布斯還沒咽氣，偵探們就開始跪下來搜查他。他們找到了一個煙鬥、一把獵刀、兩把左輪手槍、一本日記、一個沾滿了蠟油的指南針、一張加拿大的麵值三百美元的銀行匯票、一枚鑽石胸針，還有五個愛慕他的女人的照片。其中四個是演員：艾菲·格蒙、愛麗絲·格雷、海倫·韋斯頓和“美麗的妖精布朗”。另外一位是華盛頓的上層女性，出於對她後世子孫的尊重，在此隱去她的姓名。
之後，多爾蒂上校從馬背上扯下一條鞍褥子，向加勒特太太借來針線，用褥子把屍體裹起來縫好，又給了老黑人內德·弗裏曼兩美元，讓他把屍體運到波托馬克河邊——那裏有條船。
在他的《美國特勤史》一書的第505頁，拉斐特·貝克中尉講述了這段前往波托馬克河的路程：
馬車開動後，布斯本來已經不怎麽滴血的傷口又開始淌血。血液從馬車的縫隙中流出來，滴在車軸上，在路麵上留下無數圓點。血浸透了褥子和木板……一路上，血不斷地從屍體上滲出來，緩慢地滴到路麵上。
其間，還發生了一件令人意想不到的事情。據貝克所說，內德·弗裏曼的舊馬車“很不牢靠”，“馬上要散架了”。事實上，它不是“馬上要散架了”——由於走得太快，加上路上顛簸，這輛快要散架的破馬車真的在半路散架了：一個大螺栓折斷後，整個馬車斷成了兩截，前輪被扯掉，前端車廂“砰”的一聲砸在地上。布斯的屍體猛地前竄，“好像在做最後的掙紮”。
貝克中尉扔下散架的運屍車，從附近農場上征用了一輛馬車，把布斯的屍體扔上去，並快速趕到了河邊。屍體被裝上政府的“約翰·S.艾德號”拖船後，突突地朝華盛頓駛去。
第二天拂曉時分，布斯被殺的消息傳遍了全城。此時，他的屍體正躺在泊於波托馬克河的“蒙托克號”炮艇上。
首都沸騰了，成千上萬的民眾趕到河邊，帶著嚴酷而入迷的神情觀看那艘運屍船。
下午，特勤處處長貝克上校匆忙趕到斯坦頓麵前，說他在“蒙托克號”上抓住了一夥公然鬧事的市民，其中一名婦女剪掉了布斯的一縷頭發。
斯坦頓大驚失色。“布斯的每一根頭發，”他說，“都會被反叛者當作紀念物來珍藏。”
斯坦頓擔心它們不僅僅是紀念物，他堅信林肯遇刺是傑弗遜·戴維斯及其他邦聯領導人策劃並導演的陰謀的一部分。他擔心他們會搶走布斯的屍體，並用它點燃南部奴隸主們的熱情，讓他們重新拿起步槍，再次挑起戰爭。
他命令盡快將布斯秘密埋葬，且必須把他藏得嚴嚴實實，不給南方佬留下任何飾物、衣服或是頭發，以防他們用於反叛政府的運動或鬥爭。
那一晚，太陽沉到了一大團火紅的雲彩後——在斯坦頓的授意下——貝克上校和他的堂兄弟貝克中尉乘坐一艘小帆船，劃向“蒙托克號”。登船後，他們在岸上人群的注視下做了三件事：
首先，他們把裝在鬆木步槍箱子裏的布斯屍體從炮艇上放到了下麵的帆船上；接著，又放下來一個帶著沉重鐵鏈的鐵球；最後他們也上了帆船，順流而下漂走了。
岸上好奇的人群果然如兩位探員預想的那樣：他們沿河岸快速奔跑，你推我搡，濺起陣陣水花；他們興奮地交談著，緊緊盯著運屍船，要看屍體會在哪裏被沉入河底。
一連兩英裏，他們都跟船上的兩位探員並駕齊驅。接著，天色暗了下來，雲層遮住了月亮和星星，再銳利的眼睛也分辨不出河中央的帆船了。
等到了基斯波因特，這是波托馬克河上最荒涼的區域之一，貝克上校確定別人都看不到他們了，就把帆船開進大沼澤地——一個散發著惡臭、長滿了燈芯草和野草的地方，這也是軍隊遺棄死去的馬匹和騾子的地方。
在這個詭異的沼澤地裏，兩位探員等了幾個鍾頭，他們仔細聽著周圍的動靜，看是否被跟蹤了，但他們聽到的隻有牛蛙的叫聲和莎草叢中潺潺的水聲。
午夜降臨了，兩人平穩地朝上遊劃去，他們悄無聲息而萬分小心地劃著船，他們不敢小聲說話，甚至害怕船槳的劃水聲和河水擊打船舷的聲音。
最後，他們來到那所舊監獄的圍牆外，把船劃至一個鄰水石牆的缺口處。跟那裏的軍官對上暗號後，他們把蓋子上印著“約翰·威爾克斯·布斯”字樣的白色鬆木棺材交給了對方。半個鍾頭後，它被埋在了一個大型軍火庫西南角的淺坑裏。墳墓頂部被仔細修飾過，看上去跟地麵的其他地方無異。
第二天天亮以後，興奮的人群拿著抓鉤，沿波托馬克河上下打撈，在基斯波因特後麵的大沼澤地裏、在騾子的屍體中間不斷地搜索、撥弄。
全國上下數以百萬計的人都在問布斯的遺體是如何處理的。隻有八個人知道答案——他們都立下重誓，絕不泄露秘密。
重重疑雲中，謠言四起，報紙則把這些謠言傳遍了全國。《波士頓廣告報》說布斯的頭顱和心髒被放到了華盛頓的陸軍醫學博物館，其他報紙則聲稱屍體被葬在了大海裏，還有報紙宣稱屍體被火化了。有份周刊還刊出了一份所謂的“目擊者”畫的草圖，表示屍體在午夜被沉到了波托馬克河底。
在此起彼伏的矛盾和疑惑中，又生出了新的謠言：士兵們殺錯了人，真的布斯逃跑了。
之所以會生出這個謠言，可能是因為死後的布斯和活著時太不同了。1865年4月27日，斯坦頓命人登上“蒙托克號”炮艇，確認屍體的身份，約翰·弗雷德裏克·梅伊醫生就是其中之一，他是華盛頓著名的醫生。梅伊醫生說，掀開遺體上的防水布時——
令我震驚的是，映入眼簾的屍體輪廓與我所認識的布斯其人沒有半點兒相像。這讓我大為驚訝，我立刻告訴巴恩斯將軍：“屍體與布斯毫不相像，我相信這不是他的遺體。”……後來，在我的要求下，屍體被擺成坐姿，我站在前麵俯視它，才最終大致認出布斯的外表特征。但是，我從未見過一個人發生如此巨大的變化，能從生前健康、充滿活力的人變成麵前這副枯槁憔悴的屍首。屍體皮膚發黃，沒了血色，頭發淩亂不堪。由於風吹日曬加上饑餓，整個麵部凹陷，顴骨突出。
其他人看到屍體，甚至不能“大致”認出布斯，他們把自己的疑問告訴了城裏的其他人，謠言迅速傳開了。
另外，政府嚴密把守屍體，迅速又神秘地把它下葬，斯坦頓拒絕透露任何信息，也不出麵否認謠傳，這些都加劇了謠言的擴散。
華盛頓的《憲製聯邦報》稱整件事情就是個騙局。其他報紙也跟著起哄。“我們都知道布斯逃跑了。”《裏士滿審查報》附和道。《路易斯維爾日報》則公開聲稱整件事暗藏貓膩，“貝克和他的同夥密謀欺詐美國財政部”。
爭論越演越烈：像往常一樣，成百上千的“目擊者”跳出來，聲稱他們在加勒特倉庫發生槍擊事件很久以後還見到了布斯，並和他進行了交談。人們在各地看到他：逃往了加拿大、跑到了墨西哥、乘船去了南美、去了歐洲、在弗吉尼亞州宣講、躲到了一個東方小島上。
這樣就形成了美國曆史上最著名、最持久、最神秘的謠言。它已經頑強地存在了近四分之三個世紀，時至今日，仍然有成千上萬的人相信這個說法——其中不乏具有非凡智力的人。
甚至有大學學者公開表示自己相信謠傳。一位全國著名的牧師還走遍各地，向成百上千的聽眾發表演說，聲稱布斯逃跑了。在撰寫本章的時候，筆者還被一位接受過係統訓練的人士莊嚴告知，布斯逃之夭夭了。
布斯肯定死了，這點毫無疑問。那個在加勒特的煙草倉庫裏被射殺的人，用盡所有的方法來挽救自己的性命；他擁有非凡的想象力，但是在最絕望的時刻，也沒有想到否認自己約翰·威爾克斯·布斯的身份。即使是麵臨死亡的威脅，這也顯得太過荒唐而不切實際。
而為了確認被殺的人就是布斯，屍體運達華盛頓以後，斯坦頓派了十個人去辨認身份。如前文所說，其中一人就是梅伊醫生。他曾為布斯的頸部切除 “一個巨大的纖維瘤”，傷口愈合後留下了“一個巨大而醜陋的疤痕”。梅伊醫生就是根據這個疤痕確認了布斯的身份，他說：
從士兵們拿出的遺體上，幾乎看不出任何與布斯活著時的相似之處。但是，生前手術刀留下的傷痕，死後也無法磨滅，據此可一掃當時所有的疑問以及將來的任何挑剔，也能確定他就是刺殺總統的凶手。
牙醫梅裏爾醫生則通過他最近剛在布斯牙齒中放置的填充物確認了屍體的身份。
布斯曾在國家大酒店停留，酒店職員查爾斯·道森通過布斯右手上的首字母文身“J. W. B.”認出了死者的身份。
華盛頓著名的攝影師加德納認出了他；布斯的好友亨利·克萊·福特也認出了他。
1869年，2月15日，總統安德魯·約翰遜下令把布斯屍體挖出來，布斯的朋友們再次確認了他的身份。
然後，屍體被帶到巴爾的摩，葬到了布斯家族位於格林蒙特墓園的墓地裏；下葬之前，布斯的兄弟和母親再次確認了他的身份，他們對布斯可謂了如指掌。
不知是否還有人死後會像布斯這樣，被如此仔細地確認身份。
然而，謠言依然存在。十九世紀八十年代，很多人相信弗吉尼亞州裏士滿的牧師阿姆斯特朗就是布斯喬裝打扮的，因為阿姆斯特朗也有一雙烏黑的眼睛、一條瘸腿，舉手投足也引人注目，而且他還留著烏黑的長發，以遮蓋後頸上的傷疤——人們都這樣說。
除此之外，還有至少二十位不同的“布斯”。
1872年，一個“約翰·威爾克斯·布斯”在田納西大學的學生麵前表演戲劇——他娶了個寡婦，後來厭倦了她——小聲地說他才是真正的刺客。他宣稱自己是要去新奧爾良取一大筆錢，然後就消失了，而“布斯太太”再沒有他半點音訊。
十九世紀七十年代末，得克薩斯州的格蘭伯裏有一個患哮喘的酒吧老板常常酗酒，他向一位名叫貝茨的年輕律師坦承，自己才是布斯，他展示了後頸上一塊醜陋的傷疤，並詳細講述了副總統約翰遜說服他刺殺林肯，並承諾倘若他被捕將被赦免的經過。
又過了四分之一個世紀，1903年1月13日，一個酗酒又吸毒的油漆工大衛·E.喬治在俄克拉荷馬州伊尼德的大道酒店服用士的寧自殺身亡。但是，在自殺前，他“坦承”自己才是約翰·威爾克斯·布斯。他聲稱刺殺林肯後，朋友們把他藏進行李箱，然後弄到了一艘前往歐洲的輪船上，他在那裏生活了十年。
那位貝茨律師在報紙上讀到這個消息後，就立刻趕往俄克拉荷馬州，他查看了屍體，然後宣布，大衛·E.喬治正是二十五年前曾向他坦白的得克薩斯州格蘭伯裏的那位患有哮喘病的酒吧老板。
貝茨讓送葬人把屍體的頭發梳成布斯生前的模樣，對著遺體哭了一陣，然後對屍體進行防腐處理，帶著它回到他位於田納西州孟菲斯市的家中，放在馬廄裏保存了二十年。其間，他竭力哄騙政府，以獲取懸賞捉拿布斯的巨額獎金——並得到了獎金。
1908年，貝茨寫了一本極其荒謬的書，書名叫作《約翰·威爾克斯·布斯的逃亡與自殺，或首次真實講述林肯遇刺的經過，內含犯罪多年以後布斯的完整自白》。這本聳人聽聞的書，平裝版賣了七萬本之多，引起了巨大的轟動。之後，他以一千美元的價格把“布斯”的幹屍交給亨利·福特，並最終遍走南部，在穿插表演的時候展出屍體，看一眼收十美分。
目前，有五個不同的布斯頭蓋骨在各地展出。