布斯死後不久，偵察人員開始著手收集有關他的信息。他們找到了一個煙鬥、一把獵刀、兩把手槍、一本日記、一個滴了蠟燭油的羅盤、一張加拿大銀行的300美元匯票、一個鑽石胸針，還有愛慕他的五個漂亮女人的照片。其中四個是演員：埃菲·哥特莫特、艾麗絲·格麗、海倫·韋斯特和 “美人菲·布朗”。第五個來自倫敦的上流社會，出於對她後裔的尊重就不提她的名字了。
多赫特上校把鞍褥從馬背上一把扯下來，從加勒特太太那裏借來針，把屍體用毯子包裹縫起來。他給了一個名叫尼德·弗裏曼的黑人老人2美元，讓他把屍體拖到波托馬克河邊，一艘船正等在那裏。
陸軍中尉拉菲特·貝克在他的一本書《美國聯邦情報局之曆史》中第五百零五頁講述了那段去河邊的行程：
當貨車出發時，布斯已經不再流血的傷口又開始滲透出新鮮的血液。血從貨車的縫隙往下滴，滴在了車輪上，路上留下了可怕的幹血塊。血玷汙了貨車的木板，浸濕了毯子……一路上鮮紅的分泌物從屍體上慢慢滴個不停。
途中一件意想不到的事發生了。尼德·弗裏曼的舊貨車，用貝克的話說，是“搖搖晃晃、荒謬透頂”，它的裝置“好像要散架了”。不光是“好像要散架了”，而是在拉車的過程中，這個搖擺的舊貨車真的在路上散架了。一根主軸斷裂，貨車開裂了。前輪衝了出去，車體前部砰的倒在地上，布斯的屍體“往前傾斜過去，好像要做最後的逃跑”。
貝克中尉拋棄了這輛搖晃的廢車，從附近的農民那裏找來另一輛貨車，裝上布斯的屍體，匆忙趕到河邊。屍體被搬上了一艘政府的拖船，約翰·艾多將把它運到華盛頓。
第二天拂曉時分，消息傳開了：布斯被擊斃。他的屍體正躺在蒙特達克號上，由波托馬克河運往華盛頓。
首府震驚了，成千上萬的人趕到河邊看熱鬧，恐怖而好奇地望著運屍船。
下午，聯邦情報局的長官貝克上校帶著一條消息匆忙趕去見斯坦頓。他已經抓了一群公然違抗命令登上蒙特達克號的公民。其中一個女的還剪下了布斯的頭發。
斯坦頓被嚇住了。“布斯的每一根頭發，”他大聲說道，“都會被當做叛逆的遺產珍藏。”
他擔心那不僅僅是遺產那麽簡單，斯坦頓堅定不移地認為林肯的暗殺是傑弗遜·戴維斯和南方的領導者們策劃的一個險惡陰謀的一部分。他還擔心他們會劫走布斯的屍體，用它來激發南方奴隸主的武裝反抗之心，重新發動戰爭。
他下令盡一切可能立刻埋掉布斯的屍體，並且是秘密埋葬。必須把他隱藏起來，不留下瑣碎物品、衣物、頭發，不給南方邦聯留下任何用來發動戰爭的理由。
斯坦頓下達了他的命令。那天晚上太陽下沉躲進了一團火焰雲中。兩個男人，貝克上校和他的表兄貝克中尉，走進一艘小船。小船被拉向蒙特達克號，他們登上蒙特達克號，在岸上眾目睽睽之下做了三件事情：
首先，將布斯的屍體放下來，將他裝進鬆木槍箱，沿著輪船的一側吊到小船上；接下來他們放低鐵環和鐵鏈；然後他們自己爬上輪船，朝下遊去了。
岸上好奇的民眾的所作所為都在探員的精確預料之中：他們沿岸奔跑，你推我搡，涉水行走，興奮地談論著，決定要去看看送葬的輪船，看看屍體在哪裏下沉。
他們跟著航行中的船走了兩英裏了。黑夜降臨了河麵，雲遮住了月亮和星星，即使眼力最好的人也無法看清楚河中央的小船。
當探員們到達波托馬克河上最安靜的一個地方鵝鎮時，貝克中尉確定他們已經完全看不見了。於是他們將小船駛進一個沼澤地——一個臭氣熏天、長滿燈心草和水草的地方，也是軍隊拋下他們該死的馬和死騾的葬身地。
就在這可怕的沼澤地裏，這兩個探員等了幾個小時，聽著周圍的動靜，看看有沒有人跟著他們。他們隻能聽到牛蛙和莎草中水波的聲音。
午夜來臨了，在死一般的寧靜和高度的警惕中，這兩個人悄悄地劃著船逆流而上返回，不敢低語，劃槳的聲音和水波拍打船舷的聲音都讓他們感到恐懼。
他們最終來到了一所監獄的牆邊，劃向一個有洞的地方。那是事先在靠近水邊的牆體上為讓他們進來鑿好的洞。他們向負責此事的官員複命，移交了蓋子上印有“約翰·威爾克斯·布斯”名字的白色鬆木棺材。半個小時以後，它被埋在了用來儲存彈藥的政府兵工廠的一間大房間西南角的淺坑裏。
第二天，太陽還沒有升起，有些興奮的人們開始帶著抓鉤來到鵝鎮後麵的大沼澤地裏搜尋。
整個國家數百萬人都在問布斯的屍體到底被怎麽處置了？隻有八個人知道答案，八個忠誠的人，他們發誓永遠都不會揭露這個秘密。
在整個神秘事物之中，瘋狂的謠言開始出現，報紙在整個國家對他們進行報道。《波士頓廣告者》這樣表示：布斯的頭和心髒被放置在華盛頓的軍隊醫療博物館，另外有的媒體報道稱布斯的屍體被拋向大海，而至今仍還有人說布斯的屍體被火化了，另外還有一個周刊出版了一個“目擊者”的證詞，稱布斯的屍體在半夜被沉入波托馬克河。
在前後矛盾與迷惑中，另外一個謠言出現了：士兵們殺錯了人，布斯逃跑了。
出現這麽多謠言的原因是：布斯死時與他活著時看上去完全不一樣。斯坦頓在1865年4月27日派了一個人登上炮艇蒙特達克號去確認屍體，這個人就是約翰·弗雷德裏克，他是華盛頓最傑出的醫生。弗雷德裏克醫生表示，當覆蓋屍體的防水油布被掀開時，令他異常驚奇的是，死者的麵部輪廓與自己此前對這個人的印象完全不同。
當時我很驚奇，然後就對巴恩斯將軍說：“這個屍體看上去根本就不像是布斯，我不能肯定這就是布斯。”在我的請求下，屍體被弄成了坐姿。我站著，繼續朝下觀望這個屍體，我最終不是特別肯定地認為這個屍體就是布斯。但如果是布斯，屍體的變化與此人生前樣子相比，變化之大在人類中太少見了。布斯生前旺盛的精力及良好的健康狀況與現在這個萎靡的屍體形成鮮明對比。他的皮膚泛黃並脫色了，髒亂的頭發還打了結，由於經受了長時間艱苦的饑餓，他的整個麵部凹陷並露出鋒利的骨頭。
其他見過屍體的人甚至沒人認出是布斯，他們隨後說出了對屍體的疑惑，流言迅速傳播開來。
政府派衛隊守衛布斯的屍體，屍體被神秘地快速掩埋，還有斯坦頓拒絕透露任何信息，這些都未能對流言的泛濫起到什麽作用。
一則在華盛頓出版的報紙《憲政聯盟》刊登的消息表示：所有的一切都隻是愚弄。其他報紙也開始同意此觀點。《裏奇蒙德主考者》及《路易維爾雜誌》這樣隨聲附和：“我們知道布斯逃跑了。”他們還表示，在整個以布斯為核心的表演中，有一些是無中生有，布斯和他的同謀者們陰謀要詐騙美國財政部。
爭鬥進行得很艱難，和平常一樣，目擊者達到數百人。他們宣稱他們見到過布斯，而且在加勒特穀倉發生槍擊前與布斯交談過。有人在這裏見過布斯，有人在那裏見過布斯，布斯的身影好像在哪裏都能被找到：逃往加拿大；活躍在墨西哥；在去往南美洲的輪船上；逃往歐洲；在弗吉尼亞州講道；躲藏在東方的小島上。
這樣，美國曆史上最神秘及最受人關注的神話就誕生了，這個神話一直伴隨著美國人走過了四分之三個世紀，至今數千人相信當時的人有著不同尋常的智力水平。
甚至還有些受過高等教育的人相信這個神話，美國最傑出的宗教人士在整個國家遊曆，並在自己的講座中宣稱布斯逃跑了。寫這個章節的作者被一個受過科學訓練的人告知：布斯已自由了。
當然，布斯是被殺了，這一點毫無疑問。在加勒特煙草倉庫被槍殺的人用各種方法去挽救自己的生命，他有著出色的想象力，在他最令人絕望的一刻，他從未承認自己就是約翰·布斯。他太荒謬可笑了，太離奇了，即使在麵對死亡時，他還以這種方式在嚐試。
為了讓別人肯定被殺的人是布斯，在屍體運抵華盛頓後，斯坦頓派了十人去辨認屍體。其中一個人就是此前提到過的醫生弗雷德裏克，他曾從布斯的頸部切下一片纖維瘤。後來，這個傷口就演變成一個很大很醜陋的傷疤，以該傷疤來辨認布斯的弗雷德裏克說：“從追趕者在布斯身上製造的傷疤來看，幾乎沒有一個活人與死去的布斯有相同的傷疤，這個由解剖刀引起的傷疤在當時解決了很多關於布斯問題的爭論，並解決了未來因為挑剔而可能產生的很多問題。”
牙醫梅裏爾稱，他通過研究屍體上的一顆牙齒辨認出了這個屍體。
美國民族飯店的職員查爾斯·道森通過屍體右手上的三個紋身字母辨認出這就是約翰·布斯。
華盛頓著名攝影師加德納認出了布斯，及布斯最親密的朋友亨利·福特也認出了布斯。
當安德魯·約翰遜總統下令在1869年2月15日將布斯的屍體挖出來後，布斯的幾個親密朋友再一次確認屍體就是布斯。
然後，布斯的屍體被運往巴爾的摩格裏蒙特公墓，埋葬在“布斯家族墓地”裏。但在布斯被重新安葬前，屍體再一次被布斯的兄弟及母親，還有其他的朋友辨認出了。
現在，我們還不清楚全世界還有沒有第二個人的死像布斯的死一樣，被如此多的人確認過。
至今，錯誤的傳說仍在繼續。在八十年代時，很多人相信弗吉尼亞州裏士滿的阿姆斯特朗就是布斯，因為阿姆斯特朗有著煤黑色的雙眼，一條瘸腿，還留著很長的頭發用來遮掩脖子上的傷疤。
然後，另外一個布斯出現了，正如此前的二十個布斯一樣。
1872年，一個號稱自己是約翰·布斯的人在田納西大學學生麵前作生動的表演。他娶了一個寡婦，然後又開始討厭她，他還悄聲地說自己就是殺害林肯的真正凶手，他還說自己要去新奧爾良得到一筆財富。然後他消失了，“布斯夫人”從此再也沒能和他聯係上。
在七十年代晚期，在得克薩斯州奧蘭貝裏，一個患有哮喘的酒吧老板在喝醉後對一個名叫貝特斯的年輕律師承認，他就是布斯，並將自己後脖子上的傷疤給他看，然後說當時的副總統約翰遜是怎樣勸說自己去殺害林肯的，約翰遜副總統還承諾，如果他被抓住，約翰遜就能保釋他。
四分之一個世紀過去了，在1903年1月13日，一個有毒癮的油漆工人大衛·喬治在俄克拉荷馬州的大街酒店自殺，但此前，他承認自己就是約翰·布斯，他還表示，在自己刺殺林肯後，他的朋友們將其藏在一個箱子裏，然後將他送往歐洲。此後他在那裏住了十年。
律師貝特斯在報紙上讀到該消息後，迅速趕到俄克拉荷馬州，察看屍體，並宣布大衛·喬治正是此前報道過的得克薩斯州的酒吧老板。
貝特斯梳理了屍體的頭發，用藥水對屍體進行防腐處理，而後將其帶回到孟菲斯老家，在那裏放置了二十年。同時貝特斯開始向政府討賞，因為抓獲了布斯，他應該得到報酬。
1908年，貝特斯寫了一本荒謬的書，名為《約翰·布斯的逃亡和自殺》或者是《林肯被刺事件的第一次真正披露》，其中還包含布斯在犯罪很多年後自己的一個自白。然後，他賣了共計約七萬冊書，並引發了巨大反響。後來，他將自己的“布斯木乃伊”以1千美元的價格賣給了亨利·福特。隨後，這木乃伊便開始在整個南方地區展覽，門票價是10美分。