前總統黎元洪從日使館營舍出來後，居住東廠胡同，屋外一直駐紮著衛隊。後來，因隊兵王德祿突然發瘋，持刀行凶，黎元洪受驚，又移居法國醫院。等馮國璋、段祺瑞組定政府，局勢稍微穩定，黎元洪才帶著眷屬出京，到天津居住，不再參與國事。
就在此時，四川再度發生暴亂。四川省代理督軍周道剛留駐重慶，正要調集士兵趕往成都，就傳來四川省長戴戡被川軍擊斃的消息，周當即派人前去探查。原來，劉存厚部下全是川軍，不願外兵入境，因此先是與羅佩金所帶的滇軍發生衝突；後來戴戡所部的黔軍也為劉部所恨，力加排斥。黔軍勢孤，川軍力厚，雙方爭戰多日，黔軍終於支撐不住退出成都，劉存厚入城據住。戴戡隨即聯絡前督軍羅佩金及雲南督軍唐繼堯，會師進攻，又奪回成都，將劉存厚趕了出去。劉存厚不肯善罷甘休，收拾敗兵再攻戴戡。就在這場戰鬥中，戴省長不幸被流彈傷中要害，當場死亡。周道剛探悉詳情後，據實呈報中央。馮總統下令，追贈戴戡陸軍上將頭銜，按照陣亡舊例賜恤，命財政部撥銀一萬元治喪。後來，周道剛又與滇軍相爭，政府頒布命令，所有在川軍無論客主，全部歸周道剛管轄，並且任命周道剛為四川督軍，劉存厚會辦四川軍務，四川總算暫時安定下來。
新近解散的國會議員中，隸屬國民黨籍的都不讚成段總理，而段複任後，又不肯將議員一律召回，反提起從前組織約法的參議員，所以那幫被解散的議員陸續前往廣東，在廣東自行集會，稱為非常會議。他們特借廣州城外的省議會場討論時事，否認中央政府，另組了一個軍政府，並選舉孫中山出任大元帥。孫中山閑居無事，正好趁這次選舉再次登台。就職以後，孫中山發了一通告，指斥段祺瑞、倪嗣衝、梁啟超、湯化龍等人違法結黨，背叛民國，並決定興師北討。段祺瑞得知後，擔心別省聞聲響應。左思右想，覺得除用武力解決外，別無他法。但要用武力，必須先籌備軍餉，而國庫早就一空如洗，各省賦稅又不能源源進來，即使有些款項繳了上來，平常都不夠用，哪裏還能接濟軍需呢？段總理與徐樹錚商量，小徐主張借款，以解燃眉之急。到了此時，段祺瑞也顧不得國家負擔了，當下邀財政總長梁啟超密商借債事宜。梁深知借債行軍，利少弊多，無奈段總理決意用武，自己又依附段氏肘下，不好違背。於是，將這副借債的擔子交給財政次長李思浩，叫他出去張羅。李思浩向來善於籌款，接到密令後，立即與英、法、俄、日四國銀行團商借一千萬元，名目上稱善後借款。銀行團含糊答應，但英、法、俄三國與德、奧連年交兵，消耗軍費無數，怎麽可能有閑錢拿出來給別人用呢？唯獨日本遠居亞洲，雖列入協約國，反對德、奧，但始終不曾發多少兵船，用多少兵費，所以四國銀行團中隻有日本承認借款。日本正金銀行理事小田切萬壽，代表日本銀行團承借一千萬元，與財政部訂定契約，利息七厘，以一年為限，折扣百分之七，用中國鹽稅餘款作擔保。
段祺瑞得了借款，忙著籌辦軍事，鎮壓南方，還未部署好，湘南突然冒出一支獨立軍，與督軍傅良佐抗衡，惹得長江中線也動搖起來。傅良佐去湖南以前，湖南督軍本由省長譚延闓兼任。譚是國民黨人，段祺瑞擔心他聯絡雲南、廣東，所以特任命傅良佐為督軍，讓傅前去監製。傅良佐到了湖南，譚延闓立即將督軍印信交給他。沒想到，傅良佐剛一上任就將署理零陵鎮守使劉建藩撤職。劉建藩無緣無故被撤，心有不甘，於是與湖南第一師第二旅旅長林修梅及零陵各區司令商定獨立。當下通電中央及各省，宣告自主，與現在政府脫離關係。同時，聯絡滇、粵及海軍總司令程璧光，反抗傅良佐。傅良佐立即通電中央，詳陳劉建藩罪狀，特派第二、三旅旅長李右文率兵進攻零陵。段知道戰爭一開始，就很難中止，而之前借到的日款隻有一千萬元，頂多支持數月，要想達到平南目的，隻有多借款項才能成事。於是，段又暗囑交通銀行，讓他們出麵借款，再向日本的銀行商借兩千萬元。經過一番討價還價，日銀行點頭同意，段前後共借得三千萬元。
接下來，段總理決定大幹一場，請馮總統連下二令：一令是通緝廣東軍政府大元帥孫中山和非常國會的議長吳景濂，一令是通緝陸軍中將藍天蔚。通緝藍天蔚時，說他受孫中山偽令，勾結劉景雙、顧鴻賓、馬海龍、金鼎臣等人分途四擾，貽害西北，應立即撤掉原官，省督軍、省長一抓獲他，嚴懲不貸。同時，段總理又召集各省參議員到京組織臨時參議院，並令內務部籌備國會選舉。
那些接二連三的命令，全由段祺瑞一人主張，代任總統馮國璋隻不過依言傳令，簽名蓋印罷了。當時馮總統正沉浸在極度的悲痛中，因總統夫人周氏即周道如女士，於九月十日晚上在總統府中逝世。偏偏那位好大喜功的段總理不顧總統的感受，常常去總統府絮聒，今天借款，明天調兵，說得天花亂墜，儼然有踏平南方的勁頭。馮總統本就無心主戰，不過礙著情麵，段說一件，他就依一件，段說兩件，他便依兩件。表麵上似乎融洽，其實馮忌段，段也忌馮，彼此各懷心思，暗地不合。
當時，河北、山東、山西發生水災，地方政府向中央索款賑濟，馮總統將賑災一事委托段總理籌辦。段祺瑞銳意平南，軍餉尚嫌不夠，哪還願意拿錢出來賑災？被逼得沒有辦法，隻好囑托財政部騰出數萬元撥濟災區。各災區多則撥一萬，少則撥一千。可災地甚廣，災民甚眾，單靠著這麽一點賑款能濟什麽事？段總理也管不了這麽多，略微示惠便算了案，隻是一心一意地對付南方。哪知軍情萬變，湖南督軍傅良佐派遣的李右文一軍，本來是要去征服零陵，不料，李右文到了衡山反而投入零陵軍，與劉建藩串通一氣，向傅倒戈。傅良佐氣得眼冒金星，立即改派北軍第八師、第二十師及湘軍第二師會師前進，再攻零陵。段總理接到軍報，暗中運款接濟，命傅良佐立即平定湘南。隨後考慮到譚延闓有可能從中作梗，段又秘囑傅良佐暗示譚延闓，讓譚退位。譚延闓明知馮、段猜疑自己，就是不肯提出辭職，隻向政府請假。段準給假期，另派心腹周肇祥暫代湖南省長。傅良佐有了京款接濟，忙運往前軍犒師，果然軍心振奮，踴躍直前。北軍旅長王汝勤、朱澤黃與零陵軍隊交鋒，連得勝仗，拔衡山、下寶慶，直逼零陵。安徽督軍倪嗣衝密承段氏意旨出軍援湘，占領了攸縣。
湘、皖發來的捷報令段祺瑞欣慰異常，他打算向日本訂購軍械，以軍械濟軍，乘勝平南。當時，中外謠傳說：“中國軍械將由日本供應，所有各省兵工廠、煤鐵礦也歸日本管理。”於是，江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠致電政府，請政府聲明真偽，免得引起不必要的猜疑。就連鄂、皖等省也去電向中央質問，要求政府明白宣示。段總理複電說：“謠傳純屬子虛烏有，不可妄信。眼下因與德、奧宣戰，政府打算派兵赴協約國助戰，自製軍械不敷應用，不得不從外洋購買。現在，隻有西洋美國、東洋日本尚有餘械出售，我國與美國幾次商量均無成議，急事不能緩辦，才就近向日本購置軍械一批。需要聲明的是，需款若幹，購械若幹，款未交清以前，量加利息，所訂合同，僅限一次為止，純是自由購辦，毫無意外牽涉。中國曆來所購外國軍械，具有成案可稽，本屆照從前規定辦理，主權並未損傷。”李、陳兩督軍接到複電，見段理由充足，也不好再加詰問，隻看段所購軍械是否提供給赴歐兵士，再作計較。
劉建藩占領零陵後，與北軍相持多日，寡不敵眾，多敗少勝，不得不向兩粵請求支援。段總理擔心兩粵支援劉，暗中派人動員廣東的官僚反抗省政府，作為牽製。當時，惠州清鄉總辦張天驥被省政府罷免，心懷怨恨，於是對省政府宣告獨立。接著劉誌陸聯合陸軍攻打張天驥，張天驥勢單力薄，隻好逃走。正巧這時潮州鎮守使莫擎宇與省政府脫離關係，張天驥忙投奔潮州。莫擎宇電達中央，自述現狀。段總理樂得請令，剝奪廣東督軍陳炳焜職銜，特任省長李耀漢兼署督軍，命莫擎宇會辦軍務。
民國紀元以來，各省雖號稱軍民分治，實際上全是軍閥專權。黎政府成立後，雖改換名稱將治軍稱督軍，治民稱省長，但事實上省長勢力不敵督軍，督軍挾兵自重，在一省範圍內差不多是萬能主義。段總理將陳炳焜職位剝奪，讓李耀漢兼職，就是一條反間計。但陳炳焜怎麽肯依令？仍占著督軍的位置。李耀漢勢弱，依然按照之前的模式辦事。陳炳焜與廣西聯兵援湘，與劉建藩並力作戰，所向無敵，奪回寶慶、衡山，又攻下衡陽、湘潭，急得傅良佐日夜不安，向段總理請求支援。段總理接到湖南急電，大吃一驚，但遠水難救近火，隻好任命王汝賢為湘南總司令，範國璋為副司令，出師平湘。任命發出後，段滿心期待王、範感激思奮，掃平湘南自主軍隊，不料二人逗留不進，反通電中外及自主諸省，商請雙方停戰。
零陵自主軍隊及兩粵各軍，仍舊揚旗擊鼓，進逼長沙。湖南督軍傅良佐麾下親兵寥寥無幾，專靠王汝賢、範國璋兩師出去禦敵。偏偏他二人宣告停戰，引兵退歸，並有倒戈的跡象。傅督軍急得沒了主意，隻好與代理省長周肇祥想出一條逃命的上策。二人連夜潛登兵艦出省，奔往嶽州。長沙失去主帥，省城各團體自組湖南軍民兩政辦公處，暫時維持局勢。這時，正好王汝賢領兵回省，於是公推王汝賢為首，維持秩序。
傅良佐等人退到嶽州，不得不據實通電中央。段祺瑞慚憤交並，急忙到總統府報知馮國璋，痛責王汝賢、範國璋兩人叛命的罪狀，馮總統卻默然不答。段這才窺透其中的隱情，料知王、範兩人的行為定是由老馮暗中授意的，頓時臉色一變道：“總統主和，祺瑞主戰，兩不相謀，才有此變。祺瑞情願免職，請總統另任他人。”馮總統淡淡答道：“傅良佐身居要職，竟然棄省潛逃，不能說他無罪。”段祺瑞道：“王、範兩師無故倒戈，良佐勢成孤立，隻能出走。”馮總統又道：“我何嚐絕對主和？如果能戡定南方，我也自願赴敵，請總理不要誤會！”段祺瑞起座道：“祺瑞已不敢再幹了。或戰或和，請總統自主。”說完揚長而去。隨後，段遞入辭職的呈文。馮總統不同意，派人挽留，又向各省發去一通電，但措辭閃爍，似乎主和，又似乎主戰，看起來在斥責王、範兩人，卻又沒有提出姓名。其實，完全是為了顧全段總理的麵子，才發此電文。
湘軍第二師不久前改編為陸軍第十七師，駐紮常德。師長陳複初聽說王汝賢入主長沙代行督軍職務，很不服氣，竟在常德宣布獨立，要來攻奪長沙。同時，兩粵援湘各軍不肯聽王汝賢的命令，到處生事，長沙危急萬分。十月十七日夜間，城中忽然火起，煙霧漫天，秩序大亂。王汝賢隻好棄城出走，潛逃至嶽州。當時，傅良佐、周肇祥二人已被召回北京，免官候懲。由於北京與湖南相隔太遠，王汝賢又是倉皇出逃，無暇拍電給北京，所以京中還不知道情況，還令他和範國璋擔任長沙治安職務。段祺瑞自有意辭職後，雖非極端決裂，但對湖南問題已不聞不問。因此馮總統自由下令，簡單提及王、範二人罪狀，並豁免了事，卻將傅、周二人免職。段祺瑞心裏更是不高興，更堅定了辭職的決心，不願與馮共事。
正打算遞交第二份辭呈時，段接到直、鄂、蘇、贛四省通電，懇請撤兵停戰，電文署名直隸督軍曹錕、湖北督軍王占元、江蘇督軍李純、江西督軍陳光遠。停戰，停戰，這種聲浪與段總理的心思絕對是背道而馳。然而長江三督軍串通一氣，又以直隸督軍曹錕為首，一起反對段總理。當下，段總理遞入第二份辭呈，不但辭去總理，還把陸軍總長的兼職也一並辭去。馮總統假意挽留一番，隻準他辭去兼職，不準他辭去總理。段身為國務總理又兼陸軍總長，向來有權有勢，現在軍權沒了，還要這國務總理頭銜做什麽？自然一概不受，出都下野去了。馮總統樂得段辭職，另任王士珍為陸軍總長，國務總理一職命外交總長汪大燮暫代。汪大燮是段內閣中人物，本有連帶辭職的故例，怎麽好代任總理？因此，決意辭職。馮總統於是與王士珍商量，邀他組閣。王士珍是直隸正定人，資格最老，情性向來平和，沒有什麽黨派之分，不過時人因他籍屬直隸，公推為直派領袖，之前袁、黎兩總統時，也邀請他為過渡總理。馮認為王與自己籍貫相同，沒有派係之分，正好拉來幫助自己，抵製皖係，調和南方。