岑毓英的部隊在上年底攻克了館驛城外圍的白旗軍碉壘，於1月25日攻破館驛西門，進入館驛，與白旗軍同城對壘。
張保和的部隊在館驛以南作戰，於2月21日攻克開遠的田心，白旗軍首領馬世德不願做俘虜，自焚而死。
楊玉科部則在雲南西部杜文秀的根據地周邊作戰，於3月4日攻克大理以西一百裏外的永平，接著攻克曲洞和漾濞。
李維述部也逼近了大理，於5月22日攻克大理東南方的雲南縣。
楊玉科、李維述和楊國發等部聯合作戰，於6月8日攻克毗鄰大理的趙州，即今天所說的鳳儀鎮；又於6月20日攻克大理以南的茶馬古道重鎮蒙化，即現在所說的巍山。
趙州一仗，杜文秀親自率領一萬兵力出援，卻無力回天，大敗而返。到此為止，清軍拆除了大理的所有藩籬，杜文秀白旗軍的聲勢更加無望振作。
張保和所部於10月17日攻克撫仙湖以東的婆兮，即現在所說的盤溪。馬忠所部於10月24日捕獲館驛白旗軍首領馬敏忠與馬國政，將他們處死。清軍將回民遷移到村寨居住，館驛平定。
貴州提督周達武率部會同雲南清軍作戰，於11月份攻克新城。
楊玉科部於年底開始對白旗軍的根據地大理發起攻擊。
大理北臨洱海，西靠蒼山。杜文秀占據大理之後，在城內修築了土牆，把他的大元帥禁城團團包圍。
楊玉科令部隊挖掘地道，炸塌東南城牆，部隊從缺口衝入城內。白旗軍憑靠土城奮力抵抗，楊玉科又下令埋地雷炸牆。從12月10日戰到12月17日，楊玉科所部在作戰中斬殺白旗軍兩千多人。
楊玉科把部隊駐紮在內校場的蓮花池，增調五六千兵力，圍攻禁城。
12月25日，杜文秀率領最忠實的部隊殺出禁城，楊玉科親自率部迎擊，斬殺白旗軍五六千人。杜文秀率敗軍退入禁城。
12月26日黎明，杜文秀率全家沐浴完畢，服毒自盡，終年四十五歲。蔡廷棟等人抬著杜文秀出城，獻給楊玉科。這時杜文秀氣息猶存，楊玉科下令割下他的首級，送往昆明。交獻杜文秀的蔡廷棟，曾在以前被圍時投降清軍，後來又逃往大理。
岑毓英已率部抵達紅崖，距大理一百二十裏。清軍進占大理，將要等到下一年。
由於雲南的清軍已基本上消滅了杜文秀的白旗軍，劉嶽昭官複原職。
滿洲正黃旗人景廉是清末有名的廉官，在這年春天率部抵達新疆古城，派使者把徐學功召到綏來的沙山。這裏的綏來，就是現在所說的瑪納斯。
景廉讓徐學功召集舊部三千多人，開設屯田，一邊作戰，一邊耕種。這時文麟也將團練首領孔才從哈密召到古城，修堡建屯，孔才又收容徐學功的散勇二千多人，亦耕亦戰。於是，吉田和吉木薩爾兩地大興屯田，軍糧稍微充裕。後來徐學功與孔才都升任提鎮，但事事都秉承將帥的意思，英氣漸漸減退，和初期血戰時不同了。