半個多世紀前，在日本琉球群島的與那國島南端，潛水員們在海底潛水時發現了人造建築物的遺跡，包含被珊瑚覆蓋的方形結構物、巨大帶棱角的平台以及如街道、樓梯及拱門狀的建築等。這可說是一座像是祭壇之類的古城遺跡，其範圍東西長約200公尺，南北寬約140公尺，最高處約達26公尺。

1986年，當地的潛水員將這座海底城命名為“海底遺跡潛水觀光區”，經過報導之後引起了世人的注意。其後，琉球大學成立“海底考古調查隊”開始了長達8年的調查，包含在石桓島東南至東西方沿岸的海底，又陸續發現各種石砌建築、柱穴、人頭雕像、拱門及幾何圖形的海龜雕塑等，最令人震驚的是發現雕刻在石牆上的“象形文字”，證明了這是一個高度發展的人類文明所遺留下來的古文明遺址。

由高處往下看，遺跡的四周圍有市街、農地，最大的一處遺跡全長100公尺、高25公尺，由巨大的岩石所築成。據琉球大學“海底考古調查隊”以計算機合成方式繪製的立體圖顯示，該遺跡可能是古文明居民聚會祭拜的神廟。神殿北麵有兩個半圓形的柱穴，考古學家認為是舉行儀式前沐浴之處，而神殿東方有拱形城門，城門附近有兩塊重疊巨石，上方留有長方形人工雕孔，據推測應為經過加工而成的城堡基石。

此外也在與那國島東南海岸著名的“立神岩”下方海底，發現高達數公尺的人頭雕像，其五官及臉孔清晰可辨。稍後，就在巨大人頭雕像附近又發現了象形文字群，顯示海底遺跡的建造者已具有極高的文明發展。

琉球大學物質地球科學係教授木村政昭在1999年9月接受訪問時，表示遺跡以目測即可清楚地辨識是由人工完成的組合。各種證據都顯示遺跡的確是人造的，包含四周街道的分布，以及階梯呈直角狀的平坦接麵，石塊上圓形的孔穴極似以石柱插入後遺留的痕跡等。而人頭像及象形文字的發現，更證實與那國島南方的海底遺跡，確實是人類文明的遺址。