離開沙特之後，本·拉登最初的想法是回到阿富汗，回到這個他曾經生活和戰鬥過的地方，然而等到他真正到了那裏之後，才發現情況和他預想的完全不一樣。蘇軍撤走之後，原本團結一致進行抗戰的各支武裝力量，居然立即開始相互殘殺。這就導致阿富汗人民不但沒有過上幸福的生活，反而生活得更加水深火熱。

當時本·拉登的想法還比較天真，因為對這些武裝力量普遍都有過幫助，而且本·拉登的軍事勢力在阿富汗也有遺留，他認為自己可以充當和事佬，即說服各派武裝力量的首腦坐下來進行和談，在阿富汗建立起一個共同管理下的聯邦國家。在會議發起之後，各支武裝力量也確實都參加了，並在會議上做出了同意本·拉登建議的打算。但是本·拉登在阿富汗的情報係統很快向他報告，很多首領對他的意見都卻是陽奉陰違，其中一些激進分子甚至想要暗殺他。

麵對這樣的傳言，本·拉登通過分析認為，這些極端分子隻是少數，他的提議最終一定可以得到通過。然而在出席一次活動時，本·拉登居然真的遭到遭遇殺手的刺殺，還好他的情報和保衛人員及時發現並加以製止，而對於本·拉登的這次遇襲事件，幾乎所有武裝派別的頭目都保持了沉默。

換句話說，希望本·拉登離開阿富汗，是所有人集體的心聲。此時，和本·拉登關係最為密切的塔利班組織也向本·拉登透露，這些頭目很多都得到了國際勢力的支持，其中包括蘇聯和美國，即使這些頭目願意和談，在背後勢力沒有同意的情況下，也是不可能的，針對本·拉登的暗殺行動也才剛剛開始。因為情況已經壞的得不能再壞，本·拉登最終決定離開阿富汗，碰巧的是就在這個時候，蘇丹當局對他發出了邀請。

早在1989年，巴希爾就在圖拉比的支持下取得了蘇丹政權。此時，由於美軍進入海灣地區，巴希爾和圖拉比認為神聖的伊斯蘭世界領土被玷汙，旋即組織召開了泛阿拉伯和伊斯蘭大會（PAIC），並立即吸引了幾乎全世界的伊斯蘭武裝力量參加。本·拉登看到蘇丹的伊斯蘭運動如此火熱，又接到了熱情的邀請，自然非常欣喜地來到了蘇丹。而本·拉登因為名聲在外，在到達蘇丹後，也很快被接到了首都喀土穆，並得到了圖拉比的親切接見。

由於同屬堅定的伊斯蘭教信徒，本·拉登和圖拉的觀點非常接近，二人在交換了彼此想法之後，都認為自己又多了一個真摯的朋友和堅定的戰友。在受到西方和本國王室的排擠之後，本·拉登也終於找到了一個可以安身立命的地方，而圖拉比對於本·拉登的影響，也讓他對沙特王室徹底絕望，從而走上了絕對強硬的武裝對抗西方世界之路。

隨後，圖拉比親自在喀土穆為本·拉登安排了居所，為了表示神聖的穆斯林兄弟情誼，圖拉比還將本·拉登的住址安排在了自己家附近，並派出了自己的親衛部隊負責其人身安全。1992年，在蘇丹各地進行參觀之後，本·拉登終於看到了自己夢寐以求的革命景象，因為對伊斯蘭聖戰感到有了前所未有的希望，本·拉登最終決定在喀土穆定居下來。與此同時，本·拉登對於圖拉比和巴希爾政權的支持也是非常慷慨的，後來據美國中央情報局公布的數據顯示，再繳納了數額不菲的會員費用之後，本·拉登成為巴希爾政權的組成者之一，而本·拉登在此之後，又累計向巴希爾政權提供直接資金支持達到五千萬美元，另外還包括很多重要的軍事設施建設，以及民眾所需的基礎設施建設等間接投資。

在蘇丹站穩腳跟之後，本·拉登除了進行必要的宗教活動之外，也開始考慮自己的投資回報問題，至此，他的商人天賦也得到了充分發揮。因為成了蘇丹政府的負責人之一，又具有豐富的國際人脈資源，還掌握著大量世界先進的科學技術和設備，本·拉登很快在蘇丹建設了自己的貿易網絡，領域不僅涉及他熟悉的金融和能源方麵，還在交通、農業、進出口貿易和醫藥等方麵有所建樹。這些都為本·拉登賺取了巨額財富，遠遠超過他對蘇丹政府投入的五千萬美金。不過正如本·拉登自己所說：“我的事業需要錢財，但我本人並不需要。”本·拉登雖然在蘇丹聚集了富可敵國的財富，但他全部都用來建設自己的組織，繼而完成他的理想。於是，本·拉登利用國際貿易的便利，將散落在世界各地的穆斯林聖戰者運送到蘇丹，進行培訓之後在派往世界各地潛伏。後來本·拉登的財政負責官員曾經做出統計，因為要避開美國等西方勢力的視線，本·拉登僅僅將這些聖戰者運送到蘇丹，就需要支付高達數百萬美元的高昂費用。

與此同時，因為生活環境相對穩定，本·拉登還得以將自己的妻兒接到喀土穆居住。據本·拉登的妻子後來回憶，本·拉登在此期間繼續著苦修士般的私人生活，他尤其喜歡在工作之餘種植玉米和向日葵，本·拉登在收獲時的喜悅，簡直超過他在政治和商業上取得任何成就的喜悅。此外，本·拉登還要求妻女盡量學會並遵從他的私人生活方式，以保證對真主阿拉的虔誠信仰。比如在空閑時間裏，本·拉登會教他的兒女們辨認各種農作物和蔬菜，並且告訴他們各種注意事項，儼然是一個精通種植的老農。一年夏天，由於喀土穆的氣溫過於炎熱，本·拉登對於現代化電器又比較排斥，他還曾帶著自己的孩子去選購建材，並和他們一起建造了幾間樹屋。如果是一般人，建造這樣的樹屋也許會像遊戲一樣隨便，但是本·拉登卻非常認真，看著一座座規整的小木屋在樹幹上排列，即使是專業的木匠也會發出讚歎。後來曾經有媒體介紹說，本·拉登年輕的時候曾經學過木匠，這一點也許在此可以得到認證，而且作為一個傳統的建築商家族子弟，又曾長期從事建築生意，本·拉登對於木匠多少會有所了解。

事業方麵，本·拉登在蘇丹的組織建設是卓見成效的，截止到1994年底，他已經成功訓練並武裝了五千名堅定的聖戰者，隨時準備聽從他的號令撲向世界各地的目標。於此同時，本·拉登還從世界各地搜羅退伍軍人，然後挑選其中最精悍的人充當教官，在喀土穆郊區建立了二十三個訓練營，並由此開始源源不斷地為本·拉登的基地組織輸送“新鮮血液”。然而，因為蘇丹的周邊都是比較溫和的穆斯林國家，其國內的極端分子全都跑到了蘇丹境內避禍，並在發展壯大後繼續回到國內製造事端。本·拉登作為堅定的伊斯蘭信徒，又心懷沙特人民，自然也不會敢於寂寞，隻不過他的城府較深，思考問題的目光也比較長遠，所以他的全部精力都用在編製自己的組織網絡，並且逐漸擴散在全球各個國家。到1995年前後，蘇丹巴希爾和圖拉比政體的影響力上升到巔峰時刻，巴希爾不僅一再深化本國的極端伊斯蘭政權，還公開表示支持世界範圍內的泛伊斯蘭運動，也就是支持伊斯蘭極端勢力推翻本國政府。

這樣一來，還沒等美國等西方勢力還沒有找上門，蘇丹周邊的一些國家已經怨聲載道。首先是艾爾及利亞議長遭到襲擊，然後是突尼斯總統險些遇刺，卡紮菲險些遇刺，埃及總統穆巴拉克也遇到殺手行刺事件等。而這些國家的情報和調查人員所提供的證據都顯示，這些事件都不同程度和巴希爾及圖拉比有關。1993年2月26日，伊斯蘭極端分子的怒火終於燃燒到美國本土，一輛裝滿炸藥的貨車駛入紐約世貿中心大樓地下停車場，後被恐怖分子用遙控裝置引爆，造成多人死傷和大量經濟損失。而最終的調出結果也顯示，被確定的六名涉案人員全部為蘇丹人，其中包括兩名大使館人員，另有數名蘇丹外交人員涉嫌牽連此案，遭到美國政府驅逐。如此一來，不僅美國開始關注並積極介入蘇丹造成的南非緊張局勢，聯合國也不得不對蘇丹實施經濟製裁，要求其放棄對他國“極端分子”的庇護，堅決杜絕伊斯蘭極端活動。

因為國際壓力過重，巴希爾和圖拉比政體最終隻能選擇屈服，巴希爾於同年12月宣布收回支持泛伊斯蘭運動的承諾。圖拉比也開始知會聚集在蘇丹的各國伊斯蘭極端勢力，授意他們盡快開始有組織的進行撤離，繼續殘留的小股勢力也轉入地下活動，但仍有不少遭到美國情報人員的俘獲。1996年，作為蘇丹最具勢力的私人武裝組織頭目，同時又在世界範圍內建立了強大的情報網絡，本·拉登最後一個成建製地帶著基地組織離開蘇丹。不過此時此刻，本·拉登的基地組織經過四年長足發展，已經完全有能力擔起泛伊斯蘭運動中心的任務。至於本·拉登，他不僅是這樣想的，同時也是這樣做的。