1945年9月23日，竺可楨在重慶《大公報》上發表《我國大學教育之前途》一文，針砭時弊說：“若側重應用的科學，而置純粹科學、人文科學於不顧，這是謀食而不謀道的辦法。”“目今我國社會，仍然充滿了這種功利主義。大學裏邊的課程，支離破碎，隻求傳教零星有用的知識，而不注重理智的培養。大學生認定院係，不問其性情之是否適合，而隻問畢業後出路之好壞，待遇之厚薄。選擇科目，不問其訓練之價值如何，而專問其是否可應用到所選定之職業。在大學內通才教育與技術教育理應並重。”
這些話，囊括了他的大學教育思想，如今聽來，依然如芒在背。總體來看，其教育觀可歸納如下：
一、強化基礎
竺可楨一到任，就曾提出要避免學生聒噪進入專業學習而忽略基礎，提倡學院一年級不分係。他認為“大學一二年級中，工院自宜打定數理良好基礎，文法等院自宜重視文學、經濟以及中外曆史，以備專精。雖然彼此不可偏廢，仍宜互相切磋，不限係院，庶幾智識廣博，而興趣亦可盎然”。
而教育部召集大學課程標準委員會討論大學課程，做出一年級不分係的決定，是在1946年，比他晚提出了一年。
他還要求第一等的教授親自到教學一線，旨在強化數理化、國文、英文等基礎課程。
他還鼓勵學生跨院跨係選修課程，提高學科能力和興趣發展。而且他很不滿學校隻重知識傳授不重道德陶冶，曾指出：“目前我國大學裏有一種極壞的現象，就是教師在校上課，退了講堂以後，就與學生分手不見麵，這種教而不訓的製度，急應改良。”“要曉得最好的訓導是以身作則，這個理論，無論古代的學府、書院，今日新式的大學，統可以應用。”
在天目山時，他在日記中寫道：“天目山實為導師製之理想地點。如昨星期日，天氣既佳，秋高氣爽，導師與老師均群出外散步，每人約率十七八人，男女各有，又不分係。”
二、教授治校
竺可楨認為：“教授是大學的靈魂，一個大學學風的優劣，全視教授人選為轉移。假使大學裏有許多教授，以研究學問為畢生事業，以教育後進為無上職責，自然會養成良好的學風，不斷地培植出來博學敦行的學者。”他說：“大學所施的教育，本來不是供給傳授現成的知識，而重在開辟基本的途徑，提示獲得知識的方法，並且培養學生研究批判和反省的精神。”“一個學校實施教育的要素，最重要的不外乎教授的人選、圖書儀器等設備和校舍建築。這三者之中，教授人才的充實，最為重要。”
他認為，教授是知識、人格、校風得以傳承的校魂，而初露頭角、具有良好潛質的青年學者，則是傳承的根源。他說：“要發展一個大學，最主要的是能物色前途有望的青年。”
他堅持民主治校，依靠教授來管理學校。當時，學校各級領導人選，以“資格極好，於學問、道德、才能為學生所欽仰而能教課者為限”，都選有名望的教授擔任，即使在“文軍長征”艱苦卓絕的情況下，仍然如此。
三、學術自由
他主張學術自由、教育自治，“大學無疑的應具有學術自由的精神”，“大學的最大目標是在蘄求真理”，沒有自由研究的氛圍，真理不明，而保持學術自由，就要“對學校應能自治，以維護大學之尊嚴”。
他堅持讓學校獨立於政治之外，1946年7月19日，他在日記中寫道：“對於教育與政治總以為不應過於接近。”
蔣介石曾多次動員他加入國民黨，他認為受黨派幹涉後，大學無法擁有自治權利，因此一再推辭。而國民黨五中全會後，要求凡國立大學校長，均須由國民黨員擔任，對此，他非常反感。1940年前後，他和梅貽琦，成了僅有的兩個不是國民黨員的大學校長。
他在1943年5月12日的日記中寫道：“下午有中央訓練團謝光平來，囑餘填入國民黨誌願書。現大學校長中隻餘一人非黨員。”他雖被迫填了加入國民黨的誌願書，卻一直以無聲行動抗議政府對學術的幹預，從沒交過黨費、從沒參加過黨會。
正因為他讓浙大超脫於黨派之外，因此校園內人才鼎盛，無黨派的、傾國民黨的、傾左翼的，隻要有才華，均能在浙大安心教學研究。對於這一點，他一直引以為自豪：“辦教育之基本信仰與警察廳長不同……必須有人人可以為聖人之信仰，然後可以辦教育。”
四、求是學風
1938年，浙大西遷廣西宜山時，他就正式確定校訓為“求是”。這是作為哈佛大學地學係畢業博士的他，融合中國傳統文化精華和西方近代科學精神得出來的。
他在對新生所作的《求是精神與犧牲精神》演講中說：“所謂求是，不僅限為埋頭讀書或是實驗室做實驗。求是的路徑，中庸說得最好，就是‘博學之，審問之，慎思之，明辨之，篤行之’”。他闡釋“求是”為“明辨是非，追求真理”，強調“求是”就是奮鬥精神、犧牲精神、科學精神。
五、教育理念：報國、強校、通才、為民
竺可楨於日寇猖獗時就任浙大校長，於艱苦條件下西遷“文軍”，可謂臨危受命、坐懷不亂。而在這些實踐中，他形成了報國、強校、通才、為民的教育理念。
他的教育目標，不僅僅是“造就多少專家如工程師、醫生之類”，而是要培養出“公忠堅毅，能擔當大任，主持風氣，轉移國運的領導人才”。他要求學生“每個人學成以後將來能在社會服務，做各界的領袖分子，使我國家能建設起來，成為世界第一等的強國”。
他認為，大學教育要實施通才教育，注重基礎、加強思維和能力訓練。他選擇一流教授教學；鼓勵跨院選修，溝通文理；鼓勵主輔修，拓寬知識領域；率先推行導師製，讓導師負責學生品格修養指導，使學生學會為人做學問的態度和方法。
同時他將大學比喻為“海上之燈塔”，指明人們前進的方向；又將大學比喻為“社會之光芒”，是人類文明的象征。
他就在這樣的教育理念下，在艱苦卓絕的環境裏，將浙大不斷壯大，拓展成了建製完備、人才輩出、蜚聲中外的綜合性高等學府。
六、辦學目標：創建一流大學
他在接任浙大校長時，心中所追求的就是創建一流大學。而最終，浙大的確成為了國內綜合性最強、成果最多的最好學校之一，並獲“東方劍橋”美譽。
2010年2月1日，耶魯大學校長雷文就亞洲國家建立世界級大學的困難、問題演講時，就寫道：“應該說，建設世界一流大學是一個目標，一個動力，也是一個過程。”然而這個目標，這個過程，早就在竺可楨手中得到了實現，隻是後學是否能將其繼續宏揚？
七、大學架構：綜合型、研究型、創新型
竺可楨任浙大校長13年，建立了以文、理、工、農、師範、法、醫7個學院為標誌的綜合型學科架構。而在“文軍長征”過程中，浙大所取得的研究成果同樣令人讚歎。大學最活躍的驅動力是科學研究，浙大在竺可楨執校時代，獲得“東方劍橋”的美譽，不僅是對浙大精神的稱讚，也是對浙大教授所表現出的研究水平的肯定。
八、大學四論
竺可楨執掌浙大，發表了自己對大學的諸多觀點，最著名的就有這四論——
一論教育目的：“大學教育之目的，在於養成一國之領導人材，一方提倡人格教育，一方研討專門智識，而尤重於鍛煉人之思想，使之正大精確，獨立不阿，遇事不為習俗所囿，不崇拜偶像，不盲從潮流，惟其能運用一己之思想，此所以曾受真正大學教育者之富於常識也。”
“教育的目的，不但是在改進個人，還要能影響於社會。”
“大學的最大目標是在蘄求真理，要蘄求真理，必得鍛煉思想，使人人能辨別真偽是非。”
“大學之最大目標是求真理。這可以說是理知的，但亦可以說是道德的，所以道學問，即是尊德性。”
“一般人以為大學之目的，在於使學生能得專門之智識與技能，以為將來個人到社會中，從事謀生立業之基礎，而為國家著想，則係造就領袖人才，領導群眾以發展事業。”
“大學畢業生不當以錢為目的，要當以服務為主旨。”
二論大學辦學：“大學是培養未來各界領袖人才的地方。大學因為包涵萬流，所以成其為大。”
“大學之使命有三：其一，希望造就完人。完人必具智仁勇三達德，而涵濡於六藝之中。仁者愛人，故其上者必其有所成仁，而忠恕次之……其二，學有專長，而於大學中植其基。大學學生對各項基本知識，固應多所明了……其三，養成自己能思想之人，而勿蘄教師逐字釋義。”
“教授是大學的靈魂，一個大學學風的優劣，全視教授人選為轉移。”
“一個學校實施教育的要素，最重要的不外乎教授的人選，圖書儀器等設備和校舍建築。這三者之中，教授人才的充實，最為重要。”
“教育的發達，學風的優良，在人不在屋，所謂‘斯是陋室，惟吾德馨’。”
“若側重應用的科學，而置純粹科學、人文科學於不顧，這是謀食而不謀道的辦法。”
“若是一個大學單從事於零星專門知識的傳授，既乏學術研究的空氣，又無科學方法的訓練，則其學生之思想難收到融會貫通之效。”
“要使大學生能擔當得起日後建國的重任，單教他們具有專門技術是不夠的。”
“以人民為前提原則之下，大學無疑的應具有學術自由的精神。”
“在大學內通才教育與技術教育，理應並重。”
三論大學精神：“據吾人的理想，科學家應取的態度應該是：(一)不盲從，不附和，一以理智為依歸。如遇橫逆之境遇，則不屈不撓，不畏強禦，隻問是非，不計利害。(二)虛懷若穀，不武斷，不蠻橫。(三)專心一致，實事求是，不作無病之呻吟，嚴謹整飭，毫不苟且。”
“科學的目標是在求真理。真理所在，雖蹈危履險以赴之，亦所不釋。科學家的態度，應該是知之為知之，不知為不知，絲毫不能苟且。”
“科學精神就是‘隻問是非，不計利害’。這就是說，隻求真理，不管個人的利害，有了這種科學的精神，然後才能夠有科學的存在。”
“所謂求是，不僅限於埋頭讀書或是實驗室做實驗。求是的路徑，中庸說得最好，就是‘博學之，審問之，慎思之，明辨之，篤行之’。單是博學審問還不夠，必須審思熟慮，自出心裁，獨著隻眼，來研辨是非得失。既能把是非得失了然於心，然後盡吾力以行之，諸葛武侯所謂“鞠躬盡瘁，死而後已”，成敗利鈍，非所逆睹。”
“研究科學之目的，固在探求真理，並非專重應用。但應用科學方法，利用厚生，至國家之富強之境，固亦不可忽視。”
“浙大的精神，可以把‘誠’‘勤’兩字來表示……學生不浮誇，做事很勤懇……風氣樸實。這種風氣，希望諸位把它保持。”
“浙大之前身為求是書院，希望諸位離校以後，莫忘了母校‘求是’的精神。”
四論培養人才：“畢業同學，應以學業為重，雖在社會上工作，亦應勿可忘記學習。”
“蓋大自然即是一冊完好教本，一粒花種種入於地，由發芽而至成長、開花、結子，若日日注意考察其生長狀況，則所得何嚐不勝讀一冊自然教本也。”
“國家既如此優待諸君，諸君決不能妄自菲薄，忽視所以報國之道。國家給你們的使命，就是希望你們每個人學成，以將來能在社會服務，做各界的領袖分子，使我國家能建設起來成為世界第一等強國，日本或是旁的國家再也不敢侵略我們。諸位，你們不要自暴自棄說負不起這樣重任。”