在湘軍的打擊下，帕夏已經絕望，於5月份在喀喇沙爾服毒自殺。他的次子海古拉將他的屍體在水裏浸泡三天，然後取出，裹上香牛皮，抬著西行。
海古拉一行走了五六百裏，快到庫車時，他哥哥伯克胡裏派使者在途中攔截，殺死海古拉這個安集延人的小帕夏。
帕夏名叫阿古柏，自稱畢調勒特汗，有六個兒子。長子哎哥，就是伯克胡裏。阿古柏不喜歡他。次子海古拉。三子引上胡裏。四子邁底胡裏。其他兩個兒子無名。
伯克胡裏殺死海古拉以後，保守新疆南境，自封為王。安集延人和回民推舉白彥虎率部防守喀喇沙爾西南部的庫爾勒，白彥虎不聽他們的安排，自己率部駐紮在開都河西岸，打算進入俄羅斯。
兵部右侍郎、欽差大臣郭嵩燾已於2月份抵達英國，覲見了維多利亞女王，並遞交了國書。他受命在道歉之後，不用回國，就此出任駐英國公使。英國駐中國公使威妥瑪趁機向清廷為安集延人說情，清廷將此事交給左宗棠辦理。
左宗棠上奏說，立國就要有疆界，這是古今通義。必須根據時間與地點來統籌，才能權衡其中的輕重，建置也才會妥當。自古以來，中國邊境遭到的侵擾，總是西北甚於東南。因為東南是以大海為界，有自然屏障，容易防守，西北則是一片無垠的廣漠，能否防守，全看兵力強弱。兵少了，容易受到侵犯；兵多了，又耗費國家的財富。論防守，沒有天險阻擋戰馬的鐵蹄；論進攻，沒有舟楫用來節省轉運的費用。不像東南有天險可以憑借，辦理軍事比較容易。
左宗棠說，清朝定都北京，有蒙部環衛北方，一百幾十年沒有烽火報警。不但前代所說的九邊都成了腹地，就連科布多、烏裏雅蘇台以至張家口，也分別駐紮了部隊戍守，了望堡遙遙相通，國都一帶十分平安。這是因為祖宗朝削平了準部，連帶平定了回部，開辟新疆，設立軍府的結果。因此，注重新疆，是為了保衛蒙古，保衛蒙古，是為了保衛京師。如果新疆不能穩固，蒙古就會不安，不但陝西、甘肅和山西各省邊界會時常遭到侵犯，防不勝防，就連直隸北部的關山，也將沒有安寧之日。
何況現在與過去，形勢已大不相同。俄國人不斷拓展國境，從西向東達一萬多裏，與我國北方邊境相連，惟中段有蒙部遮隔。徙薪宜遠，曲突宜先，不可不預為綢繆。
如今新疆北路，已收複烏魯木齊全境，隻有伊犁尚未收回。南路已收複吐魯番全境，隻有白彥虎率領餘黨隱伏在開都河，喀什噶爾還有叛變的軍官和逃跑的部隊，還是需要兵力去對付。其餘各城，猶如剛脫虎口，投入慈母的懷抱，自然不會抗拒官軍。
秋天一到，采運足以補充供給，田地裏還有餘糧，部隊大舉西進，宣布朝廷威德，一邊作戰，一邊安撫，不難收回舊有的疆土，恢複朝廷的管轄。此外，如安集延和布魯特等部，則可將他們堵在邱索之外，聽任他們翱翔遊泳。
英國人為安集延人說話，是擔心俄國人蠶食他們的地盤，對英國有所不利。俄國正在爭奪土耳其，與英國人相持。我國收複舊疆，出兵符合大義，他們憑什麽責難？即便發生意外的爭辯，節外生枝，我國仗義執言，也決不會有所屈服。
新疆南路以吐魯番最為豐饒。其中的八城，以喀喇沙爾的轄地較多堅硬貧瘠的土地，其餘地方雖然不如北路廣袤，但有的地方還更加饒沃。全境收複之後，隻要有得力的人才來籌劃經營，軍隊的糧食可以就地采運，軍餉可以就近獲得，不至於像以前那樣拮據憂煩、張皇失措了。
左宗棠說，他之所以堅持一片赤心，實在是因為新疆一地不可放棄，軍事不可停止，而現在軍餉匱乏斷絕，必須迅速收複豐饒地區，否則無從著手。這是局勢所迫，而非他貪戀將相官位。若要省費節勞，為了新疆長治久安著想，就必須設立行省，改立郡縣。
左宗棠又說，自從浩罕國被俄國人吞並，安集延人討好依附英國，英國人也就暗中予以庇護。現在又以護持安集延為借口，以保護立國為理由，其實他們是擔心安集延為俄國人所有。然而，安集延人並非沒有立足之地，何待英國人為他們另立一國？即使打算另立一國，那就把英國的地方割讓給他們，也可以把印度割讓給他們，為什麽要向我國索要豐腴的國土，來向安集延人賣人情呢？何況喀什噶爾為古疏勒國，漢代已經隸屬中國，本來就是我國的舊土。而英國人卻說是帕夏固有的地盤，他們居心何在？
從前，英國人仗著軍艦大炮，橫行海上，還說是隻要碼頭，不取土地，現在卻伸手來要疆土了。他們是陰謀為印度增加一道屏障，公然強求我國在回疆拆掉一道屏障，這怎麽能夠允許？我國越是示弱，英國就越會逞強，到何處才是止境？
左宗棠說，他奉職治理邊方，惟有竭盡努力，不顧眼下的成敗利鈍而為之。郭嵩燾在奏疏中提出趁阿古柏斃命之時席卷掃**，並無不妥。現在南路的部隊，劉錦棠的三十二個營擬於八月中旬分批西進；張曜的部隊擬於九月上旬隨後跟進。前聞英國人已派使者趕赴安集延，他已派人馳告劉錦棠和張曜，叮囑他們善為看待。如果談到回部之事，就說清軍是奉令征討侵占疆宇的侵略者，以恢複中國的舊土，其他一概不知。如果談到其他事情，請他們與肅州大營商談。如果英國人果真來到大營，他自有辦法對付。
清廷讚賞左宗棠的看法，批準了他的計劃。