穆公派軍攻打晉國後，增加了十二個屬國，拓展了千裏疆土，終於在西戎稱霸。
晉獻公滅亡了虞國，俘虜了虞國國君和大夫百裏奚。百裏奚被俘之後，作為陪嫁的仆人來到秦國。來到秦國之後不久，百裏奚找了個機會出逃，跑到了宛，可是在楚國邊境被捉到了。
秦穆公聽說百裏奚有德有才，想要拿重金贖回他。擔心楚國人不答應，就派人對楚國說：“我國的陪嫁奴仆百裏奚現在到了楚國，我們請求用五張黑色公羊皮贖回他。”楚國人答應了，把百裏奚交回了秦國。
當時，百裏奚已經有七十多歲了。穆公親自從牢房中把他釋放出來，和他討論國家大事。
百裏奚辭謝說：“我是亡國之臣，哪裏還有資格談這個!”穆公說：“虞國國君正因為不重用你，才導致亡國。亡國可不是你的罪過啊!”穆公堅決地向他請教，兩人聊了三天，穆公非常高興，讓他掌管國家大權。
百裏奚又推辭說：“我的才能不及我的朋友蹇叔，蹇叔德才兼備，卻不被世人所知。我在遊曆齊國的時候，曾經窮困得沿街乞討，是蹇叔收留了我。當時我想在齊國追隨齊君，是蹇叔製止了我，因此我才得以避免卷入齊國的內亂，去了周朝。周天子想要重用我，是蹇叔勸阻了我，使我離去，才免於被殺。我侍奉虞君，蹇叔又勸止我，我雖然知道虞君不會重用我，但為了錢財和爵祿，還是留了下來。我兩次采納他的意見，都逃脫了災難，一次沒有聽從他，就遭遇了亡國的大難。這些事，足以說明蹇叔的賢能。”穆公聽了，馬上派人送厚禮去迎請蹇叔，任他為上大夫。
秋天，穆公親自率軍攻打晉國，在河曲大戰。當時，晉國驪姬正在內亂，太子申生死在了新城，公子重耳、夷吾從晉國逃亡，跑到了國外。
過了幾年，齊桓公在葵丘會集諸侯，成了盟主。
晉獻公去世前，立驪姬的兒子奚齊為國君，可是奚齊被大臣裏克所殺。大臣荀息於是另立卓子為國君，裏克就又殺死了卓子和荀息。這時候，夷吾派人到秦國求援，請求秦國幫他回國。穆公答應了他的請求，派百裏奚帶兵護送夷吾回晉國。夷吾感激，向秦國人許諾說：“如果我能成為晉國國君，就割八座城邑奉獻給秦國。”可是，等他回到晉國，被擁立為國君之後，卻派丕鄭到秦國去推脫，想違背前約，不給秦國城邑，並且殺死了裏克。
丕鄭得知後非常害怕，就給秦穆公出主意說：“晉國人不歡迎夷吾做國君，而是希望重耳能回國做國君。現在呢，夷吾違背了與秦國訂立的盟約，都是呂甥、鬱芮的計策。希望您用重利把這兩位大臣迅速召來，他們來到秦國後，就馬上扣留他們，這樣，再護送重耳回晉國就方便了。”穆公答應了他的請求，派人和丕鄭回到晉國，召喚那兩人。可是呂甥、郤芮察覺到丕鄭的陰謀，就讓夷吾殺了丕鄭。
丕鄭的兒子丕豹逃到了秦國，勸穆公說：“晉國國君無道，百姓叛離，可以借這個機會去攻打他。”穆公說：“假如晉國百姓真的反叛晉君，那麽他怎麽可能誅殺他的大臣呢?能夠誅殺他的大臣，說明他還是能夠順應民心。”秦穆公表麵上不聽從他的建議，而暗地裏卻重用丕豹。
晉國遭遇旱災，到秦國借糧。丕豹對穆公說，不要借糧食給晉國，應該趁它發生饑荒去攻伐它。穆公猶豫，就向大夫公孫支谘詢，公孫支說：“災年和豐年變換無常，誰都可能遭到旱災，應該借給它。”又問百裏奚，百裏奚說：“夷吾是得罪了您，可是晉國的百姓沒有得罪您啊!”於是，穆公采用百裏奚和公孫支的建議，還是把糧食借給了晉國。用船載漕運和車載陸運，運糧的車船絡繹不絕。
後來，秦國發生饑荒，去晉國借糧。晉國國君召來群臣，一起商量這件事。虢射說：“趁著他們鬧饑荒，盡快去攻打它，肯定可以獲勝!”晉君表示同意，馬上發動軍隊，準備攻打秦國。秦穆公也準備迎戰。任命丕豹為將軍，親自統兵，反擊晉軍。九月，和晉惠公夷吾展開大會戰。晉君脫離主力部隊，和秦軍爭奪戰利品，在回歸途中，馬陷到了泥沼裏。秦穆公率軍追擊晉惠公，不但沒有捉住他，反而被晉軍圍困，受了傷。就在這危急時刻，曾經偷吃過秦穆公良馬的三百名岐下人冒死衝入晉軍，解救了穆公，還活捉了晉君。
當初，穆公的良馬走失，被住在岐下的三百名野人抓到，並把它殺掉吃了。官吏抓到了這些野人，要依法懲治。穆公說：“君子是不會為了牲畜而傷人的。我聽說，吃了好馬的肉而不飲酒，會傷身體。”於是賜酒給野人們喝，並赦免了他們的罪過。這三百人聽說秦軍反擊晉軍，都要求從軍，在戰鬥中看見穆公危急，都不避刀槍，冒死爭戰，來報答當初的恩德。
穆公抓住了晉君，回到了秦國，然後發布命令：“請大家齋戒獨宿，我準備用晉君祭祀上天。”周天子聽說了，就借口“晉侯與我同姓”，來替晉君求情。夷吾的姐姐，也就是穆公的夫人，身穿喪服、光著腳，悲悲戚戚地對穆公說：“如果我不能拯救自己的兄弟，而且身著喪服，違背了你的命令，那可怎麽辦好呀!”
穆公無可奈何，感歎說：“唉，真是不好辦。我捉到了晉君，本來以為是一件大功，可是現在呢，天子為他求情，夫人也為這件事傷心。唉!”沒辦法，就和晉君訂立盟約，答應放還晉君，又把晉君安排到上等住處，並饋贈他牛、羊、豬各七頭作為食品。十一月，晉君夷吾被釋放回國，把晉國河西的土地獻給了秦國，並且把太子圉送到秦國去做人質。秦穆公把皇族女子嫁給了太子圉。
當時，秦國已經非常強大，國土向東發展到了黃河。過了幾年，秦國又吞並了梁國和芮國。
後來，晉國太子圉聽說晉君生病，心裏暗想：“梁國是我母親的家鄉，現在已經被秦國消滅了。我的兄弟很多，如果國君去世，那麽秦國必然要留住我，那麽晉國就會不把我當回事，也就會另立太子。”於是逃回晉國。一年後，晉惠公去世，子圉被立為國君。秦國怨恨太子圉從秦國逃跑，就去楚國請來晉國的公子重耳，還把過去圉的妻子嫁給重耳。起初，重耳推辭，後來就接受了。
秦國派人去通知晉國，說秦國想要讓重耳回到晉國。晉國答應了，於是秦國派人送重耳回國。不久，重耳被立為晉國國君，這就是晉文公。文公一登基，馬上就派人殺死了圉。子圉就是晉懷公。
同年秋天，周襄王的弟弟帶依靠翟國來攻打周王。周王逃到了鄭國，然後派人到晉國和秦國，請求幫忙。秦穆公率領軍隊，協助晉文公護送襄王回國，殺掉了周王的弟弟帶。後來，晉文公在城濮打敗了楚軍。兩年後，穆公協助晉文公圍困鄭國。鄭國派人去離間穆公說：“滅亡鄭國，會加強晉國，這樣對晉國有好處，可是秦國得不到什麽利益。晉國的強盛，就是秦國的憂患啊!”穆公聽了有理，就撤軍回國了。晉國失去支持，隻好罷兵。
鄭國有人跑到秦國，出賣鄭國說：“我把守著鄭國的城門，你們秦國可以來襲擊鄭國，我會配合你們。”穆公把這件事告訴了蹇叔和百裏奚，問他們怎麽辦。他們回答說：“途經好幾個國家，行程上千裏，去偷襲別人，怎麽可能成功呢?既然有人出賣鄭國，就可能有人出賣我們秦國，又怎麽知道鄭國不知道我們的計劃呢?這件事做不得。”穆公說：“你們不懂，這件事我已經決定了。”於是發兵，派百裏奚的兒子和蹇叔的兒子率領秦軍。
啟程這天，百裏奚和蹇叔二人來到即將出發的軍隊麵前，痛哭流涕。穆公很生氣：“我發兵，你們卻來哭喪，是不是不想活了?”兩人回答說：“臣子不敢打擊士氣。軍隊出發，臣子的兒子要跟著一起去；臣子年老，恐怕他們回來遲了，再也見不到我們了，所以才哭。”兩位老人退下後，偷偷對他們的兒子說：“如果你們的軍隊失敗，肯定是在險要的崤山地區。”
秦國軍隊向東行進，穿過晉國領土，經過周室北門。周室的王孫滿說：“秦軍的行動違背禮法，怎麽可能不失敗?”軍隊行進到湣地，鄭國商人弦高正好帶著十二頭牛，準備到周室去賣，正好碰見了秦國軍隊，恐怕自己會被抓去殺掉，所以幹脆就把牛主動獻給了秦軍。他說：“聽說你們準備攻打鄭國，鄭國國君很重視，正在認認真真地準備防禦呢，還派我送十二頭牛來慰勞秦國官兵。”秦國的三位將軍聽了，就聚在一起商量說：“我們準備偷襲鄭國，可是已經被鄭國知曉了，等到我們趕到鄭國以後，肯定不可能取勝。幹脆不要去了，隨便打一個地方得了。”於是，秦軍就滅掉了湣城。湣城，是晉國邊疆的城邑。
當時，晉文公剛剛去世，還沒有安葬。太子襄公氣急敗壞地說：“秦國沒把我看在眼裏，趁我辦喪事的時候來進攻我!這個仇一定要報!”於是他身披黑色孝服，親自率軍在崤山埋伏，截住秦軍，秦軍大敗，全軍覆沒。晉軍還俘虜了秦國的三位將軍。晉文公的夫人，是秦穆公的女兒，所以為被俘虜的三位秦國將軍講情：“這三個人，穆公對他們恨之入骨，你應該讓他們三人回國，穆公肯定會烹殺他們，用不著你動手。”
晉國國君答應了，放回了秦國的三位將軍。三位將軍回國，秦穆公身著素服，親自到郊外去迎接他們，對著三位將軍哭著說：“我沒有聽從百裏奚和蹇叔，使三位將軍受到了侮辱。都是我的錯，你們三位哪會有什麽罪呢?你們一定要用心準備雪恥，不可懈怠。”隨後，馬上恢複了三人以前的官職俸祿，而且更加厚待。
戎王聽說秦穆公有賢德，所以派遣由餘作為使者前往秦國觀察。秦穆公向由餘展示了宮室的豪華與物資的富足。由餘看後說：“這些東西，豪華是豪華，但是，如果讓鬼神去做，那麽實在是太勞神了，如果用人力去做，那就太辛苦民眾了。”
穆公聽了，覺得他的說法很奇怪，就問遭“中原各國有詩書禮樂和法度，以此作為行政的原則，即使這樣，有時還出現變亂；可是戎國沒有中原國家的詩書禮樂法度，那用什麽來治理國家呢?是不是更困難呢?”
由餘笑著說：“其實，詩書禮樂法度正是使中原國家發生變亂的原因。上古時代，聖人黃帝製作了禮樂法度，並且能以身作則，但隻能達到小治。等到後世君王，越來越驕奢**逸，卻建立苛刻的法度，來監督臣民，臣民受不了，就會怨恨上層人物，說他們不行仁義，結果，上下相爭，積怨越來越深，肯定會導致相互殺戮，最後兩敗俱傷。而戎國不是這樣。在上位的人對待在下者講究仁慈，在下位者也就心懷忠信，治理一國的政事，就像治理自己一個人似的，他們不知道治理國家還要有那麽多複雜的條款，這才是真正的聖人之道啊!”
穆公聽了，偷偷問內史廖：“鄰國的聖人，就是我國的憂患。如今由餘是一位賢才，是寡人的禍害，怎麽對待他好呢?”內史廖說：“戎王居處的地方，偏僻而且閉塞，還沒有聽到過我們的聲樂之美。您不妨送給他美女和樂隊，來改變他的心誌；假借由餘之名去向戎王請求延期返戎，這樣就可以疏遠他們之間的關係；然後，可以扣留由餘，不讓他回國，以此來耽誤他的歸期。戎王對他感到難以琢磨，肯定就會懷疑由餘。君臣之間有嫌隙，就可以把由餘降伏。”穆公很讚成，就請由餘吃飯，詢問他戎國的地形和兵力，了解戎國所有的情況，而後，命令內史廖把由十六名女子組成的樂隊送給戎王。戎王非常喜歡她們，過了整整一年，還不願意送還。這個時候，秦國才放回了由餘。由餘屢次勸諫戎王，戎王不聽，穆公於是多次派人暗中去招降由餘，由餘於是就逃出了戎國，投降了秦國。穆公以禮相待，向他谘詢，問他用什麽方式攻伐戎國最合適。
穆公又派軍攻打晉國，渡過黃河以後，就把船燒掉了，破釜沉舟，結果打得晉軍大敗，攻取了王官城和鄗地，用來報複崤山之役的恥辱。晉國人困守城中，不敢出戰。在這種情況下，穆公渡過黃河，為在崤山戰役中犧牲的官兵修墳，為他們發喪，並且致哀三日。還對軍隊發表誓戒說：“古時候，人們有事要向白發老人請教，這樣才不會有什麽過失。當初，我不聽取蹇叔和百裏奚的意見，結果壞了大事，現在我追悔莫及，所以才特地作出誓言，為的是讓後世記住我的過錯。”君子們聽說了這件事，都為此垂淚，他們說：“秦穆公的為人，真是非常周全，所以，他才獲得了這麽多賢士。”
秦穆公還采用由餘的謀略，去攻打戎王，增加了十二個屬國，拓展了千裏疆土，終於在西戎稱霸。周天子派人帶著金鼓去向秦穆公祝賀。
穆公去世，葬在雍地。陪葬的有一百七十七人，其中有秦國的良臣子輿氏三人。秦國人為三人感到悲哀，為他們作了一首名叫《黃鳥》的詩歌。君子們評論這件事說：“秦穆公擴展疆土，使國家強盛起來，往東征服了強大的晉國，往西稱霸於戎夷地區，成就非凡。可是他死後棄民於不顧，要把他的良臣帶走，為他殉葬。怎麽能奪去善人、良臣，奪去百姓所敬愛的人的性命去殉葬呢?由這件事可以知道，秦國不可能再所向披靡了。”