1935年10月，重慶行營建立後，老謀深算的蔣介石見時機成熟，中央勢力在四川已站穩腳跟，便正式命令劉湘撤銷其二十一軍特務委員會及所屬各縣清共會。
至此，在四川橫行了五年多的二十一軍特務委員會，終於灰溜溜地退出了曆史舞台。其反共職能由蔣記特務係統取代。
特委會撤銷後，劉湘按原有安排，將已經在各種訓練班受訓畢業的特務送到各對口部門，其餘特務亦分別轉入地方部門：沈天澤等調四川省政府；曾學思等調各縣政府；遊洪鈞等調四川剿匪總司令部情報處……
特委會撤銷後，原隸屬於特委會的重慶反省院轉入重慶市政府係統，“七·七”事變後撤銷。
抗日戰爭全麵爆發後不久，1938年1月，劉湘在武漢病逝。他原打算進一步重用的這批特務，也就“樹倒猢猻散”了。
在這些特務中，宋毓萍與賀蜀筠的下場是比較典型的。
特務委員會撤銷後，前特委會主任、軍法官李靖伯送了兩枝連發手槍給宋毓萍作為紀念，以示其依依惜別之情。
隨後，宋毓萍被委任為川康督辦公署中校副專員，派到軍法處參加肅反組工作。不久，他又先後被送到四川善後督辦公署軍官研究班、四川省政府禁煙督察人員訓練班受訓，畢業後被委任為達縣禁煙事務所長兼禁煙分局督察長。因當地禁煙局人事糾紛，他未能接任，又返回重慶，請示總局改派為南川禁煙分局督察長，進行所謂“禁煙”工作。他是怎樣禁煙的呢？請看他自己解放後的交代：
幫助劉湘軍閥解送了不少的煙稅款子與推銷“官膏”的價款……我們分吞私土，我前後得了五百多元，兩次解款到渝，用現款換本票去繳款，我又得了七百多元，將這一共所貪汙的一千二百多元都交給了我父兄拿去做生意，結果還是折光了事。
宋毓萍還在煙土行入股分利，在鄉鎮督銷煙土，將沒收之大煙交他人變賣分贓……總之是以禁煙之名行賣煙之實。
重慶解放時，正在重慶衛戍總司令部總務處任副處長的宋毓萍，隨楊森部逃跑，逃至三台，部隊潰散，宋毓萍又隻身逃到成都。
時已至此，他還自不量力，居然企圖組織反革命遊擊活動，後因同夥翻車斃命，成都又迅速解放，遊擊之夢才算破滅。他又跑到樂山，購買了價值200萬元的鴉片，從事轉運販賣毒品的勾當。
1950年11月，宋毓萍在走投無路的情況下，被迫向人民公安機關自首。鑒於其罪大惡極，川西公安廳呈報中共川西區委員會批準，於1951年7月將宋毓萍判處死刑。
至於賀蜀筠，其下場比宋毓萍更為狼狽。參謀團入川後，已經以黃埔同學關係參加了參謀團工作的周顯則、薛彥夫等人聯名向康澤控告“賀蜀筠大量迫害黃埔同學”。康澤既為籠絡人心，也為打擊劉湘地方勢力，下令將賀蜀筠逮捕，關了兩年。抗日戰爭結束後，賀蜀筠去看望周顯則時，已是滿麵煙容，十分潦倒了。以後再也無人知道他的下落。