1912年2月，蔡元培擔任中華民國臨時政府首任教育總長，發表了《對於新教育的意見》。
他在《關於新教育的意見》中首次提出了具有近代意義的教育方針，新的教育方針包括：軍國民教育(軍事、體育)、實利主義教育(智育)、公民道德教育(德育)，世界觀教育和美學教育等內容，主張五育並舉。
他是我國近代史上，第一位提出五育並舉的教育思想家。具體內容是——
軍國民教育
他認為：從國外環境看來，中國處於“鄰強交逼，亟圖自衛，而曆年喪失之國權，非憑借武力，勢難恢複”。
就國內情況而言，要打破軍人成為“全國中特別之階級”的局麵，就“非行舉國皆兵之製，否則無以平均其勢力”。
實利主義教育
他認為，這一教育是富國的手段。當今世界的競爭，不僅僅是在武力，尤其是在財力上。因此，加強科學技術教育，提高生產力，發展國民經濟，國家富強，才能夠在世界競爭中，立於不敗之地。
公民道德教育
他把西方近代資產階級“自由、平等、博愛”的道德觀念，分別比做我國古代儒家提倡的“義、恕、仁”。他主張廣泛吸收國外文化，同時“必擇其可以消化者而吸收之”，並且“必須以‘我’食而化之，而毋為彼此所同化”。他批評有些誌行薄弱者，一到國外留學，“即棄捐其‘我’而同化於外人”。
世界觀的教育
他強調，這一教育是建立在把世界劃分為現象世界和實體世界基礎上的，要求人們遵循言論自由、思想自由的原則，不要被束縛於某一學說。這在當時，具有打破幾千年思想專製統治的作用。
美育教育
他認為，美育教育是進行世界觀教育最重要的途徑，是使人們從現象世界通向實體世界所必經的橋梁。美育教育的重要性源於其特點，人從現象世界通向實體世界存在的障礙不外兩種意識，一是人我之差別、二是幸福之營求。
同時，他還明確提出了人格塑造的教育思想。
1912年5月，他在參議院發表演說：“普通教務順應形勢、養成共和國健全之人格，在專門教育務養成學問神聖之風習。”他以教總長的身份，正式提出養成健全人格的培養目標。
同年7月，在全國臨時教會上，他闡明民國教育與君主時代教育的區別時說：“君主時代之教育方針，不從受教者本體上著想，有如用一個人主義或一部分人主義，利用一種方法，驅使受教育者遷就他之主義。國民教育方針，應從受教育者本體著想，有如何能力，方能盡如何責任，受如何教，始能具如何能力。”教育“須立於國民之地位，而體驗其在世界在社會有何等責任，應受何等教育”。所以，他認為現代民主國家的教育，應以養成國民個人的健全人格為目的。
1915年，他受教育部委托，參加巴拿馬萬國教育會議，在提交的論文《1900年以來教育之進步》中響亮提出：“小學教育既以遵循天性，養成人格為本義，則於身心兩方麵決不可偏廢，而且不可不使為一致調和。”
1917年1月15日，他受邀到和章炳麟1902年創辦的上海愛國女學校演講時，在《愛國要培養完全的人格》中再次強調說：“欲符愛國之名稱，其精神不在提倡革命，而在培養成完全之人格。”“完全人格，首在體育，次在智育，德育實為完全人格之本。”
可見，他當時提出完全人格塑造的教育思想，具有三層深刻的含義：第一，培養完全人格，就是德、智、體、美的和諧發展；第二，培養完全人格，必須是促進個性與群性的協調發展；第三，培養完全人格，必須促進身、心兩方麵平衡協調發展。