上回講到異時空的東蒙古草原各部開始遭受“後金”操控後，情況變得對“蒙古大汗”和“明朝”都不利了。
西元1623年5月，紮魯特右翼色本懼怕治罪，先投靠科爾沁，後投靠後金。而努爾哈赤則加緊了招誘工作。於是，他先後爭取了科爾沁奧巴台吉、林丹汗叔祖岱青台吉、內喀爾喀的恩格德爾台吉，又先後打敗了紮魯特左翼、巴林部等部落。可是，麵對“後金”咄咄逼人的攻勢，“大汗”林丹汗卻無法組織有效防禦。
等到皇太極繼位後，更是采取了軟硬兼施的辦法，迅速征服了大批蒙古部落。首先，他拉攏並征服了內喀爾喀五部和科爾沁部，削弱了“蒙古大汗”林丹汗的力量。其次，他策動了奈曼部和敖漢部的投降，又以策動喀喇沁部投效的使臣被殺為由，出兵討伐察哈爾，此戰多爾袞和多鐸立下大功，擊敗了多羅特部。
林丹汗被形勢所逼，一怒之下則搶走了喀喇沁部蘇布地塔布囊兄弟的部民和牲畜。而喀喇沁部領導拉斯喀布汗與土默特、鄂爾多斯、阿蘇特、永謝布的部分台吉為了自保，遂聯合起來與林丹汗的部隊交戰。
於是，後來在西元1628年7月，喀喇沁部首領決定歸順皇太極。到西元1628年9月，皇太極第二次率親征“蒙古大汗”即林丹汗時，一起出兵的蒙古部落已有了敖漢部、奈曼、內喀爾喀、喀喇沁和科爾沁等部。
到了西元1630年11月，阿魯科爾沁部長達賚楚琥爾、四子部落台吉伊爾紮布墨爾根台吉、阿魯伊蘇特部台吉齊桑達爾漢、噶爾瑪伊勒登等各率所部先後歸順了“後金”政權，這極大的削弱了“蒙古大汗”的力量。
西元1632年3月，皇太極第三次親征察哈爾的“蒙古大汗”本部時，參戰的蒙古部落已經有了科爾沁、劄魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部，總兵力約為10萬騎兵！
有蒙古人偷馬告知林丹汗消息，林丹汗本欲逃往漠北喀爾喀三部，但後者卻與其關係疏遠。於是，他決定向西遷移，經呼和浩特渡黃河並到達了鄂爾多斯草原，使“後金”追之不及而還，歸途收集數萬部眾。
“蒙古大汗”林丹汗在鄂爾多斯“成吉思汗”陵前宣告自己是“林丹巴圖魯汗”，然後率領察哈爾部和鄂爾多斯部前往甘肅大草灘。到達了大草灘後，喀爾喀卻圖台吉（土謝圖汗部）率所部4萬人與林丹汗部眾會合。
他們通過“紅教”與藏巴汗建立關係，但在西元1634年，林丹汗突然去世了，其遺孀大夫人蘇泰和長子額哲率察哈爾和鄂爾多斯部返回鄂爾多斯草原，卻圖台吉則進入了青海，造成了對明朝邊鎮的衝擊力度。
西元1636年3月，在得到漠南蒙古16部49人的擁戴後，皇太極正式稱“博格達徹辰汗”，改國號為“清”，改元“崇德”。於是，漠南蒙古全部歸順“滿清”，而清朝也將皇太極的次女嫁給額哲，並冊封額哲為“親王”，將察哈爾分為8個旗，設“都統”和“副都統”進行管轄。當然了，滿洲貴族還分別娶了林丹汗的“八大福晉”。
所謂“娶了林丹汗的‘八大福晉’者”，其實就是把“蒙古大汗”的老婆們瓜分殆盡，畢竟在草原遊牧民族嚴重，女人的生育能力與豬、馬、牛、羊、駱駝等牲畜能為人類提供生存資料一樣，也是一種“重要資產”。
於是，從西元1206年——西元1635年，“成吉思汗”所建立的“大蒙古國”壽終正寢。到了西元1641年，額哲去世後，其弟阿布奈繼承襲爵，惟有阿布奈其子布爾尼作亂，被康熙帝處死，使“察哈爾親王”被廢。
紛紛擾擾四百年，“大蒙古國”的曆史有過輝煌，有過衰敗，有過非“黃金家族”的鬼力赤和也先稱雄大漠，也有“黃金家族”的“達延汗”和“俺答汗”熱衷恢複“元朝”，更有“滿都海夫人”和“三娘子”這等蒙古女英雄！
但是，他們的業績都已經煙消雲散，隻留下草原上的敖包靜靜矗立，告訴後人這片土地上的曾經發生過的盛衰興亡，但在中國古代曆史上，農耕民族和遊牧民族的戰爭總是持續不斷的進行著，就比如現在。
秦漢和匈奴、隋唐與突厥、兩宋和遼金、明朝和滿蒙，都曾經上演了長期的對峙和拉鋸。到了明朝，北方大漠成為了蒙古人的天下，而明朝和蒙古在“邊牆”（長城）上下對峙了200多年，這還不包括“後金”。
西元1368年，朱元璋的大軍攻破了北京，標誌著元朝作為當時的大一統王朝正式宣告滅亡。同年，朱元璋在南京稱帝建立“明朝”。元朝滅亡後，蒙古勢力基本退回大漠，但尚未放棄“元朝”國號，史稱“北元”。
於是，朱元璋時期對蒙古的戰爭，主要就是用武力逼迫逃回大漠草原的蒙古人放棄“大元”這個國號。
西元1369年，朱元璋派遣常遇春、李文忠率領步兵8萬、騎兵1萬進攻“北元”上都開平。這次出征很順利，因為城破之前，元順帝孛兒隻斤?妥歡帖木兒就被迫逃亡到應昌（今內蒙古赤峰）。據說，元順帝當時還作下一首歌來表達自己的悲傷：“失我大都兮，冬無寧處；失我上都兮，夏無以逭暑”。亡國之君苦啊！
此後，朱元璋又陸續派遣大軍北征北元。西元1370年，朱元璋派遣徐達、李文忠、鄧愈、馮勝、湯和統領大軍，分3路進攻蒙古。其中，李文忠為東路，從居庸關進入大漠；徐達為中路；馮勝為西路，主要從河西一帶進攻蒙古人。這次出兵，徐達在沈兒峪口大敗王保保，俘獲北元官員1800多人，士兵8萬多人。
此時，元順帝因哀傷過度而突然去世了，其繼承者和宗室又逃亡到了後世外蒙古國的古都哈拉和林。
從西元1368年元大都被明軍攻克開始，明洪武三年(西元1370年)，元順帝妥歡貼睦爾死於應昌，元朝太子愛猷識理達臘繼位，即“元昭宗”。於是，北元朝廷退據哈拉和林，仍用“元”作為國號，故史稱“北元”。
當然，後世史學家中也有人稱“北元”為“殘元”。“北元”政權仍以外蒙古哈拉和林之為首都，苟延殘喘。
西元1387年，明軍攻克了哈拉和林，並將此城徹底毀掉。之後，哈拉和林雖數次被重建，但因西元15世紀初期的蒙古諸部分崩離析，而韃靼與瓦剌兩部蒙古貴族之間相互攻伐，導致首都哈拉和林逐漸沒落。
現今，外蒙古國哈拉和林市博物館中還保存有《興元閣碑》，刻於元惠宗至正二年（西元1342年），見證了蒙元帝國的興衰，當然也見證了自己所在的“黃金家族”是如何一步步走向衰敗的，畢竟天道有常。
西元1372年，朱元璋派遣徐達、李文忠、馮勝各率五萬騎兵，三路出兵進攻北元。此次出征，徐達的中路軍遭到了擴廓帖木兒和賀宗哲的圍攻，大軍死傷慘重，不得不退兵。而西路和東路卻得到了勝利，但是收獲卻很少。因此，大軍回朝後，朱元璋“賞罰俱不行”，畢竟這樣會容易引起軍心動搖，不如壓下去。
同時，朱元璋也感覺到蒙古草原的勢力難以短時間內徹底平定，於是便將對大漠草原的戰略從進攻轉而防守，並命令大軍駐紮在長城以南，長期駐屯，修建城池，加強邊防。這時，明朝開始重新修建長城。
但是，朱元璋為了避免秦、漢王朝修長城時強征民夫的惡劣影響，便把“長城”改名叫“邊牆”，以避諱。
西元1382年，明朝軍隊已經消滅了雲南梁王的勢力，於是開始和“北元”爭奪東北地區。西元1387年，馮勝、藍玉、傅友德率領明軍擊敗了元朝鎮守遼陽行省的納哈出，並將遼東地區強行納入了明朝的版圖。
為了進一步擊敗東北的“殘元勢力”，朱元璋於當年9月命令藍玉、唐勝宗、郭英北伐蒙古，大軍一直打到了“捕魚兒海”（貝加爾湖），殺死北元官員1000多人。此後，北元皇帝在逃亡和林途中，被部將所殺。
從此，蒙古本部陷入了長期的分裂。而新的蒙古首領已經不再稱“皇帝”，而改稱“大汗”，而且“元朝”的國號也被蒙古人放棄了。這標誌著以“黃金家族”為最高統治集團的“北元政權”已正式滅亡，曆史重新開始。
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