段祺瑞南行赴鄂，借著犒師的名義到了武昌，與第一路總司令兩湖宣撫使曹錕、湖北督軍王占元會商軍務，又召集河南督軍趙倜及奉、蘇、贛、魯、皖、湘、陝、晉各省代表到漢口，列席聚議，大致說：“長沙已攻下，正好乘勝平南，統一全國，但大家必須合力才能成功，所以我特地南來，當麵商決，還望諸君一致圖功，切勿功虧一簣。”大家雖各執己見，有主戰的，有不主戰的，但表麵上都唯唯從命，隻有曹錕撚須微笑道：“要平定南方，也不是什麽難事，但用兵必先籌餉，隻要兵餉有了著落，將士才能效命戎行，不慮艱阻了。”段祺瑞答道：“這原是必要的條件。我回京便去設法籌備，源源接濟。總之，外麵督兵責在諸公，裏麵籌餉責在祺瑞，如果能征服南方過太平日子，豈不是一勞永逸嗎？”曹錕不便再說什麽，淡淡地答了一個“是”字。
會議完畢後又住了幾天，段總理才與豫督軍趙倜從漢口出發，乘著兵輪沿江東下。到了九江，與江西督軍陳光遠又談了許多軍機要事。段再由九江到南京，與江蘇督軍李純、安徽督軍倪嗣衝、上海護軍使盧永祥，敘談了半日。倪與段心意相投，盧也是段派中的一分子，當然對段的話唯命是從。李純是馮氏心腹，此時也隻能敷衍了事。達到目的後，段祺瑞才打道回京。
段祺瑞南下，無非是想固結軍閥，指揮大計，一心一意與南軍決一勝負，大有不平南軍，誓不罷休的意思。回到北京後，段的頭等大事就是籌備軍餉，無奈點金無術，隻好向鄰邦借貸。東鄰日本心有異圖，對中國一直很慷慨。徐樹錚為段氏出謀劃策，隻要南北統一，一點點借款自然可取償於百姓，不用深憂。湊巧，交通部長曹汝霖是親日派首領，與小徐是生死之交。曹見段氏籌備軍餉急需巨款，於是自願做貸款東鄰的中間人。當下，曹汝霖找到日商中華匯業銀行，貸款兩千萬元，合約上不便說明充餉，隻說是擴充西北電信及修理舊有電台與添設無線電等。議定利息八厘，償還期五個月，用舊設電信收入作為擔保，並許諾將來關係電信事業或需借款，該銀行有優先權。雙方彼此簽約，段總理得了兩千萬大洋，正好酌量挪移，暫充軍費。
隻是電信收入已作為丹、法兩國的借款擔保，現在一物兩押，豈不是失信於人？駐京丹麥公使及法蘭西公使得知後，立即提出抗議，並照會質問中國政府。中國政府隻好分別答複，說：“電信收入金除抵償丹、法兩國外，還很富裕。更何況現在是短期借款，五個月即當還清，與兩國原約不相抵觸。”兩公使接到複文，見中國政府說得有道理，但打算等五個月後看中日是否踐約，再作計較。段氏得了兩千萬元借款，但不能全數移作軍費，隻好隨時酌撥，接濟各軍。偏偏各路軍電紛紛索餉，第一路軍總司令曹錕催索的尤為緊迫，比討債的還要厲害，今天撥去若幹，嫌不夠；明天又撥去若幹，仍稱不夠。段總理無可奈何，隻好又讓曹總長出麵向日本政府借款兩千萬元。日本政府問及用途，曹汝霖答複，說要修築順濟鐵路。順濟鐵路是由直隸順德府到山東濟南府的路線，早已勘定，因為無錢築造，所以成為懸案。隻是日本政府的貸款條約格外苛刻，不像日商匯業銀行是貿易性質，隻收普通利息。商議了好幾天，雙方訂約，年息七厘，本月付款一部分，其餘分四期交付，以順濟鐵路為抵押。段總理明知契約過於苛刻，受損巨大，但除此之外也沒有其他辦法，隻好聽任曹汝霖的安排。
籌餉人員辦得十分吃力，前敵軍官卻不肯全力以赴。自從長沙攻克後，曹錕、張敬堯等人都按兵不動，與南方變成不和不戰的局麵。段總理致書催促，曹錕卻總以缺軍餉為借口，說要馬上帶兵北歸，前來索餉。段總理剛想詰責，不料馮總統反下一特命，加任曹錕為四川、廣東、湖南、江西四省經略使，坐鎮保定，惹得段總理義憤填膺，跑去質問馮總統。馮卻振振有詞道：“川、粵、湘、贛四省叛黨未清，因而特任曹錕為經略。古人說‘重賞之下，必有勇夫’，我的意思就是要他感激思奮，掃清南方！”段總理無詞可駁，憤然退出。從此，馮、段兩人的惡感越積越深了。
曹錕以前打算收複湘省後再申和議，此次南下攻湘，表麵上是給段氏幫忙，實際上仍為馮氏效命。既然已攻下湖南省會長沙，後事便可交給張敬堯處置，自己樂得北返，過安閑日子。馮國璋很高興曹能踐約，因此提拔他為四省經略使，此次任命看起來是為了平南，實際上是叫曹坐鎮保定，保衛京城一帶。段總理奔走指揮，還以為元首受製於他，三軍聽命於他，所以賣力借款，使得餉源不絕，以實現平南的願望。誰知又落入了馮國璋的計策中，叫他怎麽不怒？但段向來性格堅忍，始終不肯變易決心，他暗想兩廣巡閱使龍濟光現在瓊州，可命龍從後麵製約廣東；福建督軍李厚基與廣東毗連，可製約其右。南軍以廣東省為中心，北軍若將廣東東部占住，雲南、廣西等省也無能為力，所以段在登台之前就已致電龍、李，囑令出兵；此次段重複電促，並同意撥巨餉，隻要求龍、李立即攻打廣東，又命浙江督軍楊善德發兵助閩，合力攻粵。
龍濟光本來就與南軍有嫌，袁氏失敗，龍被驅逐，寓居瓊州。段祺瑞執政後，授龍為礦務督辦。但龍向來缺乏礦學知識，如何辦礦？更何況僻處瓊崖，更難任事。直到南北交戰，龍在南海獨樹一幟，依附段氏，斷絕南軍交通，因此段撤去兩廣巡閱使陸榮廷的職銜，轉任龍濟光。隻是龍濟光部下都是些老弱殘兵，根本不耐戰，龍濟光雖立誌助段，卻力不從心，因段氏一再催促，無奈帶領舊部渡過瓊州海峽，進攻陽江。陽江駐守的粵軍見龍軍突然攻入，不禁慌張失措，覺得自己勢單力薄，無法抵擋，很快棄去陽江，各自逃生了。龍濟光進入陽江城後，命司令李嘉白分略高、雷二州境內。粵軍四處分防，但由於事發突然，一時不能控禦龍軍，龍軍得以東衝西突，侵擾邊境。隨後粵軍司令李烈鈞引眾堵截。李烈鈞麾下的將領個個驍勇善戰，非龍軍所能與敵。龍軍司令李嘉白連戰連敗，逃得不知去向。龍濟光親自前去迎戰，在雷州境內與李烈鈞鏖戰兩次，李軍仍占明顯的優勢。龍濟光抵死不退，竟被包圍起來。
龍軍孤立無援，無從脫險。龍濟光苦守數日，眼巴巴地盼望閩、浙聯軍攻入粵境，牽製李烈鈞。偏偏閩督軍李厚基是個庸碌無能的人物，部下隻知剽掠，不守紀律。李厚基雖然擁護段祺瑞，滿口主戰，但平時沒什麽機謀，調度又不合法，還要逞強主戰，因此反招南軍仇視。閩軍還未進入粵，粵軍卻已先行入閩，福建右邊的泉、汀、漳三州多處遭到攻擊。李厚基趕緊發兵抵禦，敗多勝少，不得已致書浙江，大聲呼救。幸虧浙江派兵赴援，才將粵軍驅出，保全境土。李厚基仍想進攻，粵軍也不肯善罷甘休，雙方各添將士再行角逐，在汀、潮交界處激戰多日。潮州本是廣東屬地，汀州原是福建屬地，粵軍守潮攻汀，與閩、浙聯軍相持，閩、浙聯軍猛烈攻潮，粵軍仍然堅守，並且占領了汀州的好幾個縣。到了此時，閩、浙兩軍幾乎不能自保，哪還能越境西行去救龍濟光呢？老龍無從脫險，隻好硬著頭皮率領餘眾冒險突圍，總算天不絕命，找出一條生路向南逃去。到了雷州，龍濟光檢點隨兵，隻剩了千餘人，當下命這千餘名殘軍留駐雷州，等候支援，自己則帶著親兵向廣州灣去了。
廣州灣在雷州南麵，瀕臨南海，前清光緒二十四年間被法國人據為租借地，地方政治全歸法國人主持。龍一行人如欲過境，必須先向法領事申請，得到允許才可通過。當下龍備了文書，谘商法領事。法領事還算有情，同意他借道，隻是要求按照國際公法通例，外人入境不能攜帶武裝，必須先繳出軍械。龍濟光進退兩難，隻得俯首依令，囑咐部下悉數繳械，由法領事查明後才得以通過。龍軍雖得生路奔還瓊州，但想卷土重來，再去攻粵已沒有可能了。龍濟光無計可施，決定親自入京，向段總理麵議軍情，請他撥兵給械。於是，老龍王龍濟光將所有殘軍交給弟弟龍裕光管領，守著瓊崖，自己乘海道輪船前往北京去了。
龍濟光一走，雷州留守的孤軍整日待援，援軍卻杳無音訊。粵軍極力圍攻，這數千人怎麽支撐得住？很快全部投降。接著，粵軍逾海進攻瓊州。龍裕光剛剛籌措守備，鼓眾效力，哪知瓊州警衛軍第三十七營營長楊錦堂忽然叛變，竟對龍裕光宣告獨立，與粵軍聯絡。楊錦堂當即將粵軍引入境，先占據瓊東樂會縣城，接著占領萬寧、陵水各縣，並分攻文昌、定安，直逼瓊山。龍裕光雖盡力抵禦，無奈粵軍勢大，實在無法招架，而且瓊州隻是個孤島，守兵又少，五日失一縣，十日失兩縣，不知還能堅持多久。龍濟光北去又毫無音訊，援兵連個人影都沒有，看來老龍的巢穴要就此覆沒了。
龍濟光赴京求援，難道段總理忍心坐視不理，任他巢穴覆沒，欲歸無路嗎？可段總理隻有一人，既要做國務總理，又要做參戰督辦，對內對外日不暇給，龍濟光入京求援，段不是不想給他支援，但瓊崖在最南麵，距北京有萬裏之遙，鞭長莫及，一時如何到達？並且，曹錕回京以後，前敵將士都已觀望不前。湘省控製著長江中堅，比瓊州緊要的多，長沙雖然收複，但湘南一帶仍有南軍蹤跡，卻無人肯去掃除，更何況一個小小的瓊崖？盡管龍濟光一再催逼，段總理也隻能逐日敷衍，等到拖的時間太長，難以為情了，段才任命山東督軍張懷芝為援粵總司令，立即出發。長沙攻下後，曹錕返京，張懷芝引兵退還山東。接到援粵總司令的任命，張懷芝令部下將士運集兵械起程，但此時已是陽曆六月下旬了。