他在廣播中宣布加那利群島舉行軍事政變，目的是推翻現在的政府組建新政府。

佛朗哥發動軍事政變的消息很快就傳到了西班牙首都馬德裏，新政府的要員們在聽說這一消息後一下子驚呆了。在震驚之餘，他們馬上做出了一項錯誤的決斷，佛朗哥未必敢率領叛軍直接進攻馬德裏，他可能隻是對他的職位調動感到很不滿而已。於是，新政府決定派出專員前去與佛朗哥進行談判，勸他率領士兵們回到加那利群島上。不過，新政府中的一些有政治眼光的人提出來，堅決不與佛朗哥進行談判，而是馬上調集軍隊前去鎮壓這次叛亂，並且及時對西班牙駐摩洛哥兵團采取措施，以防止他們跟著佛朗哥一起發動叛亂。

可以說，最後的這一意見無疑是非常正確的。但是，沒有統治經驗和缺乏對時局有準確判斷力的政府首腦們，卻開始了一場無休無止的爭吵，支持談判的人指責提議鎮壓的一派沒有大局觀，而支持鎮壓的一派則指責提議談判的一派想的太過簡單。

就在馬德裏政府在進行激烈爭吵的時候，佛朗哥卻在19日清晨就乘坐飛機直飛摩洛哥，那裏有他很多的老部下和舊同僚，他要將西班牙駐摩洛哥兵團也鼓動到自己這一方來。不過，就在佛朗哥乘坐飛機前往摩洛哥的時候，政府軍的偵查部門發現了這一情況，立刻報告給正在爭吵的政府首腦們，並請求派戰機升空去擊落佛朗哥的坐機。然而令人意想不到的是，那幫正為出兵還是派遣“和平使者”而吵得不開交的政府首腦們，竟然隻顧著吵架而沒有注意這一重要情報，白白錯失了消滅佛朗哥的大好時機。

19日上午10點，佛朗哥的坐機準時停在了西班牙駐摩洛哥兵團的飛機場上。接下來，在見到自己的老部下和舊同僚之後，巧舌如簧的佛朗哥隻花了不到一個小時的時間，就說服了他麵前的那一群軍官們——當天下午3點，西班牙駐摩洛哥兵團對外發表聲明，宣布他們加入佛朗哥叛軍的序列，準備向馬德裏進攻，等到第二天上午，佛朗哥就完全控製了整個西班牙駐摩洛哥兵團。

馬德裏政府首腦們終於為他們的猶豫不決而付出了代價，迅速將部隊集結起來的佛朗哥馬上率領軍登陸西班牙，並直撲馬德裏。叛亂迅速蔓延到本土的加的斯、塞維利亞、薩拉戈薩、布爾戈斯等大中城市。

7月30日，佛朗哥在布爾戈斯成立“國防執政委員會”，企圖南北夾擊馬德裏，進而奪取全國政權。叛亂發生後，西班牙各階層人民響應人民陣線的號召，拿起武器保衛共和國，兩天內共有30萬人報名參加民兵組織“人民警衛隊”。馬德裏、巴塞羅那、巴倫西亞、卡塔赫納、馬拉加、畢爾巴鄂等大中城市的叛亂很快被平息。佛朗哥的叛軍僅控製了南方的安達盧西亞和北方的加利西亞、納瓦拉、舊卡斯蒂裏亞等經濟落後省份。而政府軍則控製了所有的工業和政治中心、主要港口、交通幹線和重要農業區。但是，佛朗哥叛軍的主力並沒有受損，而且他開始停下來重新準備發動新一輪的攻勢，並且準備向納粹法西斯勢力尋求援助。

8月，應佛朗哥的請求，希特勒和墨索裏尼分別派兵從葡萄牙邊境向馬德裏方向發動進攻。由於後攻占巴達霍斯、卡塞雷斯、塔拉韋拉、托萊多等城鎮，將南、北兩塊控製區聯成一片。9月，佛朗哥的叛軍在北部攻占伊倫和聖塞瓦斯蒂安，切斷馬德裏政府與法國之間的聯係通道。

10月份，借助德、意兩國的法西斯軍隊扭轉戰局的佛朗哥，終於迎來了人生的巔峰時刻——他被推舉為新民族主義政權的國家元首。

11月6日，佛朗哥叛軍抵達馬德裏的郊外，馬德裏政府早就組織民兵修築了三道堅固的防線，並組織了30萬的正規軍進行抵抗，同時又獲得了從蘇聯等國家趕來的幾萬名國際縱隊隊員的支持——當天，佛朗哥命令軍隊向馬德裏發動總攻擊，二戰時期非常著名的馬德裏保衛戰正式打響。

1936年，這對於馬德裏政府來說，這無疑是相當困難與充滿懊悔的一年——當初，那個被馬德裏政府貶值到偏僻的加那利群島的年輕將軍，現在成為了叛軍的總司令兼偽政權的元首，並且隨時都有可能終結他們的統治，也許他們當初就不該將這個家夥貶值到加那利群島，也許他們應該在接到那份情報之後就派飛機去將其的坐機擊落，可是，現在，這一切都已經晚了……

1937年3月，這是佛朗哥發動叛亂以來最為頭疼的一個月，已經為包圍了五個月之久的馬德裏，依然看不見一點兒能夠攻克跡象。更令他感到受深挫折的是，西班牙的民眾幾乎一邊倒的支持馬德裏政府，各地反對他的浪潮此起彼伏。

不過，狡猾的佛朗哥很快就找到了一個解決的方法——佛朗哥所組建的偽政府完全是一個軍事獨裁政府，幾乎所有的政令都由佛朗哥一個人來發布。但是，深諳政治的佛朗哥決定為增加正規的文職機構，這樣一來他所建立的偽政權才算完整，而且也能夠幫助他贏得更為廣泛的支持。因此，佛朗哥開始重組他所掌管的長槍黨。4月19日，他與自稱為傳統主義者的卡洛斯派和保王派聯合起來，將該黨易名為西班牙傳統派長槍黨和國家工團主義進攻委員會。從此，長槍黨成為聯合西班牙反革命力量的龐大集團。更為重要的是，佛朗哥將長槍黨擴大成為多元組織的同時指出，是政府利用黨，而不是黨利用政府，因此他的政府成為一個不折不扣的專製獨裁政權。

改組成功之後，佛朗哥加強了對馬德裏的進攻，德、意法西斯給佛朗哥送來大批軍隊，動用了大批量的坦克、大炮、飛機等先進武器，在經過一年多的強攻下，終於在1939年3月10成功占領了馬德裏，以佛朗哥為核心的西班牙法西斯政權，在讓六十多萬西班牙人喪命的基礎上建立了——1936年至1939年的西班牙內戰導致六十萬人喪生，大多被佛朗哥軍隊殺害，數以萬計的屍體被草草掩埋在諸多沒有任何標記的“萬人坑”內。

佛朗哥政府上台之後，首先加強法西斯統治，宣布工人罷工，未經宗教儀式允許的婚姻以及公共集會非法，對新聞實行嚴格審查，強製宗教教育；大肆清洗一些民主運動人士以及西班牙共產黨人，設立特別法庭，而且不允許這些“犯人”請辯護律師。僅僅是在1939一年的時間內，就有將近50萬人被投入監獄，以致犯人遠遠超過了當時監獄的最大容量，結果本應住兩人的牢房住進10人左右，這樣犯人隻好輪流睡覺，每天隻能睡兩個小時。

佛朗哥在國內還實行長槍黨一黨專製，取消共和時期的代議製度，頒布“關於一切權力歸國家元首”的法令，立法、行政和司法等大權都由他一人獨攬，內閣各部部長，軍隊主要指揮官甚至主教都由他任命，一切法律、法令都由他批準——佛朗哥就這樣成為了西班牙曆史上最有權勢的大獨裁者，而他的上台也讓西班牙人迎來了二十世紀最為黑暗的一段日子。