孫堅見呂布與黃林等三人已逃脫，追趕也占不到便宜也就沒有追趕，他們率領手下進城滅火、打掃皇室宗廟，填補被挖開的各處陵墓。

此時，曹操帶領隊伍與孫堅分兵出函穀關，到新安、黽池之間，以截斷董卓後路。

董卓帶領手下直達長安，為了安撫眾將，他召集眾將說：“關東諸將戰敗幾次了，幹不出什麽名堂了。隻有孫堅有點生氣，各位將軍要小心。”於是他派東中郎將董越駐紮黽池，中郎將段煨駐紮華陰，中郎將牛輔駐紮安邑，其餘中郎將、校尉分布在各縣，以抵禦山東的軍隊。然後建都長安就在緊鑼密鼓中進行著。

牛輔不能退敵，但也被擊敗，所以牛輔自然與“白波賊”僵持，一部分兵力被牽製。黃巾餘黨十餘萬，戰鬥力固然不強，造成的影響也不會很大，但這件事對於董卓來說，是一個不容忽視的大事。本來就沒有完全在洛陽站穩腳跟，黃巾餘黨又來騷擾，真讓董卓頭疼，這也是董卓丟棄洛陽遷都長安的原因之一。

董卓的兩位心腹愛將是胡軫與呂布，但是兩人顯然不和。李催和樊稠不和，到後來的李催和郭汜不和。武將尚且如此，那些軍師、謀士之間也融洽不到哪兒去。但是董卓是個精明人，他不會不清楚他手下人之間分爭之事，隻是處理起來不是那麽簡單。況且他手下都是虎狼之將，護著誰偏袒誰，後果他是知道的。所以憑這些問題，他想這些將領在洛陽附近與關東聯軍交戰時間長了，萬一臨陣嘩變，可不是鬧著玩的，不如戰略後撤，到自己的地盤，穩穩控製住局勢，也收收人心，然後再做打算。這也是他放棄洛陽到長安建都的另外一種想法。

董卓廢少帝是為了樹立威信，遷都一來避其鋒芒，二來可以將皇權拉入自己管轄的勢力範圍之內，來更好的挾天子以令諸侯，使得關東聯軍營救天子的計劃流產。這樣一來反而更難約束關東以外的軍閥勢力，以至發展至群雄割據的局麵。早在洛陽時，董卓就有了遷都長安的想法，但內心也有一點猶豫不決，於是召公卿來，看看公卿們有什麽看法。

當時司徒楊彪提出：“遷都乃是天下大事，如今天下太平，無故就遷都，擔心百姓被驚擾，列強、流寇趁遷都聚眾引起騷亂怎麽辦？”

董卓的卻說：“關中地區土地肥沃、富饒，以前秦朝就是在關中地區起家而滅了六國。如今要是遷徙到長安，假如關東聯軍膽敢有輕舉妄動的，用我強大兵力足以震懾他們。”關中地區金城千裏、號稱“天府之國”和“四塞之國”。從秦漢之際的國內形勢來看，關中、關東人口最多、是最為發達的地區。而從政治、經濟、軍事的地位上看，關中地區處於極其有利的位置。首先，它境內土地肥沃，物產豐富，又有附近巴蜀地區農業和西北畜牧業的支持，經濟發達；其次，它四周為秦嶺、北山山係及黃河所環繞，有四塞為固；北有蕭關，西南有散關，東南有武關，東有函穀關等，形成一個進可以攻，退可以守的特殊有利地位。正是這種得天獨厚的地理優勢，保證了秦國的發展並消滅了東方六國，完成全國政治、經濟、文化的統一。何況長安是關中地區的中心城市，又有西漢建都根基，選擇遷都長安是非常合適的。”董卓這段話已經流露出他早有了預見，關東聯軍有可能要攻擊他，遷都長安是他唯一的選擇。

司徒楊彪說：“如果遷都，動起來很容易，說遷過去就遷過去，但遷都以後想要安定卻很難。又因為長安舊皇宮已經敗落了，修複起來也很麻煩。”

董卓似乎早已經考察好了，他說：“在杜陵南山腳下，有製造修建城垣專用材料磚窯、瓦窯廠好幾千家。另外，木料也不愁，可以從西涼伐木運至長安。”

楊彪見董卓主意也定也就無話可說。

董卓在麵對關東聯軍時，其實真正讓他恐懼的不是那支數量龐大的聯軍部隊，而是害怕其中的幾個人。這幾個人是，曹操，孫堅，袁術和韓馥。董卓在遷都之前，曾找過曹操共謀大事，把自己的實力、計劃都和曹操講了，結果董卓沒有想到，曹操沒有被自己拉攏，反而起兵反叛。曹操的才能董卓自然了解，能文能武，年富力強。而曹操最了解董卓的底細，使董卓不得不作出一些戰略的改變。

孫堅，屢次擊敗董卓手下悍將，讓董卓吃驚不小，這個孫武後代同樣具有超人的膽略和武勇，與之對敵，耗費很多精力。

袁術在反董卓聯合軍裏麵，是官職最高的，官拜後將軍，擁有正規武裝自不必說。董卓擔心的是袁術強大的士族人脈關係，如果袁術與袁紹聯合，再呼籲一下全國袁氏祖上的門生故吏，其後果也是不堪設想的。 還有韓馥，他統治了當時的冀州，兵強馬壯。其實，袁紹隻不過是一個小小的太守而已，可惜韓馥不是個凶悍的武將，處處妥協尋求和平。否則，依韓州牧的實力，消滅袁紹就象一隻獅子捕捉一隻小羊那樣簡單。這樣的實力，怎麽能不讓董卓擔心。

一開始，在關東聯軍沒有出現內訌的時候，給董卓的感覺是齊心協力、奮勇向前的。尤其是孫堅和曹操，表現搶眼。甚至曹操提出了滅董計劃。曹操說：“各位，聽我的計劃，現在我們應該由袁紹，引河內之兵，到達孟津；酸棗有張邈、劉岱、橋瑁、袁遺等軍隊，可守成皋，據敖倉，塞住轘轅、太穀，完全控製住各險要之地。由袁術率領南陽之兵，攻丹水、析州，入武關，用以震動三輔。但各軍都應作高壘深壁，不要出戰。多作疑兵，表示天下形勢，正已造成各地豪傑聯合圍攻董卓之勢，以順應天下之心，誅討逆賊。這樣行動，成功的大勢可以立時而定。”

曹操這個策略叫“單純局部包圍網”。不能說曹操這個策略不對，而是這個策略需要各路豪傑悉心配合。

董卓及手下謀士則編織了另外一個更大的一張網。董卓遷都長安，保留實力，撤至後方，利用招安手段拉攏韓遂、馬騰，逐步免去後患。然後，利用獻帝的名義，給予劉焉（益州）、劉表（荊州）、劉虞（幽州）、劉繇（揚州）等漢室宗親高官厚爵，收買他們為保衛天子名義起兵，同時命令公孫瓚（北平）、張楊（上黨）、孔融（北海）、陶謙（徐州）等關東聯軍外圍的州郡長官形成四麵八方的大網進行整體全局包圍。一旦關東聯軍向西進入洛陽腹地，董卓大軍固守函穀關等重要關隘，其餘部隊開始收網，關東聯軍三十萬大軍恐怕猶如草芥一般，被圍殲於洛陽腹地。

然而，關東聯軍並沒有形成合力，而是各自心懷鬼胎，甚至互相廝殺。從而讓董卓遷都長安之後，坐視這可笑的混亂局麵。

呂布和以前丁原手下的一班並州官兵在董卓的陣營中是非常受排擠的，而且矛盾比較激烈。盡管董卓極力拉攏呂布，但是並州和涼州兩支人馬之間仍存在著尖銳的矛盾，特別是呂布自從知道董卓占有自己的二房妻子之後，對董卓已經處於敵視情緒，他隨時要找機會與他算帳。

董卓的部下與呂布產生敵視情緒，雖然不能直接歸咎於董卓的指使，但其手下的態度會直接影響了呂布及其一幹並州將士對董卓的態度，雙方的矛盾也會不斷加劇。董卓當然也對呂布不放心，所以把呂布牢牢的控製在自己的身邊，根本不讓呂單獨與他的舊部接觸。

呂布和董卓的較量在暗中進行著，既然矛盾和敵視都存在，董卓還要繼續使用呂布，這是董卓的判斷出了問題，沒有預見到呂布會有如此大的反應，更沒有想到他身邊的小妾明月居然是呂布的二房妻子。造成董卓判斷失誤的主要原因不是他對呂布不了解，在他看來，呂布所有的一切都是自己賜予的，呂布乃一介武夫，政治頭腦又差，就算他對自己有什麽不滿，都不會鬧到勢不兩立的地步。

然而，董卓最大的隱患是呂布。呂布正在尋找機會，要一舉消滅董卓。