1790年夏天，莫紮特大半時間都在生病，他的加薪要求沒有被批準，而且也沒有受到新的委托。利奧波德二世當時即將在法蘭克福加冕而成為神聖羅馬帝國的皇帝，作為歐洲大陸最著名的作曲家，莫紮特不但沒有獲得為典禮演奏或作曲的委托，甚至連參加觀禮的請柬也未收到。
經濟狀況越來越窘迫，他隻好把以前得到的那些懷表都賣了，那是他剩餘的唯一一點值錢的東西。得到這筆錢之後，莫紮特不顧一切地動身前往法蘭克福，他希望能在大批人聚集的地方得到一點有利於自己的東西。他的妻子正在患病，因此留在維也納。
他在法蘭克福和鄰近的城市舉行了一係列音樂會，但是並沒有收到他想象的效果。慶典期間，莫紮特演奏了兩年以前寫的第二十六號鋼琴協奏曲，這使這首曲子得到了《加冕協奏曲》的名字。在此後的一百年間，它成了莫紮特最著名的一首作品。
莫紮特不免感到氣餒和寂寞，他寫信給他的妻子說：“在我寫這封信時，淚水像雨點似的落在紙上。”但他對她的愛使他愉快起來，不至於太過消沉。
11月，他回到維也納。從法蘭克福到維也納會路過薩爾斯堡，但是他沒有在那裏停留，也沒有去探訪他的姐姐。
他的朋友們注意到他的健康狀況大不如前，雖然莫紮特一向麵色不是十分紅潤，但是現在簡直變成蒼白了。而且他的藍色的眼睛也向外突出，可能是腎髒功能不好的緣故。他那“一向使他自負”的茂密的金黃色頭發也越來越稀薄。
在冬季以前，他為一位匈牙利的匿名音樂愛好者寫了他最後兩首弦樂四重奏：第五號（K.593）和第六號（K.614），兩首作品以嬉遊曲結尾，充滿了深思的情愫和撩撥心靈的力量。
他又為兩種新奇的樂器寫了短小的曲子：一種是機械風琴，那是一種放在時鍾裏麵的小風琴，由時鍾的機械加以操作；一種是玻璃口琴，是一係列在踏板上旋轉的盛著水的大酒杯，用手指在潮濕的玻璃上摩擦而發出尖銳的聲音。
這一年的冬天維也納格外冷，一位到莫紮特家拜訪的朋友發現他們夫婦兩人在瘋狂地跳舞。莫紮特大笑著說，他們買不起木柴，必須靠運動來取暖。但是這種強撐起來的自嘲的愉快漸漸地變成了沮喪。
莫紮特很有可能患的是腎髒方麵的疾病，他不應該過分劇烈地運動，那會使他的體能逐漸枯竭和衰退。18世紀的歐洲，醫學診斷還十分原始，有些治療方法往往不正確，不但不能讓身體好轉，還會使身體受害，比如莫紮特的母親曾經使用的放血療法。莫紮特在這樣的醫療條件下隻能得到有限的極少的治療，而且效果不大。
年底的時候，海頓來向莫紮特道別，說他要動身前往倫敦尋求名聲和財富，並且勸莫紮特與他同行。莫紮特拒絕了，原因是他的身體狀況實在太差，常會感到疲乏，而且康絲坦茲又在懷孕，不適於旅行。
當海頓離去後，莫紮特痛哭失聲，他相信自己永遠不會再見到這位不斷讚美、欣賞他的好友了！
轉眼到了1791年，這是莫紮特在人世間的最後一年。一位聽眾說，這一年莫紮特寫的每一部作品都別有特色，因為這是最後一年。
莫紮特已經很多年沒有舉行專場音樂會了。3月間，他在一次慈善音樂會中演奏。之後，打算舉辦一場公開音樂會。為了這次的演出，莫紮特寫了他最後一首鋼琴協奏曲——第二十七號（K.595）。這首曲子與他稍早一點的作品比起來，聲音更為緊湊、簡單，更具有他個人的風格。
這首曲子之後被形容成具有“接近衰老”的特質，但是莫紮特當年依然年輕，依然像所有那個時代的年輕人一樣喜歡一些笑話和胡扯的故事，不論他的音樂如何充滿了聽天由命的意味，它卻從沒有失去曆久彌新的新鮮感，生命的確以另外一種形式在繼續。
莫紮特的憂鬱在這個時候減輕了很多，因為他的一位朋友拿來一份新歌劇的委托書。這位朋友是個演員，他叫斯勘奈德，他當時已經接收了市郊的一家比較大的劇院，經常舉行一些啞劇、鬧劇和各種雜耍的演出。
斯勘奈德也是一名共濟會會員，曾經寫過一個故事，很有些混亂不清的感覺。其中一部分是神話，一部分是低級的滑稽劇，還有一部分是嚴肅的哲學理論和政治隱喻。他希望莫紮特為它配上音樂。莫紮特則決定將它改寫成真正的歌劇，用適當的音樂體裁將各部分合並在一起。它將使用德文演唱，並有很多對白，這會吸引一些與貴族那些勢利眼觀眾完全不同的平民欣賞者。
隻要一有工作，莫紮特的心情便又愉快起來，雖然疾病、金錢這些令人煩惱的問題一刻也沒有離開過他。
他的工作曾不止一次被打斷。6月間，康絲坦茲再次前往郊區的礦泉療養，莫紮特曾去探望她，並且作了一首小的教堂音樂（K.618），這首作品有著清晰的超脫塵俗的聲音，很像他之前寫的共濟會音樂。後來一位評論家曾寫道：“這首音樂具有超脫塵世的特質，人們無法想象它是來自人類的，除非這個人已麵臨毀滅。”
7月間，莫紮特寫信給妻子說：“我無法形容我的感覺——一種使我受到極度傷害的空虛感，一種永遠無法滿足的渴望感。”
康絲坦茲在月底回到家中，莫紮特的第六個孩子——法蘭茲平安誕生，而且順利地活了下來。他後來繼承父親的衣缽，成為鋼琴家和作曲家，自稱是小莫紮特，他的音樂當然不可能表現出他父親的天才。就像他的哥哥卡爾一樣，他靠父親的遺產過著相對富足的生活，到1844年去世時也沒有結婚。