萊比錫是貿易中心，它位於兩條重要貿易路線的交點，於中世紀開始活躍起來。人們第一次提到它是將其稱為商人聚居地，這些商人將教堂獻給他們自己特殊的守護神，也就是麥拉的前主教，名為尼古拉或尼古拉斯。萊比錫的地位逐漸變得重要，大部分是由於它所扮演的貿易中心這個商業角色，提供商品買賣。在1156～1170年間，人們確定了萊比錫作為一個城鎮的地位，萊比錫開始成為市場的聚集地，最終，德國最著名的商品交易會也由此誕生。
聖尼古拉斯教區教堂成為新鎮的主要教堂。它最古老的一部分是石造長方形會堂，它的建築基地原是一片墓地，西邊正麵的頂部是傳統的羅馬式雙子塔樓。城鎮和它的人口都在成長，聖尼古拉斯教堂很快便顯得過於狹小，人們開始采取措施逐步擴建教堂。新增了東邊的後殿，然後又增加了北邊禮拜堂，兩者都屬於哥特式風格，保留至今。1452年，大教堂得到它的第一組鍾，這些鍾不僅為教堂召喚信徒，也發揮火災預警的作用。教堂的塔樓直到1916年前都是一座火警瞭望塔。
1507年，人們決定對教堂做一些根本的改變，隻有西麵部分和哥特式東唱詩席沒有被改變。1525年，當時負責萊比錫的麥瑟堡主教，舉行了改造後教堂的落成典禮，也就是現在的新哥特式的殿堂式教堂。
正是在那年農民起義結束，這是順其自然的，如果沒有宗教改革，就不會有這場革命。馬丁·路德與保守派神學家約翰·埃克著名的辯論就發生在萊比錫。緊跟著發生的這場宗教衝突中，新的教條被所有薩克森選帝侯領地所信奉，從1539年起，萊比錫聖尼古拉斯教堂的所有宗教儀式都按照新教會的儀式舉行。約翰·塞巴斯蒂安·巴哈這位教會音樂的偉大代表，不僅在聖托馬斯教堂內演奏，也在聖尼古拉斯教堂內演奏，這是他踏入萊比錫的序曲。
下一階段的建設工程開始於那個時期左右。建築因年久失修而再度倒塌，舊的羅馬式大門倒塌得最嚴重，而被今天你所看到的大門所取代。然後在1784～1797年間，內部經曆了更大範圍的革新。聖尼古拉斯教堂成為古典式的新教教堂，帶有明確的線條和明亮的色彩。它是屬於祈禱者和宗教團體的地方，成為口若懸河者的講壇，或是反省者的避難所。
教堂後來增添了新藝術的陳設，包括祭壇部分和入口。它們都是弗裏德裏希·伊瑟的作品，他是德國古典主義曆史上的重要人物，出生於布拉提拉瓦，在搬往薩克森選帝侯領地之前就讀於威尼斯，在薩克森他被指定為宮廷畫師。他的風格呈現了巴洛克後期到古典主義風格的流暢過渡。他的學生約翰·沃爾夫岡·歌德是一位極有天分的藝術家，也在萊比錫學習多年。
聖尼古拉斯教堂最新的建築部分完成於二十世紀初，今天人們所看見的外觀當時已經建成。教堂主體保留了晚期哥特式風格，盡管它最初的風格隻能透過更近的觀察才能辨別出。
自那時起，任何工程都僅僅是為了修複因悠久曆史所造成的損壞，那些損壞是由環境因素造成的。追溯到古典主義時期的油漆工程則保存得完整無缺。基於對現代生態學的認知，太陽能設施於公元2000年被安裝在重建後的南部屋頂上。
和平祈禱從1982年起每個周一都會在這裏舉行。拚死離開東德的人們發現他們自己與留在家鄉爭取根本變化的人們站在了一起。這些和平祈禱發展為遊行，直到1989年10月9日在萊比錫環形路上的盛大遊行時達到頂點。很明顯的，這標誌著德國東部共產主義政權的結束。用聖尼古拉斯教堂牧師克裏斯蒂安·弗瑞爾的話來說：“這個教堂是天賜的禮物，不僅賜予一個組織、一次遊行、一部分人口，更賜予一整個國家。”